이유
1. 원처분개요 청구인은 1977.11.10 대전광역시 서구 OO동 OOOOO 임야 5,455㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 1994.11.4 OOOOOO공사에 공공사업용지로 양도하고 양도소득세 3,460,520원을 자진납부하였다. 처분청은 조세감면규제법 제63조 (공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면)의 규정에 의하여 양도소득세 산출세액 42,445,909원중 38,600,882원을 감면하고 1996.5.16 위 감면세액에 대한 농어촌특별세 9,264,210원(가산세 1,544,035원 포함)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.7.3 심사청구를 거쳐 1996.10.7 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에 의하면 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여 같은법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은법 부칙 제16조 제8항에 의하면 내국인이 15년 이전에 취득한 토지로서 종전의 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면) 제1항 각호에 해당하는 토지등을 1995.12.31 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면등에 대하여는 종전의 규정에 의하도록 규정하고 있는 바, 1994.9.14 대전광역시 OO(2)택지개발사업지역으로 사업인정고시되어 1994.11.4 OOOOOO공사에 양도(공공용지 협의취득)된 쟁점토지는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의거 농어촌특별세의 비과세대상임에도 불구하고 처분청이 농어촌특별세 및 가산세를 과세함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 농어촌특별세의 비과세 대상이 되기 위하여는 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상 토지여야 하는 바, 쟁점토지는 자경농지가 아닌 임야로서 농어촌특별세의 비과세 대상이 아니므로 이 건 농어촌특별세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 대하여 농어촌특별세 및 가산세를 과세한 처분의 당부에 다툼이 있다. 나. 관계법령 농어촌특별세법 제3조 제1호에 조세감면규제법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2호에는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으며, 같은법 제5조 제1항 제1호에는 그 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 감면된 경우에는 특별히 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정된 경우를 제외하고는 농어촌특별세가 부과된다 할 것이며, 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에는 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면의 경우에는 동 감면 중 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 대한 양도소득세 등의 감면에 한하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은조 제7항에는 「법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.」고 규정하고 있다. 한편, 조세감면규제법 제63조 제1항에는 공공사업용으로 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으며, 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 1993.12.31) 제16조 제8항에는 「이 법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세등의 감면 및 추징등에 대하여는 종전의 제57조·제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다.」고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지는 임야로서 청구인이 1977.11.10 취득하였으나 1994.9.14 대전광역시 OO[2]택지개발사업지역으로 사업인정고시되어 1994.11.4 청구외 OOOO공사에 양도되었음이 OOOO공사 충남지사장이 발행한 토지수용(협의매수)확인서 및 처분청의 과세자료에서 확인되고 있으며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 앞에 열거한 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정은 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 1993.12.31) 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 모두에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는 것이 아니라 동 경과조치 중 농어촌특별세법 또는 같은법시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 조세감면규제법상의 감면과 같은 취지의 경과조치에 대하여만 농어촌특별세가 비과세되는 것이라 할 것인 바, 쟁점토지에 대한 양도소득세는 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 1993.12.31) 제16조 제8항에 의하여 감면되었고, 동 규정은 이 법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 조세감면규제법 제63조 의 개정규정에 불구하고 종전의 제57조를 적용한다는 경과조치로서 이는 조세감면규제법 제63조 에 대한 경과조치이므로 동 경과조치에 의한 양도소득세의 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지의 여부는 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(국심 96서 1620, 1996.8.2 같은 뜻). (3) 이와 같이 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에서 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면에 대하여는 농지소재지에 거주하는 자가 직접 경작한 농지에 대한 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 1993.12.31) 제16조 제8항의 경과조치에 의한 감면의 경우에도 그와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다 할 것으로서 쟁점토지는 임야로서 청구인이 직접 경작한 농지가 아님이 명백하므로 쟁점토지에 대한 양도소득세 면제에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되지 아니하는 것으로 판단된다. (4) 한편, 청구인은 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 1993.12.31) 제16조의 경과조치에 따라 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다는 국세청의 질의회시(재일 46014-3027, 94.11.26)에 따라 농어촌특별세를 신고·납부하지 아니한 것이므로 이에 대하여 가산세를 부과함은 부당하다고 주장하고 있으나, 앞에서 살펴본 바와 같이 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호에서 조세감면규제법에 의한 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 감면된 경우에는 특별히 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정된 경우를 제외하고는 농어촌특별세가 당연히 부과된다 할 것이고, 청구주장 국세청의 회신은 OOOOOO공사 사장에 대한 회신으로서 청구인에 대한 회신이 아니므로 청구인에게 귀책사유가 없었다고 보기는 어렵다 할 것이며, 또한 가산세는 납부의무의 성실한 이행을 확보하려는 데에 그 입법취지가 있다 할 것으로서 단순히 청구인에게 귀책사유가 없었다는 사유만으로 가산세를 면제할 수는 없는 것이므로 청구주장은 이를 받아들일 수 없다 하겠다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.