이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.2.6. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ번지상에 건축물 연면적 20,631.52㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 교육사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 중 1,020.76㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 한다)를 청구 외 ㅇㅇㅇ와 식당 임대차계약을 체결하여 사용·수익토록 하고 있으므로 그 부분에 대한 취득가액(609,275,208원)을 과세표준으로 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,622,600원, 농어촌특별세 1,340,400원, 등록세 5,849,040원, 지방교육세 1,072,320원, 합계 22,884,360원(가산세 포함)을 2004.3.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 교육사업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 ㅇㅇ대학교 ㅇㅇ캠퍼스를 설립 운영하면서 교육, 연구, 교직원 복지를 위해 이 사건 건축물을 신축한 후 쟁점 건축물은 교직원 및 학생식당으로 사용하고 있는 바, 쟁점 건축물은 학생 및 교직원을 위한 후생복지시설로서 교육사업을 함에 있어 반드시 필요한 시설이고, 경영합리화 차원에서 청구 외 ㅇㅇㅇ수에게 임대차계약을 체결하는 형식을 빌려 위탁관리하게 하였을 뿐, 이로 인하여 수익사업을 운영한 것이 아니라 교육사업을 위한 목적으로 사용하였다 할 것임에도 단순히 직접 구내식당을 운영하지 아니한 채 제3자에게 위탁관리 운영토록 하면서 임대보증금 및 임대료를 지급받았다는 이유만으로 수익사업을 운영하는 것으로 판단하여 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 재량권을 일탈한 심히 부당한 처분이라 하겠고, 국공립대학과 사립대학은 같은 교육사업을 수행하고 있음에도 국공립대학의 구내식당 등에 대하여는 임대여부에 관계없이 취득세 등을 비과세하면서 사립대학이 임대차방식으로 운영하는 식당 등 후생복지시설에 대하여는 수익사업용으로 보아 비과세대상에서 제외하고 있는 것은 과세형평성을 전혀 고려하지 않은 부당한 처분일 뿐만 아니라 더 나아가 권리남용에 기인한 부당한 처분이라 할 것이므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 취득한 건축물 중 일부를 제3자에게 구내식당용으로 위탁운영토록 하고 임대료 등을 받는 경우 수익사업에 사용하는 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구

지방세법 제107조

본문 및 제1호, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호,

같은법시행령 제78조의2

제1항 및 제79조제1항제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되,

법인세법 제3조

제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고,

법인세법 제3조

제2항제1호 및

같은법시행령 제2조

제1항에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대사업 등으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.2.19. 처분청으로부터 이 사건 건축물에 대한 건축허가를 받은 후 1999.12.21. 착공하여 신축공사를 진행하면서 2001.11.19. 청구 외 ㅇㅇㅇ와 쟁점 건축물에 대한 임대차계약을 체결하였는 바, 그 내용을 보면 계약기간은 2002.2.1부터 2004.1.31.까지 2년으로 하되, 청구 외 ㅇㅇㅇ는 청구인에게 임대보증금 30,000,000원과 연간 임대료 45,000,000원을 지급하고, 이와는 별도로 영업행위로 인하여 발생되는 전기료, 하수도료, 청소료 등 사용료를 부담하기로 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 쟁점 건축물은 학생 및 교직원을 위한 후생복지시설로서 경영합리화 차원에서 제3자에게 위탁하였을 뿐 수익사업에 사용한 것이 아님에도 직접 구내식당을 운영하지 아니한 채 제3자에게 위탁 운영토록 하면서 임대료 등을 지급받았다는 이유만으로 수익사업에 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 것은 재량권을 일탈한 처분이라 하겠고, 국공립대학과 사립대학은 같은 교육사업을 수행하고 있음에도 사립대학이 임대차방식으로 운영하는 식당 등 후생복지시설에 대해서만 수익사업용으로 보아 비과세대상에서 제외하고 있는 것은 과세형평성을 전혀 고려하지 않은 부당한 처분이라 하겠으므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구

지방세법 제107조

제1호 및 제127조제1항제1호에서 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세 등을 과세하도록 규정하고 있고,

같은법시행령 제78조의2

제1항 및

법인세법 제3조

제2항제1호에서 부동산·임대 및 사업서비스업을 수익사업으로 규정하고 있으며, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 2001두878, 2002.10.11)으로, 청구인의 경우 2001.11.19. 청구 외 신동수와 쟁점 건축물에 대한 임대차계약을 체결하면서 계약기간은 2년으로 하되, 임대보증금 30,000,000원과 연간 45,000,000원의 임대료를 지급받기로 하였고, 또한 영업행위로 인하여 발생되는 전기료, 하수도료, 청소료 등 사용료를 임대료와는 별도로 임차인이 부담하되, 당해 시설의 운영수익은 임차인에게 귀속되도록 하고 있는 사실 등으로 미루어 볼 때, 쟁점 건축물은 청구인이 유료로 제3자에게 사용·수익토록 한 것으로서 청구인이 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하고 그 사업목적에 직접 사용하고 있는 것이라고 보기는 어렵다 하겠다 할 것이므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

또한, 지방세법에서 국가 등에 대한 비과세와 비영리사업자 등에 대한 비과세를 구분하여 달리 규정하면서 비영리사업자가 부동산을 취득한 후 수익사업에 사용하는 경우 비과세대상에서 제외토록 하고 있는 것은 국민의 대표기관인 국회에서 납세의무자의 공적성격, 담세력, 사회정책적 성격 등을 종합적으로 고려하여 입법정책적으로 판단 결정한 사항이므로 이 사건 취득세 등의 부과처분이 과세형평성에 어긋나는 부당한 처분이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 6. 28.

행 정 자 치 부 장 관