이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2015~2017사업연도 법인지방소득세를 신고하면서 2012사업연도에 발생한 에너지절약시설투자액 등의 법인세 이월세액공제를 적용하지 아니하였다.

나. 청구법인은 2021.4.26 2012사업연도에 발생한 에너지절약시설투자액 등의 법인세 이월세액공제액의 10%에 상당하는 OOO원(이하 “쟁점세액공제”라 한다)을 2015~2017사업연도 법인지방소득세 계산시 기납부세액에서 차감하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.2. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.30. 이의신청을 거쳐 2022.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세액공제는 「조세특례제한법」상 세액공제액이 발생하였으나 최저한세가 적용됨에 따라 그 공제가 배제되면서 이월된 것으로서, 2014.1.1. 개정으로 지방소득세가 부가세에서 독립세로 변경되었다고 하더라도 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것, 이하 “개정후법률”이라 하고, 2014.1.1. 개정 전 법률을 이하 “종전 법률”이라 한다) 부칙 제15조에 따라 이월세액공제를 적용하여야 한다.

(2) 개정후법률 부칙 제15조에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 이 경과규정은 구 법에 의하여 납세의무 성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이므로, 2014년 이전 발생한 세액공제액의 10%에 해당하는 금액은 종전 법률에 따라 그 이후 사업연도의 법인지방소득세 계산시 공제되어야 한다.

(3) 청구법인은 개정후 법률이 시행되기 전인 2013.12.31. 이전 에너지절약시설에 투자하였고, 에너지절약시설을 투자함에 있어 법인세법에 따른 법인세액 이외에도 그에 부가되는 지방소득세 법인세분도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰하에 이루어진 것으로, 그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 개정후법률 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 ‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있고, 제15조(일반적 경과조치)에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.

(2) 2014사업연도 이후의 법인지방소득세는 개정후법률 시행 이후에 납세의무가 성립되었으므로 개정후법률이 적용되어야 하며,

개정후법률 제103조의22

에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하면서,

「지방세특례제한법」제174조

에서 개인에 대해서만 세액공제액의 이월공제를 규정하고 있을 뿐 법인에 대해서는 이월공제를 규정하고 있지 않다.

(3) 2014사업연도 전에도 법인지방소득세가 구「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 연구인력개발비 세액공제, 중소기업특별감면 등을 공제한 후의 법인세액을 과세표준으로 하고 그 10%를 해당 세액으로 하였기 때문에 세액을 공제받은 효과가 있었을 뿐이지, 법인지방소득세 관련 별도의 세액공제 규정이 있었던 것은 아니다.

(4) 종전 규정에 따른 조세우대조치를 신뢰하더라도 이는 영구적인 조세혜택을 받을 권리를 부여한 것이라 할 수 없고 당시 법제도에 대한 단순한 기대이익에 불과한 것이므로, 청구법인이 법인지방소득세에서 이 사건 이월공제세액을 공제 받을 수 있다는 것에 대해 신뢰를 가졌다고 하더라도 이는 청구법인의 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 법률을 적용하여 2015~2017사업연도 법인지방소득세 산출시 「조세특례제한법」상 이월세액공제 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2015~2017사업연도 법인지방소득세를 신고하면서 2012사업연도에 발생한 에너비절약시설투자액 등 법인세 이월세액공제액을 적용하지 아니하였다.

(나) 청구법인은 2021.4.26 2012사업연도에 발생한 에너지절약시설투자액 등의 법인세 이월세액공제액의 10%에 상당하는 쟁점세액공제를 2015~2017사업연도 법인지방소득세 계산시 기납부세액에서 차감하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.2. 이를 거부하였다.

(다) 개정후법률의 제정ㆍ개정이유를 보면 다음과 같은 개정이유와 개정내용이 나타난다.

◇ 개정이유

소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계하는 한편, 지방세 과세대상 간의 형평성을 제고하기 위하여 취득세 과세대상을 확대하고, 등록면허세의 정액 세율을 물가상승률 등을 감안하여 현실화하며, 신탁재산에 대한 재산세 납세의무자를 변경하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

자. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」과 동일하게 하되, 표준세율을 별도로 정하고 지방자치단체의 조례로 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 함(제103조의19 및 제103조의20 신설).

차. 과세표준 및 세액의 확정신고ㆍ납부, 수정신고ㆍ납부, 결정과 경정, 수시부과, 징수와 환급, 특별징수의무, 가산세 등 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 부과ㆍ징수에 관한 사항을 「법인세법」에 준하여 규정함(제103조의23부터 제103조의30까지 신설).

(라)

개정후법률 제103조의22

에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다고 규정하고 있다.

(마) 2014.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」에서는 개인지방소득세에 대한 감면이나 이월세액공제를 적용할 수 있도록 규정하고 있으나, 법인지방소득세에 대해서는 별도로 규정된 바가 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구법인은 2014.1.1. 「지방세법」개정에도 불구하고 일반적 경과조치 또는 신뢰보호의 원칙 등에 따라 쟁점세액공제액을 2015∼2017사업연도의 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다고 주장한다.

그러나, 법인에 부과되는 지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 과세체계를 적용하게 되었던 점,

개정후법률 제103조의22

에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 현행 「지방세특례제한법」에서는 법인지방소득세에 대하여 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점,

일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데, 「조세특례제한법」상 이월세액공제에 대한 규정은 지방세법령에 명시되어 있는 것이 아니라서 일반적 경과조치의 적용대상에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 2014.1.1. 「지방세법」 개정 후에는 「조세특례제한법」에 따라 공제되는 이월세액을 법인지방소득세 산출세액에서 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하므로 2015∼2017사업연도 법인지방소득세 산출세액에서 쟁점세액공제를 공제해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정되기 전의 것)

제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,「법인세법」 또는「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. (단서 생략)

제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법 인지방소득세의 과세표준은

「법인세법」 제13조

에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,

「조세특례제한법」 제100조의32

제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ①

「법인세법」 제60조

에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. (각 호 생략)

③ 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 산출세액에서 다음 각 호의 법인지방소득세 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도에 대한 법인지방소득세로서 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다.

1. 제103조의22에 따른 해당 사업연도의 공제ㆍ감면 세액

2. 제103조의26에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

3. 제103조의29에 따른 해당 사업연도의 특별징수세액

＜부 칙＞

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례 제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.

② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 안전행정부장관과 협의하여야 한다.

제174조(세액공제액의 이월공제) ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(

「조세특례제한법」 제126조의6

을 적용하는 경우에는

「소득세법」 제45조

제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.

② 각 과세연도의 개인지방소득세에서 공제할 금액으로서 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

③ 제1항에도 불구하고 제114조제1항제2호 각 목외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제114조제2항에 따라 개인지방소득세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 이월공제 받는 과세연도의 상시근로자수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.

1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 200만원

2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 150만원

3. (이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 100만원

가. 이월공제받는 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수

나. 이월공제받는 금액의 해당 투자가 이루어진 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수

다. 제114조제2항에 따라 상시근로자 수가 감소하여 개인지방소득세를 납부한 경우 그 상시근로자 수가 감소한 과세연도(2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도)의 상시근로자 수