이유
1. 원처분 개요 청구인은 부동산임대업을 영위하기 위하여 1991.2.5 일반사업자로 사업자등록을 하고 대전직할시 유성구 OO동 OOOOO 소재 근린생활시설 및 사무실용 건물(지하3층 지상5층, 연면적 5,234.28㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하면서 쟁점건물 신축에 따른 매입세액 532,272,726원을 공제받았으며, 1992년 제2기 과세기간중 임대수입금액 600,000원에 대한 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점건물을 1992년 12월부터 임대용역을 공급한 것으로 보고 당해 공급대가의 12월 환산금액이 36,000,000원에 미달한다 하여 1993년 제2기부터 과세특례자로 유형전환하고 환급받은 매입세액중 재고 납부세액을 산정, 1993년 제2기 예정분 납부세액에 가산하여 부가가치세 105,867,990원을 1993.12.27 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1994.2.22 심사청구를 거쳐 1994.5.3 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 1) 청구인은 쟁점건물을 1992.6.23 준공하였으나 입지조건이 불리하여 임대되지 않고 공가상태로 있다가 1992.12월 이곳저곳을 전전하면서 의류할인판매를 하는 사업자인 OOO에게 일시 사용하게 하고 임대료도 없이 월 전기료상당액 600,000원을 받기로 구두약정한 후 1993.1.5 전기료 납부통지가 있어 이 날 약정금액을 수령하고 청구인이 32,090원을 추가부담하여 전기료 632,090원을 납부하였고 당해 사업자는 쟁점건물을 1993.1.13까지 사용하고 철수하였으며 1993.1.20경 부가가치세 신고시 담당공무원이 임대료로 받은 금액을 물어 전기료 600,000원을 받았다고 대답하자 그 금액으로 신고서를 작성하여 주어 신고를 마쳤던 바, 처분청은 당해 신고금액을 기준으로 1년 환산금액이 36,000,000원에 미달하고 1993.6.20까지 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다 하여 청구인을 과세특례자료 과세유형전환하고 재고납부세액을 과세하였으나, ①청구인이 수령한 전기료 상당액은 청구인이 대행하여 납부하였을 뿐이므로 쟁점건물의 임대로 인한 공급대가가 아니며, ②설사 공급대가로 본다 하더라도 임대기간 1992.12.10～1993.1.13의 임대용역 공급시기는 역무의 제공이 완료된 1993.1.13이므로 착오로 신고한 1992.2기분 과세표준금액은 1993.1기분 공급가액으로 경정되어야 하므로 1993.1기분 공급대가를 연간환산하여 과세특례자로 전환하여야 하고 이 경우 청구인은 1993.10.14 과세특례포기 신고를 하였으므로 일반과세자로 계속 남아야 하고, ③또한 쟁점건물은 소재지 및 건물규모로 보아 과세특례배제기준에 해당되므로 과세특례적용은 부당하며, 2) 처분청은 재고납부세액을 계산함에 있어 경과된 과세기간의 수를 2과세기간으로 보았으나 쟁점건물의 취득시기는 준공일인 1992.6.23이므로 이 경우 부가가치세법 시행령 제49조 제4항에 의하여 1992.1기 과세기간 개시일로 보아 경과된 과세기간의 수를 3과세기간으로 하여 계산하여야 정당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 1) 처분청의 환급조사시 청구인은 쟁점건물에 임시매장이 1992.12.10경 입점하여 1993.1.10경까지 영업하였고 건물임대료는 전기요금에 해당하는 600,000원을 12월12일경 받았다는 진술을 하였고, 1992.2기 부가가치세 신고시 12월1일부터 12.31까지 과세표준을 600,000원으로 신고하였는 바, 당해 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하므로 과세유형전환통지와 관계없이 과세특례자로 유형전환되어야 하며, 청구인은 과세유형변경일 현재 감가상각자산에 대한 재고납부세액을 납부하여야 함에도 납부한 사실이 없으므로 처분청의 이 건 부과처분은 정당하며, 2) 재고납부세액 계산에 있어 경과된 과세기간의 수를 계산하는 경우 취득시 시기는 당해 재화가 실제로 사업에 사용된 날을 의미하고 쟁점건물은 1992년12월에 임대에 공하였으므로 경과된 과세기간을 2과세기간으로 하여 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 1992년 12월에 쟁점건물의 임대를 개시한 것으로 보고 과세기간 종료일까지의 공급대가를 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달한다 하여 1993.7.1 과세특례자로 유형전환시킨 처분의 당부(쟁점1)와 재고납부세액을 계산함에 있어 경과된 과세기간을 2과세기간으로 볼 것인지 3과세기간으로 볼 것인지(쟁점2)에 다툼에 있다. 가. 쟁점1에 대하여 본다. 이 건 부과대상 과세기간에 적용된 부가가치세법(법률 제4164호, 1989.12.30) 제25조 제1항에서 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(공급대가)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(과세특례자)에 대하여는 과세특례 규정을 적용한다고 규정하고, 제2항에서 「직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조 제1항에서 「개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.」고 하고 제1호에서 「대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 때」를 규정하고, 제3항에서 「제1항에 규정하는 금액을 계산함에 있어서 직전 1역년중 휴업하거나 직전년 제1기 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 휴업기간 또는 사업개시전의 기간을 제외한 잔여기간에 대한 재화 또는 용역의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하며 휴업한 개인사업자에 있어서 직전 1역년중 공급대가가 없는 경우에는 신규로 사업을 개시한 것으로 본다. 이 경우에 1월미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제74조의2 제1항에「과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다」고 규정하고, 제3항에 「제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다」고 규정하고 있다. 또한 같은 법 제30조(과세특례의 포기) 제1항 및 제2항에서 일반과세에 관한 규정을 적용받고자 하는 자는 과세기간개시 10일전에 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 1층을 청구외 OOO에게 1992.12.10～1993.1.13 사용하도록 함에 있어 그 사용대가로 전기요금 상당액을 지급받았으므로 당해 금액은 임대료로서 공급가액에 해당되지 아니하고 설사 청구외 OOO에게 쟁점건물의 1층을 사용하게 한 것이 임대용역의 공급에 해당된다 하더라도 그 임대용역의 공급시기는 용역의 공급이 완료된 1993.1.13이므로 1993년 제1기의 공급대가를 기준으로 12월 환산하여야 하며, 또한 쟁점건물은 과세특례배제기준에 해당되므로 1993년 제2기부터 과세특례자로 전환된 것은 부당하다고 주장하나, 첫째, 임차인이 부담하여야 할 전기요금등 공공요금을 별도로 구분하여 납입대행하는 경우 당해 금액은 공급가액에 포함되지 아니하나 임대료등에 포함하여 징수함으로써 구분할 수 없는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함된다 할 것이며(부가 22601-160, 1985.1.24) 청구인이 청구외 OOO로부터 지급받은 600,000원은 청구외 OOO가 사용한 쟁점건물의 1층에 대한 전기요금이 아니라 건물전체의 전기요금에 “상당”하는 금액이며(이 사실에 대하여는 다툼이 없다) 사용한 전기요금을 구분하여 지급받은 사실도 없고, 또한 1992년 제2기 부가가치세 신고시 과세표준을 600,000원으로 신고한 점으로 볼 때, 청구인은 쟁점건물 1층의 임대용역을 1992.12.10부터 공급하였으며 그 공급가액이 600,000원에 해당한다 할 것이며, 둘째, 전시한 부가가치세법 제25조 제2항에 규정한 사업개시일은 부가가치세법 시행령 제3조 제3호에 규정한 바와 같이 부동산임대용역의 공급을 개시한 날로서 임대개시일인 1992.12.10이라 할 것인 바(국심 93서1491, 93.9.8 같은 뜻), 최초과세기간은 1992년 제2기이며, 임대용역의 공급시기와 관계없이 사업개시일로부터 당해 과세기간 종료일까지의 임대공급가액에 의한 공급대가를 12월로 환산한 가액이 36,000,000원에 미달하는 경우 과세특례를 적용하여야 하므로 처분청이 최초과세기간의 공급가액을 600,000원으로 본 것은 1992.12.10～1993.1.13의 임대료를 1992년 12월중 임대료로 본 것이어서 이 건 심판청구사건에 관한한 이는 청구인에게 불리하지 아니함에도 불구하고 사업개시일로부터 당해 과세기간종료일까지의 공급가액인 위 금액에 의하여 12월로 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하며, 셋째, 부가가치세법 제25조 제3항 및 같은 법 시행령 제74조 제4항에서 신규로 사업을 개시하는 사업자가 사업자등록과 함께 과세특례적용신고를 하는 경우 당해 사업자의 사업장 소재지·사업의 종류·규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준(과세특례적용배제기준)에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다고 규정한 것은 신규로 사업을 개시하는 사업자에 한하여 과세특례배제기준에 해당하는 경우 과세특례적용을 배제하기 위한 것이지 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하는 경우 과세특례자로 과세유형을 전환하는 것과는 별개의 규정이며(국심 92중189, 1992.4.11 같은 뜻), 넷째, 청구인은 12월로 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 전환될 1993년 제2기 과세기간개시 10일전인 1993.6.20까지 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하고 1993.10.14에야 당해 신고서를 제출한 사실이 있는 점등을 종합하여 볼 때, 청구인은 1992.12.10부터 쟁점건물의 임대사업을 개시하였고 사업개시일로부터 당해 과세기간종료일까지의 공급대가를 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하며 과세특례적용대상 과세기간개시 10일전까지 과세특례포기신고를 하지 아니하였으므로 1993년 제2기 과세기간부터는 처분청의 통지에 관계없이 과세특례자로 과세유형이 전환된다 할 것이므로 처분청이 1993.7.1부터 과세특례자로 유형전환한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 나. 쟁점2에 대하여 살펴본다. 이 건 부과대상 과세기간에 적용된 부가가치세법 시행령 제74조의3 제3항에서 「일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의하여 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각대상자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 법 제27조의 규정에 의한 납부에 있어서 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제23조의3 제1항에서 「일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 게기하는 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 별지 제28호 서식의 과세특례전환시 재고품 및 감가상각신고서에 의하여 각 사업장 소관세무서장에게 신고하여야 한다.」고 하고 제4호에서 「감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득·건설 또는 신축후 5년이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년이내의 것에 한한다)」을 규정하고 있으며, 제3항에서 「일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 령 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.」고 규정하고 제3호 (가)목에서 제1항 제4호에서 규정하는 자산으로서 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산중 건물 또는 구축물의 경우, 재고납부세액 = 당해 자산의 건설 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액 (제2항 단서의 규정이 적용되는 경우에는 시가의 100분의10에 상당하는 세액) × (1 -
× 경과된 과세기간의 수) × (1 -
) 의 산식에 의하여 재고납부세액을 산정하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제49조 제1항에서 「...... 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 10을 초과하는 경우에는 10으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.」고 규정하고 제4항에 「제1항 및 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 본다.」고 규정하고 있다. 위 부가가치세법 시행규칙 제23조의3 제3항 제3호 (가)목에 규정한 “경과된 과세기간의 수”를 계산함에 있어서 「당해 자산의 건설 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액 × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수)」로 규정한 것은 당해 규정과 같은 취지에서 규정한 같은 조 같은 항 제2호 (가)목에서 「취득가액 × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수)」로, (나)목에서 「취득가액 × (1 - 25/100 × 경과된 과세기간의 수)」로 규정하고 제3호 (나)목에서 「당해 재화의 제작과 관련하여 공제받은 매입세액 × (1 - 25/100 × 경과된 과세기간의 수)」로 한 규정과 함께 감가상각자산의 경우 같은 조 제1항에서 규정한 건물 및 구축물의 경우 취득·건설 또는 신축후 5년이내, 기타 감가상각자산의 경우 2년이내의 것을 과세특례자로 과세유형이 전환되는 경우 재고납부세액에 대한 과세대상자산으로 하고 과세기간이 경과함에 따라 당해 자산의 잔존가액이 낮게 평가되어 전자의 경우 취득·건설 또는 신축한 때로부터 10과세기간(5년), 후자는 4과세기간(2년)이 경과되면 재고납부세액이 0(零)이 되도록 규정한 것이므로 경과된 과세기간의 기산시기는 제2호에 규정한 타인으로부터 매입한 자산의 경우 취득한 때이며 제3호에 규정한 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산의 경우는 당해 자산을 제작·건설 또는 신축한 때이며 같은 법 시행령 제49조 제4항에 의하여 그 시기가 포함된 과세기간의 개시일로 보아야 할 것이지 당해 사업용 자산을 취득한 후 처음으로 소득이 발생한 때가 포함된 과세기간의 개시일로 보는 것은 합리적이지 아니하다 할 것이다. 처분청은 청구인이 과세특례자로 전환됨에 따른 재고납부세액에 대하여 과세하면서 경과된 과세기간의 수를 실제 임대개시일이 포함된 과세기간의 개시일을 당해 재화를 취득한 시기로 보고 1992년 제2기 및 1993년 제1기를 경과된 과세기간으로 보아 2과세기간을 적용하여 재고납부세액을 계산하였음이 처분청이 제출한 결정결의서에 의하여 확인되는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 경과된 과세기간은 쟁점건물을 신축한 때가 포함된 과세기간의 개시일로부터 기산하여야 할 것이므로 준공검사일인 1992.6.23을 포함하는 과세기간인 1992년 제1기 과세기간의 개시일로부터 과세특례자로 과세유형전환되는 과세기간의 직전 과세기간인 1993년 제1기까지 3개 과세기간이 경과된 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 처분청이 경과된 과세기간의 수를 2로하여 재고납부세액을 계산한 것은 관련법령의 해석을 오해한데서 기인하는 잘못된 처분이라고 판단되며, 이를 3과세기간으로 보아야 한다는 청구주장은 이유있다고 판단된다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.