이유
1. 원처분 개요

청구법인은 90.10.31 납부한 청구법인 소유의 경상남도 OO시 OO동 OOOOO외 소재 사택부속토지 (이하 “사택부속토지”라 한다)에 대한 종합토지세 646,522,820원을 손금에 산입하여 90.1.1～90.12.31 사업년도 (이하 “90 사업년도”라 한다)의 법인세과세표준을 신고한 데 대하여,

처분청은 사택부속토지 67,084평 중 26,464평(이하 “쟁점토지”라 한다)을 비업무용부동산에 해당하는 것으로 인정하여 쟁점토지에 해당하는 종합토지세 217,259,931원을 업무와 관련없는 지출로 보아 손금불산입하는 것으로 하여 94.2.1 청구법인의 90사업년도분 법인세과세표준을 경정결정 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.3.29 심사청구를 거쳐 94.7.6 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 청구주장 1

청구법인은 구 외자도입법의 규정에 의하여 대한민국정부와 미합중국간의 비료공장건설을 위한 A.I.D 차관 협정에 의하여 65.9.9 설립된 외국인합작투자법인으로 청구법인 소유의 사택부속토지를 포함한 공장부지는 정부(경상남도)가 매입하여 청구법인이 취득하게 한 것으로서 당시의 토지취득이 엄격히 규제되어 있는 가운데 사업상 필요한 면적만 국가에서 허가하여 그 허가된 면적의 범위내에서 취득한 것이며, 사택부속토지상에 사택용건물(이하 “사택건물”이라 한다)을 신축할 당시에는 용도지역별 적용배율 등에 관한 규정이 없었고, 정부가 필요한 부분으로 인정한 범위내의 사택부속토지임에도 이제와서 단순히 건물정착면적의 4배를 초과하는 부분을 비업무용부동산에 해당하는 것으로 인정함은 부당하며, 86.3.31

법인세법시행규칙 제18조

제3항이 신설되면서 비업무용부동산의 범위를 처음으로 명문화하면서 용도지역별 적용배율을 적용하기 시작하였으나 기존에 신축된 건물에 대하여 그 건축당시의 용도지역별 적용배율 등을 적용하지 아니하고 매 사업년도말 용도지역별 적용배율등을 적용할 경우 그 예측가능성 등을 저해하는 등의 모순점이 있는 관계로 90.10.22 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제13항에서는 비업무용부동산에 해당하지 아니하는 건축물부속토지의 기준면적(이하 “기준면적”이라 한다)을 계산함에 있어서 용도지역별 적용배율 등을 건축허가 당시의 것을 적용하여 산출하도록 규정하고 있는 바, 사택건물에 대한 건축허가 당시에는 용도지역별 적용배율이 정하여진 것이 없었으며, 81.3.1 최초로 제정된 법인세법기본통칙 제2-9-8…16 제10호에서는 ‘지상정착물 면적의 10배(85.1.1:7배로 개정)를 초과하는 토지’ 를 ‘업무와 관련없는 자산의 범위’로 정하고 있는바, 법인세법기본통칙이 제정되기 이전에 건축된 건축물의 부속토지에 대하여는 업무와 관련없는 자산의 범위를 최초로 규정하고 있는 위 기본통칙의 규정을 적용하여야 할 것이므로 최소한 그 건축물 바닥면적의 10배 까지는 비업무용부동산에서 제외하여야 한다는 주장이다.

2) 청구주장 2

설사 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당된다고 하더라도 이를 바로 업무와 관련없는 자산으로 볼 수 있는 것은 아니며, 업무와 관련있는 자산이 일정한 기준에 미달하여 비업무용부동산에 해당하는 부분이 있다고 하더라도 그 부분에 관련된 지급이자를 손금불산입하는 것은 별론으로 하고 사실상 업무용으로 사용되는한 그 유지관리비는 손금산입하여야 타당할 것이므로 처분청이 청구법인의 사택부속토지 중의 일부인 쟁점토지에 대한 종합토지세를 손금불산입한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

1) 청구주장1에 대하여

청구법인은 81.3.1 제정한 법인세법기본통칙 2-9-8…16(업무와 관련없는 자산의 범위) 제10호에 규정된 “지상정착물 면적의 10배”를 현행 법인세법시행규칙에서 규정한 용도지역별 적용배율의 최초배율인 것으로 보아야 한다고 주장하나, 위 기본통칙의 규정은 그 제정 당시 업무와 관련없는 자산의 범위를 규정하기 위하여 단순히 “지상정착물 면적의 10배”라는 배율을 정하였을 뿐이고,

법인세법시행규칙 제18조

제3항의 규정은 업무와 관련없는 자산에 대한 관련비용의 손금불산입 규정과는 별도로 내국법인이 차입금을 생산적 자금으로 사용하지 아니하고 비업무용부동산의 취득 또는 보유를 위하여 사용하는 등 비생산적 용도에 사용하는 경우에는 그에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금으로 인정하지 아니함은 물론 당해 부동산에 대한 각 세법상의 혜택을 배제하기 위하여 86.3.31 신설된 규정이며, 이때에 처음으로 위 같은항 제2호 나목에서 용도지역별 적용배율을 제정하였으므로 86.3.31 이전에 건축허가된 건축물의 용도지역별 적용배율은 86.3.31 제정된 용도지역별 적용배율을 적용할 수 밖에 없을 것이므로 (법인 46012-3359, 93.11.8 같은 뜻임) 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 인정한 처분은 타당하다는 의견이다.

2) 청구주장 2에 대하여

법인세법시행령 제30조

및

같은법시행규칙 제11조

의 규정이 90.4.4자로 개정되어 비업무용부동산에 관련된 지출은 업무와 관련 없는 자산의 취득·관리에 따른 비용에 해당되므로 처분청이 이 건 종합토지세를 손금불산입한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 쟁점토지에 대한 종합토지세를 업무와 관련 없는 자산에 관련된 비용으로 인정하여 손금불산입한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제16조

및

같은법시행령 제30조

(89.12.30 개정, 대통령령 제12878호)의 규정에 의하면 법인이 각 사업년도에 지출한 경비 중 그 업무에 관련이 없는 자산으로서 재무부령이 정하는 것 (이하 “업무무관자산”이라 한다)을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 비용은 각 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며,

같은법시행규칙 제11조

제1항 제3호(90.4.4 개정, 재무부령 제1818호)의 규정에 의하면

같은법시행규칙 제18조

제3항 내지 제11항의 규정에 의한 비업무용부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 업무무관자산으로 규정하고 있다.

한편

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호(86.3.31 개정, 재무부령 제1671호)의 규정에 의하면 공장용 건축물을 제외한 기타 건축물의 부속토지의 경우 건축물의 바닥면적에 용도지역별적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 1.1을 곱하여 계산한 면적 중 넓은면적(기준면적)을 초과하는 토지는 비업무용부동산에 해당하는 것으로 규정하고 있으며,

같은법시행규칙 제18조

제13항(90.10.22 개정, 재무부령 제1835호)의 규정에 의하면 “위 시행규칙 제3항 제2호의 규정에 의하여 건축물부속토지의 기준면적을 계산함에 있어서 공장입지기준면적율·용도지역별적용배율 및 용적율은 건축허가 또는 공장등록 당시에 적용되는 공장입지기준면적율 등을 적용하여 산출한다”고 규정하면서 동 부칙 제2조에서는“이 규칙은 이 규칙시행(90.10.22) 후 최초로 종료하는 사업년도분 부터 적용한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 구 외자도입법 (법률 제532호)의 규정에 의하여 대한민국정부와 미합중국간의 비료공장 건설을 위한 A.I.D 차관협정(차관번호 489-H-026)에 의하여 65.9.9 설립된 외국인 합작투자법인으로 청구법인 소유의 사택부속토지를 포함한 공장부지는 주식인수계약 제7조의 규정에 의하여 정부가 적정가격으로 마련하는 것으로 규정함에 따라 정부(경상남도지사)가 이를 매입하여 청구법인으로 하여금 취득하게한 사실이 그 구매계약서 등에 의하여 확인되고 있으며, 사택건물은 68.6.28 및 70.9.30, 71.6.18 등 3차에 걸쳐 건축된 것으로 그 건물등기부등본 등에 의하여 확인되고 있고 그 건축허가일은 67.6.12 및 69.12.9, 70.12.8 등 3차에 걸쳐 건축허가된 것으로 그 건축허가서에 의하여 확인되고 있다.

(2) 처분청은 사택부속토지중 86.3.31 개정된 법인세법시행규칙(재무부령 제1671호) 제18조 제3항 제2호 나목의 규정에 의한 용도지역별적용배율(주거지역의 경우 4배, 녹지지역의 경우 7배)을 사택건물의 바닥면적에 곱하여 계산한 기준면적 등을 초과하는 면적인 26,464평(쟁점토지)을 비업무용 부동산에 해당하는 것으로 인정하여 이에 대한 종합토지세 상당액 217,259,931원을 업무무관자산에 관련된 비용으로 보아 손금불산입한 것이나, 청구법인이 사택건물의 건축허가를 받은 날은 70.12.8 이전이며 사택건물을 신축에 의하여 취득한 날은 71.6.18 이전으로서 사택건물에 대한 부속토지의 기준면적을 계산함에 있어서는, 90.10.22 개정된 법인세법시행규칙(재무부령 제1835호) 제18조 제13항 및 그 부칙에서 보는 바와 같이, 90.10.22 이후 최초로 종료하는 사업년도부터 그 건축허가 당시의 용도지역별 적용배율을 적용하도록 규정하고 있으므로 처분청이 청구법인의 90사업년도분 법인세 과세표준을 경정함에 있어서 86.3.31

법인세법 시행규칙 제18조

에서 규정한 용도별지역별 적용배율을 사택건물에 대한 건축허가 당시의 용도지역별 적용배율로 보아 사택건물 부속토지의 기준면적으로 계산한 것은 적법하지 아니한 것으로 판단된다.

(3) 위

법인세법시행규칙 제18조

제13항에서 건축물부속토지 등의 기준면적을 계산함에 있어서 건축허가 당시의 용도지역별 적용배율 등을 적용하도록 규정한 취지는 건축당시의 용도지역별 적용배율 등에 의할 경우에는 건축물부속토지가 비업무용부동산에 해당되지 아니한 경우에도 건축이후의 용도지역별 적용배율 등의 변경에 따라 비업무용부동산에 해당하게 되는 등의 혼란을 방지함과 동시에 납세자에게 세법에 대한 법적안정성 및 예측성을 부여하기 위한 것이라고 할 것이므로 건축당시의 용도별 적용배율을 적용함을 원칙으로 하되, 그 건축허가 당시에 용도지역별 적용배율이 규정되어 있지 아니한 경우에는 건축당시에 그 부속토지 중 업무무관자산 등에 해당되는 면적이 있는지의 여부 등을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

따라서 이 건의 경우와 같이 사택건물의 건축당시에는 그 부속토지에 대한 용도지역별 적용배율 등이 규정되어 있지 아니하며, 그 건축당시에 사택부속토지가 업무무관자산에도 해당되지 않는 경우에는 사택건물의 부속토지 중 비업무용부동산에 해당되는 면적이 없는 것으로 봄이 타당할 것이다.

설사, 용도지역별 적용배율 등이 규정되기 이전에 건축된 건물이 부속토지를 제한없이 인정할 수 없는 관계로 건축물의 바닥면적을 기준으로 일정한 범위내의 면적만을 업무용으로 인정하고 이를 초과하는 토지에 대하여는 비업무용부동산 등의 업무무관자산으로 인정할 필요성에서 건축물의 부속토지 중 업무무관자산에 해당되는 면적을 산출한다고 하더라도 법인세법 및 그 기본통칙 등에서 업무무관자산등의 범위를 최초로 규정하기 이전에 건축된 이 건 사택건물 등에 대하여는 “86.3.31 법인세법시행규칙에서 규정한 용도지역별 적용배율”을 적용하여 산출할 것이 아니라 이보다 앞서 81.3.1 제정된 법인세법 기본통칙 2-9-8-16(업무와 관련없는 자산의 범위)에서 규정하고 있는 “지상정착물 면적의 10배”를 적용하여 업무무관자산 등을 산출함이 보다 적정할 것이다.

이건 사택건물의 바닥면적에 10배를 곱하여 계산한 면적을 기준면적으로 할 경우에는 사택부속토지 중 비업무용부동산에 해당되는 면적이 없는 것으로 확인되고 있다.

(4) 이와 같은 사실들과 관련법령 등을 모아 볼 때, 처분청이 청구법인의 사택부속토지 중 쟁점토지를 비업무용부동산에 해당하는 것으로 인정하여 이에 대한 종합토지세 217,259,931원을 업무무관자산에 관련된 비용으로 보아 손금불산입한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.