이유
1. 원처분의 개요

청구법인은 서울특별시 성동구 OO동 OO OOOOOO 소재에 본점을 두고 있는 공공법인으로서 면세사업과 과세사업을 겸영할 목적으로 서울특별시 강남구 OO동 택지개발지구내 상업용지(대지 9,655㎡) 위에 지하3층 지상16층의 근린생활시설, 업무시설 및 운동시설용 건물 43,715.94㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 쟁점건물신축에 따라 발생한 공통매입세액 1,144,334,544원(1995.1기분 85,454,545원, 1995.2기분 73,454,546원, 1996.1기분 129,163,637원, 1996.2기분 420,472,727원, 1997.1기분 435,789,089원)을 예정사용면적비율(과세분면적 50.5%, 면세분면적 49.5%)로 안분계산하여 과세면적비율에 해당하는 577,888,944원(1995.1기분 43,154,545원, 1995.2기분 37,094,546원, 1996.1기분 65,227,637원, 1996.2기분 212,338,727원, 1997.1기분 220,073,489원)을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 쟁점건물에 대한 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 임대부분은 과세면적으로, 자가사용(사옥)부분은 면세면적으로 하여 과세·면세 사용면적이 구분되는 것으로 보아 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산하였으나, 주차장등 부대시설은 과세·면세 사용면적이 구분되지 않는 것으로 보아

부가가치세법시행령 제61조

제4항 제2호의 규정에 의하여 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 1997.9.16 청구법인에게 부가가치세 1995.1기분 14,935,550원, 1995.2기분 6,312,030원, 1996.1기분 24,019,280원, 1996.2기분 74,586,280원, 1997.1기분 71,143,890원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1997.11.14 심사청구를 거쳐 1998.3.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

주차장등 부대시설의 면적은 자가사용부분(면세)과 임대사용부분(과세)의 면적비율에 따라 그 사용면적이 과세·면세로 구분되는 것으로 보아야 하므로 주차장등 부대시설에 대한 공통매입세액도 예정사용면적비율로 안분계산하는 것이 합리적임에도 (국심94경 3263, 1995.2.22 합동회의 같은 뜻임), 처분청이 주차장등 부대시설은 공용면적으로서 과세·면세의 사용면적이 구분되지 않는 것으로 보고 예정공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산한 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 건물을 신축함에 있어서 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는

부가가치세법시행령 제61조

제4항 단서에 의하여 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산하는 것이나, 예정사용면적을 구분할 수 없는 주차장이나 기계실등 부대시설에 대한 매입세액은

부가가치세법시행령 제61조

제4항 단서를 적용할 수 없고 본문을 적용하는 것인바, 이 건 공통매입가액 이외의 매입가액이 없으므로 예정공급가액의 비율로 안분계산한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 과세·면세사업에 공통으로 사용될 건물을 신축함에 있어서 발생한 공통매입세액의 안분계산방법을 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법시행령 제61조

(매입세액의 안분계산) 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다고 규정하고 있다.

같은 조 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의하되, 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 규정하고, 그 제1호에서 “총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율”을, 그 제2호에서 “총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율”을, 그 제3호에서 “총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”을 각각 규정하고 있다.

같은법시행령 제61조의 2

(공통매입세액의 정산)는 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하도록 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점건물은 임대부분(과세)과 자가사용부분(면세)의 예정사용면적이 구분되고 주차장등 공용부분인 부대시설도 임대부분과 자가사용부분의 면적비율에 의하여 예정사용면적이 구분되는 것이므로 쟁점건물의 공통매입세액은 예정사용면적비율에 의하여 과세분과 면세분으로 안분계산하여야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점건물의 주차장등 부대시설은 과세·면세의 사용면적이 구분되지 않고 공통매입가액 이외의 매입가액이 없으므로

부가가치세법시행령 제61조

제4항 제2호의 규정에 의하여 예정공급가액비율로 안분계산하여야 한다는 의견이다.

(2) 강남구청장이 1993.12.22 발급한 쟁점건물의 건축허가서에 의하면, 쟁점건물은 지하3층 지상16층의 건물로서 총연면적은 43,715.94㎡이고, 자가사용부분(지상 7층에서 16층까지)은 12,984.83㎡이며, 임대용으로 사용되는 부분(지상 1층에서 6층까지, 지상 1층의 로비 1,302㎡ 제외, 지하 1층의 임대용 2,773.44㎡ 포함)은 13,606.55㎡이고, 주차장등 부대시설(지하 1층에서 3층까지, 지상 1층의 로비 1,302㎡ 포함, 지하 1층의 임대용 2,773.44㎡ 제외)은 17,124.56㎡인 것으로 확인되고 있고, 청구법인이 사장결재를 받아 확정한 「신축사옥투자손익분석(추정)」에 의하면, 쟁점건물은 본사사무소용(자가사용)과 임대사무소용으로 구분되어 있고, 임대조건에는 층별 바닥면적 기준 부대시설(주차장, 기계실)등은 본사사무소용과 임대사무소용의 면적비율에 의거 분배하는 것으로 정하고 있음이 확인되고 있다.

(3) 한편 전시한 법령에 의하면, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 함을 원칙으로 하되, 실지귀속을 구분할 수 없고 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 당해 과세기간의 공통매입세액에 대한 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 적용하도록 규정하면서, 그 단서에서 건물을 신축 또는 취득하여 과세, 면세의 사용면적을 구분할 수 있는 경우 예정사용면적비율을 우선 적용하도록 규정하고 있는바, 이는 건물을 신축 또는 취득한 경우로서 건축허가서 등 관련자료에 의하여 과세, 면세의 사용면적이 구분되는 경우에는 우선적으로 예정사용면적비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하도록 하고 있음을 알 수 있다.

(4) 그런데 건물신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있는 것이므로 건축물 신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이고, 그럼에도 건축물 신축관련 매입세액의 안분계산을

부가가치세법시행령 제61조

제4항 제2호의 규정에 의하여 안분할 경우 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없을 뿐만 아니라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법으로 보기도 어렵다고 할 것이다(국심 94경 3263, 1995.2.22 합동회의외 다수 같은 뜻임).

(5) 그렇다면 이 건의 경우 청구법인은 쟁점건물을 자가사용부분(면세), 임대사용부분(과세) 및 주차장등 부대시설부분으로 그 사용면적을 구분하고 있고, 주차장등의 부대시설은 자가사용과 임대사용의 면적비율에 의하여 안분하여 사용하도록 정하고 있으므로 과세사업과 면세사업에 사용할 예정사용면적이 구분된다 하겠고,

부가가치세법시행령 제61조

제4항 단서 및 그 제3호에서 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하도록 규정하고 있으므로, 이 건 주차장등 부대시설인 공용면적에 상당하는 공통매입세액은 위 규정에 따라 과세사업과 면세사업에 제공할 예정사용면적비율에 의하여 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다.(국심 97중 2557, 1998.5.25 같은 뜻임)

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이1유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.