이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.6.27. 경기도 양주시 ○○ 동 ○ - ○ 번지상에 건축물 994.88㎡(이하 “이 사건 건축물”이라고 한다)를 신축 취득한 것에 대하여 지방세법 제266조 제5항 규정에 의거 농업협동조합법에 의하여 설립된 법인이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다 ; 이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 과세면제하였으나, 2006.11.20. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사 ○○○ 외 1인)의 세무조사 결과 이 사건 건축물 994.88㎡ 중 1층 468.71㎡와 2층 376.5㎡ 합계 845.21㎡는 조합원이 생산한 韓牛의 정육 등을 조리하여 주류 등과 함께 판매하는 음식점(허가번호: 양주 ○○○○ - ○○○ 호)과 사무실(음식점과 사무실을 포함하여 이하 “이 사건 음식점”이라한다)로 사용하고, 나머지 149.77㎡는 韓牛를 정육으로 판매하는 축산물판매소(양주 ○○○ - ○○ 호 ; 정육점)로 사용하고 있는 사실을 확인하고 이 사건 일반음식점은 청구인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 사건 건축물 취득가액 837,601,000원을 이 사건 음식점의 면적 비율로 안분한 711,960,850원에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,552,480원, 농어촌특별세 1,566,310원, 등록세 7,020,110원, 지방교육세 1,290,100원, 합계 27,429,000원(가산세 포함)을 2006.12.18. 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 축산업 생산성을 높이고 조합원이 생산한 축산물의 판로 확대 및 유통 원활화를 도모하여 소속 조합원의 경제적·사회적· 문화적 지위를 향상시키고자 설립된 조합으로 이 사건 일반음식점은 청구인의 법인등기부에 규정되어 있는 “조합원이 생산하는 물자의 제조·가공·판매·수출 등의 사업”을 영위하고자 운영하고 있는 것이므로 청구인의 고유 업무 에 직접 사용하는 것으로 보아야함에도 처분청이 조합원의 이용실적이 50%에 미달 하였음을 사유로 기 과세 면제한 취득세 등을 부과 고지하는 것은 구매사업에 대한 행정자치부 심사결정 사례를 청구인의 목적 사업인 축산물의 가공 및 판매 사업에 잘못 적용 한 것이라고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하는 한편, 부가적 으로 이 사건 음식점이 청구인의 고유 업무에 직접 사용 하는 것에 해당 하지 아니하더라도 청구인의 고의 또는 과실없이 이 사건 취득세 등의 면제를 신청하여 처분청 세무담당공무원이 면제 처분을 한 것이므로 이 사건 취득세 등의 신고납부 불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장 하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 축산업협동조합이 소유중인 부동산을 일반음식점(한우고기전문점)으로 사용하고 있는 경우 이를 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무 에 직접 사용 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록 세를 면제한다고 규정하고, 청구인의 법인등기부등본에서 “조합원이 생산하는 물자의 운반, 보관, 처리, 가공, 검사 등 판매사업” 을 목적사업으로 규정하고 있고 청구인의 정관 제141조제1항에서 조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위 안에서 조합원이 아닌 자에게 제5조의 규정에 의한 사업을 이용하게 할 수 있다고 하면서, 그 제2항에서 1회계연 도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 2006.6.27. 이 사건 건축물을 신축 취득한 후 처분청으로부터 지방세법 제266조 제5항의 규정에 의거 취득세와 등록세를 면제받은 후, 이 사건 음식점에서 불특정 일반인을 상대로 청구인의 조합원이 생산한 한우뿐만 아니라 조리된 음식물과 각종 주류 등을 함께 판매중인 사실과 청구인의 정관 등에서 “조합원이 생산하는 물자의 제조·가공·판매·수출 등의 사업”은 청구인의 고유 업무에 포함된다는 것은 제출된 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 소속 조합원이 생산하는 한우를 가공·판매하여 조합원의 소득 증대에 이바지하기 위하여 이 사건 음식점을 운영하는 것이므로 이는 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야한다고 주장하고 있으나 지방세법 제266조 제5항에서 “고유업무에 직접 사용”이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인 고유의 목적사업 그 자체에 직접 사용되는 경우만을 말한다 하겠으므로, 청구인이 이 사건 건축물을 농업협동조합법 등에서 개별적으로 규정하는 업무와 청구인의 등기부 에 목적 사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 경우라면 취득세 등이 면제된다고 할 것이나, 이 사건 음식점은 처분청 및 관할 세무서로부터 “참(眞)한우정” 이라는 일반음식점 영업허가와 사업자등록증을 교부받은 다음, 이 사건 음식점에 영업용 조리기구와 식탁 및 의자, 그리고 객실 등의 접객시설을 갖추고 불특정 다수인을 상대로 청구인의 조합원이 생산한 한우뿐만 아니라 조리된 음식과 각종 주류도 함께 판매하고 있는 바, 이는 청구인의 법인 등기부등본에서 목적사업으로 규정한 “조합 원이 생산하는 물자의 운반, 보관, 처리, 가공, 검사 등 판매사업”에 해당 된다고 보기는 어렵다고 할 것이며 , 또한 이 사건 음식점은 영업을 하는 판매 시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라 다른 음식점과 비교하여 차이가 있 다고도 볼 수 없는 이상, 농업협동조합법에서 규정한 조합원의 사업과 생활을 위한 판매시설로서 고유업무에 사용하는 부동산이라고 인정 하기는 어렵다(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2006-178호, 2006. 4. 24. ; 제2006-381호, 2006. 8. 28.)할 것이며, 가산세는 과세권의 행사 및 조세 채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과 하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니 하는 것이며 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 98두16705, 1997.9.17 선고)고 할 것이므로, 처분청이 음식점용에 공여되고 있는 부동산에 대한 취득세 등을 지방세법 제266조제5항 규정에 의하여 면제하였다가 다시 부과한 처분은 과세관청의 공적인 견해 표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인 함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로 잡은 경우에 해당된다 하겠으므로, 처분청이 가산세를 포함하여 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관