이유
1. 원처분 개요

청구인은 서울특별시 영등포구 OO동 OOOOO 대지 260.8㎡를 88.9.28 취득하여 동지상에 89.8.12 주택 551.16㎡(위 토지 및 건물을 이하 “쟁점갑부동산”이라 한다)를 신축하여 2개월간 소유하다가 양도하고, 같은동 OOOOO 대지 372.5㎡(이하 “쟁점을부동산”이라 한다)를 89.6.10 취득하여 89.12.23 나대지 상태로 양도한 후 89.12월과 90.1월에 각각 자산양도차익예정신고를 이행하였다.

처분청은 청구인의 쟁점부동산의 양도를 부동산매매업으로 보고 89사업년도 종합소득세를 신고하지 아니 하였다하여 쟁점갑부동산의 경우 그 양도가액 397,000,000원 중 건물분 부가가치세 5,945,760원(지방세법에 의한 과세시가표준액의 10% 상당액)을 차감한 391,054,220원을 수입금액으로 하고, 쟁점을부동산은 국세청기준시가 92,961,100원을 수입금액으로 하여 소득표준율(24.7%와 34.4%)에 의한 추계조사결정으로 소득금액을 결정한 후 93.8.16 청구인에게 89년도 귀속분 종합소득세 91,503,800원 및 동 방위세 18,300,760원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.10.13 심사청구를 거쳐 94.1.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

① 청구인은 토지매입대금과 양도대금에 관한 증빙인 매매계약서 및 거래사실확인서와 지상건물 신축시 자재비, 노무비 및 경비등 공사원가에 대한 영수증과 동 증빙에 의한 장부를 기장하여 비치한 후 이를 근거로 양도소득세를 신고하였기 때문에 처분청이 이를 부동산매매업으로 보아 종합소득세를 과세하면서 관련증빙 및 장부에 의하여 실지조사결정하여야 함에도 청구인이 종합소득세를 자진납부하지 아니하였음을 이유로 추계조사결정으로 이 건 종합소득세를 과세한 것은 부당하므로 실지조사에 의하여 경정하여야 하고,

②

쟁점甲부동산의 매매계약서상에는 총양도가액 397,000,000원만 기재되어 있고 부가가치세가 표시되어 있지 아니하였기 때문에 동 양도가액에는 기납부한 부가가치세 26,084,910원이 포함되었는데도 처분청이 지방세법에 의한 건물 과세시가표준액 59,457,600원의 10%에 해당되는 5,945,760원만 차감한 것은 부당하므로 총양도가액에 부가가치세 26,084,910원을 공제한 370,915,090원을 수입금액으로 하여야 하며,

③ 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세의 과세대상으로 보아 양도소득세를 자진신고납부 등의 방법으로 기 납부하였는데 처분청이 이를 부동산 매매업으로 보아 종합소득세를 과세하면서 기 납부한 양도소득세를 공제 또는 환급하지 아니한 것은 부당하다는 것이다.

나. 국세청장 의견

① 국세청장은 청구인이 쟁점부동산의 실지양도가액 및 취득가액이 관련증빙에 의하여 확인되므로 이 건 소득세를 실지조사에 의하여 과세하여야 한다고 주장만하고 관련증빙을 제시하지 아니하고 있으므로 소득금액을 추계조사결정한 당초처분은 잘못이 없고,

② 청구인이 제시하는 쟁점부동산의 매매계약서와 거래상대방의 사실확인서만으로는 객관성이 없기 때문에 397,000,000원을 실지거래가액으로 볼 수 없어 청구주장은 이유없으며,

③ 우리나라의 소득세 체계상 분류과세방법을 채택하고 있기 때문에 이 건 종합소득세 과세시 기납부한 양도소득세를 기납부세액으로 불공제한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점갑, 을부동산의 양도에 대하여 종합소득세를 추계조사결정한 당초처분의 당부,

(2) 쟁점갑부동산의 양도대금 397,000,000원에 포함된 부가가치세를 건물 과세시가표준액의 10%인 5,945,760원으로 본 처분의 당부

(3) 쟁점부동산에 대한 종합소득세 계산시 자진납부한 양도소득세등 2,974,810원(총 10,598,700원 중 나머지는 처분청에서 고지하여 납부한 것임)을 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다 하겠다.

나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 관련법령

소득세법 제118조

제4항에 의하면 기장의무자 이외의 거주자에 대하여 비치·기장된 장부 또는 기타의 장부와 증빙서류를 근거로 하여 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 그 비치·기장된 장부에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 실지조사결정하도록 규정하고 있고,

같은법 제120조

및

같은법 시행령 제169조

제1항 제1호를 보면 정부는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때 등의 사유로 실지조사결정등에 의하여 결정할 수 없는 때에 한하여 과세표준과 세액을 업종별 소득표준율에 의하여 추계조사결정한다라고 규정하고 있으며,

같은법 제94조

제1항에서 부동산매매업자가 토지등 매매차익예정신고를 하지 아니한 때에는 정부는 즉시 그 매매차익 또는 세액을 결정하거나 경정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 부동산매매업자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

위 규정은 비치·기장된 장부에 의하여 법에 규정하는 총수입금액, 소득금액 및 과세표준의 계산이 가능하고, 비록 거래일자별로 기록을 하지 아니하였지만 세금계산서, 계산서 또는 이에 준하는 영수증, 지불증에 의하여 일계나 주계 또는 월계의 계산이 가능하면 실지조사결정 방법에 의하여 소득금액을 결정하여야 하며, 또한 동일한 과세기간에 여러필지의 부동산을 매매한 경우 그 중 실지거래가액과 취득원가등이 관련증빙에 의하여 확인되어 그 과세표준과 세액의 계산이 가능한 거래에 대하여는 실지조사결정하고, 그 거래가액등이 불분명한 일부거래에 대하여는 추계조사결정을 할 수 있다 하겠다(국심 92중3369, 92.10.22 등 다수, 같은 뜻임).

(2) 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명하다고 보아 종합소득세를 추계조사결정한 처분의 당부.

(가) 먼저 쟁점「갑」부동산에 대하여 살펴보면

① 처분청이 제출한 종합소득세 및 부가가치세의 결정결의서 및 거래상대방의 확인서에 의하면 쟁점갑부동산의 실지양도가액은 397,000,000원임이 확인되고 있을 뿐 아니라 처분청과 청구인간에 다툼이 없으므로 쟁점갑부동산의 실지양도가액은 확인된다 하겠다.

② 쟁점을부동산중 토지의 실지취득가액은 매매계약서원본, 거래상대방의 사실확인서 등에 의하여 확인되고 있다.

③ 청구인은 건물공사원가 내역을 입증할 수 있는 증빙자료로서 원재료구입관련 출금전표 및 간이세금계산서, 노무비관련 간이세금계산서, 지출명세서 및 영수증이 첨부된 경비지출전표등과 동 증빙을 기초로 하여 작성된 결산서(합계잔액시간표, 대차대조표, 손익계산서, 공사원가명세서), 총계정원장(원장계정상에 각계정별로 거래일자순으로 거래내역을 기장하였음) 등을 제시하고 있는 바, 이에 대하여 다음과 같이 살펴보면 청구주장 이유있는 것으로 보여진다.

첫째, 공사원재료구입 관련 간이세금계산서와 출금전표 등에 의하면 청구인은 건축자재등 원재료비용 107,911,940원을 지출하였음이 확인되고 있다.

둘째, 일용근로자의 임금지급에 관한 간이세금계산서 등을 보면 청구인은 근로자별로 임금지급간이세금계산서를 작성하여 근로자의 성명, 주민등록번호, 주소 및 임금지급액등을 구체적으로 기재하고 있어 임금지급대상자가 확인되고 또한, 그 지급금액 54,500,000원이 총계정원장상 금액과 동일하므로 청구인이 제출한 동 임금지급증빙은 신빙성이 있어 보인다.

셋째, 청구인이 제출한 출금전표를 보면 청구인은 일반경비를 55,051,270원 지급한 것으로 확인되고 있고, 이는 총계정원장 내용과 동일한 사실이 확인된다.

④ 쟁점갑부동산 중 89.8.12 신축한 건물의 경우 평당 건축단가를 보면 약 1,300,000원【총공사원가 217,463,210원 / 166.7평(연면적 551.16㎡)】정도 소요된 것으로 확인되고 있는 바, 이는 89년도 하반기에 신축한 상가 및 주택 건물(지하 1층, 지상 3층)인 점등을 고려하여 볼 때 평당단가가 높다고는 볼 수 없다 하겠다.

(나) 쟁점「을」부동산에 대하여 살펴보면

청구인은 89.6.10 쟁점을부동산을 취득하여 그 지상에 건물을 신축하지 아니하고 89.12.23 나대지로 양도한 것으로서 처분청이 쟁점을부동산의 실지양도가액 및 취득가액이 확인되지 아니한다고 보고 수입금액을 국세청기준시가로 계산하여 소득표준율에 의한 추계조사결정을 한데 대하여, 청구인은 쟁점을부동산의 실지양도가액이 205,999,950원이고, 실지취득가액이 200,000,000원이라고 주장하면서 양도시의 검인계약서와 취득시의 일반계약서 등을 제시하고 있을 뿐 당심판소가 청구인에게 요구한 매매계약서 원본과 동 거래가액을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있어 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다.

위의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점갑부동산의 경우는 실지취득가액 및 실지양도가액과 그 지상건물의 공사원가가 관련장부와 증빙자료에 의하여 확인되므로

소득세법 제118조

등의 규정에 의한 실지조사결정에 의하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당한 반면, 쟁점을부동산의 경우는 추계조사 결정한 당초처분이 타당하다고 판단된다.

나. 쟁점(2) (쟁점갑부동산의 양도가액에서 부가가치세 5,945,760원을 공제한 금액을 수입금액으로 본 처분이 정당한지 여부)에 대하여

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항에서 「사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 및 기타구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다」고 규정되어 있는 바, 이는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다는 의미이다(국심 92서2219, 92.9.30, 같은 뜻임).

이 건 쟁점갑부동산의 양도시 매매계약서에 의하면 그 거래가액이 397,000,000원으로만 표시되어 있고 공급가액과 부가가치세가 별도로 구분표시 되어 있지 아니 하였음이 확인되고 있다.

위 규정과 사실을 종합하여 볼 때, 청구인이 양도한 쟁점부동산의 토지공급가액과 건물의 공급가액의 구분이 불분명하므로 쟁점갑부동산의 양도(공급)에 따른 건물분 부가가치세 과세표준은 아래 산식에 의하여 계산함이 타당하고,

위 산식에 의하여 이 건 부가가치세의 과세표준을 계산하여보면 260,849,101원(총양도가액 397,000,000원, 토지과세시가 표준액 25,088,296원, 건물과세시가표준액 59,457,600원)이됨을 알 수 있다.

따라서 쟁점건물분에 대한 부가가치세는 26,084,910원이 되므로 처분청이 위 건물과세시가표준액의 10%에 상당한 5,945,760원만 인정한 것은 부당하다고 판단된다.

라. 쟁점(3) (이 건 종합소득세 계산시 기 자진납부한 양도소득세 등 10,598,700원을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분의 당부)에 대하여

이 건 사실관계를 보면 청구인이 89.10.13과 89.12.23 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 등 2,974,810원(총 10,598,700원 중 나머지는 처분청이 결정고지 한 것임)을 같은해 12월과 90.1월에 각각 자산양도차익예정신고 및 납부시 자진신고·납부한 데 대하여, 처분청은 93.8.16 쟁점부동산의 양도를 부동산매매업으로 보아 이 건 종합소득세를 결정하면서 위 양도소득세를 기납부세액으로 공제하지 아니하고 납부불성실 가산세를 과세하였다.

소득세법 제131조

제1항에서 정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한 경우에 제16조 제4호의 규정에 의한 종합소득 총결정세액, 퇴직소득 총결정세액, 양도소득 총결정세액과 산림소득총결정세액의 「합계액」이 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액(이하 “추가납부세액” 이라 한다)을 과세표준확정신고일이 속하는 년도의 8월 17일부터 8월31일까지 징수한다고 규정하고 있어, 이 건의 경우와 같은 양도소득세 확정신고 자진납부세액을 총결정세액의 합계액에서 공제하는 것임을 알 수 있다.

따라서 청구인이 쟁점갑부동산의 경우 89.10.13 양도하고 그 익월이 아닌 89.12월에 자산양도차익예정신고를 이행하였으므로 이는

소득세법 제95조

에 의하여 정당한 신고가 아니고, 쟁점을부동산의 경우는 89.12.23 양도하고 90.1월 자산양도차익예정신고를 하였으므로 동 신고·납부세액인 양도소득세 561,040원 및 동 방위세 51,000원과 동 신고납부세액공제액을 총결정세액의 합계액에서 공제하여야 함에도 공제하지 아니하고, 또한,

같은법 제121조

제3항의 규정에 의한 납부불성실가산세를 과세한 것은 부적법하다고 판단된다(국심 92중6, 92.5.25, 93서962, 93.7.30, 93서1281, 93.10.4 같은 뜻임)

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.