이유
1. 사 실 청구법인은 경기도 수원시 권선구 OO동 OOO에서 부동산 임대업을 영위하는 법인으로서 사업장건물을 신축하면서 청구외 OO종합건설주식회사로부터 88.7.5자 세금계산서(공급가액 500,000,000원) 및 88.8.25일자 세금계산서(공급가액 30,000,000원)를 교부 받아서 해당기간분 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하였고, 청구외 OO종합건설주식회사로부터 88.9.5일자 세금계산서(공급가액 173,554,000원), 88.10.17자 세금계산서(공급가액 545,995,874원), 89.1.30일자 세금계산서(공급가액 38,000,000원)를 교부 받아서 해당기간분 부가가치세 신고시 매입세액을 공제한 사실에 대하여 처분청은 청구외 OO종합건설주식회사 및 청구외 OO종합건설주식회사(이하 “청구외 법인들”이라 한다)의 사업장 관할 세무서장으로부터 청구외 법인들이 건설업명의 대여업체라고 통보되어옴에 따라 청구외 법인들에 대한 조사를 하여 청구법인이 청구외 법인들로부터 수취한 전시 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 88년 제2기분 부가가치세 144,486,030원과 89년 제1기분 부가가치세 4,560,000원을 부과하였는바 청구법인은 이에 불복하여 90.6.12 심사청구를 거쳐 90.10.12 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 1. 청구법인은 OOOO OO 공사 수급업체인 청구외 OO종합건설주식회사의 대표이사 OOO과 88.4.6 공사도급계약을 체결하고 88.4.12 공증가지 필하였으며 청구외 OOO은 위 법인의 임원이고 공사현장 책임자이며 88.7.25 위 법인에 대한 건설부로부터의 면허정지 처분결정 통지에 따라 88.7.15 청구외 OO종합건설주식회사가 잔여공사를 인계받아 공사를 진행하였고 88.12월초 위 OO종합건설주식회사도 건설부로부터 면허취소 통지를 받게 됨에 따라 다시 청구외 OO종합건설 주식회사와 계약을 체결하여 잔여공사를 완료한 것이므로 청구법인은 부가가치세법 기본통칙 6-2-1...21(명의 위장 사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정)에 명시된 선의의 사업자에 해당되며 따라서 청구법인에게 부과한 과세처분은 취소하여야 한다는 주장이며, 2. OOOO OO 공사 수급업체인 청구외 OO종합건설주식회사와는 사업자등록증 등 각종 증명을 확인한 후 공사도급계약을 체결하였고 위 법인이 공사를 진행하여 오던 중 88.10.31 위 법인의 관할 세무서인 광명세무서로부터 공사대금에 대한 채권조회를 통보받고 공사대금지급내역을 회신한바 있는데 89.1.28 광명세무서로부터 위장사업자라고 통보받았으나 당시 청구 법인으로서는 공사대금(추가공사대금 포함)을 완불하고 준공검사까지 필한 후이며, 89.12월경에 이르러서야 관할 세무서로부터 OO종합건설주식회사가 면허대여 업체라 하여 관련 매입세액 공제액을 부인하고 부가가치세 경정 처분을 받았으나 청구법인은 앞에서와 같이 선의의 사업자에 해당되므로 청구법인에게 부과한 과세처분은 취소하여야 한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 납부세액계산시 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는 바 이 건의 경우 청구법인이 교부받은 세금계산서상의 공급자인 청구외 OO종합건설주식회사는 88.7.25 건설업면허가 취소되었고 청구외 OO종합건설주식회사는 88.10.5 건설업 면허가 취소된 사실이 위 법인들의 주소지 관할 세무서장의 과세자료통보서에 의하여 확인될 뿐만 아니라 처분청이 청구법인을 상대로 조사한바 의하면 청구법인의 OO 상가는 청구외 OOO이 실제로 시공하였고 OO 상가는 청구외 OOO이 실제로 시공한 것으로 확인되었으므로 청구외 법인들로부터 교부받은 세금계산서는 그 기재내용이 사실과 다른 세금계산서이므로 관련 매입세액은 전시 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 규정에 의하여 납부세액 계산시 매출세액에서 공제될 수 없으며 따라서 청구주장은 이유없다는 의견이다. 4. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 청구외 법인들로부터 수취한 세금계산서에 대하여 처분청에서 매입세액을 불공제하고 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 5. 심리 및 판단 청구법인은 OOOO OO 및 OO 신축공사시 청구외 법인들과 도급계약을 체결하면서 사업자등록증 등을 확인하고 동 계약에 대한 공증까지 마쳤는데 후일 청구외 법인들의 건설업 면허가 취소된 후 청구법인이 청구외 법인들로부터 수취한 세금계산서를 위장가공 세금계산서라 하여 매입세액불공제 하고 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 주장인바, 살피건대 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 「제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액」은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는바, 처분청의 조사내용에 보면 공사에 소요되는 자재구입시 실공사시공자로 밝혀진 청구외 OOO 및 동 OOO이 타인의 간섭이나 지시없이 직접 집행한 점, 공사상 제반지시도 위 두사람에 의하여 이루어진 점, 청구법인은 공사대금을 위 두사람에게 지급한 점, 부가가치세 및 명의대여 수수료 상당액만 청구외 법인들에게 지급한 점, 청구외 법인들에 대하여 법원에서 공사대금 지급정지결정을 하였음에도 전표상으로는 청구외 법인들에게 지급한 것으로 전표를 작성한 점등에 의하여 청구외 법인들은 명의대여만 하였고 실지 공사시공은 위 두사람이 한 것으로 확인하고 있는데 반하여 청구법인으로부터는 공사대금을 청구외 법인들에게 지급한 사실을 입증할 수 있는 금융자료 등을 제시하지 못하고 있고 청구 법인과 공사계약을 체결한 거래 상대방이 건설업 면허 취소 등으로 인하여 수차 변경되었던 사실이 있음에도 불구하고 청구외 법인들이 명의대여 업체인 사실을 몰랐다는 주장만 하고 있는바 청구법인을 선의의 거래 당사자로 인정하기는 어려운 것으로 보인다. 따라서 처분청이 청구법인이 청구외 법인들로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 6. 결 론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.