이유
1. 사실 및 처분개요

청구인은 서울특별시 노원구 OO동 OOO OOOOO OOOOOOOOO에 주소를 두고 있는 자로서, 1987.11.2. 서울특별시 OO구 OO동 OOO, OOOOOOO 소재 대지 596㎡ 및 그 지상의 공부상 용도가 근린생활시설 등인 ‘1호건물’ (지층 116.79㎡ 다방, 1층 109.86㎡ 소매점, 2층 109.86㎡ 사무소, 3층 109.86㎡ 의원 등 면적합계 446.37㎡)과 같은 곳 ‘2호건물’ (1층 118.50㎡ 음식점, 2층 118.50㎡ 소매점, 3층 118.50㎡ 당구장, 4층 118.50㎡ 근린생활시설 등 면적합계 474㎡) (이하 ‘1호건물’과 ‘2호건물’을 “쟁점건물”이라 한다)을 취득하여 그 중 ‘2호건물’의 4층(118.50㎡)은 청구인이 주택으로 사용하고 그 나머지 부분은 타인에게 임대하다가 1992.11.23. 청구외 OOO에게 양도한 후, 1992.12.30. 쟁점건물중 ‘1호건물’의 3층 (109.86㎡)과 ‘2호건물’의 4층 (118.50㎡) 및 그 부수토지를 양도소득세 비과세대상의 1세대1주택으로 신고하고, 그 나머지 면적에 대하여는 양도소득세 과세대상으로서 그 양도차익을 기준시가로 계산하여 처분청에 자산양도차익예정신고하고 양도소득세 121,653,520원을 자진납부하였다.

위 신고에 대하여 처분청은 쟁점건물중 청구인의 세대가 거주한 ‘2호건물’의 4층 (118.50㎡) 및 그 부수토지만을 양도소득세 비과세대상의 1세대1주택으로 인정하고, 타인에게 임대하던 ‘1호건물’의 3층(109.86㎡)은 양도소득세 비과세를 배제한 후, 1996.5.16. 청구인에게 92년도 귀속 양도소득세 28,285,500원을 결정고지하였다.

청구인은 위 처분에 불복하여 1996.6.13. 심사청구를 거쳐 1996.9.19. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인이 타인에게 주거용으로 임대한 “1호건물”의 3층에 대하여 주거용으로의 사용기간이 5년에 미달한다고 보아 양도소득세 비과세대상으로 인정하지 아니하였으나, 위 ‘1호건물’의 3층은 청구인의 쟁점건물 취득일 이전부터 청구외 OOO의 세대 등 2세대가 주거용으로 사용하던 것으로서 주거용으로의 사용기간이 5년을 초과하므로 비과세대상이 되는 1세대1주택의 일부로 인정하여 비과세함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

첫째, 이 건 과세전 청구인이 처분청에 제출한 시정요구서 (접수번호 : OOOO)에 의하면, “지하층부터 2층까지는 점포로 임대를 주고 건물 맨 위부분 (3층)에 주민등록을 이전하고 주택 및 창고로 사용하다가 (당시 OOO백화점 본점에서 수입가전제품점을 운영하였음) 본인의 사정으로 1992.11.23. 건물을 양도하였다”고 한 점으로 미루어 보아 청구인은 쟁점건물 양도당시 ‘1호건물’의 3층을 창고로 사용하였던 것으로 보여지고,

둘째, 처분청이 위 시정요구에 따라 현지조사한 바에 의하면, ‘1호건물’의 3층은 현재 두가구가 살 수 있는 구조로 되어 있는 바, 현재 1층에서 영업중인 OO상회 주인(청구인이 주장하는 OOO씨 인 듯함)과 OOO상회 주인(청구인이 주장하는 OOO 인 듯함)에 의하면 이들은 건물신축직후부터 점포를 임대사용해 왔는데 ‘1호건물’의 3층은 임대가 안되어 비어있다가 1년정도 후에 청구인이 창고로 얼마간 사용 후 일부 주택으로 개조하여 OO상회 주인의 부모님이 2～3년간 거주하였고, OOO상회 주인 또한 2～3년간 살다가 현재는 그의 딸이 살고 있다고 조사한 점으로 미루어 보아 상당기간 경과한 다음에 주거용으로 개조하여 사용한 것으로 보여진다.

그렇다면, ‘1호건물’의 3층은 적어도 1년이상 공가 또는 창고 등으로 사용되었던 것으로 보이는 반면, 청구인의 위 쟁점건물의 소유기간은 5년21일(1987.11.2～1992.11.23)로서, 위 창고 등으로의 사용기간을 감안하면 위 ‘1호건물의 3층은 청구인이 주택으로서 보유한 기간이 5년 미만이라 하겠으므로 이에 대해 양도소득세 비과세요건에 해당하지 아니한다 하여 비과세 배제한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 쟁점은, 중앙계단을 중심으로 출입문이 별도로 설치되어 있고 그 좌우 건물의 등기가 구분되어 있는 1동의 주상겸용건물중 최상층의 한쪽에서 당해부동산의 소유자가 가족과 함께 거주하고 그 반대쪽에서는 임차자가 각각 거주하고 있는 경우, 당해부동산의 소유자가 거주하는 부분만을 양도소득세 비과세대상의 1세대1주택으로 인정하여야 하는지, 아니면 당해건물 최상층 전부를 비과세대상으로 인정하여야 하는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

쟁점건물의 양도당시 시행되던

소득세법 제5조

(비과세소득) 제6호 (자)목에 의하면, “대통령령이 정하는 1세대1주택 (대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생한 소득은 양도소득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 대통령령인

소득세법 제15조

제1항을 보면, “법 제5조 제6호 (자)에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다“고 하면서 그 제2호에서 ”당해주택의 보유기간이 5년 이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우“를 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 심리판단

(1) 청구인이 쟁점건물을 1987.11.2. 취득하여 보유하다가 1992.11.23. 양도한 사실, 쟁점건물중 ‘2호건물’의 4층 (118.50㎡)에서 청구인이 그 가족과 함께 실제로 거주하고 그 나머지 면적은 타인에게 임대하였던 사실, 쟁점건물중 ‘1호건물’의 경우 ‘2호건물’과 1동의 건물을 이루고 있으나 ‘1호건물’과 ‘2호건물’의 등기가 구분되어 있는 사실, 청구인이 쟁점건물의 양도 후 자산양도차익예정신고를 함에 있어서 ‘1호건물’의 3층 (109.86㎡)과 ‘2호건물’의 4층 (118.50㎡)을 양도소득세 비과세대상의 1세대1주택으로 하고 그 나머지 면적에 대하여는 과세대상으로 신고한 사실, 동 신고에 대하여 처분청은 청구인의 세대가 실제 거주한 면적 (‘2호건물’의 4층)만을 비과세대상으로 인정하였고 타인에 임차하던 ‘1호건물’의 3층에 대하여는 그곳이 주거용으로 사용된 기간이 2～3년에 불과한 것으로 조사된다 하여 이를 양도소득세 비과세대상에서 제외한 사실이 처분청 및 청구인이 제시한 제증빙에 의하여 확인되고 있다.

(2) 처분청의 위 처분에 대하여 청구인은 ‘1호건물’의 3층에서 임차인들이 청구인의 쟁점건물 취득전인 87.4월부터 청구인의 쟁점건물 양도일 이후까지 실제로 거주함으로써 ‘1호건물’의 3층은 청구인의 쟁점건물 보유기간 (5년 21일)내내 주거용으로 사용되었다고 주장하며, 임차인 청구외 OOO의 확인서 및 주민등록등본, 임차인 청구외 OOO의 확인서 및 주민등록등본, 쟁점건물을 1987.11.2. 청구인에게 양도한 자중 청구외 OOO의 확인서, 쟁점건물의 인근주민 (통장)인 청구외 OOO의 확인서 등을 그 입증자료로 제시하고 있다.

(3) 그러나, 처분청이 제시한 이 건 과세처분 관련 조사내용에 의하면, 청구인 및 임차인 청구외 OOO, 청구인으로부터 쟁점건물을 매입한 청구외 OOO 등이 ‘1호건물’의 3층은 청구인이 취득하여 창고 등으로 사용하다가 주택으로 개조하여 청구외 OOO 등에게 임대한 것으로 진술한 것으로 되어 있고, 처분청이 청구인 등의 위 진술에 근거하여 ‘1호건물’의 3층이 주거용으로 사용된 기간이 5년에 미달한다고 보아 이 건 양도소득세를 부과하였는 바, 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 자료들중 임차인들의 주민등록등본을 보면 그들이 당해건물에 주소를 둔 기간이 5년을 초과하고는 있으나 그들이 쟁점건물에서 실제로 거주하였는지, 거주하였다면 쟁점건물중 ‘1호건물’의 3층에서 거주하였는지 쟁점건물의 다른 곳에서 거주하였는지를 알 수 있는 명백한 증빙의 제시가 없고, 또한 임차인 등의 확인서는 사인간 작성한 것으로서 처분청의 당초 조사시의 진술내용과 서로 다른 것이어서 이를 그대로 믿기 어려운 점에 비추어 볼 때, 다른 객관적인 증빙의 제시가 없는 한 ‘1호건물’의 3층을 5년이상 주거용으로 사용하였다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다 하겠고,

(4) 설사, ‘1호건물’의 3층에서의 임차인들의 거주기간에 대한 청구인의 주장이 사실이라 하더라도, ‘1호건물’의 3층과 ‘2호건물’의 4층의 경우 그 출입문이 별도로 설치되어 있고, 또한 각 건물이 별도로 등기되어 있어 각 건물별로 다른 건물의 이용에 지장을 주거나 그 이용시 다른 건물에 의존함이 없이 독립적으로 이용 및 처분할 수 있는 상태에 있는 바, 이와 같이 출입문이 별도로 설치되어 있으면서 그 등기까지 별도로 되어 있는 쟁점건물중 ‘1호건물’의 3층과 ‘2호건물’의 4층의 경우 단지 그 건물이 1개의 동으로 되어 있다 하여 1개의 주택으로 보기는 어렵다 하겠고, 오히려 ‘1호건물’의 3층과 ‘2호건물’의 4층은 각각 별개의 주택으로 봄이 타당하다 하겠다.

(5) 그렇다면, 이 건의 경우 쟁점건물의 양도는 1세대가 2주택을 보유하다가 이를 동시 양도한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로 처분청이 비과세배제한 근거에 불구하고 ‘1호건물’의 3층에 대하여 양도소득세 비과세대상으로 인정하지 아니한 처분은 그 결과에 있어서 잘못이 없다고 판단되는 반면, ‘1호건물’의 3층을 ‘2호건물’의 4층과 함께 1세대1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결 론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유 없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.