이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO”라 한다)의 국내 지점인 OOO”라 한다)로부터 담배를 공급받아 국내 소매상에게 판매하는 담배도매업을 영위하는 내국법인으로, OOO와 체결한 유통판매계약(OOO)에 따라 2001년 제2기 중 OOO로부터 담배를 공급받을 당시에는 추정에 의한 판매가격(이하 “잠정가격”이라 한다)으로 매입세금계산서를 교부받았다가, 이후 제3의 컨설팅법인이「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)상의 거래순이익률법을 원용하여 산정한 가격(이하 “확정가격”이라 한다)을 최종 거래가격으로 확정하여, 확정가격이 잠정가격을 초과하는 부분에 대하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아, 2001년 제2기분 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. OOO은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 국조법상 국외특수관계자 사이의 이익조정에 대한 세금계산서이고, 이러한 이익조정은 수정세금계산서 발행대상 과세거래에 해당하지 아니한다고 보아, 쟁점세금계산서의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였던바, 이에 따라 처분청은 2007.1.17 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 1,254,914,890원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO와 체결한 유통판매계약(OOO)에 따라 OOO로부터 담배를 매입함에 있어 기중 잠정가격으로 공급받고 기말에 독립적인 제3의 컨설팅법인이 제시한 시가에 따른 가액으로 확정가격을 산정하여 단가조정액을 양사간에 수수하였던바, 이는 이익의 분여가 아닌 가격조정에 해당하고, 확정가액 정산을 위한 단가조정액의 수수가 단순한 이익분여가 되기 위하여는 잠정가액이 시가와 같은 적정한 가격이라는 입증이 선행되어야 하나 처분청은 이에 대한 입증을 하지 못하는바, 유통판매계약(OOO)에 따라 기말에 이루어진 단가조정은 공급단가 확정방식의 하나로서 「부가가치세법」상 수정세금계산서 교부대상이 되는 과세대상 거래에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 유통판매계약(OOO)이라는 형식적인 계약을 맺어 국조법상 거래순이익률법이라는 추상적인 방법으로 가격을 결정하였으나, 이러한 특수관계자인 청구법인과 OOO 사이에서만 이루어질 수 있는 이례적인 방법으로 산정된 가격을 시가로 보기 어려운 점, 공급가액을 확정함에 있어 근거로 본 거래순이익률법은 원래 국내 거래당사자와 국외 거래당사자 사이의 적정한 국내원천소득을 결정하기 위한 것으로 이는 원칙적으로 상인간 거래가격 확정과는 무관한 방법인 점, 청구법인은 OOO와 거래가격을 확정하여 상품거래를 할 수 있었음에도 불구하고 청구법인의 영업이익 중 제3자가 구한 다른 업체의 영업이익률을 초과하여 발생된 부분을 OOO로 이전하기 위하여 쟁점세금계산서를 수수하였음이 분명한 점 등을 종합하면, 위와 같은 거래는 세금계산서의 발행대상이 되는 과세대상거래라고 보기 어려우므로 해당 부가가치세 매입세액 상당액을 매출세액에서 공제해서는 아니된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 때에 교부된 적법한 수정세금계산서로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)

부가가치세법 제13조

【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조【수정세금계산서】법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2001.1.1. OOO를 대신하여 담배를 배급하고 판매하기 위하여 유통판매계약(OOO)을 체결하면서, 가격의 확정에 관하여 아래와 같이 약정하였다.

OOO

(나) 위 약정에 따라 OOO는 담배 판매시 청구법인과 일단 추정에 의한 판매가격인 잠정가격을 상호합의하에 결정하여 세금계산서를 교부하였다.

(다) 제3의 컨설팅법인은 국조법에서 규정하는 정상가격산출방법 중 하나인 거래순이익률법을 원용하여 청구법인의 적정 영업이익률을 산정하고, 이에 따라 담배의 최종 매매가격을 산출하였다.

(라) 청구법인과 OOO는 기말에 위 제시된 최종 매매가격에 따라 담배의 가격을 확정하였고, 잠정가격과 확정가격과의 차액에 대하여 OOO가 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부하였다.

(2) 「부가가치세법 시행령」(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서는 “당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다”라고 규정하고 있는바, 국내법인인 판매회사와 제품공급사인 외국법인의 국내지점간에 유통매매계약을 맺고 재화의 가격을 제3의 독립법인이 국조법에서 규정하는 정상가격산출방법 중의 하나를 선택하여 제시하는 자료를 근거로 재화의 매입가격을 확정하는 경우 정상가격(확정가격) 전에 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 부가가치세의 수정세금계산서 발행대상이 되는 과세거래에 해당한다 할 것이다.

(3) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO로부터 담배를 구입하여 이를 소매상에게 판매하면서 유통판매계약(OOO)을 체결하여 담배의 매매가격을 독립적인 제3의 컨설팅법인에서 제시하는 방법으로 결정하기로 약정하였고, 이에 따라 기중에 잠정가격으로 담배를 공급받고 기말에 확정가격으로 단가를 조정하였던바, 독립적인 제3의 컨설팅법인이 가격을 제시하지 않은 상태에서 교부된 세금계산서의 공급가액을 최종적인 공급가액으로 보기는 어렵다고 보이고, 기말에 제3의 컨설팅법인이 확정가격을 제시한 후에야 비로소 공급가격이 확정되었다고 봄이 합리적이므로, 잠정가격과 확정가격의 차액에 대하여 교부된 쟁점세금계산서는 「부가가치세법 시행령」(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서에 따른 적법한 수정세금계산서에 해당한다고 보인다.

(4) 따라서, 쟁점세금계산서를 국조법상 국외특수관계자 사이의 이익조정에 대한 세금계산서로 보고, 이러한 이익조정은 수정세금계산서 발행대상 과세거래에 해당하지 아니한다고 본 이 건 과세처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.