이유
1. 처분개요

가. 청구법인은「과학기술분야 정부출연기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」제8조 제1항 및 별표에 따라 정부가 출연하여 설립된 비영리법인으로서 국내외 육상·해저 지질조사, 지하자원의 탐사·개발·활용, 지질재해 및 지질 관련 기후변화 대응 관련 원천기술개발 및 성과 확산을 통해 지속가능한 국가발전에 기여함을 목적으로 운영되는 정부출연연구기관이다.

나. 2010.4.22. 청구법인은 (주)OOO와 기술실시계약을 체결하고 기술료로 OOO을 받아 청구법인의 연구책임자들에게 OOO의 성과금을 지급하고 이 금액 중 특허와 관련없이 지급받은 OOO은 근로소득으로 보아 원천징수 납부하였고, 위 계약의 특허와 관련하여 받은 보상금 OOO(이하 “쟁점보상금”이라 한다)은

「발명진흥법」 제15조

의 규정에 의한 직무발명보상금에 해당하여 비과세 대상인 기타소득으로 보아 원천징수 대상에서 제외하였다.

다. 감사원은 2011년 8월경 청구법인과 같은 비영리연구기관들이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시를 허여(許與)하는 대가로 기술료를 징수하고, 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 「발명진흥법」상의 직무발명보상금에 해당되지 아니하고, 근로소득에 해당된다는 사유로 국세청장에게 근로소득세 등을 징수하도록 통보하였다.

다. 처분청은 감사원의 확인 및 조치 통보에 따라 청구법인에게 수정신고 등을 안내하였고, 청구법인은 수정신고서를 제출하고 추가납부세액을 납부하지 아니하자 처분청은 2012.1.12. 무납부세액에 대하여 가산세를 포함하여 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 처분청의 부과처분이 청구법인의 잘못된 수정신고에 근거한 것으로 보고 2012.4.10. 「국세기본법」에 따라 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점보상금이 기술료성과급인 과세되는 근로소득에 해당한다 하여 경정청구를 기각하는 결정통지를 하였고 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「발명진흥법」의 유권해석기관인 특허청에서 청구법인 소속 연구원의 연구 수행 결과물을 직무발명에 해당된다 하였고, 청구법인은 발명진흥법상의 직무발명에 대한 정당한 보상기준을 정한 「기술이전

및 사업화 촉진에 관한 법률」의 규정에 따라 직무발명을 승계한 사용자가

타인에게 실시권을 부여하고 수령한 기술료수입에 대하여

보상금을 받은 것이므로 비과세 기타소득인 직무발명보상금에 해당된다.

따라서 청구법인이 직무발명자인 소속 연구원에게 등록특허, 출원중인 특허, 특허 등을 받을 수 있는 권리가 있는 발명으로 인하여 지급받는 기술료 보상금은 기타소득으로 비과세되는 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당되므로 처분청의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

기술료 성과급의 경우 첫째, 비영리연구기관에서 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관 등에 귀속되고, 둘째, 그 실질이 비영리기관의 매출(수입)에 기여한 데 대한 인센티브 성격의 금원이며, 셋째, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것이므로 그 지급 여부는 연구개발 결과물의 특허 관련성과 무관하며, 넷째, 그 지급대상에 발명자는 물론 참여연구원, 심지어는 해당 연구에 참여하지 않은 지원인력도 포함하도록 규정되어 있는 점 등으로 볼 때 발명자인 종업원이 특허권 등을 사용자 등에게 승계하는 대신 지급받는 직무발명보상금과는 그 성격이 다르다.

따라서 청구법인이 기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급하는 금원은 그 명칭이 무엇이든 그 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당하고 그 지급받는 대상 또는 특허 관련성 유무에 따라서 소득의 종류가 달라지지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

소속직원에게 지급한 기술료 보상금을 비과세 기타소득인「발명진흥법」상 직무발명보상금으로 볼 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 2010.4.22. 청구법인과 (주)OOO 사이에 체결한 ‘기술실시계약서’에 의하면 주관연구기관의 장, 실시기업의 대표자(이하 “실시자”라 한다) 및 전문기관의 장은 주관연구기관이 국토해양부 “해양수자원이용사업”으로 개발한 지식재산권 및OOO를 2단계 공동연구를 목적으로 실시자가 실시함에 있어 기술료 OOO을 지급한다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 직무발명보상금이라 주장하며 특허증, 출원번호통지서, 개인별 기술료 인센티브 지급내역서 등을 제출하였으며, 출원번호통지서의 발명자 성명란에 소속연구원인 정OOO이 기재되어 있으며, 제출한 개인별기술료인센티브지급내역서에 의하면 책임연구원 정OOO, 책임연구원 이OOO이 지급된 것으로 기재되어 있다.

(3) 살피건대,

청구법인은

쟁점기술료 성과급이

「소득세법」제12조

제5호 라목에 해당되는 비과세대상 기타소득이므로 처분청의 과세처분이 부당하다는 주장이나, 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것이고, 쟁점기술료 성과금은 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것으로서 청구법인과 유사한 비영리연구기관인 OOO 등은 기술료성과급을 과세되는 근로소득으로 분류하여 신고하고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한 금원은 그 명칭이 무엇이든 그 지급의 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 소속 직원에게는 근로소득으로, 퇴직자에게는 기타소득으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012전1729, 2012.6.11. 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.