이유
1. 원처분 개요
청구법인(학교법인)은 부산광역시 해운대구 O동 OOOO 소재 주식회사OOOOO호텔(이하 “청구외 법인”이라 한다)의 발행주식 100%를 소유하였던 과점주주로서 90.3.26 청구외 법인의 청산시 청구외 법인이 소유하였던 부산광역시 해운대구 O동 OOOOOO외 11필지 토지 3,309평 및 건축물 3,735평(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고 받은 매각대금 25,180,000,000원등 총 잔여재산 25,227,692,147원 O에서 은행부채등을 변제하고 남은 19,662,270,000원을 청구외 법인의 청산인으로부터 분배받은 사실이 있다.
처분청은 91.12.15 위 쟁점부동산의 취득 및 양도가액을 국세청기준시가로 평가하여 청구외 법인에게 90.2.1 ～ 90.3.26 사업년도 법인세(특별부가세) 3,573,558,950원을 결정고지하여 체납되자 93.8.25
국세기본법 제39조
의 규정에 의하여 청구법인을 청구외 법인의 체납액(법인세 3,573,558,950원 및 동 가산금 893,389,640원)에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 후, 95.6.1 위 쟁점부동산을
법인세법시행령 제124조의 2
제7항의 규정에 의하여 실지거래가액 또는 환산한 가액으로 평가하여 법인세(특별부가세) 5,152,042,000원 및 동 방위세 583,843,540원을 청구외 법인에게 경정고지함과 동시에,
국세기본법 제38조
의 규정에 의하여 청구법인을 청구외 법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 동 경정세액을 납부통지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 95.7.29 심사청구를 거쳐 95.11.20 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구주장
(1) 청구법인은 OO대학교에 의과대학설치허가를 받고 그 부속병원의 건축 및 시설비용을 마련하기 위하여 그 수익용 기본재산인 쟁점부동산을 처분하기로 하고 그 처분대금을 동 병원신축비용으로 사용할 것을 조건으로 교육부장관으로부터 청구외 법인의 발행주식 전부에 대하여 처분허가를 받았으나, 인수하고자 하는 법인이 재벌기업의 문어발식 기업확장 규제로 주식양수가 불가능하게 되었을 뿐 만 아니라 청구법인의 자금사정이 어려운 나머지 부득이 주식을 처분하는 대신에 청구외 법인 소유의 전 영업재산을 양도하고 청구외 법인에 대하여는 해산 및 청산절차를 거쳐 잔여재산의 처리방식으로 그 매득금을 인도받게 된 것인 바, 비록 주식처분의 방법에 의하지는 아니하였지만 교육부장관의 처분허가를 받아 청구외 법인의 전 영업재산을 처분하고 그 처분대금 O 채무등을 공제한 잔액을 청구법인의 부속병원의 건축 및 시설비용에 모두 충당한 일련의 행위는 결국 학교법인이 교육사업에 사용할 목적으로 그 기본재산을 양도한 것과 동일하기 때문에 그로 인하여 발생한 소득은
조세감면규제법 제67조의 3
의 규정에 의하여 특별부가세 면제대상이 된다고 보아야 하므로, 처분청이 청구법인을 제2차납세의무자로 지정 및 납부통지한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점부동산의 매매계약서상 양도가액이 25,194,000,000원으로 기재되어 있으나 동 계약서의 부동산표시란의 단서조항에서 양도대상이 아닌 기계시설, 전기시설, 상하수도시설, 건물부속시설물등이 포함되어 있으며, 계약서 제3조에 국유지 대부연고권(부속토지 O에 국유지가 있음)과 재산대부권, 지상물일체 및 개인대부권등이 포함되어 있으며, 건물목록 단서에 보일러, 냉난방등과 부착물, 집기비품도 포함되어 있으므로 양도가액은 불분명한 경우에 해당되고, 77.1.1 이전 취득한 토지의 경우는 77.1.1 현재 시가가 불분명한 경우에 해당되기 때문에 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여야 하는 데, 처분청이 77.1.1 이후 취득분은 그 실지취득가액으로 하고 그 이전 취득분은 77.1.1 현재 기준으로 환산하였으므로 이는 부당하다.
(3) 납세의무자인 청구외 법인의 청산으로 인하여 그 존재 및 담세능력이 없다는 사실을 알고 있었던 처분청이 쟁점부동산의 과세표준 및 세액의 신고내용에 대하여 서면분석으로 91.12.16 법인세(특별부가세) 3,573,558,950원을 경정고지하여 청구외 법인이 동 법인세를 체납하자, 93.8.25 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부하도록 통지한 후 청구외 법인이 청산되고 없어진 5년이 경과된 시점에서 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액이 잘못되었다는 이유로 실지거래가액으로 경정하면서 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정하여 가산세까지 납부하게 한 것은 신의성실원칙에 위배된다.
나. 국세청장 의견
쟁점부동산은 영리법인인 청구외 법인의 소유로서 조세감면규제법상 감면대상이 아니기 때문에 청구법인에게 제2차납세의무가 있고, 쟁점부동산의 양도시 매매계약서에 의하면 총 매매대금 252억원 O 토지가액 238억원과 건물가액 14억원으로 명확히 구분되어 있을 뿐 만 아니라 건물가액에 전기시설등 양도대상이 아닌 것도 포함되어 있다고 보아 건물가액을 과세시가표준액으로 하였으며, 토지의 경우 법인세법시행령 부칙 제7조의 규정에 의하여 적법하게 평가한 사실이 확인되므로 청구주장은 이유가 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 청구법인을 청구외 법인의 체납액에 대한 제2차납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분의 당부
(2) 쟁점토지의 양도차액을 실지거래가액으로 평가한 처분의 당부
(3) 쟁점부동산을 실지거래가액으로 경정하면서 가산세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다.
나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.
(1) 관련법령
국세기본법 제38조
제1항에서는 법인이 해산한 경우에는 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고 잔여재산을 분배 또는 인도한 때에 그 법인에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액에 부족한 경우에는 청산인 또는 잔여재산의 분배 또는 인도를 받은 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다고 규정하고 있고, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 제2차 납세의무는 청산인에 있어서는 분배 또는 인도한 재산의 가액을, 그 분배 또는 인도를 받은 자에 있어서는 각자가 받은 재산의 가액을 한도로 한다고 규정하고 있다.
(2) 사실 및 판단
(가) 사실관계
ㅇ 90.1.31 : 청구외 법인의 해산등기
ㅇ 90.3.26 : 잔여재산가액 확정 및 쟁점부동산을 양수자 명의로 소유권이전등기 완료
ㅇ 90.6.23 : 청산소득 신고일
ㅇ 90.6.26 : 90.2.1 ～ 90.3.26 사업년도 법인세 신고(쟁점부동산을 청구외 법인의 기본재산으로 보아 감면신청)
ㅇ 91.12.16 : 청구외 법인의 신고내용O 감면을 배제하고 법인세 경정고지(납부기한일 : 91.12.31)
ㅇ 93.8.25 : 청구외 법인의 체납세액에 대하여 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정 및 납부통보
ㅇ 93.11.8 : 매각대금청산서 종결인수인계서 작성
ㅇ 95.6.1 : 이 건 법인세를 경정하여 청구외 법인에게 고지함과 동시에 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지하였음
ㅇ 현재까지 : 청산등기를 이행하지 아니하였음
(나) 앞에서 본
국세기본법 제38조
제1항에서 “법인이 해산한 경우에 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고”에서 「부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금」의 범위에 관해 살펴보면, 「부과되거나」는 정부결정에 의하여 확정되는 국세(예 : 94.12.22 개정 이전 소득세등)에 대하여 언급한 것으로서 정부가 과세표준과 세액을 결정함으로써 납세의무가 확정되는 것과 납세자가 신고에 의하여 확정되는 국세 O에서 정부가 결정하는 경우에는 그 결정에 의하여 확정된 것을 의미한다 할 것이고, 「납부할」은 법인세, 부가가치세등과 같이 신고에 의하여 확정되거나 인지세나 원천징수하는 소득세 또는 법인세등과 같이 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 자동확정되는 세목의 경우에는 납세의무자가 정부에 신고하였거나 원천징수사유가 발생함으로써 그 세액이 확정된 것을 언급하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 신고납부세목의 경우는 신고일 현재 납세의무가 성립된 것은 제2차 납세의무가 있다고 봄이 타당하겠다(국심 90전2677, 91.5.8, 합동회의, 같은 뜻임).
따라서 이 건 법인세는 청산인이 청구외 법인의 청산소득을 신고한 날인 90.6.26 현재 납세의무가 성립되었을 뿐 만 아니라 청구법인이 청구외 법인의 100% 주주였으므로 청구법인은 이 건 법인세에 대한 제2차 납세의무가 있다.
(다) 또한, 청구법인은 청구외 법인의 전 영업재산을 처분하고 그 처분대금 O 채무등을 공제한 잔액을 청구법인의 부속병원의 건축 및 시설비용에 모두 충당한 일련의 행위는 결국 학교법인이 교육사업에 사용할 목적으로 그 기본재산을 양도한 것과 동일하므로 그로 인하여 발생한 소득은
조세감면규제법 제67조의 3
의 규정에 의하여 특별부가세 면제대상이 된다고 보아야 하므로, 처분청이 청구법인을 제2차납세의무자로 지정 및 납부통지한 처분은 부당하다고 주장하고 있는 바,
상법 제260조
및 제542조 제1항등에 의하면 청산인은 법인의 채무를 완제한 후가 아니면 잔여재산을 분배하지 못하도록 되어 있었으므로 청구외 법인의 청산인은 마땅히 청구외 법인이 부담하여야 할 이사건의 양도로 인한 법인세(특별부가세)의 세액을 납부하거나 같은 금액을 보류한 다음 그 잔여재산만을 인도하여야 함에도 그와 같은 의무를 이행하지 아니한 채 이를 전부 청구법인에게 인도하였다면 청구법인은
국세기본법 제38조
제1항의 규정에 의하여 제2차 납세의무가 있다고 봄이 타당하다 할 것이다.(대법원 95누 137838, 96.3.26, 같은 뜻임).
(라) 위의 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 청구법인은 이 건 법인세에 대하여 제2차 납세의무가 있으므로 처분청의 처분은 정당하다고 판단된다.
다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.
(1) 관련법령
법인세법 제59조의 2
제3항에 의하면 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용등을 공제한 금액으로 하되, 다만, 양도 가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있으며,
같은법시행령 제124조의 2
제7항에서 법 제59조의 2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 O의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음산식에 의하여 환산한 가액으로 하며, 그 O 취득가액이 불분명한 경우의 산식은 「양도가액×취득당시의 과세시가표준액 ÷ 양도당시의 과세시가표준액」이며, 같은시행령부칙 (대통령령 제7464호, 74.12.31 개정) 제7조에서 1976년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1977년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1977.1.1 기준시가. 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 1976년 12월 31일 이전의 장부가액에 1976년 12월 31일 이전의 취득일로부터 1976년 12월31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1977년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득액으로 한다고 규정하고 있다.
(2) 사실 및 판단
(가) 쟁점부동산의 양도시 작성된 매매계약서내용을 보면 부동산의 표시란에 토지와 그 지상건물, 지상물 및 부대시설 일체, 기계장치, 전기시설, 상하수도, 건물부착물등을 포함한다고 기재되어 있는 한편, 매매대금란에는 총 매매대금 25,194,000,000원 O에 토지가액이 23,794,000,000원, 건물가액이 1,400,000,000원으로 각각 구분표시되어 있어 토지가액은 분명한 반면, 건축물가액에는 양도대상이 아닌 기계장치, 전기시설등이 포함되어 있어 건물가액의 경우 그 실지 거래가액을 구분, 계산할 수 없게 되어 있는 바, 이에 따라 처분청이 건물의 취득 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가표준액으로 산정(양도가액 1,106,147,720원, 취득가액 525,025,803원)하였으므로, 처분청이 평가한 양도가액 24,900,147,720원(토지의 실지양도 가액 23,794,000,000원, 건축물가액 1,106,147,720원)은 타당하다 하겠다.
(나) 다음으로 토지의 취득가액에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점토지 12필지 O 77.1.1(의제취득일)이후에 취득한 7필지(OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOOO, OOOOOOO, OOOOOOO, OOOOOOOOO)의 경우는 장부가액인 131,434,593원으로 평가하고, 76.12.31 이전에 취득한 나머지 5필지는 의제취득일 현재 실지취득가액이 불분명한 경우에 해당된다고 보아
법인세법시행령 제124조의 2
제7항의 산식에 의하여 환산한 가액 87,674,848원으로 평가하였으므로 총 취득가액 744,135,244원(토지가액, 219,109,441원, 건축물가액 525,025,803원)은 적법하다 하겠다.
위의 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 처분청이 이 건 처분시 평가한 쟁점부동산의 취득가액 및 양도가액은 정당하므로 청구주장 이유가 없다고 판단된다.
라. 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.
(1) 먼저 관련법령인
법인세법 제59조의 5
의 규정에 의하면 제59조의 2의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우에는 제41조 제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있으며,
같은법 제41조
제1항에서 정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 산출세액이 없을 때에는 이를 적용하지 아니한다고 규정하면서, 그 제2호에서 제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달 하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 미달하는 금액 O 대통령령이 정하는 금액에 대하여는 100분의 30에 상당하는 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제3호에서 법인세를 납부하지 아니 하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액 100원에 대하여 금융기관의 대출이자율 수준을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율로 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(2) 이 건의 경우 청구외 법인의 청산인은 90.6.26 90.2.1 ～ 90.3.26 사업년도 청산소득을 신고하면서 쟁점부동산등 잔여재산의 가액을
법인세법 제59조의 2
및
같은법시행령 제124조의 2
제7항의 규정에 의하여 정확히 평가하여 신고납부하여야 함에도 이를 무시하고 임의로 국세청 기준시가로 평가하여 과소신고납부함에 따라, 처분청이 사후에 청산인의 신고내용에 위의 사실을 발견하여 경정하면서 신고 또는 납부하여야 할 금액에 미달하게 신고 또는 납부한 금액에 대하여 가산세를 과세한 것은 적법하고, 또한 쟁점(1)에서 살펴 본 바와 같이 청구법인은 청구외 법인에 대한 제2차 납세의무가 있기 때문에 청구법인에게 동 가산세를 법인세(특별부가세)에 가산하여 납부하도록 통지한 것은 적법하다.
위의 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 이 건 가산세를 과세한 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장은 이유없다고 판단된다.
마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.