이유
1. 처분개요 청구인은 경기도 의왕시 OO동 OOOOO 전 21㎡외 9필지 10,850㎡(이하 “쟁점 1토지”라 한다) 및 위 같은 동 OOOOO 전 164㎡외 3필지 485㎡(이하 “쟁점 2토지”라 한다)를 의왕시에 양도하고 쟁점 1토지의 등기는 91.3.29 및 91.12.2 이전하고 대금 622,625,000원은 91.12.25 지급받았다. 처분청은 청구인의 쟁점 1, 2토지의 양도가 91년도에 이루어진 것으로 보고 쟁점 1·2토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세표준 및 세액을 결정하고 조세감면규제법에 의하여 양도소득세 산출세액에서 300,000,000원을 감면하고 기납부세액 357,885,075원을 공제한 뒤 92.9.16 청구인에게 양도소득세 17,730,130원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.11.16 심사청구를 거쳐 93.2.9 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 쟁점 1토지를 77.1.1 취득(간주취득)하여 90.12.31 매매원인으로 91.3.29과 91.12.2 의왕시에 소유권 이전등기를 하고 쟁점 2토지를 77.1.1 취득하여 91.12.5 매매원인으로 91.12.31 의왕시에 소유권이전한 사실이 있는데 처분청은 쟁점 1·2토지를 91년도에 양도된 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 쟁점 1토지는 90.12.31 소유권이전등기 조건으로 국가에 양도한 후 제반서류를 국가에 제출하였으므로 90년도 당시의 조세감면규제법에 따라 90년도 양도분인 쟁점 1토지의 양도소득세는 전액면제 하여야 하며, 쟁점 2토지는 91년도에 양도된 것으로서 감면한도액 300,000,000원에 미달하므로 당초처분은 취소되어야 한다. 나. 국세청장 의견 쟁점 1토지는 90.12.31 매매원인으로 91.3.29 의왕시가 협의 취득하였던 사실과 쟁점 2토지는 91.12.5 매매원인으로 91.12.13 건설부가 공공용지로 협의취득하였던 사실이 각각 해당등기부 등본에 의하여 확인이 되고 있으며, 의왕시의 공문(도시 30260-1064, 92.5.30)에 의하면 쟁점 1토지는 90.12.31 소유권이전에 따른 구비서류를 완비하여 계약을 체결하였으나 의왕시가 행정절차 등으로 소유권이전등기를 하지 못할 것으로 확인되나 쟁점 1토지의 보상금은 91.1.26과 91.4.3일 2회에 걸쳐서 2,271,146,500원을 수령하였던 사실이 확인되고 있고, 쟁점 2토지의 보상금은 91.12.5 672,625,000원을 수령하였던 사실이 의왕시장이 발급한 보상금지급 증명원에 의하여 확인되고 있는 바, 양도 및 취득시기는 대금을 청산한 날로 하는 것이고 대금청산 전에 소유권이전등기가 이루어진 경우에는 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보는 것이므로 이건의 경우 청구인은 91.4.3 토지수용보상금의 잔금을 수령하였으나 91.3.29 소유권이전등기가 경료되었으므로 처분청이 91.3.29일을 양도시기로 보아 과세한 처분에 달리 잘못이 있다고 할 수 없고, 90.12.31 계약이 체결되어 소유권이전등기에 필요한 일체의 서류를 의왕시에 제출하였으므로 90.12.31 일을 양도시기로 보아야 한다는 청구주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구의 다툼은 청구인의 쟁점 1토지의 양도시기를 91.3.29로 본 당초처분의 당부에 있다고 하겠다. 나. 관련법령인 소득세법 제27조 , 동법시행령 제53조 제1항 본문 및 제2호에 의하면 당해재산의 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있는 바, 처분청의 조사서에 의하면 청구인은 90.12.31 의왕시와 쟁점 1토지의 수용계약을 체결하고 그 대금은 91.1.26 및 91.4.3 수령한 사실 및 쟁점 1토지의 위 수용에 따른 소유권이전등기는 91.3.29 이루어진 사실이 각각 확인되고 있으므로 쟁점 1토지의 양도시기는 잔금청산일전에 등기가 된 경우로서 등기접수일인 91.3.29로 하여야 할 것이다. 따라서, 쟁점 1·2토지 양도당시 시행된 조세감면규제법 제88조의 2 의 규정에 따라 3억원을 초과하는 양도소득금액에 대하여 양도소득세 감면을 배제하고 이건 양도소득세를 과세한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.