이유
1. 처분 개요 학교법인 OO육영회(이하 “청구법인” 이라 한다)는 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 전, 답, 임야등 280필지 705,984㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 75년도부터 78년도에 걸쳐 취득하여 이 건 과세일 현재 보유하고 있었는 바, 쟁점토지에 대하여 89.3.1-94.2.28 사업년도분 종합토지세 합계 387,415,260원이 부과되었다. 쟁점토지는 교육부에 등록되어 있는 사립학교법인의 수익용 기본재산으로서, 그 중 일부필지(11필지-52필지)를 90년부터 93년에 걸쳐 4년간 임대함으로써 임대수입금이 발생하였다. 처분청은 동 임대수입금이 쟁점토지가액의 100분의 3이하에 해당된다 하여 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산으로 보아 법인세를 과세함에 있어 쟁점토지에 부과된 89.3.1- 94.2.28 사업년도분 종합토지세 합계 387,415,260원을 손금불산입하여 95.1.3 청구인에게 89.3.1-94.2.28 사업년도분 법인세 합계 115,599,279원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.1.16 심사청구를 거쳐 95.3.24 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 (1) 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호에서 학교법인의 기본재산인 토지 등은 같은규칙 제18조 제3항의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당한다 하더라도 이를 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐만 아니라, 쟁점토지는 사립학교 법인의 수익용 기본재산으로서 비업무용부동산이 아님에도, 처분청이 이를 비업무용부동산으로 보아 법인세를 과세함에 있어 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 손금불산입한 것은 부당하다. (2) 한편, 쟁점토지를 비업무용부동산으로 본다 하더라도 비영리법인이 비영리사업에서 부담지출할 비용(종합토지세)을 수익사업에서 지출한 것은 비수익사업으로 전출된 금액이며, 이는 계정에 관계없이 기부금에 해당되므로 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 법인세 과세시 손금불산입한 당초처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 쟁점토지에서 발생한 ’90-’93까지의 총임대수입금이 12,037,900원으로서 쟁점토지의 각 사업년도별 부동산가액의 100분의 3에 현저히 미달하는 0.02- 0.04%에 불과한 것으로 확인되고 있어 이는 청구법인의 수익사업과 직접 관련이 없는 비업무용부동산에 해당되므로 법인세를 과세함에 있어 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 손금불산입한 처분청의 당초처분은 정당하다. (2) 또한, 청구법인은 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 학교법인의 교육사업등 고유목적에 직접 지출한 것으로 보기는 어려워 이를 기부금으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 청구법인의 주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 손금불산입한 처분의 당부와 쟁점토지에 부과된 종합토지세가 기부금에 해당되는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제16조 제7호에 의하면 「내국법인의 각 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니하는 금액의 하나로 법인이 각사업년도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액」이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제30조 제1호에서는 「법 제16조 제7호에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액” 이라 함은 법인이 그 업무에 관련이 없는 자산으로서 재무부령이 정하는 것을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 비용」이라고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제11조 제1항에서 “영 제30조 제1호에서 「재무부령이 정하는 것」이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다”고 규정하면서 그 제1호에서 “제18조 제3항 내지 제11항의 규정에 의한 비업무용부동산”을 규정하고 있다. (2) 같은법시행령 제43조의2 제3항 및 같은법시행규칙 제18조 제3항 제11호에서 「“비업무용 부동산” 이라 함은 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 것을 말한다」고 규정하면서 같은호 (가)목에서는 「“1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산”」이라고 규정하고 있고, 같은규칙 제18조 제4항에서는 「다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다」고 규정하면서, 같은항 제8호에 의하면, 「 조세감면규제법 제46조 제2항·제59조 또는 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산」이라고 규정하고 있다. (3) 또한, 구조세감면규제법 제67조의3 제1항(94.3.12 개정되기 이전의 것)에서는 「사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다」고 규정하면서, 같은항 제1호에서 「학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」이라고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 당해토지에 부과된 종합토지세를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분이 정당한지 여부 (1) 이 건의 경우 처분청은 쟁점토지를 법인세법시행규칙 제18조 제3항의규정에 의하여 비업무용부동산으로 보아 과세한데 대하여, 청구법인은 비록 동규칙 제18조 제3항에 의하여 비업무용부동산에 해당된다 하더라도 쟁점토지는 「 조세감면규제법 제67조의3 제1항(94.3.12 개정되기 이전의 것)을 적용받는 부동산」에 해당되어 동규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 동규칙 제18조 제4항 제8호의 규정에 따라 비업무용부동산에서 배제되어야 한다고 주장함으로써 다툼이 있는 바, 쟁점토지를 동규칙 제18조 제4항 제8호의 규정에 의하여 비업무용부동산에서 배제되는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다. (2) 이 건 쟁점토지의 경우 청구법인의 수익용 기본재산임이 교육부의 공문서(대재 81423-741(94.11.15)에 의하여 확인되고 있으며, 동 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (3) 한편, 관련법령을 보면, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호에서는 「 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산인 경우에는 같은규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 않는다」고 규정하고 있고, 구조세감면규제법 제67조의3 제1항에 의하면 「사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다」고 규정하고 있다. 따라서 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 규정은 토지등 부동산을 「양도함으로써 발생하는 소득」을 전제로 하여 특별부가세 면제여부가 결정되는 규정인데 비하여, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호의 규정은 「보유부동산」을 전제로 하여 비업무용에서 배제되는 부동산인지 여부를 결정하는 규정으로서 두 관련법령상 취지가 서로 다름을 알 수 있는 바, 이를 살피건대, 첫째, 법인세법상 비업무용 또는 업무용인지 여부는 보유재산을 전제로 판단하는 것이지, 양도하는 자산을 전제로 한 규정은 아니다. 따라서 쟁점토지의 경우 이 건 과세당시 보유하고 있어 「 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산」이라 함은 「학교법인이 소유하는 기본재산등으로서 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」이 아니고, 「학교법인이 소유하는 기본재산등」을 의미하는 것으로 해석하여야 할 것이다. 둘째, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호의 규정은 이 건 시행당시에는 동규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용으로 보지 아니한 부동산에 대하여 「 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산」으로 규정하였다가, 94.3.12 동규정을 「 조세감면규제법 제73조 제1항(구 제67조의3 제1항)의 규정을 적용받는 자가 보유하고 있는 부동산중 동법 동조 동항의 규정을 적용받는 부동산」으로 개정한 취지에 비추어 볼 때에도 「 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산」이라 함은 보유부동산을 전제로 규정한 것임이 명백하다. (4) 그렇다면, 이 건 과세당시 쟁점토지는 학교법인인 청구법인이 보유하고 있는 기본재산인 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우, 「 구조세감면규제법 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산」에 해당된다고 보여지는 바, 쟁점토지는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호의 규정에 따라 비업무용부동산에서 배제된다 할 것이므로 처분청이 이를 비업무용부동산으로 보아 쟁점토지에 부과된 종합토지세를 손금불산입하여 과세한 당초처분은 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 라. 쟁점토지에 부과된 종합토지세가 기부금에 해당되는지 여부에 대하여는 앞서 살펴본 쟁점에서 청구법인의 주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 생략한다. 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세심판관 합동회의 의결을 거처 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.