이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1991.11.1.ㅇㅇ동국가공업단지 개발사업(제2단계) 지구내인 ㅇㅇ시(구, ㅇㅇ시) ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 5,708.9㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였으므로 구지방세법(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의3제2항제1호 및 제128조의2제2항제1호의 규정에 의거 취득세, 등록세 등을 과세면제하였으나, 이건 토지를 구산업입지및개발에관한법률(1993. 8.5. 법률 제4574호로 개정되기 전의 것) 제23조에서 규정하는 공유수면매립법에 의거 매립된 토지로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 4년으로 적용하였음에도 4년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 취득가액(667,756,960원)에 구지방세법(1994.12.22, 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 지방세법 제131조 제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 120,196,240원, 등록세 24,039,240원, 교육세 4,407,190원, 합계 148,642,670원(가산세 포함)을 1996.10.11. 부과고지하였는 바, 청구법인이 이에 불복하여 1996.12.4. 이의신청서를 제출하자 이의신청 결정기관인 인천광역시장은 이건 토지는 공장용 토지로서 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세 등을 추징한 처분은 적법하나 등록세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못되었다고 보아 당초 부과세액중 등록세 등의 가산세를 취소한 취득세 120,196,240원(가산세 포함), 등록세 20,032,700원, 교육세 4,006,540원, 합계 144,235,480원으로 1997.2.19. 경정 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 전기부품제조업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 청구법인의 제2공장을 건축할 목적으로 1991.11.1.ㅇㅇ동국가공업단지 개발사업지구내인 이건 토지를 취득한 다음, 1993.3.11. 처분청으로부터 건축허가를 득하고, 같은해 9.15. 청구외 ㅇㅇ건설(주)과 공사도급계약을 체결하고 공사에 착수하여 프레스 피트공사 및 파일공사를 시공하였으나 피트벽에 균열이 생기고 건물기초하단부 및 프레스피트 하단부 공사가 설계도면과 다르게 시공되고 파일이 수직을 이루고 있지 않는 등 하자가 발생되어 이의 시정을 요구하였으나 청구외 ㅇㅇ건설(주)은 설계상의 하자라고 주장하면서 시정조치를 하지 아니하여 청구법인이 1994.6.13. 서울민사지방법원에 소송을 제기한 결과 1995.2.23. 서울민사지방법원으로부터 청구법인이 이미 지급한 공사대금 전액과 기성부분의 철거비용을 지급하라는 승소판결을 받았으며, 청구외 ㅇㅇ건설(주)은 이에 불복하여 서울고등법원에 항소하였으나 같은해 9.15. 청구법인이 승소판결을 받았으며, 청구외 ㅇㅇ건설(주)은 계속하여 공사장을 점거하고 현장진입을 못하게 하는 한편 대법원에 상고하였으나 1996.2.9. 대법원에서도 승소판결이 확정되었으므로 청구법인은 이에 따라 1996.5.2. 청구외 (주)ㅇㅇ건축사무소와 설계용역 계약을 체결하고 1997.1.29. 청구외 ㅇㅇ건설(주)과 공사도급계약을 체결한 다음 같은해 2.28. 처분청으로부터 설계변경허가를 득하여 현재 신축공사중에 있는 바, 이건 토지는 공유수면매립법에 의하여 조성된 매립지로서 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 4년으로 적용하여야 하며 청구법인의 경우, 이건 토지 취득일(1991.11.1.)로부터 2년 이내인 1993.9.15. 건축공사에 착공하였으나 하자가 발생하였고 이로 인하여 1996.2.9. 대법원의 확정판결이 있을 때까지 공사를 계속할 수 없는 정당한 사유가 있었으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 볼 수 없을 뿐만 아니라 처분청에서는 이건 토지 취득일(1991. 11.1.)로부터 2년이 경과한 1993. 11.10. 착공신고를 하였다 하여 이건 토지를 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니한 토지로 보아 면제된 취득세, 등록세 등을 추징하였으나, 청구법인의 경우 착공신고서는 1993.11.10. 제출하였다 하더라도 청구법인이 청구외 ㅇㅇ건설(주)에게 공사대금의 일부(89,000,000원)를 지급하여 청구외 ㅇㅇ건설(주)이 1993.11.30. 발생한 세금계산서에서 실제로는 이건 토지상에 공사가 9～10월경에 착수되었다는 사실을 미루어 알 수 있으므로 취득한 후 2년이내 공장용에 직접 사용한 토지로 보아 취득세, 등록세 등을 과세면제하여야 함에도 이를 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공유수면매립법에 의해 매립된 토지로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 4년으로 적용할 수 있는지 여부와 4년이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부 및 취득세, 등록세 등의 과세면제 대상인지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 면저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제112조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1,000분의 20)의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하면서 지방세법시행령 제84조의4 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음 그 제9호(1991.12.31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것)에서 “공유수면을 매립하여 원시취득하는 토지로서 취득한 날로부터 4년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하고 있다. 또한, 구같은법 제110조의3 제2항에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다...”라고 규정한 다음 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지...다만, 최초의 공장용 토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하는 한편, 구같은법 제128조의2 제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다...”라고 규정한 다음 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용 토지... 다만, 최초로 취득한 공장용 토지의 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1991.11.1. 이건 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 4년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 면제하였던 등록세 등을 추징하였으며, 이의신청 결정기관인 인천광역시장은 이건 토지는 공장용 토지로서 2년 이내 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 취득세를 중과세하고 이미 면제하였던 등록세 등을 추징한 처분은 적법하나 등록세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못되었다고 보아 등록세 등의 가산세를 취소한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지는 공유수면매립법에 의하여 조성된 매립지로서 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 4년으로 적용하여야 하며 공사하자로 인한 법원소송으로 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 법인의 비업무용토지에 해당되지 않을 뿐만 아니라 실제로는 이건 토지 취득일(1991.11.1.)로부터 2년이내인 1993.9.15. 착공을 하였으나 위와 같은 사유로 인하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 취득세·등록세 등을 과세면제하여야 한다고 주장하고 있다. 먼저, 이건 토지를 공유수면매립법에 의거 매립된 토지로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 4년으로 적용할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법시행령 제84조의4 제1항 및 구지방세법시행령(1991.12.31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제4항제9호에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하되 공유수면을 매립하여 원시취득하는 토지로서 취득한 날로부터 4년이 경과되지 아니한 토지는 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우, 이건 토지는 1985.2.14. 건설부 고시 제54호에 의거ㅇㅇ동공업단지 조성사업 실시계획 승인을 받은 토지이나 공유수면이 아닌 염전지역내 토지이므로 구산업입지및개발에관한법률 제23조 에서 규정하는 공유수면매립법에 의한 매립지로는 볼 수 없다 할 것이고 이를 준용한다 하더라도 청구법인은 이건 토지를 1991.11.1. ㅇㅇ개발공사로부터 승계 취득한 것으로서 원시취득한 토지가 아니므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간은 4년을 적용할 수 없으나, 처분청에서 법인의 비업무용토지로 과세예고를 하자ㅇㅇ동공단 2단지 입주업체들(65개 업체)이 경기침체 등을 사유로 4년간 비업무용토지에서 유예하여 줄 것을 건의한데 대하여 처분청은 중소기업체의 어려운 여건 등을 감안, 1994.12.12. 청구법인을 비롯한 입주업체들에게 공업단지개발사업 준공인가일(1992.6.30.)로부터 4년간 과세를 유보하되, 과세유보 종료기간인 1996.6.30.까지 공장용에 직접 사용하지 않을 경우에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하겠다고 통보(ㅇㅇ구ㅇㅇ동공단 출장소 공출 13400-4514)한 사실이 확인되고 있는 이상, 이는 과세관청의 공신력 있는 견해표명으로서 신의성실의 원칙에 의거 이건 토지가 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간은 4년을 적용하여야 타당하다 할 것이다. 다음으로, 이건 토지를 4년 이내에 공장용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법시행령 제84조의4 제1항제1호 및 같은조제4항제9호에서의 ‘정당한 사유’라 함은 “법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것”(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750)인 바, 청구법인의 경우, 1991. 11.1. 이건 토지를 취득하여 1992.6.30. 공업단지개발사업 준공인가를 득한 다음, 1993.3.11. 처분청으로부터 건축허가를 받고, 같은해 9.15. 청구외 ㅇㅇ건설(주)과 공사도급계약을 체결하고 공업단지개발사업 준공일(1992.6.30.)로부터 4년 이내인 1993.11.10. 처분청에 착공신고를 하고 프레스피트공사 및 파일공사를 시공하였으나 피트벽에 균열이 생기고 기초공사가 설계도면과 다르게 시공되고 파일이 수직을 이루지 않는 등 하자가 발생되었고 계약당사자간 다툼이 있어 1994.6.13. 법원에 소송을 제기하였다 하더라도 법원에서 이건 토지에 대하여 사용금지 가처분 등 조치가 없는 이상, 청구법인이 공사 시공회사를 변경하여 공사를 계속하던지, 계약당사자간에 원만한 해결을 통하여 공사를 계속할 수 있었다고 보여지므로 소송계류중이어서 이건 토지를 유예기간(4년) 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려울 뿐만 아니라 청구법인은 1996.2.9. 대법원 확정판결을 받은 후에도 설계변경 및 공사시공자 변경을 이유로 1년이 경과한 1997.2.28.에야 처분청으로부터 설계변경허가를 득하여 기성공사 부분을 철거하고 신축공사를 진행하고 있는 등 이건 토지를 유예기간내에 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했다고 볼 수 없으므로 처분청 및 이의신청 결정기관에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 적법하다고 판단된다 . 마지막으로, 이건 토지가 공장용 토지로서 취득세 및 등록세 과세면제 대상인지의 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법 제110조의3 제2항 및 제128조의2제2항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 국가공업단지안에서 공장을 신축하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지는 취득세와 등록세를 면제하되 취득일(등기일)로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 이건 토지 취득일(1991.11.1.)로부터 2년 이내인 1993.9.15. 착공을 하였다고 주장하지만, 청구법인이 제출한 세금계산서는 착공일을 증빙하는 직접적인 자료라 할 수 없을 뿐만 아니라, 설령 1993.9.15. 착공을 하였다고 하더라도 “사용이라 함은 법률에 위배되지 않는 사용을 의미”한다(같은 취지의 대법원 판결 1982. 9.14, 82누110)할 것인데, 청구법인의 경우 건축법 제16조 제1항의 규정에 의한 착공신고를 하지 아니하였고 이건 토지 취득일(1991.11.1.)로부터 2년이 경과한 1993. 11.10. 처분청에 착공신고를 한 사실이 확인되고 있고 그외 2년 이내에 착공하지 못한 정당한 사유가 있었다고는 볼 수 없으므로 이미 면제하였던 취득세는 추징대상이라 하겠고, 등록세의 경우 등기일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하면 면제대상이라 할 것이고, 2년 이내에 사용하지 못하였다면 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있었는지 여부를 판단하여야 할 것인데 청구법인의 경우 이건 토지 등기일(1992.10.29.)로부터 2년 이내인 1993.11.10. 착공신고를 하고 착공하였으나 앞에서 살펴본 바와 같이 공사하자로 인하여 법원소송에 계류중이었다 하더라도 법원의 사용금지 가처분 등 조치가 없는 이상, 유예기간(2년)이내에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 없었다고 보아야 할 것으로서 이미 면제하였던 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조 제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1997. 6. 25. 내 무 부 장 관