이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.7.1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 636.4㎡와 그 지상 건축물 2,346.8㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 데 대하여 기업부설연구소용 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 이 사건 부동산중 일부를 기업부설연구소로 사용하지 아니하고 임대하였으므로 임대한 부분은 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 그 취득가액(2,668,236,459원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 64,037,660원, 농어촌특별세 5,870,110원, 등록세 96,056,500원, 교육세 17,610,350원, 합계 183,574,620원(가산세 포함)을 2001.3.10. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 지방세법 제282조 에서 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하며, 같은 법시행령 제228조에서는 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소를 갖추고 과학기술부장관의 인정을 받도록 규정하고 있으므로, 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산에 대하여 일단 취득세 등을 면제하고 4년 이내에 기업부설연구소를 설치하지 아니하면 취득세 등을 추징하면 되는 것으로서, 청구인의 경우 기업부설연구소를 설치할 목적으로 토지거래허가를 받아 이 사건 부동산을 취득한 후 일부를 우선 기업부설연구소를 설치하였고, 기존의 임차인이 사용하고 있던 부분에 대하여는 그 임대차 기간이 만료된 후에 건물을 명도받아 추가로 기업부설연구소를 설치하여 이 사건 부동산을 취득 후 4년 이내에 모두 기업부설연구소로 사용하고 있는데도, 처분청은 기존의 임차인이 있던 부동산을 취득하여 기존의 임차인에게 계속 임대한 부분은 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산이 아니라 임대용 부동산에 해당된다고 보아 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 기존의 임차인이 있는 부동산을 취득하여 임대한 경우 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산에 해당되는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 연구소 설치후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제228조에서 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 1997.6.30. 통신기술연구소용 사무실로 사용할 목적으로 토지거래허가를 받고, 같은 해 7.1. 이 사건 부동산을 취득한 후 같은 해 7.7. 취득세와 등록세 감면통지를 받고, 같은 해 7.25. 이 사건 부동산의 지상 건축물중 5층과 6층을 기업부설연구소로 인정을 받았고, 나머지 지하1층과 지상 1층 내지 4층은 기존의 임차인들에게 계속 임대하다가 임대차 계약기간이 만료됨에 따라 1998.3.9.까지 순차적으로 임대한 부동산을 명도받고, 내부공사를 거쳐 1999.8.3. 이 사건 부동산 전체를 기업부설연구소로 인정을 받아 현재 사용하고 있는 상태임을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 처분청은 이 사건 부동산중 기존의 임차인들에게 임대한 부동산은 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산이 아니므로 그 후 기업부설연구소로 사용하였다 하더라도 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 살펴보면, 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하는 지 여부는 구체적인 사실관계에 비추어 판단하여야 할 것으로서, 청구인의 경우 기업부설연구소용으로 사용할 목적으로 토지거래허가를 받았고, 이 사건 부동산중 일부에 기업부설연구소를 설치하였다가 기존의 임차인들이 사용하고 있던 부동산에 대하여는 임대차기간이 만료됨에 따라 이를 즉시 명도받아 연구소를 설치하기 위한 내부공사를 한 후 이 사건 부동산의 취득일로부터 4년 이내에 이 사건 부동산 전체를 기업부설연구소로 사용하고 있는 사실을 종합해 보면, 이 사건 부동산은 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이고, 비록 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 일시적으로 기존의 임차인들에게 이 사건 부동산중 일부를 기존의 임대차계약기간까지 임대하였다 하더라도 그러한 사실만으로 당초부터 이 사건 부동산을 기업부설연구소용이 아니라 임대를 목적으로 취득한 부동산이라고 보기는 어렵다 할 것인데도, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산중 일부를 기존의 임차인들에게 임대하였다는 사실을 근거로 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산에 해당되지 않는다고 보아 임대한 부동산에 대해 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 7. 30. 행 정 자 치 부 장 관