이유
1. 원처분 개요

청구인은 87.7.6 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 345.3㎡를 청구인외 3인과 공동으로 취득한 후 88.1.27 위 지상에 건물 465.35㎡를 신축하고 교회용 건물로 사용하다가 88.11.22 청구외 OOO에게 양도하고 89.8.31 양도소득세 479,720원 및 동 방위세 47,970원을 납부하였고, 공동사업자인 청구인외 3인과 부가가치세 5,060,820원을 납부하였다.

청구인의 위 부동산 양도에 대하여 처분청(강남세무서장)은 89.8.17 청구인에게 ’88년귀속 양도소득세 479,720원 및 동 방위세 47,970원을 고지하였으나 OO세무서장은 92.8.16 이 건 부동산의 양도가 부동산매매업에 해당한다 하여 청구인등 4인에게 88년 제2기 부가가치세 5,060,820원을 경정·고지하였고 이에 따라 처분청은 94.5.1 청구인에게 88년 귀속 종합소득세 4,439,160원 및 동 방위세 887,830원을 결정·고지하고, 94.5.17 청구인이 기납부한 양도소득세등을 공제하여 종합소득세를 3,959,440원, 동 방위세를 839,860원으로 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.6.20 심사청구를 거쳐 94.8.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 교회재산 관리상 청구인등 4명의 명의로 이 건 부동산의 등기를 하였을 뿐 이 건 부동산은 OOOOOOOO의 성회 소속 OOOOO교회의 재산으로서 OOOOO교회로 사용하기 위하여 건물을 신축하여 사용하던 중 지역 주민들의 진정등으로 부득이 하게 양도하였을 뿐 영리목적이나 독립적으로 신축·양도한 경우에 해당하지 아니하고, 법인인 OOOOO교회의 재산의 양도이므로

법인세법 제59조의3

제1항 제17호에 의한 비과세 대상에 해당하므로 이 건 종합소득세 및 부가가치세는 취소하여야 한다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

청구인은 이 건 건물을 청구외 3인과 공동으로 88.1.27 건물의 주용도를 사무실 및 전시장으로 하여 신축한 사실이 건축물관리대장에 의하여 확인되고 있는 점으로 보아 교회로 사용하기 위하여 신축하였다고는 보여지지 아니하며, 이 건 건물의 주용도인 사무실 및 전시장으로 사용할 경우에는 임대 및 보유가 가능함에도 이를 신축일로부터 1년이내인 88.11.22 단기양도한 것은 수익을 목적으로 양도하였다고 보여진다 할 것이고, 주용도가 사무실 및 전시장인 이 건 건물을 건물신축용도가 아닌 교회로 사용하지 못한다하여 교회명의 건물도 아닌 청구인과 청구외 3인 명의인 건물을 부득이 단기 양도한 것이라고는 보여지지 아니하므로 처분청이 이 건 거래를 부동산매매업으로 보아 과세한 처분에 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 부가가치세의 심판청구가 본안 심리의 대상인지 여부

② 교회소유인 이 건 부동산을 청구인등 4인 명의로 등기하여 교회로 사용하다가 양도한 것을 부동산매매업으로 보아 종합소득세를 과세한 처분이 타당한지 여부

나. 쟁점1에 대하여 본다.

(1)

국세기본법 제55조

(불복) 제2항에 의하면, 심사청구를 한 자는 그 청구에 대한 결정에 이의가 있거나 결정을 받지 못한 경우에 심판청구를 할 수 있도록 하고 있고,

동법 제65조

제1항 제1호에서는 이의신청 또는 심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었던 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있으며,

동법 제81조

에서는 심판청구에 관하여 위 규정을 준용하도록 규정하고 있다.

한편,

동법 제61조

제1항에서는 심사청구는 당해처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일내에 하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 이 건 부가가치세도 종합소득세와 같이 취소하여야 한다고 주장하지만, OO세무서장은 92.8.16 청구인외 3인에게 이 건 부동산의 신축·양도에 대하여 88년 제2기 부가가치세 5,060,820원을 과세한 사실이 있으며, 청구인은 이 건 부가가치세를 고지받은 후 60일 이내인 92.10.15까지 심사청구를 제기하지 아니하고 673일이 경과한 94.6.20 심사청구를 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없는 것으로 판단된다.

다. 쟁점2에 대하여 본다.

(1)

국세기본법 제13조

제1항에 의하면 「법인격이 없는 사단·재단·기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다」라고 규정하고 있고,

동법 시행령 제8조

본문 및 같은 조 제1호에 의하면 「법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격 없는 사단 등”이라 한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. 1. 주무관청의 허가를 받아 설립한 단체·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것」이라고 규정하고 있으며,

법인세법 제1조

제2항에서 「법인격 없는 사단·재단 기타 단체는 비영리내국법인으로 보고 이법을 적용한다」고 규정하고 있고,

법인세법 제59조의 3

제1항 본문 및 제17호에 의하면 「종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다)이 고유의 목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다」고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 교회재산 관리상 청구인등 4명의 명의로 이 건 부동산의 등기를 하였으나 이 건 부동산은 OOOOOOOO의 성회 소속 OOOOO교회의 재산으로서 OOOOO교회로 사용하기 위하여 건물을 신축하여 사용하던 중 지역 주민들의 진정등으로 부득이 양도하였으므로 영리목적이나 독립적으로 신축·양도한 경우에 해당하지 아니하고, 쟁점건물은 법인인 OOOOO교회 재산의 양도이므로

법인세법 제59조의3

제1항 제17호에 의한 비과세 대상에 해당한다고 주장하는 바 이를 살펴보면,

첫째, OOOOO교회는 1957.10.28 문화공보부에 등록된 법인인 OOOOOOOOOOO 소속에 등록된 교회로서 청구인은 동 교회의 권사이고 청구외 OOO가 목사인 바, OOO 목사는 77.5.1 OO동에서 OOOOOO교회로 목회를 시작하여 82.9.4 OO동 OOOOOOO에 OOOOO교회를 건축하여 목회를 하였고, 88.3.25에는 OO동 OOOOOOO에서 이 건 건물을 신축하여 목회를 하던중 지역주민들의 진정으로 양도하고 88.12.24 OO동 OOOOO에서 목회를 하고 있는 사실이 청구인이 제시한 자료에 의하여 확인되고 있으며,

둘째, 이 건 건물의 신축 및 양도 현황을 보면, 이 건 부동산은 취득시 294,674,200원(토지매입 117,401,200원, 건축비 177,273,000원)이 소요되었으며 그 자금은 위 OO동교회 양도대금 161,200,000원, 신도들의 건축헌금 19,715,000원, 은행대출금 19,317,000원, 기타 차입금등 94,442,200원인 사실이 청구인이 제시한 OOOOO교회의 수입지출장부 및 매매계약서, 결산서 등에 의하여 확인되고 있고, 이 건 부동산은 88.11.22 청구외 OOO에게 223,570,000원에 양도하고 그 양도대금은 OO동교회건물 취득자금 131,273,000원, 기타 이 건 건물의 건축비 등에 사용하였음이 관련장부에 의하여 확인되고 있고,

셋째, 청구인등은 88.1.27 이 건 건물을 1층 사무실, 2층 전시장, 지층 전시장 용도로 준공을 받았으나 교회로 사용하여 OO동 OOOOOOO 소재 OOOOO OO 주민등 38명이 OOO목사에게 원상복구하도록 진정 등을 한 사실이 있고, 88.3.12 OO구청장의 공문에 의하면 「이 건 건물의 지상 건축물에 대하여 민원이 있어 현장조사한 바 지하층을 소극장으로, 2층을 교회로 각각 무단용도변경 사용 중이기에 시정지시하니 88.3.25 한 원상복구하시기 바람」이라고 그 원상복구를 지시한 사실이 확인되고 있으며, 이 건 건물을 교회로 불법 사용함에 대하여 청구외 OOO는 서울지방법원 동부지원으로부터 벌금 2,000,000원에 처하는 약식 명령을 받은 사실이 확인되고 있다.

이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 이 건 부동산은 교회재산관리상 청구인 등 4인 명의로 되어 있으나 사실상 교회재산으로서 이 건 건물을 OO동교회건물의 양도대금 및 신도들의 건축헌금 기타 차입금으로 건축하여 교회로 사용하다가 건축물의 등기상 허가된 용도와 상이하므로 지역주민 등의 진정과 OO구청장의 원상회복지시, 서울지방법원 벌금형 부과등의 사실에 의하여 교회로 사용할 수 없는 부득이한 사유로 양도하였음이 확인되고 있고 양도대금도 OO동의 교회건물 취득자금 및 이 건 건물의 건축비등에 충당되었음이 확인되고 있어 사실상 교회의 고유목적에 사용되다 양도되었다 할 것이므로 이 건 부동산의 양도로 인한 소득은

법인세법 제1조

제1항, 제2항 및 제59조의3 제1항 제17호에 의하여 법인세(특별부가세 포함)가 비과세되는 것이므로 청구인에게 부과된 이 건 종합소득세는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다. (법인세법 기본통칙 제7-3-18-59의3 및 재무부 직세1264-2379, 80.8.2 와 같은뜻임)

따라서 이 건 심판청구는

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제1호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.