이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2008.3.17. 서울특별시 OOO을 취득하고, 이 사건 부동산의 지상 2층, 3층, 4층을 OOO로 승인받고 취득세 등을 면제받았으나, 기업회생절차가 진행 중이던 청구법인은 파산을 면하기 위해서 이 사건 부동산을 2011.12.15. 매각하였다. 나. 처분청은 청구법인이 이 사건 부동산을 취득하고 정당한 사유없이 유예기간(4년) 내에 매각한 것으로 보아, 이 사건 부동산 3층에 해당하는 면적에 대하여 2012.3.10. 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.11. 이의신청을 거쳐 2012.9.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 내부적인 사정(대표자의 공금 횡령 및 구속 등)으로 인해 2010.4.30.(회생절차개시신청)부터 이 사건 부동산에서 연구활동이 중단되었고, 직원들이 대다수 퇴사하게 되었으며, 이로 인해 기업부설연구소 연구전담요원 요건을 충족하지 못하였으며, 이 사건 부동산 3층에는 OOO법원장이 위촉한 자산보전관리인이 사용하고 있었서 연구소가 아닌 회생인가를 받기 위한 일반사무소로 사용하고 있었다. 따라서, 취득세 추징사유가 2010.4.30. 발생하였으나, 처분청은 기업회생인가 결정(2011.11.8.)전에 회생채권으로 신고하지 않았으므로 조세채권은 실권된 것이므로 취득세를 추징한 처분은 부당하다. 또한, 청구법인은 파산을 면하고자 법원으로부터 매각허가를 받아 이 사건 부동산을 매각한 것이므로 정당한 사유가 존재한다. 나. 처분청 의견 처분청의 과세자료 제출 요청에 대하여 청구법인이 제출한 문서에서 2010년 6월부터 자료제출시점(2011년 12월)까지 지상 3층을 기업부설연구소로 사용한 사실을 확인할 수 있고, 2010.6.28.과 2011.6.30. 청구법인이 재산분 주민세와 관련하여 처분청에 제출한 건물사용명세서에도 지상3층에 대하여 기업부설연구소로 사용하고 있는 것으로 나타나며, 처분청이 2011.11.25. 이 사건 부동산 3층에 현장 확인한 바에 의 해서도 지상 2층과 4층은 공실인 반면, 지상 3층은 연구소로 사용하고 있었으며, 청구법인은 계속적으로 연구소 시설 및 기능을 유지하기 위해 이 사건 부동산 3층을 사용하였고, 연구활동을 지속하기 위한 자구노력을 하고 있었으므로, 일시적으로 연구소 기능이 마비되었다고 하여 이를 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하였다고 볼 수는 없다. 따라서, 추징사유발생일은 이 사건 부동산의 매각일인 2011.12.5.로 보아야 하므로 이는 청구법인의 기업회생인가 결정(2011.11.8.)이후 성립한 조세채권으로서 회생채권에 해당하지 아니하므로 취득세를 추징한 처분은 정당하다. 또한, 회사경영진의 회사자금 대규모 횡령으로 인해 재무구조가 급격히 악화되고 직원들이 대규모로 퇴사하는 상황에서 회사의 내부적 요인으로 인한 회생절차 과정에서 자구노력의 일환으로 이 사건 부동산을 매각한 것은 정당한 사유로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 취득세 감면 배제 사유가 2010.4.30.(청구법인)인지 또는 2011.12.5. (처분청)인지 여부 (2) 청구법인이 파산을 면하기 위해 법원으로부터 이 사건 부동산에 대하여 매각허가를 받고 매각한 행위가 정당한 사유에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이조에서 같다)에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하고 , 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제한다. 다만 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2) 지방세법시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다. (3) 기술개발촉진법 제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. 2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 기업연구소라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서 제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따라 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과할기술부장관이 연구과세의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인이상 (4) 채무자회생 및 파산에 관한 법 제118조(회생채권) 다음 각호의 청구권은 회생채권으로 한다. 1. 채무자에 대하여 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 재산상의 청구권 2. 회생절차개시 후의 이자 3. 회생절차개시 후의 불이행으로 인한 손해배상금 및 위약금 4. 회생절차참가의 비용 제131조(회생채권의 변제금지) 회생채권에 관하여는 회생절차가 개시된 후에는 이법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 회생계획에 규정한 바에 따르지 아니하고는 변제하거나 변제받는 등 이를 소멸하게 하는 행위(면제를 제외한다)를 하지 못한다. 다만, 관리인이 법원의 허가를 받아 변제하는 경우와 제140조제2항의 청구권에 해당하는 경우로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 그 체납처분이나 담보물권의 처분 또는 그 속행이 허용되는 경우 2. 체납처분에 의한 압류를 당한 채무자의 채권(압류의 효력이 미치는 채권을 포함한다)에 관하여 그 체납처분의 중지 중에 제3채무자가 징수의 권한을 가진 자에게 임의로 이행하는 경우 제140조(벌금·조세 등의 감면) ① 회생절차개시 전의 벌금·과료·형사소송비용·추징금 및 과태료의 청구권에 관하여는 회생계획에서 감면 그 밖의 권리에 영향을 미치는 내용을 정하지 못한다. 제156조(벌금·조세 등의 신고) ① 제140조 제1항 및 제2항의 청구권을 가지고 있는 자는 지체 없이 그 액 및 원인과 담보권의 내용을 법원에 신고하여야 한다. 제251조(회생채권 등의 면책 등) 회생계획인가의 결정이 있는 때에는 회생계획이나 이 법의 규정에 의하여 인정된 권리를 제외하고는 채무자는 모든 회생채권과 회생담보권에 관하여 그 책임을 면하며, 주주·지분권자의 권리와 채무자의 재산상에 있던 모든 담보권은 소멸한다. 다만, 제140조 제1항의 청구권은 그러하지 아니하다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 경기도 OOO에 본사를 두고 있으며, 2001년 7월 주식회사 OOO이라는 이름으로 통신전자기기개발제조 및 판매업을 주요사업으로 시작하였다. (나) 청구법인은 2008.3.17. 서울특별시 OOO를 취득하였고, 2008.6.19. OOO로부터 위 건물의 2층·3층·4층을 OOO로 지정받아 취득세와 등록세를 면제받았다. (다) 청구법인은 2010.4.30. OOO에 회생절차개시 신청하였으며, OOO은 2010.5.14. 자산보전처분결정하고, 2010.6.17. 회생절차개시결정 및 관리인을 파견하였으며, 2011.11.8. 회생계획인가 결정을 하였다. (라) 청구법인의 2010년 5월부터 2010년 7월까지 원천징수상황명세서상 근로소득자 인원은 다음과 같다. (마) 처분청 담당공무원이 2011.11.25. 현지 출장하여 작성한 조사복명서에는 이 사건 부동산 3층은 OOO로 사용되고 있는 것으로 나타난다. (바) 처분청은 2011.11.30. 청구법인의 OOO 현황파악을 위해 관련 자료를 청구법인에게 요청하였고, 청구법인은 2011.12.20. 이에 대하여 전력비 등의 관리비 절감을 위해 이 사건 부동산 3층만을 사용하게 되었으며, 연구 소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하지 않았다고 회신(2011.12.20.)하였다. (사) 청구법인은 2011.12.5. OOO으로부터 이 사건 부동산을 매각하는 조건으로 회생계획의 인가를 받아서 이 사건 부동산을 매각하였다. (아) 처분청은 2012.3.10. 이 사건 부동산 3층 면적에 대하여 기업부설연구소 설치 후 4년 이내 정당한 사유없이 연구소를 처분한 것으로 보아 취득세 등을 결정고지하였다. (2) 청구법인은 2010.4.30. OOO에 회생절차개시 신청을 하였고, 이때부터 이 사건 부동산에서 연구활동이 중단되었으며, 직원들이 대부분이 퇴사를 하게 되어 기업부설연구소 연구전담요원 요건을 충족하지 못하였으므로, 취득세 추징사유는 2010.4.30. 발생하였으나, 처분청은 기업회생인가 결정전에 회생채권으로 신고하지 않았으므로 조세채권은 실권된 것이므로 취득세를 추징한 처분은 부당하며, 또한, 청구법인의 파산을 면하고자 법원으로부터 매각허가를 받아 이 사건 부동산을 매각한 것이므로 정당한 사유가 존재한다는 입장이다. (3) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 청구법인이 처분청에 제출한 자료에 의하면, 2010년 6월부터 자료제출시점(2011년 12월)까지 이 사건 부동산의 지상 3층을 기업부설연구소로 사용한 사실을 청구법인 스스로 인정한 사실이 있고, 청구법인은 2010.6.28.과 2011.6.30. 처분청에 재산분 주민세를 신고하면서 제출한 건물사용명세서에도 이 사건 부동산의 지상 3층에 대하여 기업부설연구소로 사용하고 있는 것으로 신고하였으며, 처분청 담당공무원이 2011.11.25. 이 사건 부동산의 지상 3층에 현지 출장하여 작성한 조사복명서와 사진에 의하면 이 사건 부동산의 지상 2층과 4층은 공실인 반면, 지상 3층은 연구소로 사용하고 있는 것으로 나타나므로, 이 사건 부동산의 지상 3층의 기업부설연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하였다고 볼 만한 정황은 없다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 취득세 추징사유 발생일은 이 사건 부동산의 매각일인 2011.12.5.로 보아야 하므로, 이는 청구법인의 기업회생인가 결정(2011.11.8.)이후 성립한 조세채권으로서 회생채권에 해당하지 아니하므로 취득세를 추징한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4.선고, 2001두229판결 참조)인바, 청구법인은 회사경영진의 대규모 횡령으로 인해 재무구조가 급격히 악화되고 직원들이 대규모로 퇴사하는 상황에서 자구적인 노력의 일환으로 법원에 기업회생신청을 하게 되었으며, 청구법인의 파산을 면하기 위해 이 사건 부동산을 매각한 것은 청구법인의 내부적인 사정으로 인한 것으로 정당한 사유로 볼 수 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세 기 본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2 호에 의하여 주문과 같이 결정한다.