이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2001.12.1. ○○도 ○○시 ○○면 농공단지내에 위

치한

○○

리

○○

번지의 공장용지 13,993.7㎡와 동 지상 공장용 건축물 4,865.47㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득함에 따라 2001.12.5. ○○도세감면조례 제28조의 규정에 의한 농공단지내의 휴·폐업된 공장에 대체입주하는 자가 취득·등기하는 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 2002.2.1. 처분청 세무담당공무원(지방세무7급

○○○

)이 현지확인한 결과 휴·폐업된 공장을 취득한 것이 아니라 기존공장을 사업양수도 방법으로 이 사건 부동산을 취득한 후 취득전 업종(유황오리육가공업등)과 동일한 업종을 계속 영위하고 있으므로, 이 사건 부동산의 취득가액(2,030,674,219원)에

지방세법 제112조

제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 48,736,170원, 농어촌특별세 4,467,470원, 등록세 73,104,260원, 지방교육세 13,402,440원, 합계 139,710,340원(가산세 포함)을 2002.3.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2001.3.2. 유황오리육가공업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이지만 법인설립전인 1998.4.6. 농어촌기본법에 의하여 설립된 ○○○○법인이 이 사건 부동산내에서 유황오리육가공업을 영위하면서 일본식품회사인 ○○○○(주)에 수출코자 하였으나 영농조합법인의 상호는 일본소비자들에게 소규모조합이라는 인식 때문에 주식회사로 상호를 변경한 후 대규모 수출계약을 체결토록 요청함에 따라 부득이 포괄양수도방법에 의하여 법인을 설립하고 2001.12.1. 이 사건 부동산을 취득·등기한 후, 유황오리육가공업 등을 계속 영위하고 있으므로 이 사건 부동산의 취득세 및 등록세 등은

조세특례제한법 제119조

제1항제5호 및 같은 법 제120조제1항제4호에서 규정하고 있는 특별법에 의하여 설립된 법인이 상법상의 회사로 조직이 변경됨에 따라 취득·등기하는 사업용 재산에 해당되기 때문에 과세면제되어야 하고, 또한 ○○도세감면조례 제28조에서 농공단지내의 휴·폐업된 공장에 대체입주하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를

면제하도록 규정하고 있으므로, 청구인은 ○○○○법인이

2001.12.1. ○○도 정읍세무서장에게 폐업신고를 하고 같은 날 이 사건 부동산을 취득하였기 때문에 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세는 과세면제되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리 부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 특별법에 의하여 설립된 법인의 자산을 포괄양수도방법 등에 의하여 취득·등기한 경우 취득세 및 등록세가 과세면제되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면,

조세특례제한법 제119조

제1항제5호 및 같은 법 제120조제1항제4호와

같은법시행령 제116조

제2항에서 특별법에 의하여 설립된 법인중

정부투자기관관리기본법제2조

의 적용을 받는 법인(정부가 납입자본금의 5할이상을 출자한 기업체)이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경됨에 따른 법인설립의 등기와 동조직변경으로 인하여 취득·등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, ○○도세감면조례 제28조에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지중 시군세감면조례에서 정한 농공단지에 대체입주하는 자(휴·폐업된 공장에 대체입주하는 자에 한한다)가 취득하는 당해 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 2001.3.2. 유황오리육가공업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001.12.1. ○○○○법인으로부터 포괄 양수도방법에 의하여 이 사건 부동산을 취득·등기하므로서, 처분청에서는 2001.12.5. ○○도세감면조례제28조의 규정에 의하여 농공단지내의 휴·폐업된 공장에 대체입주하는 자가 취득·등기하는 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 2002.2.1. 처분청세무담당공무원(지방세무7급 ○○○)이 현지확인한 결과 휴·폐업된 공장을 취득한 것이 아니라 기존공장을 사업양수도 방법에 의하여 취득한 후 취득전 업종(유황오리육가공업등)과 동일한 업종을 계속 영위하고 있으므로 기 과세면제한 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 2002.3.9. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 특별법인 농어촌기본법에 의하여 설립된 ○○○○법인이 상법상의 회사로 조직변경됨에 따라 취득·등기한 부동산에 해당되기 때문에 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등은

조세특례제한법 제119조

제1항제5호 및 같은 법 제120조제1항제4호의 규정에 의하여 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만,

조세특례제한법 제119조

제1항제5호 및 같은 법 제120조제1항제4호와

같은법시행령 제116조

제2항에서 특별법에 의하여 설립된 법인중

정부투자기관관리기본법 제2조

의 적용을 받는 법인(정부가 납입자본금의 5할이상을 출자한 기업체)이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경됨에 따른 법인설립의 등기와 동 조직변경으로 인하여 취득·등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우는

정부투자기관관리기본법 제2조

의 적용을 받는 법인이 아니라 상법상의 회사를 설립한 후 영농조합법인으로부터 포괄 양수도방법으로 이 사건 부동산을 취득·등기한 것이므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 과세면제대상에서 제외되어야 한다고 판단되며, 또한 청구인은 농공단지내의 폐업신고된 ○○○○법인의 공장에 대체입주하기 위하여 이 사건 부동산을 취득·등기하였으므로 ○○도세감면조례제28조의 규정에 의하여 이 사건 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만, ○○도세감면조례제28조에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지중 시군세감면조례에서 정한 농공단지에 대체입주하는 자(휴·폐업된 공장에 대체입주하는 자에 한한다)가 취득하는 당해 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다라고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우는 휴·폐업된 공장에 대체입주하기 위하여 이 사건 부동산을 취득·등기한 것이 아니라, ○○○○법인이 1998.4.6.부터 2001.12.1.까지 유황오리육가공업등을 영위하던 사업 일체를 사업양수도방법에 의하여 2001.12.1. 이 사건 부동산을 취득한 후 동일한 설비내에서 동종의 업종을 계속적으로 영위하고 있는 사실이 사업자등록증등에서 입증되고 있는 이상, 이 사건 부동산은 휴·폐업된 공장에 대체입주하기 위하여 취득·등기한 부동산이라고는 볼 수 없으므로, 처분청에서 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 것은 아무런 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 12. 23.

행 정 자 치 부 장 관