이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 당초에 공장용부지로 취득하여 소유하고 있던 경기도 안산시 OO동 OOO외 1필지 토지 145,372.2㎡중 60,412.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 비업무용부동산으로 보아 92.1.1～12.31 사업연도(이하 “사업연도”라 한다) 및 93사업연도중에 발생한 지급이자 중 비업무용부동산관련 지급이자와 이에 관련된 유지비용을 아래와 같이 손금불산입하였다.

(단위 : 원)

사 업 연 도

지 급 이 자

유지관리비용

합 계

92

93

1,582,060,221

1,257,165,053

8,111,510

9,388,486

1,590,171,731

1,266,553,539

합 계

2,839,225,274

17,499,996

2,856,725,270

위 92 및 93사업연도에 손금불산입한 금액만큼 그 다음 사업연도의 이월결손금공제액이

감소하였고, 이에 따라 95사업연도에 대한 소득금액이 변동됨으로써 처분청은 97.3.20 청구법인에게 95사

업연도분 법인세 402,494,160원 및 농어촌특별세 139,863,450원을 결정고지하였다.

나. 또한 청구법인이 93.12.30 쟁점토지를 청구외 OOOO주식회사에 양도하고 동 토지는 5년이상 가동한 공장의 부수토지로서 특별부가세가 면제되는 것으로 신고한데 대하여 처분청은 쟁점토지가 비업무용토지로서 공장용 부수토지로 사용된 사실이 없다하여 이를 부인하고, 97.3.20 청구법인에게 93사업연도분 특별부가세 772,972,130원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 96.11.22 심사청구를 거쳐 97.3.20 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은

법인세법 시행규칙 제18조

제3항 제1호의 규정을 적용하여 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 않았다 하여 이를 비업무용토지로 판정하였으나 쟁점토지는 청구법인의 공장건축물의 부속토지로서

비업무용으로 본 쟁점토지 지상에는 92사업연도 및 93사업연도 당시에 87.5.4 준공된 경비초소 및 89.7.24 준공된 변전실이 위치해 있고 이는 건축물관리대장상에도 확인되는 사항이며, 또한 건축물관리대장에는 표시되지 않는 것이지만 공장가동에 필수적인 전력을 공급하는 154Kv 송전선로 및 송전탑이 위치하고 있으며, 이밖에도 정지작업을 하지 않은 축구장, 소각장, 청구법인이 소유하던 OO동공장의 이전으로 해체한 기계설비의 야적장등이 있었던 것이므로 당시의 이러한 사실관계는 복잡한 절차를 통하여 확인할 수 있는 것이 아니라 청구법인의 이 건 공장을 한 번 둘러보는 것으로도 확인할 수 있는 것이다.

따라서, 쟁점토지를 청구법인의 업무에 사용하지 아니한 토지로 본 것은 부당한 것이고, 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용부지에 대하여 공장건축물의 입지기준면적을 초과하지 않는다.

처분청의 87～91사업연도분에 대한 법인세 조사시에 쟁점토지를 비업무용으로 본 처분에 대하여 불복을 제기하지 않은 것에 대하여 청구법인이 쟁점토지를 비업무용토지로 인정한 것으로 보았으나, 불복을 하지 않았던 사유는 누적된 결손금이 많아서 납부할 세액이 발생하지 않았기 때문이며 그 당시 처분청의 조사내용이 정당한 것 때문은 아닌데도, 이를 근거로 이 건 92～93사업연도분 과세시에 쟁점토지를 비업무용부동산으로 본 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용 부지 145,372.2㎡를 93.12.30 양도하였으며, 동 양도차익에 대하여

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 사실이 있는데, 처분청은 쟁점토지를 비업무용으로 본 데 근거하여 쟁점토지의 양도차익에 대한 특별부가세의 감면을 배제하였는 바, 앞에서 본 바와 같이 쟁점토지는 비업무용토지가 아닌데도 특별부가세의 감면을 배제한 것은 부당하다.

특별부가세 면제 관련 법규정을 보면 91.12.27 개정된

조세감면규제법 제67조의 13

제1항 및 91.12.31 개정된 시행령 제55조의 11 제1항 제1호에서는 “법인이 5년이상 가동한 공장(재무부령이 정하는 공장입지기준면적 범위안의 부수토지를 포함한다)에 사용한 토지등은 특별부가세가 면제된다”고 규정하고 있으나 동 부칙(91.12.27, 법률 제4451호) 제19조 제6항의 규정에 의하면, “92.1.1 현재 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 그 토지등을 92.12.31 이전에 양도하거나 양도하기 전에 다른 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 제67조의 13의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 바, 위 개정되기 전의

조세감면규제법 제67조의 13

및 동시행령 제55조의 11 제1항 제1호의 규정에 의하면 “법인이 2년이상 계속하여 가동한 공장(

지방세법시행령 제194조의 15

제1항 제1호에 규정된 공장입지기준면적 범위안의 부수토지를 포함한다)을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우에는 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있으며,

쟁점토지를 포함한 청구법인의 이 건 공장용부지 145,327.2㎡는 92.1.1 현재 2년이상 계속하여 가동한 공장의 공장입지기준면적의 범위내에 토지이고, 92.11월부터는 신축한 OO공장에서 생산품을 제조하여 매출하기 시작하였으며, 93.12.30 위 공장용부지 145,372.2㎡를 양도한 것이므로 91.12.27 개정되기 이전의

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정에 의하여 위 양도에 대한 특별부가세는 전액면제되어야 하는데도 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산이라는 이유로 이 부분에 대한 특별부가세의 감면을 배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지가 공장용부지로서 공장입지기준면적 이내의 토지이므로 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 주장하고 있으나

첫째, 서울지방국세청장은 92.9.21～92.10.20까지 청구법인의 87～91사업연도분 세무조사시 청구법인이 취득하여 보유하고 있는 이 건 토지중 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하고, 관련차입금에 대한 지급이자와 보유비용을 손금부인하고 92.10월 청구법인에게 법인세 결정전 통지를 하였고, 동 손금부인액을 이월결손금에서 차감하여 과세표준을 결정한 후 92.11.2 청구법인에게 법인세 결정상황을 통보한 사실이 관련자료에 의하여 확인되고,

둘째, 청구법인은 위 결정에 대하여 불복을 제기한 사실이 없으며,

셋째, 처분청의 조사내용에 의하면 청구법인은 쟁점토지의 양도일인 93.12.30까지 동 부동산을 업무에 사용할 수 없는 유휴상태로 보유하다가 양도하였던 사실이 확인되고 있는 바,

청구법인은 위 서울지방국세청장의 비업무용판정에 대하여 불복을 제기하지 않은 것은 누적된 결손금으로 인하여 지급이자등을 손금에 불산입하더라도 고지되는 세액이 없었기 때문이라고 주장하나, 청구법인은 대법인(OOOO)의 계열회사로서 충분한 회계적 상식이 있는 것으로 보아야 할 것이고, 지급이자의 손금불산입에 따른 이월결손금의 감소는 다음 사업연도의 법인세 부담액과 바로 연결되는 것이 상식인데도 쟁점토지의 비업무용 판정이 잘못임을 알고 있으면서도 불복을 하지 않았다는 청구주장은 사실로 인정하기 어려우므로 처분청이 92～93사업연도에 쟁점토지를 비업무용부동산으로 본 처분은 잘못이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점토지가 5년이상 가동한 공장의 부수토지로서 동 토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장하고 있으나, 위에서 본바와 같이 쟁점토지는 공장의 부수토지로 사용된 바 없으므로

조세감면규제법 제67조의 13

제1항에서 규정한 법 소정의 5년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용하다가 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우에 해당된다고 볼 수 없다.

따라서 처분청이 쟁점토지에 대한 특별부가세의 감면을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 다음과 같은 쟁점이 있다.

(1) 쟁점토지가 청구법인의 92사업연도 및 93사업연도중에 비업무용부동산에 해당되는지 여부

(2) 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세의 감면을 배제한 처분의 당부

나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 관계법령

법인세법 제18조의 3

제1항 본문 및 제1호에서 「당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 “대통령령이 정하는 것”」을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 “대통령령이 정하는 바”에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고,

같은법 시행령 제43조의 2

제1항 본문에서 「법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다」고 규정하고,

같은조 제3항에서는 “제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 재부부령이 정한다”고 규정하고 있으며,

법인세법 시행규칙 제18조

제3항 본문에서는 「영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다」고 규정하고 있고, 제1호에서는 “부동산(제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(

지방세법 시행령 제84조의 4

제1항에 규정된 공장용 부지의 경우에는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 규정하고 있고, 제2호 가목(90.4.4 개정전의 것)에서는 공장용 건축물의 부속토지의 경우에는 “

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적”을 초과하는 토지를 규정하고 있다.

또한, 동 시행규칙 부칙(90.4.4 재무부령이 제1818호) 제4조 제2항에서는 “90.4.4 이전에 착공한 건축물의 부속토지는 종전의 규정에 의한다”고 되어 있으며,

공업배치법 제6조

에서는 “상공부장관은 관계부처의 장과 협의하여 다음 각호의 사항에 관한 공장입지의 기준을 정하여 이를 고시하여야 한다”고 규정하고, 제1호에서는 「제조업종별 공장건축면적에 대한 대지면적의 비율(이하 “기준공장면적률”이라 한다)」을 규정하고 있으며, 상공부고시 제86-20호 제1호에서는 제조업종별 기준공장면적률을 규정하고 있다.

(2) 사실관계

(가) 청구법인은 쟁점토지를 포함한 이 건 공장부지 145,372.2㎡를 82.3.31 한국수자원공사로부터 매입하기로 계약을 체결하고, 85.12.31 사용승락을 받았으며, 87.12.31 잔금을 청산하였다.

위 공장부지 145,372.2㎡에 대한 토지대장등본을 보면, 청구법인이 취득할 당시에는 경기도 안산시 OO동 OOOOO 1필지의 토지였으나 89.9.21 분할되어 같은동 OOOOO 108,672.1㎡와 OOOOOOO 36,700.1㎡로 분할되었으며, 위 토지를 분할한 사유는 청구법인이 OO은행과 OO은행에 각각 담보로 제공(OO은행 108,672㎡, OO은행 36,700㎡)하기 위한 것임이 관련증빙서류에 의하여 확인된다.

(나) 쟁점토지 60,412.2㎡ 지상에는 87.5.4 준공된 변전실 286.64㎡, 2개의 경비초소 27.2㎡ 및 공장에 전력을 공급하는 154Kv 송전선로 및 송전탑등이 소재하고 있음이 건축물대장등에 의하여 확인된다.

(다) 87.5.12 이 건 공장부지 145,372.2㎡에 대한 취득세 178,340,130원(건축물분 포함)이

지방세법 제110조의 3

제2항 제2호에 의하여 면제되었으며, 88.10.19 등록세 131,368,560원이

지방세법 제128조의 2

제2항 제2호의 규정에 의하여 면제[면제사유 : 공업배치법의 규정에 의한 유치지역안에서 공장설치를 위하여 일정기간내에 취득(등기)하는 사업용부동산]된 사실이 확인되고, 91.5.6 안산시청 조사공무원이 위 토지 145,372.2㎡에 대하여 위 면제된 취득세, 등록세의 추징사유가 있는지 여부를 확인하기 위하여 “법인의 고유업무 사용여부”를 조사(조사대상기간 : 88.1.1～90.12.31)한 결과 법인의 고유업무에 사용하는 것으로 판정되었으며, 면제받았던 취득세, 등록세가 추징된 사실이 없는 것으로 확인된다.

(라) 당심에서 이 건 청구법인의 공장에 현지출장하여 확인한 결과를 보면 다음과 같다.

1) 이 건 토지 145,372.2㎡는 원래 1필지의 토지로 공장의 같은 울타리내에 위치해 있고,

2) 청구법인의 공장은 93.12.30 계열회사인 청구외 OOOO 주식회사에 매각되어 현재는 위 OOOO(주)에서 청구법인이 영위하던 제조시설을 그대로 유지하면서 공장을 가동중에 있으며

3) 이 건 토지 145,372.2㎡는 원래 경사진 토지로서 공장건물을 신축하기 위하여 건물신축부분만 낮게 정지작업을 한 관계로 60,412.2㎡(쟁점토지)는 공장건물이 위치하고 있는 토지보다 약간 높은 곳에 위치해 있으나 공장건물이 위치하고 있는 낮은 부분은 별도의 공간이 거의 없으며, 쟁점토지중 정지작업이 완료되지 아니한 일부의 토지에는 시설재(이전하기전의 OO동 공장해체 기계장치등)의 야적장 및 공터로 사용되고 있으며, 그 나머지는 축구장, 주차장등으로 사용되고 있으며, 또한 일부에는 변전설비, 경비초소 2개곳, 송전선로, 송전탑이 소재하고 있는 사실이 확인된다.

(마) 청구법인이 이 건 공장건축물의 신축을 위하여 공장건축물허가를 받은 내용을 보면, 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 145,372.2㎡ 전부를 대지로 하여 건축허가를 받았으며, 89.10.30까지 건축한 공장건축물의 연면적은 47,694.67㎡, 92.2.28까지의 연면적은 49,836.67㎡임이 건축물대장에 의하여 확인된다.

(바) 또한 상공부 고시 제86-20호에서 규정한 청구법인이 영위하고 있던 업종과 관련된 품목별 공장입지기준면적을 보면 다음과 같다.

업종별

분류번호

기준공장면적률

철강OO

3,000㎡미만

3,000㎡이상

냉간압연업

37122

20%

30%

(사) 청구법인의 92사업연도 및 93사업연도중에 공장건축물연면적 49,838.67㎡를 기준으로 공장입지 기준면적을 계산해보면 다음과 같다.

○ 공장입지 기준 면적률 : 30%

○ 공장입지 기준 면적 : 49,838.67㎡ ÷ 30% = 166,122.2㎡

따라서 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 145,372.2㎡는

법인세법 시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목(90.4.4 개정전)의 규정에 의하여

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적을 초과하지 아니함을 알 수 있다.

(3) 적용 및 판단

관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면

쟁점토지를 포함하여 이 건 토지 145,372.2㎡는 당초 공단으로부터 분양받을 당시에 한 필지의 공장용지였으며, 공장건축물이 토지의 한쪽부분에 편재되어 있어 쟁점토지상에는 공장건축물이 직접 소재하지는 않고 있으나, 공장 울타리내의 토지로서 야적장, 변전설비, 경비초소, 송전탑, 송전선로 등 시설물이 있으며, 주차장, 축구장 등으로 이용되고 있는 바, 일부 정지되지 아니한 공터가 있기는 하나, 쟁점토지를 공장용부지에서 제외하여 별도의 토지로 보기는 어려우며, 지방세 실지조사시에도 비업무용부동산으로 판정받지 아니한 점등으로 보아 쟁점토지를 공장건축물의 부수토지로 봄이 타당한 것으로 판단된다. 또한 쟁점토지를 포함하여 총토지면적이 업종별 공장입지 기준면적을 초과하지 아니하므로 청구법인의 이 건 공장부지는 비업무용부동산에 해당되는 면적이 없는데도 쟁점토지 관련 지급이자등을 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다고 하겠다.

다. 쟁점(2)에 대하여

(1) 관계법령

(가) 91.12.27 개정된

조세감면규제법 제67조의 13

제1항 및

같은법 시행령 제55조의 11

제1항의 규정에 의하면 “법인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(재무부령이 정하는 공장입지 기준면적범위안의 부수토지를 포함한다)에 사용하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있고,

(나) 91.12.27 개정된 같은법 부칙(법률 제4451호) 제19조 제6항의 규정에 의하면 “92.1.1 현재 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 그 토지등을 92.12.31 이전에 양도하거나 양도하기전에 다른 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 제67조의 13의 규정에 의한다”고 규정하고 있다.

91.12.27 개정이전

구조세감면규제법 제67조의 13

제1항 및

같은법시행령 제55조의 11

제1항 제1호의 규정에 의하면 “법인이 2년이상 계속하여 가동한 공장(

지방세법시행령 제194조의 15

제1항 제1호에 규정된 공장입지기준면적안의 부수토지를 포함한다)에 사용한 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있으며,

같은법 시행령 제55조의 11

제3항에서는 「법 제67조의 13 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 “대체취득자산”이라 한다)을 취득하고 이를 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일부터 2년이내에 토지등을 양도하여야 한다.

1. 공장 및 기계장치

2. 삭제(90.12.31)

3. 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설」이라고 규정하고 있다.

한편,

같은법 제67조의 13

제4항에서는 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고,

같은법 시행령 제55조의 11

제4항에서는 “법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 첨부하여 제출하여야 하며, 새로운 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계

(가) 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용지 145,372.2㎡ 지상에 건축된 건축물의 연면적을 건축물의 대장에 의하여 준공일자별로 정리해 보면 다음과 같다.

(연면적 기준)

구분

87.5.4 준공

89.2.8 준공

89.7.24 준공

89.10.30 준공

92.2.28 준공

지하

1층

2층

1,593.78㎡

13,815.01㎡

47.04㎡

1,506.77㎡

29,574.69㎡

220.29㎡

467.79㎡

469.30㎡

2,144.00㎡

소계

15,455.83㎡

1,506.77㎡

29,794.98㎡

937.09㎡

2,144.00㎡

누계

15,455.83㎡

16,962.60㎡

46,757.58㎡

47,694.67㎡

49,838.67㎡

(나) 청구법인은 경상북도 OO시 OO동 OOOOO에 소재한 공장용지를 매입하여 공장을 신축하였는 바, 92.12.31까지 취득(투자)한 현황을 보면 다음과 같다.

(단위 : 천원)

구 분

취득금액

비 고

14

토 지 매 입

건축공사 및

기계장치

4,678,655

119,598,169

경북 OO시 OO동 OOO번지(220,438㎡)

취득등기 : 92.12.27

위 지상 공장

소유권보존등기 : 93.12.24

합 계

124,276,824

(다) 위 OO공장에서 생산된 제품의 92년2기부터 93년2기까지의 매출현황을 보면 다음과 같다.

(단위 : 천원)

기 분

매 출 액

비 고

92년2기

93년1기

93년2기

66,499

687,402

7,607,679

92.11 생산개시

(라) 청구법인이 93.12.30 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용지 및 공장건축물등을 양도하고 91.12.27 개정된

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정에 의하여 93사업연도 법인세 과세표준신고서와 함께 제출한 특별부가세 면제 신청을 한 내용을 보면 다음과 같다.

1) 감면신청서 기재사항

○ 과세연도 : 1993년 (93.12.30 양도)

○ 해당법조항 : 5년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부과세 전액(

조세감면규제법 제67조의 13

)

○

감면대상 토지등 : 경기도 안산시 OO동 OOO외 1필 토지 145,372.2㎡, 건물 49,838㎡ 및 기타 구축물등

○ 양도가액 : 45,060,000천원

○ 감면대상 금액(양도차익) : 21,138,292천원

○ 감면세액 : 특별부가세 3,669,201천원

2) 양도명세서

(단위:천원)

구 분

소 재 지

면 적

양도일

양도가액

비 고

토 지

건 물

기타 구축물등

안산시 OO동 OOO외

＂

＂

145,372.2㎡

49,838㎡

93.12.30

＂

＂

27,215,000

13,853,807

3,991,193

감 면

감 면

비감면

합 계

45,060,000

3) 취득명세서(OO공장)

(면적: ㎡당, 금액 : 천원)

구 분

소 재 지

면 적

취득일자

취득가액

토 지

건 물

구 축 물

기계장치

경북 OO시 OO동 OOO

＂

＂

＂

220,438

67,896

-

-

92.12.27

93.12.31

93.12.31

93.12.31

4,678,612

25,158,156

5,176,412

121,278,890

합 계

156,292,071

(주) 위 취득가액은 최종투자완료된 금액임

(3) 적용 및 판단

(가) 쟁점토지의 양도에 대하여 91.12.27 개정전의 구조세감면규제

법 제67조의 13의 규정에 의하여 특별부가세면제대상이라는 주장에 대하여 보면,

1) 쟁점토지의 양도일이 93.12.30이므로 원칙적으로 91.12.27 개정된

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정에 의하여 특별부가세면제해당여부를 판정하여야 하나, 위 개정법 부칙 제19조 제6항의 규정에 의하면 92.1.1 현재 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 그 토지등을 92.12.31 이전에 양도하거나 그 토지등을 양도하기전에 다른 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 67조의 13의 규정을 적용하는 것인 바,

위 개정전의

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정과 위 개정부칙 규정에 의하여 특별부가세 면제요건을 정리해보면 다음과 같다.

첫째, 쟁점토지가 92.1.1 현재 2년이상 가동한 공장의 부속토지에 해당되고,

둘째, 92.12.31까지 대체취득자산을 취득하고 취득일로부터 2년이내에 당해 토지를 양도하여야 하며,

셋째, 적법하게 감면신청절차를 이행하여야 한다.

2) 쟁점토지가 92.1.1 현재 2년이상 가동한 공장의 부속토지에 해당되는지를 보면 청구법인이 이 건 공장건축물 중 90.1.1 현재 준공된 공장건축물의 연면적은 47,694.67㎡이고, 위 연면적을 기준으로 공장입지기준면적을 계산하면 158,982.2㎡[47,684.67㎡ ÷ 30%(철강OO 냉간압연업의 기준공장면적률)]가 되고, 쟁점토지는 쟁점(1)에서 본 바와 같이 공장용 부속토지로서 공장입지기준면적이내의 토지에 해당됨을 알 수 있다.

둘째, 청구법인은 92.12.31까지 OO공장의 토지, 공장용건축물 및 기계장치의 취득을 위하여 124,276,824천원을 투자하였고, 동 OO공장에서 92.11월부터 정상제품 생산이 개시되었으며, 또한 93.12.30에 쟁점토지를 포함한 이 건 공장부속토지 및 공장건축물등을 양도하였으므로 두번째 요건도 충족되는 것을 알 수 있다.

3)

구조세감면규제법 제67조의 13

제4항에서는 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고,

같은법 시행령 제55조의 11

제4항에서는 “특별부가세면제를 받고자 하는 법인은 선취득, 후양도의 경우에는 새로운 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도계획서를 제출하여야 하며, 토지등의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서에 양도명세서를 첨부하여 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

청구법인의 경우를 보면 쟁점토지의 양도일(93.12.30)이 속하는 사업연도의 과세표준신고시에는 양도명세서 및 취득명세서를 제출하였으나 대체취득자산의 취득일(92.12.31)이 속하는 사업연도의 과세표준신고시에는 그 취득명세 및 양도계획서를 제출하지 아니하였는 바,

첫째, 구

조세감면규제법 제67조의 13

제4항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있는 바, 대통령령이 정하는 면제신청절차를 흠결없이 이행하는 것은 동 면제의 필수적인 요건이며,

둘째, 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업연도에 “양도계획서 및 취득명세서”를 제출토록 한 규정의 취지는 토지등 자산의 양도와 대체취득자산의 취득을 서로 연계시키고자 하는데 있는 바, 이 건의 경우 대체취득자산의 취득시 쟁점토지의 양도계획이 없어 대체취득자산의 취득일이 속하는 92사업연도 과세표준신고시 “양도계획서 및 취득명세서”를 제출하지 않은 것으로 보이고, 따라서 대체취득자산을 취득할 목적으로 쟁점토지를 양도한 것으로 보기 어려우므로 쟁점토지의 양도에 대하여는

구조세감면규제법 제67조의 13

에 정한 특별부가세면제 규정을 적용할 수 없다고 판단된다.

(나) 쟁점토지의 양도에 대하여 91.12.27 개정(92.1.1부터 시행)된

조세감면규제법 제67조의 13

의 규정에 의하여 특별부가세를 면제할 수 있는지에 대하여 보면

1) 위 개정된 법에서는 “법인이 5년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”에 대하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용지 및 공장건축물등을 93.12.30 양도하고 위 개정된 법을 적용하여 특별부가세면제신청을 한 바 있다.

또한 위 면제신청시에 양도명세서 및 OO공장의 취득명세서를 제출하였다.

2) 쟁점토지가 5년이상 계속하여 가동한 공장의 부수토지에 해당되는지를 보면 쟁점토지가 양도일 현재 공장용 부지로서 사용되고 있는 사실은 앞의 쟁점(1)에서 본 바와 같이 인정된다 하겠으나, 93.12.30 양도일 현재 5년이상 가동한 공장(88.12.30 이전에 준공된 공장)의 건축물연면적은 건축물대장에 의하면 15,455.83㎡이므로 동 면적을 기준으로 공장입지기준면적을 계산하면 51,519.43㎡(15,455.83㎡÷30%)가 되고 이 건 공장용지 145,372.2㎡중 감면대상이 되지 않는 토지는 93,852.77㎡가 됨을 알 수 있다.

3) 따라서 청구법인이 쟁점토지를 포함한 이 건 공장용지 및 공장건축물 등을 93.12.30 양도하고 같은해 대체 취득자산을 취득(OO공장 투자완료)하였으며, 5년이상 가동한 공장에 대한 감면신청은 적법하게 한 것으로 인정되나, 5년이상 가동한 공장의 공장입지 기준면적은 51,519.43㎡에 불과하므로 쟁점토지 60,412.2㎡가 양도일 현재 공장용 부수토지로 사용되었다 하더라도 특별부가세 면제대상의 범위에 포함되지 아니한다 할 것이므로 처분청이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 면제하지 아니한 것은 잘못이 없다하겠다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.