이유
1. 사실
청구인은 서울시 서초구 OO동 OOOOOO OO OOOO에 거주하는 사람으로서 경기도 시흥군 군자면 OO리 OOOOO소재 공장용지 5,510.3평방미터와 건물 2,461.7평방미터(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 84.5.2자로 OO특수재료(주)에 양도(현물 출자)한 사실이 있는 바, 처분청이 쟁점 부동산 양도에 대하여 청구인에게 90.4.2자로 양도소득세 16,676,700원 및 동방위세 2,190,390원을 부과하였고 청구인은 이에 불복하여 90.5.31자 심사청구를 거쳐 90.8.17자로 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
청구인은 쟁점 부동산을 토지는 79.12.17 취득하고, 건물은 81.5.22 취득하여 청구인이 경영하는 OO고무공업사의 공장으로 사용하다가 84.5.2자로 OO특수재료(주)라는 법인을 설립하여 동 법인에 현물출자하고 85.5.31 양도소득세 확정신고시 현물출자에 의한 양도소득세 면제규정(
조세감면규제법 제45조
)에 해당하여 세액면제신청서 및 감면요건을 확인할 수 있는 근거서류를 제출한 바 있는데 처분청이 5년이상 경과한 90년도에 이르러 당초 85.5.31자 양도소득세 확정신고시 세액면제신청서가 제출되지 아니하였다는 이유를 들어 양도소득세 면제를 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 것은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견
조세감면규제법 제45조
제1항에 의하면 “제조업·광업·건설업·운수업 또는 수산업을 영위하는 거주자가 사업장별로 대통령령이 정하는 사업용의 자산을 현물출자하여 법인을 설립하는 경우에 당해 자산을 현물출자함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다”라고 규정하고 있고,
동법 시행령 제39조
(현물출자자산의 범위등) 제3항에는 “법 제45조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 현물출자를 한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고(자산양도차익 예정신고를 포함한다)와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다”라고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우에는 위법상 양도소득세 면제 요건인 세액 면제 신청서를 처분청에 제출한 바 없는 것으로 확인되고 있어 처분청이 양도소득세 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 데에는 잘못이 없다는 의견이다.
4. 쟁점
이 건 청구는 쟁점 부동산의 양도가
조세감면규제법 제45조
에서 규정하는 현물출자에 의한 양도소득세 면제 요건을 구비하였는지 여부에 그 다툼이 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단
쟁점 부동산의 취득 및 양도경위를 보면, 청구인은 79.12.17자로 산업기지개발공사로부터 OO공단내에 위치한 쟁점 공장용지를 분양받아 81.5.22자로 당해 토지상에 쟁점 공장 건물을 신축하여 OO고무공업사라는 상호로 사업을 영위하다가 84.5.2자로 청구인이 OO특수재료(주)라는 법인을 설립하여 대표이사로 취임하고 쟁점 부동산을 법인에 현물출자하였고 청구인이 85.5.31자로 쟁점 부동산 양도(현물출자)에 따른 양도소득세 확정신고를 하면서 쟁점 부동산 양도에 대한 양도소득세를 면제받을 세액으로 신고한 사실이 밝혀지고 있는 바(안양세무서의 84년 귀속 양도소득세 확정신고서 접수대장, 양도소득세 확정신고서), 처분청은 청구인의 양도소득세 확정신고시 이 건 양도소득세의 세액면제신청서가 제출되지 아니하였다는 이유로
조세감면규제법 제45조
에서 규정하는 현물출자로 인한 법인전환시의 양도소득세 면제를 배제하고 이 건 양도소득세등을 부과한 것으로 밝혀지고 있어, 먼저 처분청이 본 바와 같이 세액면제신청서의 제출여부가 이 건 양도소득세 면제 요건에 해당되는 것인지 여부를 본다.
살피건대, 현행 소득세법상 양도소득세가 정부가 제증빙서류를 확인하여 과세표준과 세액을 확정 결정하는 것이므로 이 건 양도소득세 면제 여부는 처분청이 제증빙서류에 의하여
조세감면규제법 제45조
제1항 및 제2항,
동법시행령 제39조
제1항, 제2항, 제4항에서 규정하고 있는 양도소득세 면제요건을 충족하고 있음이 확인이 되면 당연히 면제 결정을 하여야 하는 것이고 위 면제요건이 충족되지 못하고 있음이 확인되면 면제 결정을 할 수 없는 것이며,
동법 제45조
제3항 및
동법시행령 제39조
제3항의 규정에서 세액면제신청서를 제출토록 한 것은 그 세액면제를 받고자 하는 자에게 협력의무를 부과한 것에 불과할 뿐 동 신청행위 자체가 양도소득세 면제를 위한 충족요건규정으로 해석할 수는 없다 할 것이므로 비록 세액면제신청이 없었다 하더라도 위 법령규정상의 면제요건이 충족되고 있음이 확인이 되면 당연히 면제되는 것으로 그 세액면제신청서를 제출함으로써 면제되는 것은 아니라 할 것인바(대법원 85누 695, 86.3.11, 재무부 예규 재산 22607-594, 88.7.16, 국심 88서 876, 88.10.31자도 같은 뜻임), 특히 이 건의 경우에는 청구인이 확정신고당시 제출하였다고 주장하는 세액면제신청서 사본을 제시하고 있고 양도소득세 확정신고서상에도 세액면제신청서상 면제받고자 하는 세액으로 기재한 3,372,560원이 면제세액으로 기재되어 있으며, 청구인이 쟁점 부동산의 현물출자와 관련하여 자산을 감정하고 제반 현물출자 절차를 이행한 사실이 확인(법인의 정관, 공장 감정표등)되고 있어 청구인이 확정신고시 세액면제신청서를 제출하였으나 처분청의 보관 과정에서 동 신청서가 분실되었을 가능성도 배제하기 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 세액면제신청서 제출이 없었다는 이유만으로 양도소득세 면제를 배제한 것은 부당하다 할 것이다.
다음으로 쟁점 부동산의 양도가
조세감면규제법 제45조
및
동법시행령 제39조
에서 규정하는 양도소득세 면제 요건을 충족하는지 여부를 보면,
첫째, 청구인이 81.5.22부터 쟁점 부동산을 제조업(OO고무공업사)에 사용하여 오다가 84.5.2자로 법인에 현물출자한 것으로 밝혀지고 있어(재무제표, 사업자등록증등) 제조업등에 1년이상 사용한 자산을 현물출자한 경우에 해당되고(
조세감면규제법 제45조
제1항,
동법시행령 제39조
제1항),
둘째, 법인전환전 사업장(OO고무공업사)이 1년간 평균 순자산가액이 326,409,526원으로 나타나고 있고(처분청이 확인한 재무제표증명원등) 신설법인의 자본금이 설립시 4억원으로 나타나고 있어(법인등기부등본) 신설법인의 자본금 요건도 충족하고 있다(
조세감면규제법 제45조
제2항,
동법시행령 제39조
제2항),
따라서 조세지원제도의 근본취지와 관계법령의 합목적성등에 비추어 볼 때 이 건의 경우 세액면제신청서 제출사실이 없는 것으로 보아 양도소득세의 면제를 배제한 처분청의 당초 처분은 관계 법령 해석에 적정을 기하지 못한 부당한 처분으로 판단된다.
6. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로
및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.