이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인(당초 (주) ○○ 이었으나 상호변경됨)이 2004.9.15.중소기업진흥공단 으로부터 협동화사업실천계획 승인을 받은 후 2005.6.9. 부산광역시 영도구 ○○동 ○-○번지 공장용지 9,237㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 것에 대하여 구 부산광역시세감면조례( 2006.12.27. 조례 4138호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득세 등을 과세면제하 였으나, 부산광역시장의 청구인에 대한 세무조사 결과 이 사건 토지는 협동화 사업단지안의 토지에 해당되지 아니하므로 지방세법 제280조 제1항의 규정에 의한 취득세 등의 100분의 50 경감대상에는 해당되지만 구 부산광역시세 감면조례상의 면제대상에는 해당되지 않는다고 보아 처분청에 100분의 50에 해당 하는 취득세 등을 추징하도록 통보하였고, 이에 따라 처분청은 이 사건 토지 의 취득가액 6,036,839,930원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제 1항 및 같은법 제131조 제1항 제4 호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 지방 세법 제280조 제 1항에 의한 100분의 50을 경감하여 산출한 취득세 60,368,390원 , 농어촌특별세 30,184,170원 1 , 등록세 60,368,390원 , 지방교육세 12,073,670원 , 합계 162,994,620원 (가산세 포함)을 2007.1.16. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 중소기업협동화사업은 건전한 중소기업 육성을 목적으로 20년 넘게 시행되고 있는 대표적인 중소기업진흥 정책으로서 그 입법취지에 비추어 볼 때, 협동화사업실천계획 승인을 받고 단지조성승인을 받지 아니하였다 하여 지방세법상 이를 차별할 합리적인 이유가 없으며, 법령상 시·도지사의 승인을 받도록 되어 있지만 구체적인 승인절차도 마련되어 있지 아니한 상태로서 승인을 받을 수도 없었는데도 시·도지사로부터 단지조성승인을 받지 않았다는 이유로 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 입법취지상 불합리 하다 하겠으며, 장기간 협동화사업 실천계획 승인을 받고 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하여 왔음에도 갑자기 그 해석을 변경하여 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 국세기본법상의 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 어긋나므로 이 사건 취득세 등의 부과 처분은 부당하다고 주장하면서 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 협동화사업단지로 지정받지 아니하고 협동화사업실천계획 승인을 얻어 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부 에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 부산광역시세감면조례(2006.12.27. 조례 4138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조제1항제2호에서 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지안에서 동법의 규정에 의한 협동화사업실천계획 승인을 얻어 지방세법시행규칙 별표 3에 정하는 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 (이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 구 중소기업 진흥 및 제품구매 촉진에 관한 법률 제19조제2항에서 “제18조의 규정에 의한 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 수립하여 이를 시행하고자 하는 자는 그 협동화실천계획에 협동화사업을 위한 단지조성사업(이하 "단지조성사업"이라 한다)이 포함되는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 시·도지사의 승인을 얻어야 한다”고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.8.4. ○○○○ 공사와 이 사건 토지에 대한 매매계약 체결하고 2004.9.15. 청구외 ○○○○ 진흥공단 부산 지역본부장 으로부터 추진주체를 청구인으로 하여 영도조선기자재협동화 사업실천계획 승인을 받은 후, 2005.6.9. 이 사건 토지를 취득한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 관계 법령상 협동화실천계획에 협동화사업을 위한 단지조성사업(이하 "단지조성사업"이라 한다)이 포함되는 경우에는 시·도 지사의 승인을 받도록 되어 있지만 장기간 협동화사업 실천계획 승인을 받고 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하여 왔고, 구체적인 승인절차도 마련되어 있지 아니한 상태로서 승인을 받을 수도 없었는데도 시·도지사로부터 단지조성승인을 받지 않았다는 이유로 갑자기 그 해석을 변경하여 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 국세기본법상의 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 어긋나므로 이 사건 취득세 등의 부과 처분은 부당하다고 주장하고 있으나 청구인의 주장을 살펴보기에 앞서 이 사건 토지가 구 부산광역시세감면조례 제31조제1항제2호에 해당하는지 여부를 검토해 보면, 동 조례 제1항 본문에서 이미 사업용으로 사용하던 부동산의 경우 면제대상에서 제외 하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 토지의 경우 청구인이 토지를 취득하기 전에 청구외 (주)○○중공업이 ○○○○공사로부터 임차하였고, 이를 청구외 (주) ○○○○ 산업이 재임차하였으며, 그 중 일부는 청구인이 재임차하여 사용 하고 있었던 토지로서 이미 사업용으로 사용하고 있던 토지로 보아야 할 것이고 그 후 청구인이 협동화사업실천계획 승인을 받아 취득하였다고 하더라도 이는 취득세 등이 면제되는 부동산으로 볼 수는 없다 하겠으며, 이와 같이 보는 것이 구 부산광역시세감면조례 제31조제1항제2호에서 최초로 부 동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체로 한정한 취지에도 부합된다고 볼 때, 협동화사업실천계획 승인을 얻어 취득한 부동산에 대하여 이를 해석을 변경 하여 과세하는 것이 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 어긋난다는 청구인의 주장과 관계없이 처분청이 가산세를 포함하여 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관