청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 감면대상사업에 직접 사용한 사실이 없는 상태에서 매각하여 매각일에 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것임.다만, 처분청은 이 건 취득세 등을 추징하면서 추징사유발생일인 매각일(2022.1.19.)이 아닌 취득일부터 1년이 경과한 시점(2016.12.24. 등)을 기준으로 납부지연가산세를 부과하였는바, 납부지연가산세는 「지방세기본법」 제55조 제1항 제1호에 따라 추징사유발생일인 매각일부터 60일이 지난 날의 다음날부터 부과하는 것이 타당하므로 처분청은 이 건 납부지연가산세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.12.24. 제주특별자치도 서귀포시 OOO외 18필지 토지 28,002㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 제주투자진흥지구의 사업시행자인 A로부터 취득하고, 「제주특별자치도세 감면조례」(2015.12.31. 조례 제1526호로 개정되기 전의 것) 제24조의2 제1항에 따른 취득세 면제대상으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. 나. 청구법인은 2017.7.28. 이 건 토지상에 병원용 건축물 18,252.73㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 「제주특별자치도세 감면조례」(2017.8.9. 조례 제1898호로 개정되기 전의 것) 제24조의2 제1항의 감면 및 「지방세특례제한법」 제177조의2 에 따른 최소납부세제를 적용하여 취득세의 85%를 감면받고, 그 나머지에 해당하는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 처분청은 청구법인이 2022.1.19. 쟁점부동산을 주식회사 B에게 매각한 사실을 확인하고 「제주특별자치도세 감면조례」(2019.9.26. 조례 제2300호로 개정되기 전의 것) 제24조의3 제1항 제5호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.2.1. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 기 감면한 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지 하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 추징내용 (단위 : 원)

구분	취득세	지방교육세	농어촌특별세	합계
이 건 토지	OOO	OOO		OOO
이 건 건축물	OOO	OOO	OOO	OOO
합계	OOO	OOO	OOO	OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년 이내에 감면목적사업에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 존재한다. 청구법인은 2015.1.30. A(OOO), OOO병원 및 C그룹과 의료관광 활성화를 위한 사업을 진행하기로 협의한 후 2015.6.11. 외국의료기관(C국제병원) 사업계획서를 제출하였으며, 2015.12.21. 보건복지부장관 승인을 거쳐 최종 사업계획서가 승인되었음을 통보받았다. 청구법인이 승인받은 사업계획서에는 제주도를 방문하는 외국인 의료관광객을 대상으로 건강관리 및 미용 목적의 치유형 의료서비스를 제공함을 전제로 의료관광 활성화를 목적으로 추진하였고, 이와 같은 이유로 C국제병원이 주변 지역 이용객 유치 증대에 기여하며, 국내 건강보험의 적용을 받지 않는 의료서비스를 제공할 것이어서 기존 보건의료체계에도 영향을 미치지 않을 것으로 분석하였고, 당시 처분청에서도 C국제병원 설립을 긍정적으로 추진하면서 내국인이 이용하더라도 건강보험 적용이 제외됨으로써 국민건강보험체계에 별다른 영향이 없을 것이라고 분석하였다. 사업계획승인 당시에는 진료대상자를 제한하지 않는 것을 전제로 하고 있었다. 청구법인은 2015.12.24. 이 건 토지를 취득하고, 그 지상에 건축공사를 진행하여 2017.7.28. 이 건 건축물을 신축하여 취득하였으며, 의료기관 개설예정일 2017.10.1.에 맞춰 진료과목 4과(성형외과, 피부과, 가정의학과, 내과) 용도로 의료장비 등 시설 구축, 운영인력 총 134명을 채용(채용 공고부터 실제 채용까지 약 2개월 소요)하여 2017.8.31. 외국 의료기관개설허가 신청을 하였다. 그러나 의료서비스는 공공재이며 영리병원을 도입하면 의료 공공성이 무너진다는 사회단체의 반대 등 영리 외국의료기관 개설허가에 대한 찬반 논란이 불거지자, 처분청은 2017년 9월경부터 2018년 3월경까지 6차례에 걸쳐 구비서류 검토, 보건의료정책심의위원회 심의절차 지연, 보건의료정책심의위원회에서 제출한 종합의견의 심도 있는 검토 등을 이유로 외국의료기관 개설허가신청에 대한 허가 여부 결정을 연기하였고, 그 후 공론조사절차 진행을 이유로 다시 허가여부 결정을 연기한 뒤 2018.12.5.에 이르러서야 외국의료기관 조건부 개설허가증(내국인 진료 제한 조건)을 교부하였다. 또한, 2019.2.15. 개설허가를 한 날부터 의료법상 3개월 이내에 병원 설립을 마치고 업무를 시작하지 않으면 허가를 취소할 수 있다고 통보하였는데, 이는 사업 진행 과정에서 전혀 예상하지 못했던 허가조건이었으며, 그에 따라 위와 같은 사업계획이나 개원을 위한 준비계획의 변경이 불가피한 상황이었다. 위와 같이, 2017.8.31. 외국의료기관 개설허가 신청 후 2018.12.5. 외국의료기관(C병원) 조건부 개설허가까지 약 1년 3개월이 지연되는 과정에서 청구법인이 채용하였던 인력이 대거 이탈하기 시작하여 개설허가 당시에는 채용한 근로자 134명 중 의사 9명을 포함하여 과반수인 70여 명이 이탈한 상태로 그 업무를 시작할 수 없는 상태에 이르게 된 상태에서 처분청은 2019.4.17. 외국의료기관의 개설허가마저 취소(1차)하는 처분을 하였다. 이에 청구법인은 2019.2.14. 외국의료기관 개설허가 조건 중 내국인 진료 제한 조건의 취소를 구하는 소송을 제기하여 2022.4.5. 제주지방법원으로부터 인용판결(제주지방법원 2022.4.5. 선고 2019구합5148)을 받았고, 이와는 별도로 외국의료기관 개설허가 취소처분에 대한 취소를 구하는 소송을 제기하여 처분청의 외국의료기관 개설허가 취소처분이 위법하다는 취지의 판결(대법원 2022.1.13. 선고 2021두50765 판결)을 받았다. 당초 사업계획승인의 내용대로만 국외의료기관 개설허가가 진행되었더라면 청구법인은 무리 없이 유예기간 내에 쟁점부동산을 그 목적사업에 직접 사용할 수 있었을 것이다. 외국의료기관 개설허가 조건 중 내국인 진료제한 조건을 부가하고, 그마저도 허가기간의 장기화로 사업계획이나 개원을 위한 준비계획의 변경이 불가피한 상황에서 외국의료기관 개설허가마저 취소한 처분청의 행정행위가 청구법인이 쟁점부동산을 감면목적사업에 직접 사용할 수 없었던 가장 중요한 요인이었다. 청구법인이 외국의료기관의 개설허가를 받은 2018.12.5.은 이미 쟁점부동산을 취득한 후 1년(조건부허가까지 약 1년 3월 소요)이 경과한 후이며, 의료법에 의한 개설허가 이전에는 쟁점부동산을 목적사업에 사용할 수 없었기에 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 1년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 존재한다고 보아야 한다. (2) 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못하는 데에 정당한 사유가 인정된다면, 그 이후 이를 매각하더라도 추징 사유에 해당하지 않는다. 「제주특별자치도세 감면 조례」 제24조의3 제1항 제5호에서는 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산에 대하여는 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제한 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 처분청은 위 규정의 전단의 추징사유(1년 이내에 정당한 사유없이 감면목적 미사용)를 적용하여 이 건 취득세 과세처분을 한 것으로 이해된다. 그러나, 의료기관은 의료법에 의한 의료기관 개설허가 없이는 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용할 수 없다. 쟁점부동산의 취득일부터 1년이 경과한 시점(조건부허가까지 약 1년 3월 소요)에는 처분청의 허가지연으로 인해 청구법인으로서는 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용할 수 없었고, 그 이후에도 당초 사업계획 승인된 내용과 다른 조건부 허가사항과 뒤이은 개설허가 취소(1차)에 대한 소송(대법원 인용 판결까지 약 2년 9월 소요)을 진행하면서 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하고자 하는 진지한 노력을 기울여, 결국 두 소송 모두에서 청구법인의 주장이 인용되었으나, 연이은 2차 개설허가 취소로 인해 현재까지도 목적사업에 직접 사용할 수 있는 상태에 이르지 못하였다. 처분청이 추징규정의 전단이 아닌 후단을 추징규정을 처분 사유로 변경한다고 하더라도 이러한 처분청의 외국의료기관 개설허가 취소는 해당 부동산을 직접 사용할 수 없는 외부적 요인으로서 청구법인이 쟁점부동산을 의료용으로 직접 사용하는 것을 금지하는 공적인 견해표명에 해당하는 것이고, 직접 사용을 시작하여야 하는 의무기간(취득일로부터 1년)이 지난 후 이와 같은 외부적 요인이 해소되지 않음을 사유로 청구법인이 쟁점부동산을 매각하였다 하더라도 이를 추징 대상에 해당하는 것으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다. (3) 이 건 건축물과 달리 이 건 토지의 경우 추징분에 대한 처분청의 처분 사유가 타당하지 않다. 청구법인은 2015.12.24. 이 건 토지를 취득하였으며, 취득 당시 「제주특별자치도세 감면 조례」 제24조의2 제1항에서 「조세특례제한법」제121조의9 제3항 단서에 따라 같은 법 제121조의9 제1항 제1호 및 제2호에 따른 감면 대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세는 면제하되, 같은 조 제3항에서 제1항에 따라 면제된 취득세의 추징에 대하여는 「조세특례제한법」제121조의12 제1항을 준용하고 추징할 세액의 범위는 같은 법 시행령 제116조의17을 준용한다고 규정하고 있다. 그러나, 처분청은 위 규정이 아닌 「제주특별자치도세 감면 조례」(2019.6.26. 제주특별자치도조례 제2300호로 개정되기 전의 것) 제24조의3 제5호의 추징규정을 적용하여, 청구법인이 취득한 이 건 토지를 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 판단한 것으로 보인다. 이 건 토지에 대한 취득세의 추징 여부는 구 「조세특례제한법」 제121조의12 제1항에 해당하는지에 따라 판단하여야 하나, 처분청은 「제주특별자치도세 감면 조례」(2019.6.26. 제주특별자치도 조례 제2300호로 개정되기 전의 것)를 적용한 것으로 나타나는바, 그 적용 법조가 옳지 아니하고, 처분청 스스로 처분 사유를 명확히 밝히지 않는 이상 이 건 토지에 대한 취득세 부과처분은 마땅히 취소되어야 한다. (4) 이 건 토지에 대한 취득세는 부과제척기간 만료로 납부의무가 소멸되었고, 쟁점부동산에 대한 감면분 취득세 등의 추징시 과소신고가산세를 적용하여야 한다. (가) 처분청은 청구법인이 2022.1.19. 쟁점부동산을 감면목적사업에 사용하지 아니하고 매각함에 따라 추징사유가 발생한 것으로 보아 2022.11.22. 지방세 과세예고 통지를 하였고, 「지방세법」제20조 (신고납부) 제1항 제3호의 추징사유발생일부터 60일 이내에 취득세 등을 신고.납부하지 아니한 것으로 보아 감면분 취득세 등을 추징하면서 납세의무성립일을 취득일부터 1년이 경과한 날인 이 건 건축물 2018.7.29.로, 이 건 토지 2016.12.24.로 보아, 그 부과제척기간을 「지방세기본법」제28조 제1항 제2호(부과의 제척기간, 무신고)의 7년으로 보고 무신고가산세를 적용하였다. (나) 청구법인은 2015.12.24. 이 건 토지를 A(OOO)로부터 취득하고, 2015.12.28. 취득세 감면(OOO원, 100%) 신고서를 제출하였으며, 2017.7.28. 이 건 건축물(연면적 18,252.73㎡)을 신축하여 취득한 후 2017.8.23. 취득세 일부 감면(OOO원 중 85% 감면 OOO원) 신고서를 제출하였다. (다) 「지방세법」 제20조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제38조 (부과의 제척기간）제1항에서는 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 (제1호) 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급·공제 또는 감면받은 경우는 10년, (제2호) 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우(전단)는 7년, (제3호) 그 밖의 경우는 5년이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있다. 「지방세법」제20조 제1항 및 「지방세기본법」제38조 제1항의 규정에 따라 이 건 토지의 취득세 감면에 대하여 부과할 수 있는 날은 취득일(2015.12.24.) 이후 60일이 경과한 날인 2016.2.24.이고, 청구법인이 2015.12.28. 이 건 토지에 대한 취득세 등의 신고 및 감면을 신청하고 정상적으로 2018.9.28. 감면 결정통지를 받아 납세의무가 확정되었으므로, 이에 대한 부과제척기간은 2016.2.24.부터 5년(2021.2.23.)에 해당된다고 할 수 있다. 따라서, 처분청이 2023.2.8. 부과·고지한 이 건 토지에 대한 취득세는 부과제척기간 만료로 납부의무가 소멸된 것으로, 이 건 토지에 대한 취득세 부과처분을 취소하여야 할 것이다. 또한, 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 감면분을 추징하면서 「지방세법」제20조 제1항 제3호의 추징사유발생일부터 60일 이내에 신고.납부하지 않은 것으로 보아 무신고가산세를 적용하였으나, 청구법인이 2015.12.28. 이 건 토지에 대한 취득세 신고(100% 감면) 및 2017.8.23. 이 건 건축물에 대한 취득세 신고(보존등기 후 2017.8.23. 취득세 신고(85% 감면)를 하였으므로, 이는 과소신고에 해당된다. 따라서 과소신고가산세를 적용하여 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 부과처분을 경정하여야 할 것이다. 나. 제주특별자치도지사 의견 (1) 청구법인은 쟁점부동산을 감면대상사업에 직접 사용하지 아니한 채 매각하였으므로 원칙적으로 추징대상에 해당한다. 청구법인은 2017.7.28. 이 건 건축물을 신축하여 원시취득한 이후인 2018.12.5. 의료기관 개설허가를 득하였으나, 청구법인은 내국인 진료 제한이라는 조건에 대하여 위법한 허가라는 주장을 하며 업무개시를 하지 아니하였고, 3개월 이내 업무개시를 하지 아니하였다는 사유로 인하여 2019.4.17. 개설허가가 취소되었다. 청구법인은 해당 취소처분에 대하여 행정소송을 제기하여 개설허가 취소처분이 취소되었으나, 개원하지 아니한 채 쟁점부동산을 매각함으로써 결국 의료기관으로서 업무를 개시한 적이 없어 청구법인이 감면대상사업에 직접 사용하지 아니하였다는 사실은 명백하다. (2) 청구법인은 쟁점부동산을 해당 감면대상사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 없고, 설사 있었다고 하더라도 그러한 장애요소가 해소되었음에도 감면 대상사업을 개시하지 아니하고 매각하여 추징대상에 해당한다. 청구법인은 의료기관에 대한 설립허가를 늦게 내어주었으며, 설립허가와 관련한 소송을 제기하여 승소한 바, 위법한 처분에 의하여 감면대상사업을 영위하지 못하였으므로 정당한 사유가 존재하여 감면대상사업을 영위하지 아니하더라도 추징대상에 해당하지 않는다고 주장한다. 청구법인은 적법한 의료기관의 개설허가를 득 하였음에도 기타 경제적 사정(청구법인 자체 의료기관 운영사업의 경제성 분석결과 막대한 투자 손실이 예상되어 합작계약 체결 및 쟁점부동산 소유권 이전) 등으로 감면대상사업에 사용하지 않았으며, 경제적 사정 등은 추징 배제사유인 정당한 사유에 해당하지 아니한다. 따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부는 위법한 개설허가에 따라 감면대상사업에 사용할 수 없었는지 여부를 살펴야 하는 것으로써 적법한 개설 허가를 득 하고도 경제적 사정 등으로 감면대상사업에 사용하지 않은 것으로서 정당한 사유가 존재하지 아니한다. (3) 한편, 감면대상사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재한다고 하더라도 해당 장애요소가 제거되고 사용이 가능한 상태가 되었을 때 직접 사용하지 아니하면 추징대상에 해당한다. 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 개설허가를 득하기 위한 진지한 노력을 다 하였으나, 이미 개설허가를 받을 때에 1년을 도과한 상태로서 정당한 사유에 해당하여 추징대상에서 제외된다고 주장한다. 개설허가를 득하는 과정에서 1년이 도과한 경우에 1년 내 사용하지 못한 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 있는 여지가 있을 수 있으나, 이러한 정당한 사유가 존재한다고 하여 추징규정에서 제외되어 감면대상사업으로 사용하지 않더라도 추징할 수 없다는 주장은 위법하다. 청구법인의 주장대로라면, 토지를 취득하여 취득세 등을 감면받은 뒤 건축을 시작하면 정당한 사유로서 건축물이 완공될 때 까지 추징을 유보하게 되는데 추후 건축물을 완공하고 사용하지 않고 매각한 경우에도 추징 할 수 없다는 결론을 초래하는 것으로서 이는 법률을 지나치게 자의적으로 해석한 것으로서 대상사업을 영위할 수 없었던 장애요소가 해소되면 즉시 감면대상사업목적에 맞게 사용하여야 하며, 정당한 사유가 해소되었음에도 사용하지 아니하고 매각한 경우에는 추징대상에 해당하게 된다. 즉, 의료기관의 개설허가를 1년이 지난 뒤 받은 사유를 정당한 사유로 인정한다 하더라도, 1년이 경과되어 일단 개설허가를 득하고 나면 특별한 사정이 없는 한 개설허가를 받은 뒤에 바로 감면대상 사업을 영위하여야 할 것이나, 청구법인은 개설허가를 득 하였음에도 특별한 사정 없이 3개월 이상 업무를 개시하지 아니하였으므로 이는 추징대상이 된다고 보아야 한다(대법원 2013.6.13. 선고 2011두18441 판결 참조, 같은 뜻임). (4) 추징은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후에 당초의 면제 취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리는 별개의 부과처분에 해당하는 것으로서(대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 참조) 취득일에 성립하는 본래의 납세의무와는 별개로 추징사유 발생일에 다시 납세의무가 성립된다. 청구법인의 주장은 이러한 법리를 오해하여 생긴 것으로서, 부동산을 취득함으로써 취득세 납세의무가 성립하게 되고, 해당 취득세를 감면받게 되면, 감면대상 부동산에 대한 사용의무 등 별개의 추징규정이 존재하며, 추징사유 발생으로 추징하게 되는 경우 다시 별개의 납세의무가 성립하게 되는 것으로서 이러한 납세의무성립에 따른 신고·납부 의무가 생기게 되는 것이다. 따라서, 「지방세기본법」 제38조 등에 따라 부과제척기간은 추징사유발생일부터 기산하는 것으로서 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 채 1년이 도과된 시점부터 부과제척기간을 기산하여야 하고, 부과제척기간인 7년이 도과되지 아니하였으며, 새롭게 발생한 별개의 납세의무에 대하여 「지방세법」 제20조 제3항에 따라 취득세를 다시 자진신고를 하여야 하나, 이러한 자진신고를 하지 아니하여 무신고가산세를 적용한 것으로서 부과제척기간 및 무신고가산세의 적용은 적법하다. 다. 처분청 보충 의견 청구법인은 외국의료기관 개설허가 취소처분에 대하여 행정소송을 제기하여 개설허가 취소처분이 취소되었으나, 개원하지 아니한 채 2022.1.19. 쟁점부동산을 주식회사 B에게 매각하였다. 「제주특별자치도세 감면조례」 제24조의3 제1항 제5호에서는 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산에 대하여는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 추징한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점부동산을 2022.1.19. 매각한 사실 및 2년 이상 사용하지 아니한 사실이 명확하고, 사용기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 경우에 해당하여 감면받은 취득세를 추징하게 된 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) A(OOO)는 2009.12.30. 처분청으로부터 제주특별자치도 서귀포시 OOO동과 OOO동 일대 제주헬스케어타운 조성사업의 승인을 받고, 2012.10.19. 중국 C공고그룹유한공사와 투자 사업협약을 체결하였다. (나) 중국 C공고그룹유한공사는 제주특별자치도 서귀포시 OOO동 2023 일원(제주헬스케어타운)에 콘도미니엄, 호텔, 의료연구시설 등을 갖춘 자연친화적인 세계적 수준의 의료휴양단지 개발을 위하여 1차 사업 주체로 2012.10.22. C한국투자개발유한회사를 설립하고, 2차 사업주체로 2013.10.23. C제주헬스케어타운유한회사(청구법인)을 설립하여 제주 C리조트 조성사업을 진행하였다. (다) 청구법인 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 현황

법인명	기업 현황	비고
C제주헬스케어타운유한회사 (청구법인)	· 설립일 2013.10.23., 자본금 OOO원 · 사업장 소재지 : 서귀포시 OOO동 OOO · 사업내용 : 관광호텔업	C한국투자개발(유) 100% 출자

(라) 제주특별자치도 서귀포시 OOO외 18필지 토지 28,002㎡(이 건 토지) 등이 소재한 토지는 2010.11.3. 헬스케어타운 조성사업 제주투자진흥지구 지정되었다. (마) 청구법인은 2015.12.24. 제주특별자치도 서귀포시 OOO외 18필지 토지 28,002㎡(이 건 토지)를 제주투자진흥지구의 사업시행자인 A로부터 취득하고, 「제주특별자치도세 감면조례」(2015.12.31. 조례 제1526호로 개정되기 전의 것) 제24조의2 제1항에 취득세 면제대상으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (바) 청구법인은 2017.7.28. 이 건 토지상에 병원용 건축물 18,252.73㎡(이 건 건축물)를 신축하여 취득하고, 「제주특별자치도세 감면조례」(2017.8.9. 조례 제1898호로 개정되기 전의 것) 제24조의2 제1항에 따른 감면 및 「지방세특례제한법」 제177조의2 에 따른 최소납부세제를 적용하여 취득세의 85%를 감면받고, 그 나머지에 해당하는 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (사) 청구법인은 2015.12.24. 이 건 토지를 취득하고 2017.7.28. 이 건 건축물을 신축한 후 감면대상사업을 영위하기 위하여 2017.8.31. 제주특별자치도지사에게 진료과목을 ''''성형외과, 피부과, 가정의학과, 내과''''로, 개설예정일은 2017.10.1.로 하여 외국의료기관 개설허가신청을 하였고, 제주특별자치도지사는 아래 ＜표3＞과 같이 민원처리기간을 연장한 후 2018.12.5. 외국의료기관 개설에 대한 조건부 허가를 하였다. ＜표3＞ 개설허가 신청 이후 민원처리기한 연장 내용

일자	내용
2017.9.22.	- 민원처리기한 1차 연장(변경 2017.10.30.)
2017.10.30.	- 민원처리기한 2차 연장(변경 2017.11.27.) · 보건의료정책심의위원회 구성(2017.11.1.) · 주민참여 숙의형 민주주의 조례 공포(2017.11.15.)
2017.11.27.	- 민원처리기한 3차 연장(변경 2017.12.27.) · 보건의료정책심의위원회 회의 개최 3차례
2017.12.27.	- 민원처리기한 4차 연장(변경 2018.1.25.)
2018.1.25.	- 민원처리기한 5차 연장(변경 2018.2.23.) · 시민단체 숙의형 정책토론 청구신청(2018.2.1.)
2018.2.23.	- 민원처리기한 6차 연장(변경 2018.3.26.) · 숙의형 정책개발청구심의위원회 위촉(2018.2.28.) · 숙의형 정책개발심의회 심의 2회(2018.2.28., 2018.3.8.) 결과, 공론조사 추진 의결
2018.3.13.	- 정책개발심의의원회 공론조사 결정 통보 · 공론조사 결과 도출시까지 무기한 연기

(아) 청구법인이 외국의료기관 개설 허가를 신청한 후 현재까지의 진행상황은 아래 ＜표4＞와 같다 ＜표4＞ 외국의료기관 개설허가 및 취소 경위

날짜	신청인 등	내용 및 조건
2017.8.31.	청구법인	- 의료기관 개설허가 신청 · C국제병원, 성형외과외 3과목, 의료인 등 134명, 입원실 47실
2018.12.5.	제주특별자치 도지사	- 외국의료기관(C병원) 개설허가 · 의료기관개설허가증 교부, 건물연면적 18,253㎡ · 허가조건 : 내국인 진료 제한
2019.4.17.	제주특별자치 도지사	- 외국의료기관 행정처분(개설허가 취소) · 개설허가일부터 3개월 이내 정당한 사유 없이 업무개시 아니함.
2022.1.13.	대법원	- 외국의료기관 개설허가취소처분 취소판결 · 2020.10.20. 취소처분 취소소송 기각(제주지방법원) · 2021.8.18. 취소처분 취소소송 인용(광주고등법원)
2022.1.19.	합작 계약 및 자산양수도	- 2021.7. 합작 계약(주식회사 OOO리조트제주) · 합작회사(MSO) 설립 후 자산양수도 (지분비율 : 갑 75.7%, 을 24.3%) - 2021.8.4. 자산양수도 계약(주식회사 B) - 2022.1.19. 소유권 이전(주식회사 B)
2022.6.22.	제주특별자치 도지사	- 외국의료기관 행정처분(개설허가 취소) · 외국의료기관 개설허가 요건 미충족
2022.9.15.	청구법인	- 외국의료기관 개설허가 취소처분 취소 소장 제출

1) 제주특별자치도지사는 2018.12.5. 다음 ＜표5＞와 같은 내용으로 외국의료기관 개설허가증(내국인 진료 제한 조건)을 교부하였다. ＜표5＞ 외국의료기관 개설허가 내용

의료기관	명 칭	C국제병원	종 별	병원
	소 재 지	제주특별자치도 서귀포시 OOO
	진료과목	성형외과, 피부과, 가정의학과, 내과
개 설 자	성명(대표자)	OOO	법인등록번호	OOO
규 모	입 원 실	47실	병 상	47병상
※ 허가조건 : 진료대상자는 제주도를 방문하는 외국인 의료관광객을 대상으로 함(내국인 진료 제한)

2) 청구법인은 2019.2.14. 제주특별자치도지사를 상대로 외국의료기관 개설허가 조건 중 내국인 진료 제한 조건의 취소를 구하는 소송을 제기하였고 2020.4.5. 제주지방법원 제1행정부 인용 판결을 받았다. 3) 제주특별자치도지사는 청구법인이 외국의료기관 개설허가를 한 날부터 3개월 이내에 정당한 사유 없이 업무를 시작하지 않았고, 2019.2.27.과 2019.3.5. 현지점검에 응하지 않았다는 이유로 2019.3.26. 사전청문 절차를 거친 뒤 2019.4.17. 외국의료기관 개설허가를 취소하는 처분을 하였고, 처분청의 취소처분 사유는 다음의 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 외국의료기관 개설허가 취소처분 사유

구분	위반사항	근거법규
제1처분 사유	2018.12.5. 개설허가일로부터 3월 이내에 정당한 사유 없이 업무개시하지 아니함.	의료법 제64조 제1항 제1호
제2처분 사유	관계 공무원의 직무 수행 기피 또는 방해 ① 2019.2.27. 현장 방문한 의료지도원에 대해 응대하지 말라는 C국제병원 본사 지시에 따라 현장 확인 불가 ② 2019.3.5. 의료지도원 현지점검 결과, 출입문이 자물쇠로 굳게 잠겨 있으며 진료개시를 위한 움직임 없었음	의료법 제64조 제1항 제3호

4) 청구법인은 외국의료기관 개설허가취소처분 취소를 구하는 소송을 제기하여 2022.1.13 대법원 최종 승소판결을 받았다.

○ (1심) 제주지방법원 2020.10.20. 선고 2019구합5483 판결(기각) ○ (2심) 광주고등법원 2021.8.18. 선고 2020누1799 판결(인용) ○ (3심) 대법원 2022.1.13. 선고 2021두50765 판결(인용)

5) 청구법인은 2020.10.20. 외국의료기관 개설허가취소처분 취소 소송(1심)에서 패소함에 따라 외국의료기관 운영이 불가능하다고 판단하고, 2021년 7월경 병원운영 및 의료기술에 관한 선진적인 인력, 노하우 확보가 가능한 주식회사 OOO리조트제주(갑)와 C국제병원을 공동으로 운영하는 합작계약을 체결하게 되었고, 갑은 병원개설 운영을, 청구법인(을)은 외국인 환자유치 및 글로벌 마케팅 지원을 담당하기로 하여 합작회사(MSO) 설립(지분비율 갑 75.7%, 을 24.3%) 후 자산을 양수도하기로 하였으며, 2021.8.4. 합작회사 주식회사 B(대표이사 OOO)을 설립하였다. 6) 위 합작계약에 따라, 청구법인은 2021.8.4. 합작회사인 주식회사 B과 자산양수도 계약서를 체결하였고, 2022.1.19. 쟁점부동산의 소유권을 주식회사 B에게 이전하였다. 7) 제주특별자치도지사는 청구법인이 「제주특별자치도 보건의료 특례 등에 관한 조례」제17조에 따른 의료기관 개설허가 요건을 충족하지 아니하였다는 이유로 2022.6.22. 외국의료기관 개설허가를 취소하는 처분(2차)을 하였고, 처분청의 취소처분 사유(2차)는 다음의 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 외국의료기관 개설허가 취소처분 사유

위반사항	근거법규
의료기관 개설허가 요건을 충족하지 아니함 - 입원실(47병실)외 수술·검사·방사선 장치 등 의료장비 및 설비 멸실됨 - 법인의 외국의료기관 개설 허가의 요건인 외국인 투자비율 50% 이상을 갖추지 못함 - 외료기관 개설에 따른 투자금액이 미합중국 화폐 500만달러 이상을 갖추지 못함	「제주특별자치도 보건의료 특례 등에 관한 조례」제17조

8) 청구법인은 2022.9.15. 외국의료기관 개설허가 취소처분(2차)의 취소를 구하는 소장을 제출하여 현재 소송이 진행 중이다. (자) 처분청은 청구법인이 2022.1.19. 쟁점부동산을 주식회사 B에게 매각한 사실을 확인하고 「제주특별자치도세 감면조례」제24조의3 제1항 제5호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 2023.2.8. 청구법인에게 기 감면한 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지 하였다. (차) 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 추징하면서 이 건 토지에 대한 취득세 등의 추징사유가 2016.12.24. 발생하였으나 청구법인이 이 건 토지에 대하여 감면받은 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 아니한 것으로 보아 무신고가산세와 납부지연가산세를 포함하여 취득세 등을 부과ㆍ고지하였고, 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 추징사유가 2018.7.29. 발생하였으나 청구법인이 이 건 건축물에 대하여 감면받은 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 아니한 것으로 보아 무신고가산세와 납부지연가산세를 포함하여 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 시행중인 「제주특별자치도세 감면조례」(2015.12.31. 조례 제1526호로 개정되기 전의 것) 제24조의2 제2항에서 제1항에 따라 면제된 취득세 또는 재산세의 추징에 대하여는 「조세특례제한법」제121조의12 제1항을 준용하고 추징할 세액의 범위는 같은 법 시행령 제116조의17을 준용한다고 규정하고 있고, 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제121조의12 제1항에서 지방자치단체의 장 등은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하면서 그 제5호에서 사업용 재산을 사업개시일부터 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면대상사업에 직접 사용하지 아니하거나 임대ㆍ매각한 경우를 규정하고 있다. 또한, 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시 시행되는 「제주특별자치도세 감면조례」(2017.8.9. 조례 제1898호로 개정되기 전의 것)제24조의3 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제5호에서 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산 및 선박에 대하여는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. (나) 위 조항에 규정된 "정당한 사유"라 함은 부동산의 취득목적에 비추어 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비 기간의 장단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애 사유와 장애 정도, 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2009.1.25. 선고 2006두14296 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 청구법인은 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장한다. 그러나, 이 건 토지 및 건축물에 대한 취득세 등의 추징조항에는 유예기간에는 차이가 있으나 정당한 사유 없이 유예기간 이내에 감면대상사업에 직접 사용하지 아니하거나 임대ㆍ매각한 경우를 추징사유로 규정하고 있었고, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 유예기간 내에 감면대상사업에 직접 사용하지 못하였으며, 직접 사용한 사실이 없는 상태에서 매각한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면대상사업에 직접 사용하기 위하여 이 건 건축물을 신축하였고, 그 이 후 외국의료기관 개설허가 신청을 하였으며, 그 이후 제주특별자치도지사의 외국의료기관 조건부허가, 조건부허가 취소, 청구법인의 소송 제기, 청구법인의 승소 등의 일련의 과정을 보면 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간내에 감면대상사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 보이나, 청구법인은 쟁점부동산을 감면대상사업에 직접 사용하지 아니한 상태에서 자유로운 의사에 따라 매각하여 쟁점부동산을 매각한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 청구법인은 2022.1.19. 쟁점부동산을 매각하여 추징사유가 발생하였다고 보는 것이 타당한 점, 처분청도 우리 원에 추가의견서를 제출하여 청구법인이 쟁점부동산을 매각한 날에 추징사유가 발생하였다는 의견을 제출한 점, 청구법인은 이 건 취득세의 부과처분이 부과제척기간을 경과하여 한 것으로서 위법하고 이 건 취득세 등을 부과하면서 무신고가산세를 포함한 처분이 부당하다고 주장하나, 이 건 취득세 등의 부과제척기간은 추징사유발생일인 매각일을 기준으로 기산되어야 하고, 청구법인은 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 추징사유발생일부터 60일 이내에 이미 감면받은 취득세 등을 신고.납부한 사실이 없어 무신고가산세 부과대상으로 보이므로 청구주장이 타당한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 감면대상사업에 직접 사용한 사실이 없는 상태에서 매각하여 매각일에 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 다만, 처분청은 이 건 취득세 등을 추징하면서 추징사유발생일인 매각일(2022.1.19.)이 아닌 취득일부터 1년이 경과한 시점(2016.12.24. 등)을 기준으로 납부지연가산세를 부과하였는바, 납부지연가산세는 「지방세기본법」 제55조 제1항 제1호에 따라 추징사유발생일인 매각일부터 60일이 지난 날의 다음날부터 부과하는 것이 타당하므로 처분청은 이 건 납부지연가산세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호.제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 이 건 토지 취득(2015.12.24.) 당시 시행중인 법령 등 (가) 제주특별자치도세 감면조례(2015.12.31. 조례 제1526호로 개정되기 전의 것) 제24조의2(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 지방세의 감면기간 및 감면비율 등) ① 「조세특례제한법」 제121조의9 제3항 단서에 따라 같은 법 제121조의9 제1항 제1호 및 제2호에 따른 감면대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세의 감면기간(공제기간을 포함한다)과 감면비율(공제비율을 포함한다)은 다음 각 호와 같다. 1. 취득세 면제 2. 사업개시일부터 10년 동안 재산세 면제 3. 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 10년 동안 해당 재산의 과세표준 전액에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제 ② 제1항에 따라 면제된 취득세 또는 재산세의 추징에 대하여는 「조세특례제한법」제121조의12 제1항을 준용하고 추징할 세액의 범위는 같은 법 시행령 제116조의17을 준용한다. 제48조(직접사용의 의미) 이 조례에서 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다. (나) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제121조의9(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조, 제121조의11 및 제121조의12에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자의 경우에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. 1. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조 에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 이 장에서 “제주투자진흥지구”라 한다)에 2015년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업 2. 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제4조에 따라 제주특별자치도에 지정되는 자유무역지역(이하 이 장에서 “제주자유무역지역”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업 ③ 제1항 제1호 및 제2호에 따른 감면대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 감면하거나 그 과세표준에서 일정 금액을 공제한다. 다만, 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 10년까지 연장하거나 연장한 기간의 범위에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 그 기간 및 비율에 따른다. 1. 취득세는 세액 전액을 각각 감면 2. 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 세액 전액을, 그 다음 2년 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면 3. 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 해당 재산의 과세표준 전액에 상당하는 금액을, 그 다음 2년 동안은 100분의 50에 상당하는 금액을 각각 과세표준에서 공제 제121조의12(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 세무서장ㆍ세관장 또는 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 관세를 추징한다. 다만, 제4호 및 제5호는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. 1. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제218조 에 따라 제주투자진흥지구의 지정이 해제된 경우 2. 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제15조에 따라 입주허가가 취소된 경우 3. 해당 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업이 폐업한 경우 4. 사업용 재산을 취득한 날부터 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 3년 이내에 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조 에 따른 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우 5. 사업용 재산을 사업개시일부터 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면대상사업에 직접 사용하지 아니하거나 임대ㆍ매각한 경우 ③ 제1항에 따라 추징할 세액의 범위는 대통령령으로 정한다. (다) 조세특례제한법 시행령(2016.1.1. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제116조의17(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 법 제121조의12 제1항의 규정에 의한 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세 및 관세의 추징은 다음 각호의 기준에 의한다. 1. 법 제121조의12 제1항 제1호 내지 제3호의 경우 : 지정해제일, 입주허가취소일 또는 폐업일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액 추징 2. 법 제121조의12 제1항 제4호 및 제5호의 경우 : 당해 사업용재산에 대하여 감면된 세액 추징 3. 법 제121조의12 제1항 제6호의 경우: 감면받은 세액 전액 추징 ② 법 제121조의12 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유”란 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유를 말한다. ③ 법 제121조의12 제1항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유로 인하여 감면대상사업에 직접 사용하지 못한 경우 2. 「토지수용법」 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우 3. 「민사집행법」에 의한 강제경매 또는 저당권 실행을 위한 경매와 「국세징수법」 또는 「지방세기본법」에 따른 공매절차에 의하여 매각한 경우 4. 화의ㆍ법정관리 등 사업이 중대한 위기에 처하여 경영합리화를 위하여 매각한 경우 (2) 이 건 건축물 취득(2017.7.28.) 당시 시행중인 법령 등 (가) 제주특별자치도세 감면조례(2017.8.9. 조례 제1898호로 개정되기 전의 것) 제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면) ① 특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2018년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업( 특별법 시행령 제22조 에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 「지방세법」제6조 제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제하며, 그 기산일은 다음 각호에 따른다. 1. 특별법 제162조 제1항 제1호 : 제주투자진흥지구 지정일 2. 특별법 제162조 제1항 제2호 : 제주투자진흥지구 지정일 이후 입주하는 기업인 경우에는 최초의 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날 ② 제1항에 따른 취득세 면제는 기산일부터 5년 이내에 취득한 경우에 한정하며, 제주투자진흥지구의 사업장내에서 감면목적사업과 그외의 사업을 병행하는 경우의 부속토지를 감면목적사업에 해당하는 건축물과 그 외에 사용하려는 건축물의 면적 비율에 따라 각각 안분하여 적용한다. 다만, 건축물이 사용승인되어 부속토지의 면적이 증감이 있는 경우에는 건축물 취득세 신고·납부기한까지 이를 신고·납부하여야 한다. ③ 제1항에 따른 재산세는 기산일부터 10년간 면제한다. 제24조의3(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 면제세액의 추징) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다. 다만, 제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. 1. 특별법 제163조 에 따라 제주투자진흥지구의 지정이 해제된 경우 2. 해당 제주투자진흥지구 지정일부터( 특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 5년이내에 입주기업이 폐업한 경우(합병·분할 또는 분할합병으로 감면목적사업을 승계하는 경우는 제외한다) 3. 사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터 3년 이내에 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(제주투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다) 4. 사업용 부동산 및 선박을 제주투자진흥지구 지정일부터( 특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고, 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 5. 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산 및 선박에 대하여는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 취득세와 재산세의 추징은 다음 각 호의 기준에 따른다. 1. 제1항 제1호, 제2호의 경우: 지정해제일, 입주허가 취소일 또는 폐업일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 추징 2. 제1항 제3호부터 제5호까지의 경우: 해당 사업용 재산에 대하여 감면된 취득세액 추징 부 칙＜제1826호, 2017.3.22.＞ 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 조례는 이 조례 시행이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. (나) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령(2017.7.26. 대통령령 제28211호로 개정된 것) 제22조(제주투자진흥지구의 지정) ① 법 제162조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 투자를 말한다. 1. 투자금액이 미합중국화폐 2천만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우 가. 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항제2호에 따른 관광호텔업ㆍ수상관광호텔업ㆍ한국전통호텔업 나. 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항제3호에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업ㆍ관광유람선업ㆍ관광공연장업. 다만, 전문휴양업과 종합휴양업 중 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」 제10조제1항제1호에 따른 골프장업은 제외한다. 다. 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항제4호에 따른 국제회의시설업 라. 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항제5호에 따른 종합유원시설업 마. 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항제6호에 따른 관광식당업 2. 투자금액이 미합중국화폐 500만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우 가. 「문화산업진흥 기본법」 제2조 제1호에 따른 문화산업 나. 「노인복지법」 제31조 에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 다. 「청소년활동 진흥법」 제10조 제1호에 따른 청소년수련시설을 운영하는 사업 라. 「궤도운송법」 제2조 제7호에 따른 궤도사업 마. 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조 제1호 및 제2호에 따른 신에너지ㆍ재생에너지를 이용하여 전기를 생산하는 사업 바. 법 제216조에 따른 자율학교, 법 제217조에 따른 국제고등학교, 법 제220조에 따른 외국교육기관 및 법 제223조에 따른 국제학교 사. 법 제307조에 따른 외국의료기관과 「의료법」 제33조 에 따라 개설된 의료기관(의원, 치과의원, 한의원 및 조산원은 제외한다) (3) 제주특별자치도세 감면조례(2019.9.26. 조례 제2300호로 개정되기 전의 것) 제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면) ① 제주특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2021년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업( 제주특별법 시행령 제22조 에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 「지방세법」제6조 제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제한다. ② 제1항에 따른 취득세 면제 기한은 다음 각 호에 따르며, 제주투자진흥지구의 사업장내에서 감면목적사업과 그외의 사업을 병행하는 경우의 부속토지를 감면목적사업에 해당하는 건축물과 그 외에 사용하려는 건축물의 면적 비율에 따라 각각 안분하여 적용한다. 이 경우, 건축물이 사용승인되어 부속토지의 면적이 증감이 있는 경우에는 건축물 취득세 신고·납부기한까지 이를 신고·납부하여야 한다. 1. 제주특별법 제162조 제1항 제1호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일부터 5년이 되는 날 2. 제주특별법 제162조 제1항제2호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 최초의 부동산 또는 선박 취득일부터 5년이 되는 날 ③ 제1항에 따른 재산세는 다음 각 호의 기산일부터 10년간 면제한다. 1. 제주특별법 제162조 제1항제1호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일 2. 제주특별법 제162조 제1항제2호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일 이후 해당 기업의 재산세 납세의무 최초 성립일 제24조의3(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 면제세액의 추징) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다. 다만, 제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. 1. 제주특별법 제163조 에 따라 제주투자진흥지구의 지정이 해제된 경우 2. 해당 제주투자진흥지구 지정일부터( 제주특별법 제162조 제1항제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 5년이내에 입주기업이 폐업한 경우(합병·분할 또는 분할합병으로 감면목적사업을 승계하는 경우는 제외한다) 3. 사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(제주투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다) 4. 사업용 부동산 및 선박을 제주투자진흥지구 지정일부터( 제주특별법 제162조 제1항제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고, 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 5. 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산 및 선박에 대하여는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 취득세와 재산세의 추징은 다음 각 호의 기준에 따른다. 1. 제1항 제1호, 제2호의 경우: 지정해제, 입주허가 취소 및 폐업하는 경우 감면된 취득세와 재산세액 추징 2. 제1항제3호부터 제5호까지의 경우: 해당 사업용 재산에 대하여 감면된 취득세액 추징 부 칙＜제2065호, 2018.7.13.＞ 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 조례는 이 조례 시행이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. (4) 제주특별자치도세 감면조례(2021.12.31. 조례 3021호로 개정된 것) 제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면) ① 제주특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2024년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업( 제주특별법 시행령 제22조 에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 「지방세법」제6조 제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 100분의 75를 경감한다. ② 제1항에 따른 취득세 감면 기한은 다음 각 호에 따르며, 제주투자진흥지구의 사업장내에서 감면목적사업과 그외의 사업을 병행하는 경우의 부속토지를 감면목적사업에 해당하는 건축물과 그 외에 사용하려는 건축물의 면적 비율에 따라 각각 안분하여 적용한다. 이 경우, 건축물이 사용승인되어 부속토지의 면적이 증감이 있는 경우에는 건축물 취득세 신고·납부기한까지 이를 신고·납부하여야 한다. 1. 제주특별법 제162조 제1항제1호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일부터 5년이 되는 날 2. 제주특별법 제162조 제1항제2호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 최초의 부동산 또는 선박 취득일부터 5년이 되는 날 ③ 제1항에 따른 재산세는 다음 각 호의 기산일부터 10년간 감면한다. 1. 제주특별법 제162조 제1항제1호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일 2. 제주특별법 제162조 제1항제2호에 해당하는 지역에 입주하는 기업 : 제주투자진흥지구 지정일 이후 해당 기업의 재산세 납세의무 최초 성립일 제24조의3(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 감면세액의 추징) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 다만, 제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. 1. 제주특별법 제163조 에 따라 제주투자진흥지구의 지정이 해제된 경우 2. 해당 제주투자진흥지구 지정일부터( 제주특별법 제162조 제1항제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 5년이내에 입주기업이 폐업한 경우(합병·분할 또는 분할합병으로 감면목적사업을 승계하는 경우는 제외한다) 3. 사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(제주투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다) 4. 사업용 부동산 및 선박을 제주투자진흥지구 지정일부터( 제주특별법 제162조 제1항제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날부터) 정당한 사유 없이 3년 이내에 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고, 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 5. 제주투자진흥지구 지정일 이후에 취득한 사업용 부동산 및 선박에 대하여는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 감면목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (5) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다)으로 인한 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조 부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우 (6) 지방세기본법 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제51조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급ㆍ공제 또는 감면받은 경우: 10년 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우: 7년. 3. 그 밖의 경우: 5년 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 "초과환급신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 하고, 제4호의 가산세를 부과하는 기간은 60개월(1개월 미만은 없는 것으로 본다)을 초과할 수 없다. 1. 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세의 법정납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 일수 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 (7) 지방세기본법 시행령 제19조(부과 제척기간의 기산일) ① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우: 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다. 2. 제1호에 따른 지방세 외의 지방세의 경우: 해당 지방세의 납세의무성립일 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호에서 정한 날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다. 1. 특별징수의무자 또는 「소득세법」 제149조 에 따른 납세조합(이하 "납세조합"이라 한다)에 대하여 부과하는 지방세의 경우: 해당 특별징수세액 또는 납세조합징수세액의 납부기한의 다음 날 2. 신고납부기한 또는 제1호에 따른 법정 납부기한이 연장되는 경우: 그 연장된 기한의 다음 날 3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우: 다음 각 목에서 정한 날 가. 법 또는 지방세관계법에서 비과세 또는 감면받은 세액을 신고납부하도록 규정된 경우에는 그 신고기한의 다음 날