이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.9.30. 경기도 남양주시 OOO외 5필지 및 같은 동 OOO외 2필지 786.76㎡와 그 지상 근린생활시설용 건축물 5,429.69㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액을 과세표준으로 하고,

「지방세법」 제11조

제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구인은 2022.10.26. 이 건 부동산의 취득은 청구인이 보유하고 있던 경기도 남양주시 OOO토지(이하 “종전토지”라 한다)가 “OOO조성사업”(이하 “이 건 사업”이라 한다)에 편입되어 수용됨에 따라 대체취득한 것으로

「지방세특례제한법」제73조

제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 토지수용 등으로 인한 대체취득한 부동산에 해당하여 취득세 면제대상에 해당하므로 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.11.10. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 수용재결에 따른 공탁은 사업시행자의 첫 번째 공탁(이하 “1차 공탁”이라 한다)에 불과하고 이후 이의재결 공탁(이하 “2차 공탁”이라 한다)도 확인할 수 있으므로 처분청이 발급한 부동산등 수용확인서(이하 “이 건 수용확인서”라 한다)상 2019.12.20.을 보상금을 마지막으로 받은 날로 판단해서는 안되며 실제 사안에 대하여 구체적으로 사실판단 하여야 한다.

현재 이 건 사업시행자의 항소로 2심 재판이 진행 중이기에 토지보상금액이 확정되지 않아 보상금을 마지막으로 받은 날이 아직 도래하지 않았고, 청구인의 이 건 부동산 취득시기는 대체취득 감면 기간의 종료일 이전에 해당하여 취득세 감면을 적용받을 수 있는바, 경정청구 대상이 되는 과세표준 금액은 확정되지 아니한 금액이 아닌 기 확정된 수용재결 보상금액에 불과하므로 청구인의 이 건 부동산 취득에 대하여 처분청이 쟁점규정 적용대상이 아닌 것으로 보고 한 이 건 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점규정에서 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바,

청구인의 경우, 종전토지의 대체취득에 대한 감면대상에 해당하기 위해서는 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 종전토지를 대체할 부동산을 취득하여야 할 것인데, 청구인은 종전토지의 보상금 수령일을 이 건 수용확인서에서 1차 공탁일(2019.12.20.)로 기재된 것으로 확인되므로 이 건 부동산의 취득(2021.9.30.)은 1년 이내에 종전의 부동산등을 대체할 부동산으로 볼 수 없는 점, ‘그 보상금을 마지막으로 받은 날’이란 수용된 부동산의 보상금을 추가로 수령한 경우 그 추가보상금 수령일이 마지막 보상금 수령일이 된다 할지라도 추가적인 보상금을 수령한 사실이 청구인 명의의 수용확인서에서 확인되어야 할 것인데, 청구인은 종전토지에 대한 추가적인 보상금을 수령한 사실이 청구인 명의의 수용확인서에서 확인되지 않는 점 등에서 볼 때 청구인의 이 건 부동산 취득에 대하여 처분청이 쟁점규정 적용대상이 아닌 것으로 보고 한 이 건 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 종전토지의 보상금을 마지막 받은 날로부터 1년이 경과하기 전에 이 건 부동산을 취득한 것으로 보아 쟁점규정에 따른 대체취득 취득세 면제대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(

「관광진흥법」 제55조

제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및

「농어촌정비법」 제56조

에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권ㆍ양식업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 내의 지역. 다만,

「소득세법」 제104조의2

제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서

「소득세법」 제104조의2

제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고

「지방세법」 제13조

제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 환매권을 행사하여 매수하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제34조(수용 시의 초과액 산정기준) ① 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 초과액의 산정 기준과 산정 방법은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 부동산등(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 대체취득이

「지방세법」 제10조

제5항 각 호에 따른 취득에 해당하는 경우의 초과액: 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 보상금액을 뺀 금액

2. 부동산등의 대체취득이

「지방세법」 제10조

제5항 각 호에 따른 취득 외의 취득에 해당하는 경우의 초과액: 대체취득한 부동산등의 취득세 과세표준(

「지방세법」 제10조

에 따른 과세표준을 말한다)에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 매수ㆍ수용ㆍ철거 당시의 보상금액을 뺀 금액

② 법 제73조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자”란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 사업고시지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각 호에 따른 지역에 계약일(사업인정고시일 전에 체결된 경우로 한정한다) 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산을 취득하였을 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.

1. 매수 또는 수용된 부동산이 농지인 경우: 그 소재지 시ㆍ군ㆍ구 및 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지의 소재지로부터 30킬로미터 이내의 지역

2. 매수ㆍ수용 또는 철거된 부동산이 농지가 아닌 경우: 그 소재지 구[자치구가 아닌 구를 포함하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동(洞) 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다]ㆍ시(자치구가 아닌 구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ읍ㆍ면 및 그와 잇닿아 있는 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면 지역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 경기도 구리시장(이하 “구리시장”이라 한다)은 2019.3.28. 종전토지를 포함한 경기도 구리시 OOO일원에서 이 건 사업 추진을 위하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “「토지보상법」”이라 한다) 제22조 제1항에 따른 사업인정으로 의제되는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제95조 제1항 및 제96조 제2항에 따라 아래와 같이 도시ㆍ군계획시설사업의 실시계획인가를 고시하였다.

OOO

(나) 구리시장은 2020.6.8. 종전토지가 이 건 사업에 수용되었다는 것을 확인하는 이 건 부동산 등 수용확인서를 아래와 같이 청구인에게 발급하였다.

OOO

(다) 청구인은

「토지보상법」제26조

등에 따라 종전토지 수용과관련하여 구리시장과 손실보상금 협의가 되지 않음에 따라 2019. 11.11.에

「토지보상법」 제28조

제1항 등에 따라 경기도지방토지수용위원회에 재결신청 등을 하여 2024.1.3. 서울고등법원 판결로 그 손실보상금이 확정된 것으로 확인된다.

OOO

(라) 서울고등법원은 2023.12.14. 구리시장이 의정부지방법원의 원심 판결에 불복하여 제기한 항소심에 대하여 아래와 같이 청구인 등이 승소한 것으로 판결 하였고, 구리시장의 상고 미제기로 2024.1.3. 그 판결은 확정된 것으로 확인된다.

OOO

(마) 청구인은 1996.2.29. 경기도 구리시 OOO에 전입하여 이 건 심판청구일까지 주민등록상 주소를 둔 것으로 확인되고, 청구인의 주소지와 종전토지 소재지는 잇닿아 있는 시로

「지방세특례제한법」제73조

제2항에 따른 부재부동산 소유자에는 해당하지 않는 것으로 확인되고, 이에 대하여 처분청도 별도 의견을 제시한바가 없다.

(바) 청구인은 2021.9.30. 종전토지와 같은 도내 소재한 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액을 과세표준으로 하고,

「지방세법」 제11조

제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였고, 이후, 청구인은 2022.10.26. 이 건 부동산의 취득에 대하여 쟁점규정에 따른 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면대상에 해당한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.11.10. 이를 거부하였다.

(사) 청구인은 2024.1.3. 서울고등법원에서 판결이 확정된 후 2차 공탁금을 수령하였으나, 그 판결에 따라 확정된 손실보상금 증액금은 처분청이 이 건 심판청구 심리일까지 지급하지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제73조

제1항에서「토지보상법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수, 수용 또는 철거된 자가 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

처분청은 청구인이 종전토지의 보상금을 마지막 받은 날로부터 1년이 경과하기 전에 이 건 부동산을 취득한 것으로 보아 쟁점규정에 따른 대체취득 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 의견이나,

「지방세특례제한법」제73조

제1항에서 대체 취득하는 부동산의 취득세 면제에 대한 적용기간은 사업인정고시일을 시기(始期)로 하고, 마지막 보상금을 받은 날부터 1년 이내를 종기(終期)로 하는 것이 타당하다 할 것으로 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 수용된 자가 사업인정고시일 이후부터 마지막 보상금을 수령한 날의 1년이 되는 날까지 대체할 부동산을 취득하는 경우 취득세 면제 대상이 되는 것인 점 종전토지의 수용에 따라 대체 취득하는 부동산에 대한 취득세 면제를 받을 수 있는 기간은 이 건 사업 실시계획인가일(2019.3.28.)부터 이 건 토지의 마지막 보상금 수령일(처분청이 이 건 심판청구 심리일까지 미지급)부터 1년이 되는 날 까지라 할 것인데, 청구인은 그 기간 내인 2021.9.30. 이 건 부동산을 취득한 점 등에 비추어 청구인의 이 건 부동산 취득은 쟁점규정에 따른 대체취득 취득세 면제대상에 해당된다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구인의 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제7항,

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.