이유
1. 처분개요 가. 청구인은 1995.5.15. OOO OOO OOO OOOOO 전 1,200㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속으로 취득하여 보유하여 오다가 2009.7.15. 대한주택공사의 수용으로 양도한 후, 2009년 8월 양도소득세를 예정신고하면서 쟁점토지의 양도를 「조세특례제한법」 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 감면세액 43,038,656원을 신청하였다. 나. 처분청은 쟁점토지 수용 당시 대한주택공사의 영농조사서에 의하여 쟁점토지의 사실상 지목은 축산물 적재장소로 사용되고 있는 노지로 조사·분류되어 실농 보상을 받은 사실이 없음이 확인되었고, 청구인이 쟁점토지를 2006년 2010년까지 본인의 사업장으로 사용된 사실이 OOO 사업장 이력에서 확인되어 쟁점토지 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경에 의한 양도소득세 감면을 부인하고 2011.1.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 40,044,980원을 경정· 고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 피상속인이 쟁점토지를 25년간 경작을 하였고, 청구인이 상속일 이후 1995.5.15.부터 2008년 9월까지 경작하여 쟁점토지를 총 38년간 직접 자경하였으며, 청구인은 쟁점토지 소재지에서 8년 이상 거주하였고, 쟁점토지를 8년 이상 경작한 사실이 분명하므로 처분청이 양도소득세 감면을 부인한 처분은 부당하며, 쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조 의 규정에 의한 감면요건을 충족하였으므로 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지를 1995년에 상속으로 취득하여 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 대한주택공사의 영농조사서상 쟁점토지는 지장물, 축산물 적재장소로 사용되고 있는 노지로 분류되어 실농 보상을 받은 사실이 없고, 청구인이 쟁점토지를 2006년 2010년까지 본인의 사업장소재지로 사용한 이력이 있으며, 청구인은 쟁점토지 인근 토지인 OOO OOOOO(타인소유)에 대하여 임차농으로서 자경하여 실농 보상비를 받은 사실이 있으나, 정작 본인 소유의 토지인 쟁점토지는 대한주택공사의 영농보상 조사당시(2008.12.17.) 상기와 같은 사유로 비농지로 분류되어 실농 보상비를 수령한 사실이 없음이 확인된다. 2011년 2월 쟁점토지를 현지 확인한 바, 쟁점토지의 주변 농지는 비록 수용되었음에도 현장보존이 잘되어 있어 현재도 자경중인 흔적이 역력하나, 쟁점토지는 잡초가 무성하여 과거 영농의 흔적을 찾아볼 수 없는 잡종지임이 확인되고 있으므로 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조 에 의거 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건인 양도(수용) 당시 농지였는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경，건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. ⑫ 제11항을 적용하는 경우 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 때에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에만 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 그러하지 아니하다. 1. 「택지개발촉진법」 제3조 에 따라 지정된 택지개발예정지구 2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조 또는 제7조의 2에 따라 지정된 산업단지 3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역 ⑬ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1995.5.15. 쟁점토지를 상속으로 취득하여 보유하여 오다가 2009.7.15. 대한주택공사의 수용으로 양도한 후, 2009년 8월 양도소득세를 예정신고하면서 쟁점토지의 양도를 「조세특례제한법」 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 감면세액 43,038,656원을 신청하였으나, 처분청은 대한주택공사에서 쟁점토지 수용 당시 노지로 조사·분류하고 실농 보상을 받은 사실이 없고, 청구인이 쟁점토지를 2006년 2010년까지 본인의 사업장으로 사용된 사실이 OOO 사업장 이력에서 확인되어 쟁점토지 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경에 의한 양도소득세 감면을 부인하고 2011.1.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 40,044,980원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다. (2) 청구인은 쟁점토지를 피상속인이 25년간 경작하였고, 청구인이 1995.6.11. 상속으로 취득한 이후에도 양도시까지 계속하여 경작하여 쟁점토지 양도 당시 농지였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조합원 증명서에는 청구인이 1995.12.30. 출자금 1,185천원에 OOOOOOOO 조합원에 가입한 것으로 나타나며, 소유농지 및 경작확인서에 의하면, OOO 영농위원 장OO은 2009.8.12. 쟁점토지를 1970년 1995년까지는 피상속인이 밭작물을 경작하였고, 1995년 현재까지는 청구인이 밭작물을 경작하였다고 확인하고 있다. (나) 등기부등본에는 쟁점토지의 지목은 전이고 청구인이 1995.6.21. 상속으로 취득한 것으로 나타나며, 토지수용 확인서(2009.8.6.)에 청구인이 쟁점토지에 대한 보상금 261,673천원을 2009.7.15. 수령한 것으로 나타난다. (다) 국세청 통합전산자료에 의하면, 청구인은 OOOO라는 상호로 2006.2.7. 개업하여 서비스업(건물/계단청소)을 영위하였으며, 2006.10.26.부터 사업장 소재지를 쟁점토지상의 주소지로 변경하였고, 2011.2.18. 폐업한 것으로 나타난다. (라) 대한주택공사의 영농보상비 지급내역서에 의하면, 청구인은 OOO OOO OOO OOOOO 전 1,405㎡(토지소유자 조OO)의 임차농으로 고추를 재배하여 2009.8.3. 영농보상비 3,739천원을 지급받은 사실이 나타나나, 인근토지인 쟁점토지에 대하여는 영농보상비를 지급받은 사실은 나타나지 아니한다. (마) 대한주택공사가 2008.12.17. 작성한 쟁점토지에 대한 영농조사서에 의하면, 쟁점토지는 전으로서 경작은 없고 시설구분은 노지로 되어 있으며, 재배작물은 지장물, 축산 등 적재로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (바) 처분청이 2011년 2월 쟁점토지를 현지 확인한 바, 주변 농지는 비록 수용지임에도 현장보존이 잘되어 있어 자경흔적이 역력하나 쟁점토지는 잡초가 무성하며, 과거 영농흔적을 찾아 볼 수 없어 잡종지임을 확인한 것으로 나타난다 (사) 처분청이 2011.4.6. 촬영하여 제출한 쟁점토지 사진에는 수풀이 우거진 것으로 나타나고 있고, 청구인이 2011년 4월 촬영하여 제출한 쟁점토지 사진에는 쟁점농지에 비닐이 덮어진 상태로 잡초가 우거져 있는 것으로 나타나고 있으며, 2008년 인터넷 항공지도 상에는 쟁점토지에 비닐하우스 2동이 설치되어 있는 것으로 나타난다. (3) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 「조세특례제한 법 시행령」제66조 제4항의 규정에 의하여 8년 자경 농지의 범위는 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 양도 당시에 농지임이 확인되어야 하는 바, 청구인은 OOOO라는 상호로 청소업을 영위하면서 2006.10.26.부터 쟁점토지 주소지를 사업장소재지로 등록한 점, 대한주택공사가 2008.12.27. 작성한 영농조사서에 쟁점토지는 노지로서 지장물, 축산 등이 적재되어 있는 것으로 조사된 점, 청구인은 대한주택공사로부터 쟁점토지 인근에 임차한 농지에서는 영농보상비를 받았음에도 쟁점토지에 대한 영농보상비를 보상받지 못한 점 등으로 볼 때, 쟁점토지가 양도될 당시 경작 사실이 확인되지 아니하고, 청구인이 제시한 증빙자료는 양도 당시 농지였는지 객관적으로 입증되지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 보아 양도소득세 감면신청을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.