이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.9.9. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지상 토지 487.7㎡, 건축물 1,529.18㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 특수대학원으로 사용하고자 취득하고 취득세 등을 비과세 받았으나, 그 특수대학원의 인가가 관계법령에 의해 어렵게 되자 교육인적자원부의 기본재산처분허가를 득하여 2003.7.22. 이 사건 부동산을 매각하므로, 비과세 당시 취득가액(1,900,000,000)을 과세표준으로

지방세법 제112조

제1항 및 같은 법 제131조제1항에 의하여 취득세 38,000,000원, 농어촌특별세 3,800,000원, 등록세 57,000,000원, 지방교육세 11,400,000원, 합계 110,200,000원을 2003.8.21. 신고납부하자 이를 수납 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2000.3월부터 미인가로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에서 특수대학원 체제인 ㅇㅇ대학원을 운영하고 있던 중, 2001.11월 교육인적자원부에서 교육시설 확보를 전제로 지방대학의 수도권진출을 허용하는 미인가지역에서 대학원학위과정 운영에 관한 조치계획을 통보하므로, 이 사건 부동산을 특수대학원 위치변경 인가 승인받고자 2002.9.9. 취득하고 관련절차를 진행하던 중, 2002.7.24. 개정된

수도권정비계획법 시행령 제3조

제1항에 해당되어 수도권에서는 지방대학의 대학원 설치를 할 수 없어서 부득이 매각하게 되었으므로 정당한 사유가 있음을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 취득한 부동산을, 설치행위가 제한된 관련 법령을 알지 못하여, 그 사업에 사용할 수 없어 부득이 매각하였을 경우 정당한 사유가 되는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,

지방세법 제107조

에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(중간생략)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다라고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고,

지방세법시행령 제79조

제1항에서 법 제107조 제1호에서 대통령령이 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고, 그 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육 단체라고 규정하고,

지방세법 제127조

제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(중간생략)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다라고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1973.6.20. 교육부장관(현재 교육인적자원부장관)으로부터 학교법인으로 인가받고, 1996.12.11. ㅇㅇ국제산업대학교(1998.5.1. ㅇㅇ대학교로 교명 변경)를 설립운영하고 있으며, 2000.3월 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 미인가 ㅇㅇ대학원을 설치하여 운영하던 중, 2001.11.28. 교육인적자원부장관으로부터 미인가지역에서 대학원 학위과정 운영에 관한 조치계획을, 2002.7.30. 2003학년도 대학원 학생정원 조정 기본계획을 각각 통보 받자, 이 사건 부동산을 2002.9.9. 취득하고 지방세법에 의하여 취득세 등을 비과세 받아 2002.9월부터 11월까지 임차인으로부터 건물 명도를 거의 완료하는 등의 ㅇㅇ대학원 일부 위치변경 인가 신청 중에 있었으나, 관계법령에 의하여 수도권내 대학원 설치가 불가하므로 2003.7.22. 이 사건 부동산을 매각한 사실이 제출된 관계 증빙자료에 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 설치행위가 제한된 관련 법령을 알지 못하여 취득한 부동산을 그 사업에 사용할 수 없어 부득이 매각하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나, 이에 대하여 보면,

지방세법 제107조

및 제127조 단서규정에서 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(또는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 이는 취득일로부터 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못하는 경우는 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴서 추징여부를 판단하여야 하나, 단서 후단은 비영리사업자가 취득한 토지를 사용하지 아니하고 매각하는 것을 방지하고 고유 목적 사업에 일정기간 이상 사용하는 것을 강제하기 위하여 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 정당한 사유 여부에 불문하고 추징하는 것으로 볼 수 있고, 또한 청구인이, 비록 관련행정기관으로부터 교육시설 확보를 전제로 지방대학의 수도권진출을 허용하는 공문을 받고 전문대학원 등을 설치하고자 이 사건 부동산을 취득하여 즉시 전문대학원 등 설치승인신청 등 제반절차를 수행하였으나, 관련법령에 따라 수도권에서는 지방대학의 대학원 설치를 할 수 없어서 부득이 매각한 사실이 있다 하더라도, 청구인은 이 사건 부동산을 취득하기 전에 사립학교의 경우는 학교재산의 관리 및 보호를 위해 관련법령에서 엄격하게 의무를 강제하므로 취득이나 처분 등에 있어 특별한 주의를 가져야 하는 것은 물론, 전문대학원 등 설립인가요건에 있어서 교지확보 문제가 중요하므로 관련법령에 따라 수도권내 대학원의 설치나 건축물의 용도변경 가능성 등 제반사항을 충분히 고려하여 취득하여야 함에도, 인구집중유발시설인 대학교가 과밀억제권역 안에서 설치를 금지하는 수도권정비계획법시행령(대통령령 제17683호)이 2002.1.17. 입법예고 되어 2002.7.24. 개정된 법률을 2002.9.9. 이 사건 부동산의 취득하기 전에 알지 못한 것은 청구인의 내부적인 사정에 불과할 뿐, 취득 후 본래의 용도에 사용하지 않고 2003.7.22. 매각함에 따라 취득세 등을 신고납부 한 것은 적법하다고 할 수 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 5. 31.

행 정 자 치 부 장 관