이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2017.7.19. ‘OOO농공단지’(이하 “쟁점농공단지”라 한다) 준공에 따라 쟁점농공단지 내에 소재한 OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목을 변경하였으나 취득세 등을 납부하지 아니하였다는 OOO도지사의 세무조사(2017.10.16.~2017.10.18., “제1차 조사”라 한다) 결과통보에 따라, 2018.1.4. 법인장부상 쟁점토지의 지목변경가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」제78조 제1항(2014.12.31. 법률 제12955로 개정된 것을 말하며, 이하 “개정감면규정”이라 한다)의 감면율(35%)을 차감하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 제1처분”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다. 나. 그 후, 처분청은 2019.11.6. 청구법인으로부터 쟁점농공단지 조성공사의 원가내역을 서면으로 제출(이하 “제2차 조사”라 한다)받아 분석하는 과정에서 쟁점농공단지 지원을 위한 건설보조금 OOO원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)이 취득세 과세표준에서 누락된 사실을 확인하고, 이 건 제1처분에 따라 기 부과·고지한 과세표준 등을 차감하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 제2처분”이라 한다)을 2020.4.13. 청구법인에게 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.6.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 구 「지방세특례제한법」제78조 제1항(2014.12.31. 법률 제12955로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “종전감면규정”이라 한다)에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것이고 신뢰하고 2014.7.30. 농공단지 조성공사에 착공하였으나, 쟁점농공단지 준공 시점인 2017.7.20.에는 감면율이 축소(면제 → 35%)되어 청구법인의 이익이 축소되었고, 청구법인은 종전감면규정의 감면율이 계속 유지될 것이라고 신뢰한 것에 대한 귀책사유가 없으므로 청구법인의 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것이고, 산업단지에 대한 취득세 면제 규정은 1995년 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점토지에 대한 지목변경이 완료될 때까지 면제가 유지되리라고 기대하는 것은 무리가 아니라 할 것이며, 개정감면규정의 부칙 제14조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’라는 경과규정을 두고 있으므로 청구법인의 쟁점토지에 대한 지목변경은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 착공 시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 이 건 제2처분은 취소하여야 한다. (2) 쟁점농공단지 준공에 따른 지목변경 취득과 관련하여 처분청은 제1차 조사에 따라 이 건 제1처분을 하였음에도 제1차 조사와 동일한 세목 및 과세연도 등을 대상으로 한 제2차 조사는 재조사에 해당하므로 위법한 세무조사에 따라 부과.고지한 이 건 제2처분은 취소되어야 한다. (가) 「지방세기본법」제80조 제2항에서 지방자치단체의 장은 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 등 각 호에서 나열하고 있는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없도록 규정하고 있고, 과세관청이 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 납세자에게 질문.조사권을 행사한 경우라면 그 명칭과 형식이 어떠하든 세무조사에 해당하는 것으로 보아야 하는바, 처분청은 제1차 조사 당시 쟁점보조금 관련 내용을 모두 확인한 다음 이를 과세표준에서 제외하였음에도 이 건 제2처분을 위하여 2019.11.6. 청구법인에게 과세자료를 요청하였으므로 이는 제1차 조사와 동일한 세목 및 과세연도 등을 대상으로 한 명백한 중복세무조사에 해당한다고 할 것이고, 예외적으로 세무조사가 이루어진 후 재조사를 할 수 있다 하더라도 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 조사한 항목을 제외한 나머지에 대하여 다시 세무조사를 할 수 있는 것이어서, 앞선 조사에서 발견하지 못한 새로운 자료가 확인된다고 하여 다시 세무조사를 허용할 수 있는 것도 아니라 할 것이며, 「지방세기본법」상 “세무조사”란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말하는 것이고, 「지방세기본법」에서 세무조사 외에 청구법인에게 부과된 과세표준이 적정한지에 대한 단순한 사실관계의 확인을 위하여 질문·조사권을 행사할 수 있다는 법적인 근거는 존재하지 아니하므로 과세관청이 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 위하여 납세자에게 질문·조사권을 행사하는 경우라면 그 명칭과 형식 여하에 관계없이 세무조사에 해당한다고 할 것이다. (나) 처분청은 재조사의 근거로 「거창군 지방세 세무조사 운영규칙」제22조의 부분 세무조사의 실시를 제시하고 있으나, 이 규정은 중복세무조사로 인한 납세자 혼란방지를 위해 필요한 부분만 특정·한정하여 조사할 수 있는 부분조사의 근거를 마련하고자 하는 것이지, 기존 세무조사에서 일부 누락되었던 사항에 대하여 재조사를 통하여 재처분이 가능하게 하고자 하는 것이 아니므로 입법 취지를 고려하더라도 「거창군 지방세 세무조사 운영규칙」제22조는 이 건 제2처분을 위한 근거가 될 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) 다수의 대법원 판례 및 조세심판원 결정에서 법령의 부칙에 일반적 경과조치를 규정하고 있다 하더라도 이러한 조치에 대한 납세자의 신뢰는 단순한 기대에 지나지 않는다는 일관된 태도를 보여 왔고, 청구법인이 쟁점토지의 지목변경 착공 당시 감면이 계속 유지되리라고 기대한 것은 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하여 마땅히 보호되어야 할 신뢰의 정도는 아니라 할 것인 점, 감면 규정의 신설이나 유지, 종료 및 축소 등에 관한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단인 점, 착공 행위가 있었다는 자체만으로는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고는 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점경과규정에서 종전의 규정을 소급하여 적용한다는 명시적 규정을 두고 있지 아니한 이상 청구법인의 쟁점토지 지목변경은 개정감면규정에 따라 취득세 면제 대상으로 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청의 이 건 제2처분은 적법하다. (2) 「지방세기본법」제2조 제1항 제36호에서 “‘세무조사’란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제80조 제2항 각호의 규정에 따라 “같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.”라고 규정하고 있는바, 위 규정에서 말하는 재조사가 금지되는 ‘세무조사’란 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’라 할 것이지만, 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출 사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다 할 것이다. 처분청이 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세 과세표준 적정 여부를 점검하고자 요구한 “OOO농공단지 조성공사 공사원가 및 연도별 분양원가 명세서”는 처분청이 기존 부과된 지목변경 취득세에 대한 과세표준 중 건설보조금 과세표준 산입여부를 확인하기 위한 자료의 요청으로서 전자적(이메일)으로 제출받은 것인바, 이는 지목변경 과세표준의 적정 여부 판단을 위한 단순한 사실관계 확인을 위한 것으로서 납세자 등을 직접 접촉하여 질문조사권 등을 행사하여 납세자의 영업 자유 등을 침해하는 재조사가 금지되는 세무조사로 보기는 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전감면규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 (2) 제1차 조사와 동일한 세목 및 과세연도를 대상으로 한 제2차 조사는 재조사의 금지에 해당하므로 이를 근거로 한 이 건 제2처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO를 본점 소재지로 하고, 토목공사업, 건축공사업 등을 목적으로 하여 2002.8.13. 설립되었다. (나) 쟁점농공단지의 조성사업은 2009.5.20. 농림수산식품부로부터 국비 지원사업으로 선정되었으며, 2011.8.19. 처분청이 사업시행자가 되는 공영개발방식으로 하여 “OOO농공단지계획(농공단지 지정 및 실시계획) 승인 및 지형도면 고시”가 이루어졌다. < 농공단지계획 승인 및 지형도면 고시(발췌) > OOO (다) 청구법인은 경쟁입찰을 통해 2014.3.10. 쟁점농공단지 조성사업의 민간사업자(협상대상자)로 선정되었고, 2014.5.15. 처분청과 청구법인은 쟁점농공단지 조성사업에 대하여 아래와 같이 “사업협약서”를 체결하였다.| 본 사업협약서(이하 “본 협약”)는 2014년 5월 15일자로 다음의 당사자들 사이에 체결된다. 1. 경상남도 거창군수(이하 “주무관청”) 2. 본 협약 서명란에 서명한 출자예정자들로 구성된 주식회사 산양종합개발(이하 “민간사업자”)
전문 가. 주무관청은 경상남도 거창군 남상면 월평리 및 대산리 일원에서 거창 승강기 전문농공단지(이하 “본 농공단지”) 조성사업(이하 “본 사업”)을 추진하기 위하여 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 “산업입지법”) 제16조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제19조 제2항 또는 제3항의 요건을 충족하는 민간측 사업자를 경쟁입찰 방식으로 선정하고자 거창군 공고 제2013-660호 거창 승강기 전문농공단지 사업시행자 재공모(이하 “공모공고”)를 공고하였으며, 민간사업자는 2013년 6월 14일 사업계획서(이하 “사업계획서”)를 제출하였고, 민간사업자는 위 공모공고 및 관련 법령에 따라 2013년 7월 20일 차순위협상대상자로 지정되었으나, 당초 우선협상대상자가 사업시행자의 지위를 포기함에 따라 차순위협상대상자인 민간사업자를 2014년 3월 10일 협상대상자로 선정하였다. 나. 주무관청과 민간사업자는 민간의 창의와 효율을 바탕으로 공공성을 조화시켜 본 사업을 성공적으로 수행함으로써 지역사회 발전에 기여하기 위한 본 사업의 시행에 필요한 사항을 정하며, 본 산업단지가 조기 활성화 돌 수 있도록 주무관청 및 민간사업자는 서로 협조하기 위하여 본 협약을 체결하기로 합의한다.
제1조 용어의 정의 본 협약에서 달리 정의되거나 문맥이 허용하지 아니하는 경우를 제외하고, 본 협약에서 사용하는 용어는 아래에 정의된 바와 같은 의미를 가진다. 1. “건설보조금”은 제15조(건설보조금의 지급)에 따라 주무관청이 본 사업을 위하여 건설기간 중 민간사업자에게 지급하는 보조금을 말한다.
제2조 본 사업 및 추진방식 ② 민간사업자는 출자금과 프로젝트금융의 방식으로 금융기관들이 제공하는 타인자본, 그리고 단지분양사업에 따른 분양대금으로 본 사업의 시행에 필요한 총민간사업비 전액을 조달하기로 한다.
제3조 당사자들의 업무 ① 주무관청이 본 사업을 위하여 본 협약에 따라 수행할 업무는 다음 각 호의 업무를 포함한다. 3. 본 농공단지 건설기간 중 본 협약에 따른 건설보조금의 지급
제7조 사업의 시행 ① 민간사업자는 본 사업의 시행자로서 본 협약에 따라 본 사업을 책임 수행한다.
제9조 총사업비 및 총사업비의 변경 ① 본 사업의 총사업비는 금이백육십구억오천삼백만원(/26,953,000,000)(2010년 12월 01일 기준 불변가)로 하며 구체적인 내역은 부록2(총사업비 및 총투자비)와 같다.
제10조 실시계획 등의 변경 민간사업자는 실시계획의 변경이 필요할 경우 변경실시계획을 작성하고 주무관청에 제출하여 변경승인을 받아야 한다. 또한, (이하생략)
제12조 토지 및 지장물에 대한 보상 ① 본 사업을 위한 토지 및 지장물에 대한 보상업무는 주문관청이 위탁하여 수행하되, 동 보상업무 수행과 관련하여 민간사업자는 적극 협력한다. ② 본 사업을 위한 토지 등의 취득을 위한 보상비용은 민간사업자가 조달하며, 보상이 완료된 본 농공단지의 토지 등 소유권은 관련법령에서 정한 절차를 경료하여 민간사업자에게 이전된다(동 소유권이전은 제8조에 따른 선투입 보상비용의 실제 지급 현황 등을 반영하여 단계적 이전 방식으로 추진함)
제15조 건설보조금의 지급 ① 주무관청이 본 논공단지의 건설기간 중 민간 사업자에게 지급할 본 사업의 총사업비에 대한 건설보조금은 금칠십일억육백만원(/7,106,000,000)(2010년 12월 01일 기준 불변가)이며, 동 건설보조금의 지급일정은 부록 5(선투입 보상비용 및 건설보조금 지급일정)와 같다.
제17조 농공단지 내 시설 및 공공시설의 소유권 귀속 ③ 본 농공단지 내에 민간사업자가 건설하여 준공된 시설(공공시설 및 민간귀속분 제외)은 민간사업자에게 귀속된다. |
| 구 분 | 과세표준액 | 취득세 등(가산세 포함) | |||
| 취득세 | 농어촌특별세 | 지방교육세 | 계 | ||
| ① 착오 감면 | - | 95,208,340 | - | 10,283,450 | 105,491,790 |
| ② 지목변경 미신고 | 15,082,339,119 | 157,228,270 | 27,253,100 | - | 184,481,370 |
| 구 분 (부과·고지일자) | 과세표준액 | 취득세 등(가산세 포함) | |||
| 취득세 | 농어촌특별세 | 지방교육세 | 계 | ||
| ① 감면 추징 (2018.3.6.) | - | 106,498,530 | - | 5,256,720 | 111,755,250 |
| ② 지목변경 추징 (2018.1.4.) | 15,082,339,119 | 160,271,400 | 27,885,120 | - | 188,156,520 |