이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO의 전문의약품 사업부문을 인적분할하여 설립OOO된 자회사로서 OOO(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 수입신고번호 OOO으로 수입하면서, 수출자에게 지급한 로열티를 쟁점물품의 과세가격에 가산하지 않고 수입통관하였다.

나. 처분청은 OOO에 대하여 관세조사를 실시하는 과정에서 과거 OOO가 수입한 원료의약품에 대한 로열티 신고가 누락된 것을 확인하였고(OOO 이를 인정하여 수정신고·납부하였다), OOO 법인 설립 이후 동일한 물품을 수입한 청구법인의 쟁점물품에 대하여도 로열티를 가산하여야 한다고 보아 OOO 청구법인에게 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 처분청은 OOO부터 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 후, 쟁점물품에 대하여 추가적으로 발생한 경상로열티 신고가 누락된 것을 확인하고 OOO 청구법인에게 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였으며, 위 부가가치세 OOO원에 대한 청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청을 OOO 거부하였다.

라. 청구법인은 수정수입세금계산서 발급신청 거부처분에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 지주회사인 OOO에 대한 OOO 관세조사 결과에 따라 원료의약품 4개 품목OOO에 대한 로열티 신고 누락분을 OOO에 납부한 바 있고, 그 후 발생되는 로열티에 대하여도 금액이 확정되는 때에 수정신고할 계획이었으며, 실제로 쟁점물품OOO을 제외한 3개 품목(이하 “쟁점외물품”이라 한다)에 대하여는 OOO 로열티를 가산하여 수정신고·납부하였고, 쟁점물품에 대하여는 중앙관세분석소장에게 의뢰된 동일물품의 분석결과(품목분류)를 확인한 후에 수정신고하고자 기다리던 중 관세조사 통지를 받게 된 것일 뿐, 로열티 신고를 회피할 의도가 없었으므로 이 건 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 처분은 부당하다.

(2)

「부가가치세법」 및 관세청장의 ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침

(2013.7.25.)’에 의하면, 품목분류가 변경되거나 수입자가 자신의

귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급

하도록 규정하고 있는바, 이 건 처분은 부당하다.

(3)

「관세법」 제111조

는 이미 조사받은 자를 다시 조사할 수 없다고 규정하고 있는 반면, 처분청은 OOO를 조사하면서 쟁점물품에 대하여 조사하였음에도 2015년에 다시 청구법인을 조사하였는바, 이 건 처분은

「관세법」 제111조

를 위반하여 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점물품의 품목분류 변경 여부와 관계없이 로열티에 대하여 수정신고할 수 있었음에도 처분청이 관세조사를 통지하기 전까지 수정신고하지 아니하였으므로 이 건 처분은 정당하고, 품목분류를 이유로 수정신고할 수 없었다는 청구주장은 자신의 부주의로 인한 수정수입세금계산서 발급제한에 대한 책임을 회피하려는 것에 불과하다.

(2) 과거 OOO에 대하여 관세조사가 있었기는 하나, 청구법인은 그와 별개의 법인이고, 청구법인이 설립되기 전부터 지속적으로 수입된 물품에 대하여 재차 조사하였다고 하더라도 이를 ‘이미 조사받은 자를 다시 조사’한 경우로 보기 어려우므로 중복조사금지원칙에 반한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제35조[수입세금계산서] ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기

전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2.

세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정

하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는

경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제72조[수입세금계산서] ③ 법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 “세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 삭제

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

(3) 관세법

제111조[관세조사권 남용 금지] ① 세관공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하고 통관의 적법성을 보장하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 관세조사를 하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다.

② 세관공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사받은 자를 다시 조사할 수 없다.

1. 관세포탈 등의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 이미 조사받은 자의 거래상대방을 조사할 필요가 있는 경우

3. 이 법에 따른 이의신청·심사청구 또는 심판청구가 이유 있다고 인정되어 내려진 필요한 처분의 결정에 따라 조사하는 경우

4. 그 밖에 탈세혐의가 있는 자에 대한 일제조사 등 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 청구주장에 대한 근거로 OOO에 대한 기업심사(관세조사)결과통지서, 2015년 청구법인에 대한 기업심사결과통지서, 중앙관세분석소장의 분석회보서 등을 제시하였다.

(나)

「부가가치세법」 제35조

제2항 및 같은 법 시행령 제72조 제3항, 제4항에 의하면, 세관장이 경정하기 전에 수입자가 수정신고하는 경우에는 세관장은 수정수입세금계산서를 발급하여야 하나, 세관장이 세액을 경정하거나 관세조사 통지행위가 발생하여 수정신고하는 경우에는 수입자의 단순착오 내지 귀책사유가 없거나 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회, 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회 등에서 품목분류를 변경하는 경우 등에 한하여 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다.

(다) 이 건 처분경위는 아래와 같다.

1) OOO 지주회사로 전환하면서 상호를 OOO로 변경하였고, 같은 날 청구법인은 OOO의 전문의약품 사업부문을 인적분할하여 신설법인으로 설립되었다.

2) 쟁점물품 및 쟁점외물품과 같은 전문의약품은 OOO 전까지 OOO가 수입하였다가, OOO부터 청구법인이 수입하였다.

3) 청구법인은 OOO 로열티에 대한 처분청의 부과처분 이후, 국내판매에 따른 경상로열티가 추가로 발생하자, OOO 쟁점외물품OOO에 대하여는 로열티를 과세가격에 가산하여 수정신고·납부하였으나, 쟁점물품에 대하여는 수정신고하지 아니하였다.

4) 처분청은 OOO 청구법인에게 관세조사 실시를 통지하였고OOO부터 관세조사를 실시한 후, OOO 쟁점물품에 대한 로열티를 과세가격에 가산하여 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

(라) 한편, 청구법인은 쟁점물품과 동일한 물품인 OOO 수입신고번호 OOO로 수입하면서, 관세·통계통합품목분류표(이하 “HSK”라 한다) 제3004.90-9900호(기본세율 8%)로 품목분류하여 수입신고하였고, 통관지세관장은 같은 날 중앙관세분석소장에게 해당물품에 대한 분석(수입신고 수리 후)을 의뢰하였으며, 중앙관세분석소장은 OOO 쟁점물품에 대하여 HSK 제2933.59-2090호(WTO양허세율 6.5%)에 분류되는 물품으로 회신OOO하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 중앙관세분석소장의 품목분류 분석결과를 기다린 것일 뿐, 로열티 신고의무를 해태할 의도가 없었으므로 수정수입세금계산서 발급거부처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인은 처분청이 OOO 관세조사를 통지하기 전까지 수정신고를 하지 않았고, 이에 처분청이 관세조사 과정에서 부족세액을 발견하여 경정하였으므로, 이 경우 수정수입세금계산서 발급이 제한되는 점, 로열티 누락에 대한 수정신고와 품목분류 변경을 이유로 한 경정청구는 별개의 문제이므로 청구법인이 품목분류 분석결과를 기다렸다는 이유만으로 로열티 신고를 누락한데 대하여 귀책이 없음을 증명하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

한편, 청구법인은 처분청이 OOO를 관세조사한 후 쟁점물품에 대하여 세액을 경정한 사실이 있으므로 OOO 부과처분에 대하여

「관세법」 제111조

의 중복조사금지원칙에 위반된다고 주장하나, OOO와 청구법인은 별개의 법인이므로 청구법인을 ‘이미 조사받은 자’로 보기 어려운 점, 그 밖에 중복조사에 해당한다고 볼 만한 증빙이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「관세법」 제131조

,

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.