이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인은 부동산임대·건설업을 영위하는 영리내국법인이다.

청구법인은 94.5.31. 경기도 고양시 OO동 OOO, OOOOOOO의 대지 1,110㎡ 위에 상가건물 5,172,905㎡ (이하 “쟁점상가건물”이라 한다)를 신축(준공)하여 94사업년도에 그 중 일부를 분양하고 94사업년도 분양수입금액(3,457,698,800원)에 대응하는 공사원가를 분양예정수입금액 비율로 안분계산한 금액으로 하여 법인세(특별부가세 포함)를 신고·납부하였다.

이에 처분청은, 위 사업년도의 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 분양면적비율로 안분계산한 금액으로 하여 94사업년도 법인세를 경정하고, 96.3.16 청구법인에게 94사업년도 법인세 245,714,080원 및 특별부가세 197,496,550원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 96.7.3 심사청구를 거쳐 96.8.21 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

상가건물의 경우 각 층별 분양가액의 차이가 크게 나는 점 등을 감안할 때 쟁점상가건물의 94사업년도 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 계산함에 있어서는 각 층 호수의 공사원가를 동일하게 적용하는 것보다 총 공사원가를 총 분양예정가액에서 분양예정수입금액이 차지하는 비율로 안분계산하는 것이 수익·비용 대응의 원칙 및 공평과세 원칙에 타당하다 할 것이므로 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점상가건물의 층 호수별 분양수입금액에 대응하는 원가를 계산함에 있어서 총 분양예정가액에서 당해 사업년도에 분양된 건물의 분양예정수입금액이 차지하는 비율을 총 공사원가에 곱하여 계산하였고, 처분청은 층호수별 분양수입금액에 대응하는 원가를 계산함에 있어서 총 분양면적에서 당해 사업년도에 분양된 건물의 면적이 차지하는 비율을 총 공사원가에 곱하여 계산하였음을 알 수 있다.

살피건대, 부동산매매업자가 매매를 목적으로 소유하는 재고자산의 원가계산방법에 대하여는 세법상 구체적인 명문 규정이 없으므로 그 계산에 있어서 분양면적을 기준으로 계산하는 방법과 예정판매가치를 기준으로 계산하는 방법 등이 있을 수 있으나, 국세청 예규에서는 “거주자가 판매목적으로 상가를 신축하여 층별, 용도별로 분양금액을 달리하여 분양하는 경우 분양되는 상가의 취득가액은 개별원가계산방법 또는 분양면적이 총 건축 연면적에서 차지하는 비율을 총 취득원가에 곱하여 계산하는 것” (46011-4571, 95.12.14 및 법인 46012-2900, 93.9.24)으로 해석되고 있으므로 처분청이 총 분양면적을 기준으로 분양된 면적비율로 원가 계산함은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

특정사업년도에 신축된 상가건물이 1개 사업년도에 모두 분양되지 아니하고 2개 사업년도 이상에 걸쳐 분양되는 경우, 총수입금액에 대응되는 각 사업년도의 공사원가를 분양면적 비율로 안분계산할 것인지 또는 분양예정수입금액 비율로 안분계산할 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

법인세법 제9조

(각 사업년도의 소득)「① 내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 관련기록에 의하면, 청구법인은 94.5.31 쟁점상가건물을 신축(준공)하여 94사업년도 중 그 중 일부를 분양하고 그 분양수입금액(3,457,698,800원)에 대응하는 공사원가를 총 분양예정가액에서 당해 사업년도에 분양된 건물의 분양예정수입금액이 차지하는 비율을 총 공사원가에 곱하여 계산한 금액으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였고,

이에 처분청은 당해 사업년도의 분양면적이 총면적에서 차지하는 비율을 총 공사원가에 곱하여 공사원가를 계산하고 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 이 건 법인세(특별부가세 포함)를 부과한 사실이 확인되고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 회계이론상 매출원가는 기초재고액과 당기매입(또는 당기제조)가액의 합계액에서 기말재고자산의 가액을 차감하여 산출하므로 매출원가를 계산하기 위하여는 먼저 제품원가계산이 선행되어야 하고 그 다음에 기말재고자산에 대한 평가방법의 문제가 생긴다.

한편 법인세법상 재고자산의 평가방법에 대하여는 동 법 제29조와 동 법 시행령 제85조에서 규정하고 있고 취득가액에 대하여는 동 법 시행령 제85조 제7항에서 규정하고 있으나 구체적인 원가계산방법에 관하여는 별도의 규정이 없으므로, 상가분양업을 영위하는 법인이 특정사업년도의 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 계산함에 있어서는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계 내지 원가계산의 관습에 따라 합목적적인 원가계산방법을 채택하여야 할 것이다.

이는

국세기본법 제20조

(기업회계의 존중)가 「국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다」라고 규정하고 있는데서도 알 수 있다.

(3) 상가건물의 경우 현실적으로 그 계층에 따라 이용가치의 차이가 크며 그 이용가치의 차이는 지상1층을 표준으로 상층과 지하로 연장됨에 따라 체감되는 것이 일반적 특성이라 할 수 있고 이에 따라 상가건물은 각 층에 대한 이용가치의 차이가 매우 크고 또한, 그 차이에 따라 각 층의 분양가액도 차이가 있는 점, 상가건물 공사비는 토지대금 및 공사비와 기타 설계비 등으로 구성되어 있는 점 등을 감안할 때 상가건물의 경우 원가계산은 개별원가방식보다는 종합원가계산방식에 의하여 결정하는 것이 합리적이라 할 것이므로, 상가분양업을 영위하는 법인의 경우에는 종합원가계산방법 중 당해 법인의 재무상태와 기간손익계산을 적정하게 하고 수익·비용 대응의 원칙에 부합되는 종합원가계산방법을 채택하여야 할 것이다.

(4) 또한 상가분양업의 경우 완성된 상가건물을 각 층별로 분리하여 각기 다른 가격으로 다수인을 상대로 분양하게 되므로 이들 각 층별 단위는 소위 연산품에 해당된다고 볼 수 있으므로 이러한 연산품에 대한 각 층별 제품의 원가는 각 층이 분리되기 직전까지 공동으로 발생한 총 결합원가를 적절히 배부하여 산출하여야 할 것이다.

한편, 상가분양업의 경우 특정사업년도의 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 분양면적에 의하여 배분할 것인지 또는 분양(예정)수입금액에 의할 것인지에 대하여는 법인세법상 구체적인 관련 규정이 없다.

(5) 위 사실 및 관계법령을 종합해 볼 때, 상가분양업을 영위하는 법인의 경우 통상 층별 건축비의 구성요소 및 금액이 유사한 점을 감안할 때는 공사원가를 분양면적 비율에 의하여 배분하는 것이 일응 타당한 면이 있다고 볼 수 있는 반면, 앞서 본 바와 같이 상가건물의 경우 층별 분양가액의 차이가 크게나는 점 등을 감안할 때는 분양(예정)수입금액 비율에 의하여 배분하는 것이 원가계산의 목적적합성 및 기간 손익계산의 적정화와 수익·비용 대응의 원칙에 부합되는 면이 있다 할 것이므로 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 방법이 일반적으로 공정하다고 인정되고 그 방법의 계속성이 유지되는 한 법인소득금액을 계산함에 있어서는 공사원가를 분양면적에 의하여 배분하는 방법과 분양(예정)수입금액에 의하여 배분하는 방법 모두를 수용하는 것이 타당하다 할 것이다.

(6) 그렇다면, 청구법인이 쟁점상가건물을 신축(준공)하여 94사업년도 중 그 중 일부를 분양하고 그 분양수입금액에 대응하는 공사원가를 총 분양예정가액에서 당해 사업년도에 분양된 건물의 분양예정수입금액이 차지하는 비율을 총 공사원가에 곱하여 계산한 금액으로 결정함은 법인세법이 인정하는 타당한 원가계산방식이라 할 것이므로 이를 배제한 처분청의 이 건 과세처분은 부당하고 청구법인의 주장은 이유 있다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.