이유
1. 원처분개요 가. 청구인은 86.12.31 대구직할시 OO동 OOOOOOO 공장용지 1,445㎡ 공장건물 744.72㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 OO섬유주식회사로부터 취득하여 89.7.28 OOO에게 양도하고 취득가액은 실지거래가액인 110,500,000원으로, 양도가액은 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정에 의하여 기준시가로 환산한 가액인 128,367,348원으로 하여 90.5.31 자산양도 차익확정신고를 하였다. 나. 처분청은 쟁점부동산의 양도시 실지거래가액을 175,000,000원으로 확인하고 동금액을 양도가액으로 하여 필요경비를 쟁점부동산의 취득시 기준시가의 7%인 6,573,145원으로 하여 93.8.16 89년귀속 양도소득세 24,045,730원 및 동 방위세 5,101,710원을 결정고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 94.1.8 심사청구를 거쳐 94.4.28 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 쟁점부동산의 취득시의 실지거래가액(자본적지출등 포함)의 전부가 확인되지 아니하므로 소득세법시행령 제170조 제1항 단서(89.8.1개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 양도가액은 실지거래가액으로 취득가액은 기준시가(환산가액)로 결정하여야 하며, (2) 위 주장이 받아들여지지 않는다면 예비적 청구로 청구인이 제시하는 증빙에서 나타나는 등록세, 취득세, 자본적지출 등을 필요경비로서 공제하여 이 건 과세를 하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 위 청구주장(2)에 대한 증빙서류를 청구인이 제시한데 대하여 청구인이 염색업을 영위하였다면 시설물이나 자본적지출에 대하여는 장부에 자산으로 계상되었을 것이나 전기시설공사, 공동시설분담금, 물탱크축조공사 등을 자본적지출인 자산처리 하였는지 여부가 불분명하는 등 관련 증빙이 없거나 제출된 증빙서류가 신빙성이 없어 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 양도가액, 취득가액 외에 등록세, 취득세 등의 자본적지출 등이 불분명한 경우에도 실지거래액이 불분명한 경우로 보아 기준시가로 양도차익을 계산하여야 하는지 (2) 쟁점부동산 양도차익 계산시 청구인이 제시하고 있는 증빙서류를 인정하여 자본적지출 등 필요경비로 인정하여야 하는지 나. 관련규정 소득세법 제23조 제4항, 제45조 제1항 제1호, 89.8.1 개정되기 전에 시행되던 같은법시행령 제170조 제1항 단서 및 제4항 제1호에 양도차익 계산에 있어 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의함을 원칙으로 하나 국가ㆍ지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우는 실지거래가액으로 하며, 다만 양도가액과 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인 할 수 없는 다른 하나는 환산의 방법에 의한 기준시가로 결정하여야 한다고 규정하고 있다. 또한 같은법 제45조 제1항에 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 「제1호」당해자산의 취득당시의 기준시가나 실지거래가액, 「제2호」설비비와 개량비,「제3호」대통령령이 정하는 자본적 지출액이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조 제2항 제3항 및 제89조에 설비비와 개량비, 자본적지출액이라 함은 양도자산의 용도변경, 개량, 이용편의를 위하여 지출한 비용이나, 고정자산의 내용연수를 증가시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비 등을 말한다고 규정하고 있다. 다. 쟁점(1)에 대하여 이 건은 청구인이 쟁점공장 취득시 법인으로부터 취득하였고 그 취득가액이 확인되는 경우에 해당되어 위 소득세법 제23조 제4항 단서 및 제45조 제1항 제1호 단서, 같은법시행령 제170조 제4항 제1호의 규정에 의하여 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여야 함에 대하여는 다툼이 없고 처분청이 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 계산하여 과세하자 쟁점공장의 취득시에 부담한 등록세, 취득세, 기타 자본적지출금액 등이 불분명하니 이를 위 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서에서 규정하고 있는 양도가액과 취득가액중 일방인 취득가액이 불분명한 경우로 보아 취득가액을 환산의 방법으로 계산한 기준시가로 계산하여 이 건 과세를 하여야 한다고 주장하고 있는 바, 위 소득세법 제45조 제1항 제1호～제3호에서 본 바와 같이 양도가액에서 공제할 필요경비로 자산의 취득당시의 기준시가나 실지거래가액, 설비비와 개량비, 자본적지출로 구분하여 규정하고 있는 「취득가액」은 제1호에서 규정하고 있는 쟁점공장의 취득당시의 기준시가나 실지거래가액을 뜻하는 것이지 쟁점공장의 취득에 따른 부대비용이나 자본적지출금액을 포함한 금액을 말하는 것은 아닌 것으로 해석되므로 취득가액이 불분명하다는 청구주장은 이유없다고 판단된다. 마. 쟁점(2)에 대하여 청구인은 필요경비로 공제하여야 할 자본적지출로 「별지1·2」의 명세와 같이 세금계산서 등 증빙서류를 제시하고 있는 바, 이를 등록세ㆍ취득세 등 취득시 부대비용과 쟁점공장의 부속시설비로 나누어 살펴보면, (1) 취득세, 등록세, 등기수수료 등 취득시의 부대비용에 대하여 취득세, 등록세, 등기수수료와 같은 부동산의 취득과 관련하여 지출한 비용은 부동산의 소유권이전 등기시 필수적으로 부담하여야 할 취득가액을 증가시키는 자본적지출에 해당된다 하겠으므로 [별지 1]의 「취득과 관련한 제세 명세」상의 취득세, 등록세, 방위세, 등기수수료 6,398,840원은 쟁점공장의 양도가액에서 공제할 필요경비로 보아야 한다 하겠다. (2) 쟁점공장의 부속시설비에 대하여 청구인은 쟁점공장을 취득한후 임대사업에 공하다가 88.4.25부터 쟁점공장 소재지를 사업장으로 하여「OO염색」이라는 상호로 업종을 염색제조업으로 정정하였으며, 사업실적(부가가치세 과세표준)도 87년 제1기, 87년 제2기 각 13,478,452원이었다가 88년 제1기 48,254,313 88년 제2기 83,007,548원 89년 제1기 131,999,049원으로 증가한 것으로 세대장 등 관련공부에 의하여 확인되고, 청구인이 인수한 쟁점공장은 당초 염색공장중 일부인 연사공장으로 사용하던 건물만 인수함으로서 용수, 폐수, 동력ㆍ수전시설 등 염색 관련 시설과 사무실, 화장실, 창고 등 부대시설이 없었다고 양도자인 OO섬유주식회사가 확인하고 있고, 청구인이 쟁점공장의 부속시설의 설비비라고 제시하고 있는 증빙서류도 88년 제1기 이후에 발행된 사실 등으로 보아, 청구인이 제시하고 있는 이 건 증빙서류는 청구인이 부대시설없는 쟁점공장을 인수하여 직접 염색제조업을 영위하기 위하여 투입한 공사비라는 청구주장은 믿을 수 있다 하겠고, 그렇다면 「별지2」에 명시한 이 건 공사의 성격이 설비비와 개량비나 자본적지출(이하 “설비비 등”이라 한다)에 해당되는 지와 설비비 등에 해당된다면 청구인이 제시하는 증빙서류의 신빙성을 인정할 수 있는지를 살펴보면, 청구인이 제시하고 있는 이 건 관련 증빙서류의 상태는 청구주장과 관련하여 제시하고 있는 증빙서류를 포함하여 87.1월～89.4월 의 기간에 해당하는 매출과 매입, 제 경비에 대한 세금계산서, 입금표, 간이세금계산서, 지출결의서, 전표등 제 증빙서류의 원본 모두를 월별, 날자별로 편철한 상태로 제출하고 있는 바, 표지 및 증빙의 보관상태, 편철 및 변색정도 등으로 보아 동 증빙서류는 이 건 과세처분 이전에 청구인이 쟁점공장을 이용하여 염색제조업을 영위하면서 사업소득금액을 산출하기 위하여 보관하였던 서류로 보이나, 청구인이 제시하고 있는 세금계산서나 간이세금계산서 영수증 등의 증빙서류는 모두 작성일로부터 5년～6년이상 경과되어 그 거래의 사실여부를 거래상대방이나 부가가치세나 소득세 관할 세무서를 상대로 조사하기에는 너무 오래되고 관련 서류가 폐기(보존기간 5년)되는 등 직접 조사가 불가능하므로 이 건 증빙서류중 쟁점공장의 설비비 등으로 볼 수 있는 지출중 거래상대방의 계산서 발행의무에 따라 적법하게 수취한 계산서인지 여부 등의 기준에 의하여 그 신빙성 여부를 판단할 수밖에 없다 하겠으므로 이를 살펴본다. (가) 화장실 신축공사비라고 제시한 749,200원에 대하여 노임 310,000원의 경우 화장실 신축공사시 인건비는 반드시 들어가는 것이고 그 증빙서류로 노임영수증의 「사용 근로자별 작업일수표」등은 제출하고 있는데 위 증빙서류의 내용, 지질상태 등을 보아 그 작성이 진실한 것으로 보이므로 이를 필요경비로 인정할 수 있다 하겠고, 철물, 모래, 세멘트, 타일, 발부등 자재대 439,200원은 그중 88.3.14, 88.3.17 타일구입시 교부받은 각 간이세금계산서 216,000원, 18,000원은 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(OO타일상사 OOOOOOOOOOOO)로부터 간이세금계산서를 수취하였으므로 동 금액은 필요경비로 공제할 수 없고 나머지 205,200원(88.2.18 11,100원, 88.3.13 138,500원, 88.3.16 8,700원, 88.3.19 9,400원, 88.3.20 37,500원)의 경우 간이세금계산서를 제시하고 있으나, 위 공급자는 세금계산서 교부의무가 없는 사업자이고 그 지질상태 등으로 보아 진실한 것으로 보이므로 위 금액은 공제될 수 있다 하겠다. (나) 전기시설공사비라고 제시하고 있는 19,097,100원은 사업자등록번호가 등재되어 있지 아니한 간이세금계산서 2매 778,000원(전기재료구입비 88.9.20 200,000원, 88.9.30 578,000원)외 18,319,100원(88.9.9 719,100원, 88.8.30 3,000,000원, 88.9.30 5,000,000원, 88.10.12 1,000,000원, 88.11.3 8,600,000원)은 세금계산서, 공사도급계약서 및 영수증등의 내용으로 보아 그 신빙성이 인정된다. (다) 물탱크축조공사비 5,467,000원중 88.10.26 발행 간이세금계산서 750,000원은 그 지급 명목이 굴착공사비로 물탱크축조공사계약에 의한 공사를 하고 88.10.26 까지 동 공사대금까지 지급완료한 이후에 굴착공사를 하였다는 것이므로 동 증빙서류의 신빙성은 인정할 수 없고, 나머지 증빙서상 합계금액 4,717,000원(88.9.19 1,000,000원, 88.10.4 1,000,000원, 88.10.22 1,200,000원, 88.10.26 1,517,000원)은 염색공장에서는 물탱크가 반드시 필요한 것이고 그 거래사실도 청구인이 제시하고 있는 공사계약서, 간이세금계산서, 영수증의 내용으로 보아 믿을 수 있다하겠다. (라) 폐수처리시설비 4,131,855원은 세금계산서를 발행할 수 있는 사업자(OOOOOOOOOOOO)로부터 간이세금계산서를 수취한 금액 88.10.30 337,000원은 필요경비로 인정할 수 없고, 폐수처리시설에 소요된 인건비라고 제시하고 있는 노임영수증 2,201,000원은 동 영수증에 의하면 공사기간이 88.9.30～88.10.31이고, 근로자 9명의 노임이 인별로 최저 70,000원 최고 941,000원인 것으로 나타나는 것으로 보아 각인의 근로제공일수가 다를 것으로 보이나 이를 1매의 영수증에 각인별 근로제공일수를 기재하지도 아니하였음은 인건비에 대한 증빙서류로 인정하기는 어렵다고 판단되고, 나머지 1,593,855원(88.10.22 1,093,855원, 88.10.28 500,000원)은 폐수처리시설을 하는데 필요한 레미컨, 철근대이고 세금계산서를 증빙으로 제시하고 있으므로 필요경비로 인정하여야 한다고 판단된다. (마) 증기파이프보수 및 보온시설을 위한 인건비 및 자재비 3,717,500원에 대하여 먼저 증기파이프보수비 1,050,000원의 경우 증기파이프수리에 소요된 인건비로서 그 성격상 자본적지출로 보기 어렵다 판단되고, 보온시설비 2,667,500원의 경우는 공급자의 업종이 보온재료와 관계없는 화공약품도매업이고 입금표상 물품대로만 표기하고 있어 증빙서류의 신빙성을 인정하기 어렵다. (바) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【 별지 1 】 취득과 관련한 제세명세 (금액단위: 원)

구 분

납 부 일

금 액

증빙명칭

비 고

취 득 세

87. 8.22

1,521,300

영수증

등 록 세

87.10.30

2,350,290

〃

방 위 세

88. 3.18

1,796,250

〃

등기수수료

〃

731,000

〃

계

6,398,840

【 별지 2 】 쟁점공장 부속시설비 ① 화장실 신축공사 (금액단위: 원)

구 분

내 용

거 래 일

거래 금액

증 빙 명 칭

노 임

OOO외 2명에 대한 노임

88.3.2

310,000

ㆍ노임영수서

ㆍ일용근로자별

「작업일수표」

자재대

철물

모래,세멘트,벽돌브럭

타일

〃

철물

발부 등

후지목 등

88.2.18

88.3.13

3.14

3.17

3.16

3.19

3.20

11,100

138,500

216,000

18,000

8,700

9,400

37,500

간이세금계산서

계

749,200

② 전기시설 (금액단위: 원)

구 분

내 용

거 래 일

거래 금액

증 빙 명 칭

공동부담금

(동력)수용가

부담금

88. 9. 9

719,100

·세금계산서

·대구염색공단 의 영수증

전기공사

공사대금지급

88. 8.30

10.12

11. 3

3,000,000

1,000,000

8,600,000

사제영수증

세금계산서

사제영수증

전기공사

전기재료(배전함)

〃 (스위치등)

〃 (TR 외)

공사계약관계

88.9.20

9.30

9.30

200,000

578,000

5,000,000

간이세금계산서

〃

세금계산서

계

19,097,100

③ 물탱크 축조공사 (금액단위: 원)

구 분

내 용

거 래 일

거래 금액

증 빙 명 칭

공사대금지급

88. 9.19

10. 4

10.22

10.26

1,000,000

1,000,000

1,200,000

1,517,000

사제 영수증

굴착공사

88.10.26

750,000

간이세금계산서

계

5,467,000

④ 폐수처리시설 (금액단위: 원)

구 분

내 용

거 래 일

거래 금액

증 빙 명 칭

폐수처리

시설공사

레미콘

철근

못, 세멘트

노임

88.10.22

10.28

10.30

9.30～10.31

1,093,855

500,000

337,000

2,201000

세금계산서

〃

간이세금계산서

노임영수증

계

4,131,855

⑤ 증기파이프 보수, 증기파이프 보온시설 (금액단위: 원)

구 분

내 용

거 래 일

거래 금액

증 빙 명 칭

보 수

보 온

인건비

자재대

88.11.1

88. 1.16

1,050,000

2,667,500

간이세금계산서

입금표

계

3,717,500