이유
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 소재 대지 330.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 75.4.7 취득, 90.12.27 양도하고 법정신고기한내에 기준시가에 의하여 자산양도차익 예정신고·납부한 사실이 있다. 청구인이 위 신고당시 적용한 쟁점토지의 기준시가인 90.1.1 기준 개별공시지가(90.8.30 고시)는 91.5.31 ㎡당 3,300,000원에서 ㎡당 4,500,000원으로 상향조정되었으며, 처분청은 상향조정된 기준시가인 90.1.1 기준 개별공시지가를 적용하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 93.2.1 청구인에게 90년 귀속 양도소득세 279,577,030원 및 동 방위세 55,915,400원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복, 93.2.18 심사청구를 거쳐 93.4.6 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인은 공시지가가 일단 고시된 이후는 소정의 이의절차나 행정소송에서 취소되지 않는 한 함부로 경정될 수 없는 것이며, 이 건 공시지가를 경정한 근거가 개별토지가격합동조사지침 제12조의 3의 규정에 의한 것이라 하나 이는 토지가격 산정의 위산·착오에 의하여 명백히 잘못되었을 때에만 이를 경정할 수 있는 것으로 해석하여야 함에도 불구하고 그러한 근거없이 이 건 공시지가를 경정한 것은 명백한 무효라고 할 수 있으므로 이를 근거로 한 이 건 과세처분은 취소되어야 한다는 주장이다. 나. 국세청장은 90.1.1 기준 개별공시지가를 적용하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하는 것이고, 90.8.30 고시된 쟁점토지의 90.1.1 기준 개별공시지가가 시가를 적절히 반영하고 있지 아니하였다 하여 해당 토지평가위원회에서 시가에 근접된 가격으로 재조정하였던 것으로 처분청이 재조정 확정된 90.1.1 기준 개별공시지가를 적용하여 쟁점토지의 양도차익을 산정, 이 건 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 자산양도차익 예정신고·납부한 후 처분청이 조정된 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정, 양도소득세를 확정결정한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 이 건 관련규정을 본다. (1) 소득세법 제60조 및 동법시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하면 토지의 기준시가는 국세청장이 정하는 지역을 제외하고는 시장·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 “개별공시지가” 라 한다)로 하고 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다라고 규정하고 있다. (2) 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 제1항에서 “국가·지방자치단체·정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 기타 대통령령이 정하는 공공단체가 다음 각호의 목적을 위하여 토지의 가격을 결정하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지의 공시지가를 기준으로 하여 당해 토지의 가격과 표준지의 공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다. 다만, 필요하다고 인정하는 때에는 산정된 지가를 다음 각호의 목에 따라 가감조정하여 적용할 수 있다(각호 생략)” 라고 규정하고 있으며 개별토지가격합동조사지침중 개정령(국무총리 훈령 제248호, 91.4.2) 제12조의 3에서 “토지특성조사의 착오 기타 위산·오기등 지가산정에 명백한 잘못이 있을 경우에는 시장·군수 또는 구청장이 지방토지평가위원회의 심의를 거쳐 경정결정할 수 있다. 다만, 경미한 사항일 경우에는 지방토지평가위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다”라고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지의 90.1.1 기준 개별공시지가가 91.5.31 재조정된 경위를 서울특별시 OO구청 공문(토관 46830-660, 93.5.19)에 의하여 살펴보면, 쟁점토지는 90.4.20～90.6.20 기간동안의 토지특성조사 및 지가산정에 대한 일제조사당시 토지특성착오로 조사된 것이 발견되어, 서울특별시 OO구청장이 개별토지가격합동조사지침 제12조의3의 규정에 의거 '90 개별토지가격 착오조사분에 대하여 자문평가사의 자문가격을 득한 후 지방토지평가 위원회의 심의를 거쳐 쟁점토지의 지가를 경정결정하였음을 알 수 있고, 따라서 서울특별시 OO구청장이 쟁점토지의 개별공시지가를 재조정한 것은 쟁점토지의 지가산정의 명백한 잘못에 대하여 쟁점토지의 지가와 표준지의 지가의 균형을 유지하도록 하기 위한 것으로서 그 근거 및 절차가 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조와 개별토지가격합동조사지침중 개정령 제12조의 3의 규정에 비추어 적법한 것으로 보여진다. 라. 그러므로 처분청이 쟁점토지의 양도당시 시행되던 소득세법 제60조 및 동법시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하여 인천직할시 북구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 및 개별토지가격합동조사지침중 개정령 제12조의 3의 규정에 의하여 91.8.20 재조정한 90.1.1 기준 개별공시지가를 쟁점토지의 기준시가로 결정한 당초처분은 정당하며 따라서 청구주장은 이유없다고 판단된다. 마. 다만, 청구인이 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익예정신고 납부할 당시의 쟁점토지의 기준시가는 90.8.30 고시된 90.1.1 기준 개별공시지가인 ㎡당 3,300,000원이었으나 이 건 확정결정당시(93.2.1)의 쟁점토지의 90.1.1 기준 개별공시지가가 ㎡당 4,500,000원으로 경정됨에 따라 결과적으로 양도소득세를 과소신고·납부하게된 데 대하여는 청구인에게 그 귀책사유가 없다고 할 것인 바 청구인이 경정된 공시지가로 신고하지 아니한데 대한 신고불성실가산세나 납부불성실가산세를 적용할 수는 없다고 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.