이유
1. 원처분 개요

경상남도 울산시 중구 OOOOO 소재 청구외 OOOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)가 91.7.30 경상남도 울산군 OO면 OO리 OOOOO OO공업기지OOOOO내 공장용지 24,056㎡ 와 공장건물 및 사무실 5,049㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 특수관계자인 청구법인에게 2,976,038,000원(토지 1,732,032,000원, 건물 1,244,006,000원)에 양도한 데 대하여, 처분청은 쟁점부동산 중 건물의 양도가액 1,244,006,000원은 그 장부가액 2,053,630,601원 보다 저가라하여 그 저가상당액 809,624,601원을 익금산입하고 청구외법인의 ’91사업년도(91.1.1～12.31)의 법인세로서 경정고지할 712,935,720원(법인세 410,034,920원, 특별부가세 302,900,800원)을 청구외법인이 이미 청산된 법인이고, 그 잔여재산을 발견할 수 없다고 하여 청구법인을

국세기본법 제39조

의 규정에 의한 제2차납세의무자로 지정하여 94.4.16 청구법인에게 위 세액의 납부 통지서를 발부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.5.19 심사청구를 거쳐 94.7.13 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 ’71년도 설립이래 금속표면 경화육성가공, 가열로 및 철구조물 제작설치, 단열재가공판매 등을 주사업목적으로 하고 있는 법인으로 ’88년경부터 정부의 중화학공업육성정책으로 신·증설과 해외수주가 급격히 늘어나고 있는 가열로 제작설치 공장 등 설비투자를 위한 부지확보가 절실히 요청되고 있던 중 청구외법인이 상공부로부터 OO공단입주업체로 선정되어 공단조성사업을 하고 있던 쟁점공장부지를 청구외법인으로부터 매입하기로 하고 매맥계약을 체결하고자 하였으나 공단조성준공이 되지 아니한 관계로 소유권이전이 불가능하여 매수할 수 없게되어 청구법인은 청구외법인의 발행주식을 89.10.5 및 90.4.30. 2회에 걸쳐 100% 매수하게 되어 청구외법인을 사실상 지배하게 되었고,

(2) 그후 공단조성이 완료되고 90.3.21 건축허가를 받아 90.12.19 공장건물을 준공하게 되었고, 청구외법인은 영업활동이 없었던 관계로 청구법인과 합병하기로 결정하여 양법인은 91.4.1 합병계약을 체결한 후 공정거래위원회에 신고를 마치고 공단의 관리관청인 상공부에 합병을 전제로 하여 쟁점부동산에 대하여 입주업체명을 변경하고자 변경신청을 하였으나 상공부장관은 위 변경신청에 대하여 91.7.25 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제3항에 의거 양도양수 사항이라 하여 이를 반려하였고, 청구외법인은 부득이 위 법률 제39조 제5항의 규정에 의거 한국감정원의 감정을 받아 동 감정가액대로 매매계약을 체결하고 상공부장관의 동의를 받아 청구법인에게 양도한 것이므로 이에 대하여 저가양도라하여 부당행위계산부인하여 과세한 처분은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 청구외법인의 출자자에 해당하므로 특수관계에 해당되고, 청구법인은 쟁점부동산을 한국감정원에 의뢰하여 91.7.25 감정평가한 가액에 의하여 91.7.30 매매계약을 체결하여 91.10.31 양도한 사실이 확인되고, 쟁점부동산 중 토지는 청구외법인이 87.7월에 취득하여 91.7월 양도계약한 기간에는 부동산가액이 대폭 상승한 시기여서 감정가액을 시가로 보아야 할 것이고, 쟁점부동산 중 건물은 91.5월 완공직후 같은해 7월에 양도하였으므로 그 양도시점의 건물의 가치는 건축공사비 이상일 것이고, 감정가액처럼 현저히 가치가 하락할 만한 특별한 사정이 없는 한 건축물에 대한 공사비를 시가로 보아야 할 것이고, 따라서 처분청이 쟁점부동산 중 그 건물부분에 대하여 부당행위계산부인하여 과세한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 청구외법인이 청구법인에게 쟁점부동산 중 건물부분을 시가에 미달하게 양도하였다고 하여 부당행위계산부인하여 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

(1)

법인세법 제20조

에서는 「정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 인정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도 소득을 계산할 수 있다」고 규정하고 있고,

같은법시행령 제46조

제1항 제1호의 규정에 의하면 출자자(시행령 제31조의2에 규정하는 소액주주는 제외)는 특수관계있는 자에 해당되는 것으로 규정하고 있다. 또한 위 시행령 제46조 제2항 제4호의 규정에 의하면 “출자자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때”는

법인세법 제20조

에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당되는 것으로 규정하고 있다.

법인세법 제59조의2

제1항에서는 「대통령령이 정하는 토지·건물·부동산의 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」고 규정하고 있으며,

같은법시행령 제124조의2

제7항에서는 「제46조 제1항에 규정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다」고 규정하고 있다.

같은법시행규칙 제16조의2

에서는

같은법시행령 제46조

의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 “지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는

상속세법시행령 제5조

제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다(이하 단서생략)”고 규정하고 있다.

다. 쟁점부동산 중 건물부분을 특수관계자에게 시가에 미달하게 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부

(1) 사실관계

㉮ 먼저 청구법인이 쟁점부동산을 청구외법인으로부터 매수하게된 경위를 보면, 청구법인은 가열로 제작 등에 필요한 공장을 확보하기로 하고 토지를 청구외법인으로부터 매수하고자 하였으나, 공단부지조성이 준공되지 아니한 때문에 그 소유권이전등기가 불가능하여 청구법인은 청구외법인의 대표이사 OOO가 소유하고 있는 청구외법인의 발행주식 50,000주를 89.10.15 및 90.4.30 에 각각 40,000주와 10,000주를 취득함으로써 청구법인은 청구외법인을 사실상 지배하게 되었고, 청구외법인은 90.3.21 공장건축허가를 받아 90.12.29 동 공장건물이 준공되었음을 알 수 있다.

청구외법인은 사실상 영업을 한 실적이 없고 청구법인이 실질적으로 청구외법인을 지배하고 있기 때문에 존립할 필요가 없어 양법인은 합병(청구법인이 청구외법인을 흡수합병)하기로 결정하고 94.4.1 합병계약을 체결한 후 91.6.12 공정거래위원회에 신고하여 공정거래위원회로부터 “독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제7호”에 위반되지 않음을 통보받고, 상공부장관에게 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제38조 제2항의 규정에 의거 OO공업단지 “입주계약변경신고”를 하였으나 상공부장관은 이에 대하여 입주계약변경사항이 아니고

같은법 제39조

제3항의 규정에 의한 “양도등의”사항이라고 하여 91.7.16 위 신청서를 반려하였고, 부득이 청구외법인은 쟁점부동산에 대하여 한국감정원으로부터 91.7.25 감정을 받아 그 내용대로 청구법인과 91.7.30 매매계약을 체결하고 91.8.30 상공부장관으로부터 양도동의를 받아 쟁점부동산을 청구법인에게 양도한 사실이 확인된다.

㉯ 다음으로 쟁점부동산의 감정내용과 청구외법인의 쟁점부동산에 대한 기장내용을 보면, 청구법인은 한국감정원에 감정을 의뢰하여 91.7.25 감정평가한 내용은 쟁점부동산의 총감정가액은 2,976,038,000원이고, 쟁점부동산 등 토지감정가액은 1,732,032,000원이고, 건물감정가액은 1,244,006,000원 임을 알 수 있다.

또한, 위 토지에 대한 청구법인의 장부가액은 489,000,000원이며, 건물의 장부가액은 2,053,630,601원이고 총장부가액은 2,542,630,601원임을 알 수 있다.

건물장부가액 2,053,630,601원의 구체적인 내용을 보면 건물설계비 및 건축공사비는 1,350,137,472원이고 토목공사비, 하수도공사, 조경공사, 정화조공사비 등은 390,884,030원이며 기타 건설자금이자, 전기공사 등의 비용은 312,609,099원임이 확인된다.

(2) 적용 및 판단

위 관계법령과 사실관계를 종합하여 보면,

첫째, 특수관계자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 경우 부당행위계산부인 판단기준이 되는 시가가 불분명한 경우에는 우선적으로 감정가액에 의하도록 규정하고 있으므로 쟁점부동산에 대하여 한국감정원의 감정가액 대로 양도한 점,

둘째, 쟁점부동산의 건물부분은 감정가액이 장부가액 보다 낮은 금액이나 토지 및 건물을 합한 전체금액은 장부가액 보다 높은 점,

셋째, 장부에 기장된 건물계정의 구체적인 내용을 보면 토목공사비, 조경공사비 등은 사실상 토지 계정으로 대체하여야 할 성질인데에도 장부상 계정처리가 잘못된 점(한국감정원 울산지점의 회신문 한감울산713-234, 94.12.9)에서도 같은 의견임,

넷째, 청구외법인은 쟁점부동산을 청구법인에게 양도함에 있어 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항의 규정에 의하여 한국감정원의 감정을 받아

같은법률 제39조

제3항의 규정에 의하여 상공부장관의 동의를 얻어 위 감정평가액대로 양도한 것이므로 청구외법인이 그 양도가액을 임의로 정하여 양도할 수 없는 점 등을 감안하여 보면 쟁점부동산을 시가에 미달하게 양도한 것으로 보는 것은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점부동산 중 건물부분을 특수관계자에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산부인한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.