이유
1. 원처분 개요 청구인은 경기도 용인군 OO면 OO리 OOOOO외 4필지 대지 1,967㎡를 62.7.4 취득하여 90.5.26 양도한 후 90.6.30 이에 대한 자산양도차익 예정신고시 장기보유특별공제액으로 6,980,184원을 공제하여 신고한 사실이 있다. 처분청은 청구인이 나대지를 양도하였으므로 장기보유특별공제대상이 되는 토지가 아님에도 공제대상이 되는 토지로 보아 잘못 신고하였다 하여 이를 배제하고 다른 양도자산의 소득금액과 합산하여 결정하므로서 92.1.7. 90년 귀속 양도소득세 4,451,060원 및 동 방위세 890,210원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 92.2.11 심사청구를 거쳐 92.5.7 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 위 토지 양도 계약시 매수인의 요청에 의하여 잔금청산일 이전에 위 토지 지상건물을 철거하는 조건으로 계약하므로서 잔금청산일(90.5.12)전인 90.5.3에 위 토지 지상건물(정미소 86.25㎡, 주택 85.28㎡)을 철거하였는 바, 위 토지의 보유기간이 약 28년이며 잔금청산일 9일전까지 위 토지 지상에 건물이 있었음이 건축물관리대장에 의하여 확인되고 있으므로 국세심판소의 결정례와 같이 위 토지의 경우도 장기보유특별공제대상이 되는 토지라는 주장이다. 국세청장은 청구인이 제시한 매매계약서에 의하면 위 토지지상 건물을 잔금청산일 이전에 철거하는 것으로 계약되었으며 건축물관리대장에도 90.5.3 동 건물이 멸실된 것으로 기재되어 있고 매도대금도 대지부분에 대한 대금만 수수한 것으로 확인되고 있어 청구인의 경우 나대지를 양도한 것으로 보아야 한다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 사건은 위 토지가 장기보유특별공제대상이 되는 토지인지의 여부에 다툼이 있다. 나. 관련법령을 본다. (1) 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 동법시행령 제46조의 3 의 규정을 모아보면 양도소득금액을 산정함에 있어 5년이상 보유한 토지 또는 건물을 양도한 경우에 일정한 금액을 장기보유특별공제액으로 양도차익에서 공제하되, 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(무허가 건축물 제외)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지는 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지로 보도록 규정되어 있으며 (2) 소득세법 제15조 제9항 제2호의 규정에 의하여 도시계획구역 밖의 토지의 경우 그 배율은 10배로 하도록 규정하고 있다. 다. 이 건 사실관계를 본다. (1) 청구인이 제시한 매매계약서 및 경기도 용인군 OO농업협동조합의 청구인 명의 보통예금통장(OOOOOOOOOOOOOOO)에 의하면 청구인은 위 토지를 90.3.21 청구외 OOO외 1인에게 양도하는 계약을 체결(90.3.21 계약금 3억 6천만원, 90.4.6 O도금 1억6천2백만원, 90.5.6 잔금 1억6천2백만원, 계 3억6천만원)하였으나 보통예금통장에 입금된 금액은 90.3.21. 3천만원, 90.4.6. 1억6천2백만원, 90.5.12. 1억3천7백만원이며 계약서금액과 차이가 나는 금액은 거래상대방으로부터 지급받았으나 입금하지 않고 지출하였다고 하고 있고 위 매매계약서 단서조항에 “매도인은 위 토지지상 건물을 잔금이전에 철거하여 주기로 한다”라고 부기되어 있음이 확인되며 (2) 건축물관리대장에 의하면 위 토지지상에 50년도에 68.25㎡를 건축하고, 76.9.20 18㎡를 증축한 정미소와 72년도에 50.36㎡를 건축하고, 77년도에 34.92㎡를 건축한 주택이 있었다가 90.5.3 멸실된 것으로 기재되어 있어 위 토지의 O도금 지급일(90.4.6)까지 위 정미소와 주택이 건립되어 있었으나 잔금청산일(90.5.12) 9일전인 90.5.3 멸실되었음이 확인되고 (3) 도시계획확인원에 의하면 위 토지는 도시계획구역밖의 토지임이 확인된다. 라. 장기보유특별공제는 자산의 양도후 매수자의 이용측면을 고려한 것이 아니라 양도자의 기왕의 보유기간과 이용상태등을 고려하여 양도자의 양도소득세 부담을 경감시켜 주려는데 그 목적이 있는 것이지 단순히 잔금청산일만을 기준으로 하여 그 토지위에 건물이 있었는지 여부를 살펴 장기보유특별공제 해당여부를 판단하는 것은 아니라 할 것이다.(동지 : 국심90서 2300;91.2.11) 마. 그렇다면, 위 토지 매도대금의 잔금청산일 9일전까지 정미소와 주택이 건립되어 있었던 위 토지의 경우 도시계획구역밖의 토지이므로 위 정미소와 주택의 바닥면적(171.53㎡)에 10배를 곱한 1,715.3㎡는 장기보유특별공제대상이 되는 토지라고 판단된다. 바. 따라서 위 토지가 장기보유특별공제대상이 되는 토지라는 청구주장은 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.