이유
1. 사실

청구인은 서울시 서대문구 OOO동 OOOOO에 거주하는 자로서 서울시 영등포구 OOO동 OOOOO소재 대지 1,488평방미터(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 70.2.22자로 서울시부터 취득하여 88.9.29 OOO등 4인에게 양도한데 대하여 처분청이 89.9.16자로 89년 수시분 양도소득세 294,039,700원과 동방위세 58,807,940원을 고지하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 89.10.4 심사청구를 거쳐 89.12.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

처분청은 청구인이 쟁점 토지를 서울시로부터 20,460,000원에 취득하여 1,260,336,000원에 양도한 것으로 보고 양도가액은 실지거래가액 1,260,336,000원으로, 취득가액은 의제실지거래가액 36,418,800원으로 계산하여 양도차익을 산정하고 이 건 양도소득세를 부과하였던 것이나 처분청이 이 건 양도가액으로 본 1,260,336,000원은 토지거래허가를 받기 위하여 제출한 토지등 거래계약 신고서상의 계약 예정금액인데도 처분청이 양수자로부터 이를 실지거래가액인 양 일반적인 확인만 받아 과세근거로 하는 것은 부당하며 또한 청구인이 양도한 당해 자산의 양도차익 계산에 관하여는 재결정인 국세심판소의 89.9.11자 결정서에서 양도가액은 배율방법에 의한 기준시가 1,108,143,360원으로 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 기준시가인 89,389,737원으로 하여야 하나 이와 같이 양도차익을 계산하게 되면 처분청이 환급 결정한 양도차익보다 많아지게 되어 청구인에게 불이익을 초래하게 되므로써 처분청의 당초 처분을 유지한다고 되어 있으므로 본인의 심판청구결정으로 본 건 양도소득세 부과처분이 확정되었는데도 처분청이 국세심판소의 89.9.11자 결정 취지(기준시가에 의한 양도차익 계산이 적법)에 어긋나는 방법을 채택하고 실지 양도가액을 조사확인하여 양도소득세를 재결정하는 것은 심판청구에 대한 결정이 있는 경우 당해 결정은 관계행정청을 기속한다는

국세기본법 제80조

의 규정에 위배되는 부당한 것이라는 주장이다.

3. 국세청장 의견

소득세법 제23조

제4항,

동법 제45조

제1항 및

동법 시행령 제170조

제4항의 규정에 의하여 국가·지방자치단체나 법인등과의 거래에 있어서 양도 및 취득시의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 양도 및 취득시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하는 것이고 양도차익을 결정함에 있어서 양도 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하여야 하는 것(

소득세법 제170조

제1항 참조)인바, 청구인은 쟁점 토지를 70.2.22 서울시로부터 20,460,000원에 취득한 사실이 밝혀지고 있어 취득가액은 실지거래가액을 적용하는 것이 타당한 것이나 소득세법 시행령 부칙 제9조 (88.12.31 개정전)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액으로 본다.

다만, 74.12.31 이전에 취득한 자산의 실지거래된 취득가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 의한 도매 물가상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액(의제 실지거래가액이라 한다)이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있어 이 건의 경우 의제 실지거래가액 36,418,800원이 75.1.1 현재의 기준시가 27,007,051원 보다 더 많으므로 쟁점 토지의 취득가액은 의제 실지거래가액 36,418,800원으로 하여야 하는 것이 타당하며, 양도가액의 경우 처분청은 쟁점 토지의 양도당시 취득자인 OOO으로부터 쟁점 토지를 1,260,336,000원에 양수한 사실에 대한 확인서를 징구하였으며, 쟁점 토지의 매매당사자인 청구인과 OOO, OOO, OOO, OOO등이 88.9.22 서울시장에게 제출한 토지등 거래계약 신고서에 계약예정금액을 1,260,336,000원으로 기재하여 날인한 사실이 있으므로 쟁점 토지의 양도가액은 1,260,336,000원임에 틀림없다고 판단되므로, 처분청이 쟁점 토지의 양도차익 계산에 있어서 양도가액은 실지거래가액인 1,260,336,000원을 적용하고 취득가액은 의제실지거래가액인 36,418,800원을 적용한 데에 잘못이 없다는 의견이며, 또한 청구인은 88.12.26자 양도소득세 부과처분에 대한 89.9.11자 국세심판소의 결정에서 기각결정된 바 있으므로 이 건 경정 처분은 무효인 처분이라는 주장이나, 처분청은 당초 결정시 (88.12.21)에는 양도시의 실지거래가액이 확인되지 아니하여, 양도가액을 취득시의 실지거래가액 20,460,000원에 88.9.29 현재의 시가 표준액을 곱하고 이를 70.2.22일 현재의 시가 표준액으로 나누어 산출한 금액 760,921,668원으로 하여 양도차익을 729,147,288원으로 산정하였으나, 이후 처분청은 쟁점 토지의 양도당시 실지거래가액이 1,260,336,000원임을 확인하였고, 확인된 실지거래가액 1,260,336,000원을 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하면 1,222,812,860원이 됨으로써 88.12.1자 처분청의 당초 결정시의 양도차익 729,147,288원에 비하여 볼 때, 493,665,072원의 양도차익이 탈루된 사실이 발견되었으므로

소득세법 제127조

의 규정에 따라 이 건 양도소득세등을 경정 고지한 데에도 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 청구는 쟁점 토지의 양도차익을 어떻게 계산하는 것인지 여부와 당초 처분에 대한 심판결정후 실지양도가액이 확인되었다는 이유로 양도소득세를 경정할 수 있는 것인지 여부에 각각 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

이 건 처분에 이르게 된 경위를 살펴보면, 청구인은 쟁점 토지를 70.2.22 서울시로부터 20,460,000원에 취득하여 88.9.29 OOO등 4인에게 양도하고 88.10.31 처분청에 양도차익에 대한 예정신고를 하면서 양도가액은 배율방법에 의한 기준시가 1,108,143,360원으로 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 가액 89,389,737원으로 계산하여 양도소득세 368,742,340원과 동방위세 73,748,470원을 자진 납부하였고 88.11.24 취득시 매매계약서를 찾았다는 사유로 쟁점 토지의 양도차익을 다시금 계산(취득가액은 실지취득가액 20,460,000원에 물가상승율에 의한 증가금액 10,475,520원을 합한 금액 30,935,520원으로 양도가액은 30,935,520원에 88.9.29 현재의 시가 표준액 334,800,000원을 곱하여 75.1.1 현재의 시가표준액 27,007,051원으로 나눈 금액 385,500,297원으로 함)하여 양도소득세 253,545,480원과 동방위세 50,709,090원을 환급할 세액으로 하는 내용의 수정 신고를 하였으며, 청구인의 위 신고에 대하여 처분청은 88.12.21 쟁점 토지의 양도차익을 산정하면서 취득가액은 75.1.1 의제 실지거래가액 30,669,540원으로 양도가액은 실지 취득가액 20,460,000원에 88.9.29 현재의 시가 표준액을 곱하고 70.2.22 현재의 시가 표준액으로 나눈 금액 760,921,668원으로 하여 양도소득세 117,842,410원과 동방위세 23,568,480원을 환급 결정한 사실이 있고, 국세청에서 처분청에 대한 정기 감사를 하면서 청구인이 양도한 쟁점 토지의 양수자인 OOO으로부터 쟁점 토지의 양도가액이 1,260,336,000원인 사실을 확인받음에 따라 처분청은 양도가액은 실지거래가액인 1,260,336,000원으로 취득가액은 75.1.1 의제 실지거래가액인 36,418,800원으로 하여 양도차익을 다시 결정하고 89.9.16자로 이 건 양도소득세를 결정고지한 것으로 밝혀지고 있는 바, 먼저, 쟁점 토지의 양도차익을 어떻게 결정하는 것이 적법한 것인지 여부를 살펴본다.

소득세법 제23조

제4항 및

같은법 제45조

제1항에 의하면 양도 및 취득가액은 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하는 것이나 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의할 수 있도록 규정하여

같은법 시행령 제170조

제4항에서는 대통령령이 정하는 경우의 하나로서 “국가·지방자치단체·기타법인과의 거래에 있어서 실지거래가액이 확인되는 경우”를 규정하고 있고 같은조 제1항에서는 “법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”라고 규정하고 있으며 소득세법 부칙 제16조(74.12.24 법률 제2705호)에서는 74.12.31 이전에 취득한 토지 건물의 취득시기는 75.1.1에 취득한 것으로 의제하도록 되어 있으며 소득세법 시행령 부칙 제9조에서는 1974.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1975.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없을 때에는 1975.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액으로 하도록 되어 있고, 그 단서에서는 1974.12.31 이전에 취득한 자산의 실지거래된 취득가액에 1974.12.31 이전의 취득일로부터 1974.12.31까지의 보유기간에 의한 도매물가 상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액이 1975.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 가액을 취득가액으로 한다 라고 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점 토지를 지방자치단체인 서울시로부터 취득하였고 그 취득가액(20,460,000원)이 확인되고 있어 위 소득세법의 규정에 따라 일응 실지취득가액이 적용될 수 있는 경우에 해당된다 할 것이나, 쟁점 토지의 취득시기라 70.2.22이므로 위 소득세법 시행령 부칙 제9조의 규정에 따라 75.1.1 현재의 기준시가 내지는 서울시로부터의 취득가액에 취득일 이후 74.12.31까지의 도매물가 상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액이 취득가액이 되는 것이므로 서울시로부터의 실지취득가액을 양도차익 계산에 있어 적용할 수는 없다 할 것이고, 그러하다면 실지거래가액에 의하여 과세할 수 있는 또다른 근거인 국가·지방자치단체 또는 법인에 대한 양도로서 실지거래가액이 확인되는 경우이거나 부동산 투기거래에 해당되어 실지거래가액이 확인되는 경우에 모두 해당되지 아니하는 쟁점 토지의 양도에 있어서는 지방자치단체로부터의 취득이라는 이유로 실지 양도가액에 의하여 양도차익을 결정할 수는 없다 할 것이다(89부 2095, 89.2.17자 참조).

한편, 쟁점 토지는 취득당시(70.2.2, 의제취득일 75.1.1)에는 국세청장이 정한 특정지역에 해당되지 아니하였으나 양도당시(88.9.29)에는 특정지역으로 고시된 것으로 밝혀지고 있어 양도가액은

소득세법 시행령 제115조

제1항 제1호 (가)목을 적용하여 배율방법에 의한 기준시가로 결정하여야 할 것이고, 취득가액은 이 건과 같이 양도당시에는 특정지역에 소재하고 있으나 취득당시에는 특정지역에 해당하지 아니한 경우 취득가액 계산방법을 규정한 같은조 제3항(대통령령 제12154, 87.5.8 개정후의 규정)을 적용하여 계산하여야 할 것으로서 동 규정에서 취득당시의 기준시가 계산방법을

같은법 시행규칙 제56조의 5

제7항에 위임하였으며 같은 법 시행규칙 제7항은

같은법 시행규칙 제56조의 5

제5항을 준용하도록 함으로써, 결론적으로는 취득 및 양도당시의 시가표준액에 의하여 환산한 기준시가가 적용되는 것이나 쟁점 토지의 취득일이 70.2.22이므로 위 소득세법 시행령 부칙 제9조에 의거 쟁점 토지의 취득가액은 실지거래가액에 74.12.31까지의 도매물가 상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액과 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액을 비교하여 많은 금액으로 하여야 하는 바, 청구인이 서울시로부터 취득한 실지거래가액(20,460,000원)에 74.12.31까지의 도매물가 상승율을 곱하여 합산한 가액은 36,418,800원으로서 위 환산 기준시가 89,389,737원과 비교하여 볼 때 환산 기준시가가 더 많으므로 환산 기준시가로 취득가액을 결정하여야 할 것이다.

따라서 쟁점 토지의 양도가액은 배율적용한 기준시가인 1,108,143,360원을 적용하고 취득가액은 75.1.1 현재의 환산 기준시가 89,389,737원을 적용하여 양도차익을 계산하는 것이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 양도시 실지거래가액 1,260,336,000원과 75.1.1 현재의 의제된 실지거래가액 36,418,800원을 적용하여 양도차익을 계산한 것은 부당한 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점 토지에 대한 당초 양도소득세 부과처분(88.12.26자)에 대하여 심판결정(89.9.11자)이 있었으므로 이 건 양도소득세 경정처분이 무효라는 청구주장을 살펴본다.

청구인은

국세기본법 제80조

의 규정을 들면서 당초 처분(88.12.26자)이 유지되어야 한다는 주장이나,

국세기본법 제80조

에서는 심판청구에 대한 결정이 관계 행정청을 기속한다고 규정되어 있을 뿐이므로 심판청구에 대한 결정으로 당해 부과처분이 확정되는 것은 아니라 할 것이고, 정부가 과세표준과 세액을 결정한 후 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 그 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 것이므로(

소득세법 제127조

) 처분청이 당초 양도소득세를 결정한 후 실지양도가액을 발견함에 따라 실지양도가액을 적용하여 양도차익을 다시 계산하고 상당세액을 추가로 결정한 것은 세법상 인정된 경정권에 의한 것으로서 비록 실지 양도가액을 적용한 것이 부당하다 하더라도 그 처분이 당연 무효인 처분은 아니라 할 것이다.

따라서 당초 결정에 대한 심판청구 결과 기각되었다는 이유로 당초 결정이 유지되어야 한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.