이유
1. 원처분 개요

청구인은 경상북도 영주시 OO동 OOOOO 외16필지에 국민주택규모를 초과하는 아파트 57세대, 국민주택 규모 이하 아파트 442세대, 판매시설 및 기타 아파트 부대시설로 이루어진 OO동 2차 OOOO아파트(이하 “이 건 아파트”라 한다)를 착공예정일 92.8.12, 준공예정일 94.10.30로 건축허가 및 주택건설의 사업계획승인을 받아 공사를 진행하였으며, 이 건 아파트 신축에 따른 매입세액을 예정공급가액비율에 의하여 면세사업 관련 매입세액을 159,502,603원으로, 과세사업 관련 매입세액을 52,685,332원으로 안분계산하여 93.1기분 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 청구인의 사업장에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하여 가공매입세액 69,666,273원을 적출, 이를 매입세액공제 배제하는 한편, 당해과세기간중 이 건 아파트중 일부가 분양된데 따른 계약금 및 중도금 납부액이 공급에 해당되고 면세분 분양대금 납부액이 면세공급가액에 해당된다고 보아 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한 매입세액을 공제받지 못하는 매입세액으로 하여 93.1기분 부가가치세 49,631,450원을 93.10.2 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.11.30 심사청구를 거쳐 94.2.8 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 공통매입세액의 안분계산에 있어서 분양선수금이 면세수입금액이 될 수 없어 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의해 안분계산, 불공제 매입세액을 산정하여 예정신고 및 확정신고 자진납부를 하였음에도 불구하고 처분청이 명확한 이유없이 분양선수금을 면세수입금액으로 보아 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액을 안분계산하였던 바, 이는 아파트의 경우 과세분은 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에 해당되어 부가가치세 과세표준은 있으나 면세분의 경우 수입금액의 귀속시기가 되지 아니하여 면세공급가액은 없으므로 공급가액비율로 안분계산할 수 없으며, 매입세액 안분계산은 실지귀속에 가장 접근 하는 방법으로 하여야 하나 아파트 신축분 분양의 경우 면세주택과 과세주택이 비례하여 분양되지 않으며, 건설초기에 매입세액이 집중적으로 발생하나 이 기간중 면세분의 분양비율이 높은 경우 공제가능 매입세액이 과소하게 되고 반대의 경우 과다한 매입세액을 공제받게 되며, 청구인이 동업자들에게 탐문한 바에 의하면 대부분 예정공급가액 또는 건축면적에 의하여 안분계산하고 있는 점으로 볼 때 처분청이 적용한 안분계산 방법은 사실에 가장 접근하는 안분계산방법이라 할 수 없으므로 이에 근거한 이 건 부과처분은 부당하므로 이를 경정하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

부가가치세법 시행령 제21조

제1항 제4호에서 완성도 기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우의 공급시기는 대가의 각부분을 받기로 한 때로 규정하고 있으므로 분양계약금 및 중도금등도 대가의 각부분을 받기로 한 때에 공급한 것으로 보아야 하고 이에따라 93.1기 과세기간중의 총공급가액과 면세·과세공급가액을 조사확인하고 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한 매입세액을 면세사업과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액중 매출세액에서 공제되는 매입세액과 공제되지 아니하는 매입세액을 산정함에 있어서 적용될 안분계산방법에 다툼이 있다.

부가가치세법 제17조

제2항 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조 제1항에서 「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

이라고 규정하고 있으며, 제4항에서 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세공급가액에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율」이라고 규정하고 있는 바, 위 법규정은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액을 면세사업 관련 매입세액과 과세사업관련 매입세액으로 안분계산함에 있어서 원칙적으로 실지귀속에 의하되 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 공급가액비율, 매입가액비율, 예정공급가액비율 그리고 예정사용면적비율의 순서로 안분계산하되, 실지귀속에 의한다 함은 건물신축면적에 의하여 매입세액의 실지귀속이 확인되는 경우도 당연히 포함되는 것으로 보아야 할 것이다. (부가가치세법 기본통칙 5-3-12...17, 부가22601-826, 85.5.2, 국심89서2192, 90.4.11 같은 뜻)

이 건의 경우 청구인은 이 건 아파트를 신축함에 있어서 경상북도지사의 승인 및 허가를 받은 사업계획, 건축허가와 영주시장의 승인을 받은 입주자 모집계획을 통하여 국민주택규모 초과 아파트 57세대 연면적 9,627.338㎡, 국민주택규모 이하의 아파트 442세대 연면적 38,237.112㎡, 판매시설 1,472㎡, 노인정 및 관리실 332㎡를 건축분양하고 있는 바, 당해 면적은 관할 관청의 허가등을 득하여 건축하는 것이기 때문에 그 면적이 확정되어 있을 뿐 아니라 임의로 변경할 수 없는 것으로서 건축을 위한 매입세액은 면적에 의하여 그 실지귀속이 과세 또는 면세사업과 관련된 매입세액으로 확실하게 구분 확인된다 할 것이다.

그렇다면 청구인이 신고한 93.1기분 부가가치세 매입세액 212,187,935원중 다툼이 없는 가공매입세액 69,666,273원을 제외한 이 건 아파트의 건축을 위한 매입세액 142,521,662원은 과세사업과 관련된 건축면적과 면세사업과 관련된 건축면적에 의하여, 매출세액에서 공제받을 수 없는 면세사업과 관련된 매입세액과 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업과 관련된 매입세액으로 실지귀속에 따라 안분계산하여 세액을 산정하여 할 것인데도 불구하고, 처분청이 공급가액 비율로 안분계산하여 이 건 경정결정을 한 처분은 부당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.