이유
1. 처분 개요 청구인은 경기도 성남시 OO구 OO동 OOOOO 대지 182㎡, 같은곳 OO동 OOOOO 하천 16㎡(이상 2필지의 토지 198㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 ’75.10.23 취득하여 ’90.8.28 청구외 한국토지개발공사에 공공용지로 협의양도(수용)하였다. 처분청은 군사시설물 보호구역내에 있는 쟁점토지의 경우 양도당시 지목이 대지, 하천으로서 이를 농지로 볼 수 없다하여 양도소득세 비과세를 배제하고 기준시가로 양도차익을 계산함에 있어 쟁점토지 양도일 이전인 ’89.10.26 위 한국토지개발공사와 쟁점토지 관할 군부대장 사이에 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 것으로 보아 특정지역의 일반배율(11.89배)을 적용하여 양도가액을 31,311,126원, 취득가액을 45,543원으로 각각 산정한 다음 양도소득세는 면제하고 ’95.7.25 청구인에게 ’90년 과세기간 양도소득세분 방위세 4,171,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’95.7.28 심사청구를 거쳐 ’95.9.27 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 취득하여 8년이상 자경하였으므로 양도소득세 비과세대상이며, 설사 과세대상으로 본다 하더라도 쟁점토지지역의 경우 군사시설물 보호구역내의 토지이므로 기준시가를 산정함에 있어 특수배율(1.0)을 적용하여야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 쟁점토지의 경우 ’89.10.24 이미 토지구획정리사업의 시행이 신고되어 있고, 양도일인 ’90.8.28 현재의 공부상 지목도 대지, 하천으로 확인되어 양도일 현재 농지로 보이지 아니하므로 양도소득세 비과세를 배제한 당초처분은 정당하다. (2) 군사시설보호구역내의 토지라 하더라도 토지의 양도일 이전에 국방부장관 또는 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 특수배율을 적용하지 않게되어 있는 바, 당초 건설부장관과 국방부장관 사이에 ‘89.5.2 택지개발예정지구지정에 관한 협의를 한 후에는 쟁점토지에 건축허가를 신청하여 군부대장의 동의를 구할 수 있다고 할 것이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 특수배율을 배제하고 국세청장이 고시한 특정지역의 배율 11.89배를 적용하여 양도차익을 결정한 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점토지가 양도일 현재 농지로서 8년이상 자경한 농지에 해당하는지 여부 ② 군사시설물 보호구역내에 있는 쟁점토지의 양도시 기준시가를 산정함에 있어 국세청장이 정한 특정지역의 일반배율(11.89배)을 적용할 것인지 또는 특수배율(1.00배)을 적용할 것인지 여부 나. 쟁점①에 대하여 (1) 관련법령 쟁점토지 양도당시 시행되던 소득세법 제5조 제6호 (라)목에서 「양도할 때까지 8년이상 계속하여 자기가 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수의 경우를 포함)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다.」고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제14조 제3항 본문에서 「법 제5조 제6호 (라)목에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 자기가 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지」라고 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 첫째, 쟁점토지는 ’89.5.4 경기도 성남시 OO택지개발예정지구내의 토지로 지정되었는데 청구인이 쟁점토지를 청구외 한국토지개발공사에 ’90.8.28 협의양도할 당시 쟁점토지 2필지의 공부상 지목이 답에서 대지, 하천으로 변경된 것으로 확인되고 있어 쟁점토지의 경우 양도당시 공부상 지목이 농지가 아님을 알 수 있다. 둘째, 당심에서 청구인에게 쟁점토지가 양도일 현재 사실상 농지이었다는 입증과 청구인이 쟁점토지를 8년이상 자경하였음을 입증하는 증빙서류를 요구한 바, 청구인은 이 건 심리일 현재 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 위와 같이 쟁점토지의 경우 양도일 현재 농지로서 8년이상 자경한 농지로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점토지양도에 대하여 양도소득세 비과세를 배제하고 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다. 쟁점②에 대하여 (1)관련법령 쟁점토지 양도당시 시행되던 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (가)목 (1990.5.1 개정되기 전의 것)에서 국세청장이 정하는 특정지역내의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액을 기준시가로 결정하도록 규정하고 있고, 그에 따라 마련된 국세청기준시가액표는 「군사시설물 보호구역 등에 대한 국세청 기준시가 적용특례」에서 특정지역내에서도 도시계획법, 군사시설보호법 또는 군사관계법령 등에 의한 보안지역, 군사시설물 보호지역내에 있는 토지에 대하여는 특정지역에 일반적으로 적용되는 배율을 적용하지 아니하고 특수배율(토지과세시가표준액의 1.0배)을 적용하되, 다만 군사시설보호법 제7조 , 공군기지법 제16조 , 제20조 또는 군사관계법령에 의하여 당해 토지의 양도일 이전에 국방부장관 또는 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 특수배율을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 첫째, 쟁점토지는 ’90.8.28 양도당시 군용전기통신법에 의한 군용전기 통신시설 특별보호구역내에 위치하고 있는 토지인 바, 건설부장관은 1989.5.2 국방부장관과 쟁점토지가 있는 부근 일대의 토지에 대하여 택지개발예정지구 지정에 관한 협의를 하였고 사업시행자인 한국토지개발공사는 1989.10.26 국방부 OOOOO부대장과 통신시설 이전에 관한 협약을 하였음이 확인된다. 둘째, 국세청기준시가액표중 군사시설물보호구역등에 대한 국세청 기준시가 적용특례규정은 군사시설물보호구역내의 토지는 특정지역내에 있다고 하더라도 건축에 관한 공법상의 제한이 있고 이러한 제한이 양도 및 취득가액에 영향을 미치는 점을 고려하여 특수배율(1.00배)을 적용하도록 하는데 그 입법취지가 있는 바, 군사시설보호법 제7조 등에 의하여 당해토지가 양도, 취득일 이전에 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 건축에 관한 공법상의 제한에서 사실상 벗어난 것으로 볼 수 있고, 또한 공법상의 제한을 받지 아니함을 전제로 그 양도 및 취득가액이 결정되므로 단서규정에서 이러한 경우에는 특수배율이 아닌 특정지역의 배율(일반배율)을 적용하도록 하고 있다. 셋째, 1989.5.2 건설부장관과 국방부장관과의 사이에 있었던 택지개발예정지구 지정에 관한 협의에 의하여 한국토지개발공사는 토지를 택지개발사업계획에 따른 용도의 택지로 개발하여 수요자(건설업자)에게 공급하게 되며, 이를 공급받은 수요자는 건축허가시 건축허가권자에게 별도의 허가절차는 거치지만 건설부장관이 군사관계법령에 의하여 국방부장관 또는 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의를 다시 하지 아니하고 택지개발촉진법 제3조 제2항에 의한 당초협의로 종결된다 할 것인 바, 위 협의는 국세청기준시가액표 소정의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에 해당한다고 보아야 할 것이다.(국심 95경 2687, 1996.3.12 외 다수, 같은 뜻임) 위와 같은 사실과 관련법령을 종합하여 보면, 쟁점토지는 국세청 기준시가액표에서 규정한 국방부장관과 또는 군부대장과 관계행정청의 건축 허가사항에 관한 사전협의가 성립된 후에 양도되었음이 확인되므로, 쟁점토지의 양도시 기준시가를 국세청장이 정하는 특정지역에 대한 일반배율(11.89배)을 적용하여 산정한 다음 이 건 양도소득세에 대한 방위세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.