쟁점허가는 생활폐기물의 일종인 공사장생활폐기물을 취급할 수 있는 허가에 해당하므로 공사장생활폐기물을 취급함에 있어서는 생활폐기물 처리업 허가로 봄이 타당하고, 쟁점폐기물이 5톤을 초과하는 것에 대한 입증책임이 처분청에게 있는 것으로 보임에도 이를 입증하지 못함

이유

1. 처분개요 가. 폐기물 처리업체인 청구법인은 세금계산서를 교부받지 않은 자가 배출한 폐기물(이하 “쟁점폐기물”이라 한다)을 수집.처리(이하 “쟁점용역”이라 한다)하고 그 대가는 자신이 아닌 차명의 계좌[청구법인의 전 대표이사 OOO과 그의 처(OOO) 및 처남(OOO) 개인명의의 계좌를 말하며, 이하 “쟁점계좌”라 한다]로 수령하였다. 나. 처분청은 청구법인이 사기 및 기타 부정한 행위로 쟁점용역에 대한 매출을 은닉하였다고 보아, 국세부과제척기간 10년을 적용하여 2008년 제1기～2017년 제2기 과세기간을 조사하여, 합계 OOO원의 매출(이하 “쟁점매출”이라 한다)이 누락된 사실 등을 확인하였고, 쟁점매출이 부가가치세 과세대상이라고 판단하여 2018.7.5.(2008년 제1기) 및 2018.10.12.(나머지 과세기간분) 가산세를 포함하여 부가가치세 합계 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.18.(2008년 제1기) 및 2018.10.29.(나머지 과세기간분) 각각 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「폐기물관리법」에 따르면 폐기물은 사업장폐기물과 생활폐기물로 구분되는바, 사업장폐기물은 건설사업장에서 배출되는 5톤 이상의 폐기물이고, 생활폐기물은 사업장폐기물 외의 모든 폐기물을 말한다. 또한, 「부가가치세법 시행령」 제35조 에 따르면 생활폐기물 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집.운반 및 처리용역에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 쟁점용역은 청구법인이 적법한 허가를 취득하여 공사장생활폐기물(5톤 미만)을 수집.운반.처리한 것에 해당함에도 처분청은 위법하게 부가가치세를 부과하였다. (2) 처분청은 청구법인이 생활폐기물 처리 허가를 적법하게 취득하지 못했다는 의견이나, 청구법인은 1996년에 구 「폐기물관리법」 제26조 에 따라 건설폐기물 취급 허가(이하 “쟁점허가”라 한다)를 취득하였고, 당시는 공사장생활폐기물도 건설폐기물로 분류되었기 때문에 적법하게 5톤 이하의 공사장생활폐기물을 취급할 수 있다. (3) 2003년말 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」(이하 “「건설폐기물법」”이라 한다)이 제정되어 2005.1.1.부터 시행되면서 종전의 건설폐기물 중 5톤 이상만을 건설폐기물로 분류하여 「건설폐기물법」에서 관리하고, 5톤 미만은 공사장생활폐기물로 분류하여 「폐기물관리법」에서 계속 관리하기로 하였다. 청구법인의 경우 쟁점허가를 기 취득하였기 때문에 새로 제정된 「건설폐기물법」에 따라 별도로 허가받을 필요는 없었으며, 또한 쟁점허가로는 건설폐기물(5톤 이상으로 과세)은 물론 새로이 생활폐기물로 분류된 공사장생활폐기물(5톤 미만으로 면세)을 취급하는 데에도 문제가 없다. (4) 처분청이 쟁점허가에 대한 공사장생활폐기물의 취급을 부인하고 있어 청구법인은 허가권자인 OOO에게 질의하였고, OOO은 쟁점허가는 공사장생활폐기물을 취급할 수 있는 적법한 허가에 해당한다고 공식 회신OOO하였다. (5) 처분청은 쟁점폐기물이 생활폐기물에 해당하지 아니한다는 입장이나, 쟁점폐기물은 배출자 별로 공사기간 중 배출량의 합계가 5톤 미만이므로 사업장폐기물로 볼 수 없는바, 생활폐기물의 일종인 공사장생활폐기물에 해당한다. (가) 우선, 사업장폐기물은 건설공사 사업장에서 배출되는 것이나, 쟁점폐기물의 대부분은 일반시민이 개인 주택이나 소규모 점포 등을 수리(리모델링)하거나 철거하는 과정에서 배출되는 것인바, 기본적.직관적으로도 사업장폐기물로 볼 수 없다. (나) 설령, 쟁점폐기물이 건설공사 사업장에서 배출되는 것이라 하더라도, 사업장폐기물이 되려면 공사를 착공할 때부터 마칠 때까지 발생하는 폐기물의 누적량이 5톤 이상이어야 한다. 그러나, 쟁점폐기물은 5톤 미만에 해당하므로 사업장폐기물이 아니다. (6) 처분청은 OOO에 따라 사업장폐기물인 건설폐기물과 생활폐기물의 일종인 공사장생활폐기물은 엄격하게 구분.관리하여야 함에도 청구법인이 이를 준수하지 아니하여 쟁점폐기물이 5톤 미만인지 여부를 확인할 수 없기 때문에, 쟁점폐기물 전부를 건설폐기물로 보아야 한다는 의견이나, 건설폐기물과 쟁점폐기물은 이를 수집.운반하는 주체가 다르기 때문에 명확하게 구분이 가능하고, 오히려 혼합하여 수집.운반하는 것 자체가 불가능하다. (가) 건설폐기물의 경우 건설공사에 앞서 공사 시 발생할 폐기물에 대한 처리계획서를 지방자치단체의 장에게 사전에 신고하여야 한다. 즉, 지방자치단체의 장은 폐기물의 배출량을 사전에 알게 되는바, 배출량이 5톤 이상일 것임에도 신고하지 않는다면 건설공사의 허가 자체가 불가능하다. (나) 폐기물의 수집.운반 측면에서도, 건설폐기물의 배출량은 5톤 이상으로 필수적으로 대형 덤프트럭(적재량 : 20∼25톤)을 보유한 자가 취급하는 반면, 쟁점폐기물은 소규모로 1∼2톤 규모의 소형 트럭(용달차 등을 뜻하며, 이하 “소규모운반업자”라 한다)을 보유한 자가 취급하는 등 양자 간 수집.운반의 주체가 다르므로, 쟁점폐기물은 건설폐기물과 혼합하여 수집.운반될 수 없다. (다) 소규모운반업자에 의하여 수집.운반된 쟁점폐기물은 청구법인의 집하장에 하역되었다가 일정 수량이 되면 곧바로 수도권매립지로 반출되므로 궁극적으로 쟁점폐기물의 배출량 및 매입.매출 사실은 감출 수도 없다. (7) 청구법인은 사업장폐기물(과세)과 생활폐기물(면세) 모두를 취급하지만, 전체 매출의 약 70∼80%는 사업장폐기물인 건설폐기물에 해당하며 이는 전부 세금계산서를 교부하였다. 다만, 쟁점폐기물은 생활폐기물(5톤 미만으로 공사장생활폐기물)로서 부가가치세가 면제되므로 거래징수 및 세금계산서 교부를 하지 않았던 것이다. (가) 쟁점폐기물의 배출자는 사업자가 아닌 일반주민(개인)이 대부분(82.5%)으로, 일반주민은 폐기물 배출자라는 신분이 노출되는 것을 꺼리므로 거래사실 자체를 숨기고 싶어 하는바, 이에 청구법인은 쟁점계좌를 활용하여 현금으로 수령한 것이다. (나) 쟁점폐기물의 배출자인 일반주민들은 쟁점용역이 과세대상이라고 전혀 생각하고 있지 않아, 거래징수하려 해도 완강히 거부하거나 다른 업체로 가버리는 것이 일반적인바, 현실적으로 거래징수 자체가 불가능하다. 또한, 배출자가 사업자인 경우에도 대부분 영세한 간이사업자들이기 때문에 세금계산서를 교부할 수 없다. (다) 쟁점폐기물의 배출자가 일반사업자들이고 그들이 쟁점용역에 대해 과세대상임을 이미 알고 있었다면, 그들은 매입세액공제를 받을 수 있으므로 세금계산서를 교부받지 않을 이유가 없고, 또한 청구법인도 세금계산서를 교부하여 거래징수를 하지 않을 이유가 없다. 그러나 쟁점용역은 면세라는 사실이 이미 당연하게 여겨져 왔기 때문에 세금계산서는 그동안 수수되지 않았다. (8) 설령, 쟁점① 및 쟁점②가 기각되어 청구법인에게 부가가치세가 과세될 경우 처분청은 쟁점매출액을 과세표준으로 보아 쟁점매출액의 10%를 부가가치세로 부과하였으나, 쟁점용역이 부가가치세 과세대상으로 판단된 이상, 쟁점매출액은 거래징수액이 포함된 것으로 보아야 한다. 즉, 쟁점매출액에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액(쟁점매출액의 100/110)이 부가가치세 과세표준이 되어야 한다. (9) 청구법인이 차명계좌인 쟁점계좌를 이용하여 쟁점매출을 누락한 것은 사실이나, 쟁점용역의 소비자인 배출자들의 요구와 그 간의 업계 관행 등을 감안하면 어느 정도 불가피한 측면이 있는바, 처분청이 이를 사기나 기타 부정한 행위로 보아 부과한 처분은 부당하다. (가) 쟁점매출은 쟁점계좌에 입금된 후, 대부분 소규모운반업자의 운임비용 등으로 다시 지출되었고, 남은 잔액은 전액 청구법인 명의의 계좌(이하 “법인계좌”라 한다)로 이체되었는바, 대표이사 등에게 실질적으로 귀속된 금액은 없다. (나) 쟁점계좌는 명의만 차용하였을 뿐, 실질상 청구법인의 자금관리 계좌로 사용되었다. 명의자 개인의 자금이 전혀 입출금되지 아니하였으며, 청구법인의 직원이 쟁점계좌의 입출금을 직접 관리하여 왔다. 또한, 청구법인은 10년 이상 동일 계좌를 사업용계좌로 사용하여 왔는바 매출을 은폐할 목적은 없었다. (다) 청구법인은 쟁점매출을 누락하기 위하여 이중장부를 작성하거나, 계속.반복적으로 허위계산서 등을 교부.수취하는 등 적극적으로 소득을 은닉한 사실이 없다. (라) 쟁점폐기물은 모두 수도권 매립지로 반입(인도)하고, 배출량에 따라 폐기물처리비를 납부하여야 하므로, 쟁점매출이 발생하였다는 사실을 감출 수는 없다. (마) 쟁점용역은 당연히 면세로 여겨왔고, 대부분 일반시민을 대상으로 제공된 것이어서 세금계산서를 교부할 수 없었고, 소규모운반업자에게 지급한 운임비용도 대부분 미등록사업자이거나 간이사업자이기 때문에 세금계산서를 수취할 수 없었다. (바) 비록 2015년 제1기에 OOO종합건설(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 용역을 제공받지 않고 세금계산서를 수취한 적이 단 1건 존재하나, 이는 쟁점매입처의 요청으로 용역비를 선 지급하고, 담보 차원에서 세금계산서를 수취한 것인바, 대금 수수가 실제로 있었으므로, 완전한 가공 세금계산서로 보기는 곤란하다. 나. 처분청 의견 (1) 허가권자인 OOO은 쟁점허가와 생활폐기물 취급 허가는 그 기준, 영업구역 등이 다른바, 쟁점허가는 건설폐기물 취급 허가일 뿐 생활폐기물 취급 허가가 아니라고 회신하였다. 또, 건설폐기물 취급 허가를 받았다고 하여 생활폐기물 취급 허가를 받은 것으로 의제하는 규정도 없다. (가) 청구법인은 쟁점허가 취득 당시에는 공사장생활폐기물도 건설폐기물로 분류되었다고 주장하나, 당시에도 1주에 1톤 미만 배출되는 폐기물은 생활폐기물로 분류되었는바, 쟁점허가의 영업대상 폐기물에 공사장생활폐기물이 포함되지 않았음이 명백하다. (나) OOO은 쟁점허가의 영업대상에 생활폐기물을 추가하려면 「폐기물관리법」에 따른 변경허가를 받아야 한다고 회신하였는바, 「조례」에서 건설폐기물 취급 허가자에게 위탁하여 공사장생활폐기물을 처리할 수 있는 규정이 존재한다 하더라도 ‘위탁행위’ 그 자체가 생활폐기물 취급을 허가한 것은 아니라는 점을 명확히 하였다. (2) 청구법인은 2014.1.17. 「건설폐기물법」에 따라 공사장생활폐기물을 영업대상에 추가하는 변경허가(이하 “쟁점변경허가”라 한다)를 받았지만, OOO은 쟁점변경허가는 「건설폐기물법」에 따른 건설폐기물 처리업의 변경허가일 뿐, 「폐기물관리법」에 따른 생활폐기물 처리업의 변경허가는 아니라고 회신하였다. 「건설폐기물법」은 영업대상에서 생활폐기물을 제외하고 있는바, 생활폐기물에 포함됨이 명백한 공사장생활폐기물에 대한 변경허가의 근거규정이 될 수 없다. (3) 판례(서울중앙지방법원 2013.1.25. 선고 2012가단5129092 판결, 수원지방법원 2013.12.5. 선고 2013구합4409 판결) 및 국세청의 예규(부가 46015-2174)는 사업장폐기물 취급자가 지방자치단체의 장과 위탁계약을 체결하여 사실상 생활폐기물을 취급하였다 하더라도 형식적으로 생활폐기물 취급 허가를 받지 아니하였으므로 부가가치세의 면제대상으로 볼 수 없다고 판단하였다. (4) 생활폐기물 중 음식물, 생활용품 등은 그 성상만으로 구분이 가능하여 배출량에 제한 없이 면세되나, 공사 시 배출되는 공사장생활폐기물과 건설폐기물은 그 성상이 동일하여 오직 누적배출량(5톤)에 따라서만 면세 여부가 결정되는바, 면세의 전제 조건으로 양자를 명확히 구분하여 배출자 별로 공사기간 중 누적배출량이 5톤 미만임이 객관적으로 확인되어야만 면세가 가능한 것이다. (5) 「폐기물관리법」은 공사장생활폐기물에 대하여 배출자 별로 구분할 수 있도록 수집.운반.보관.처리하고, 각 단계마다 폐기물 인계서 및 관리대장을 작성.유지.보고하며, 건설폐기물과 혼합하여 수집.운반.보관하지 못하도록 의무를 부과하고 있는데, 이는 명확하게 구분.관리된 폐기물만 공사장생활폐기물로 보겠다는 것이다. (6) OOO에 따르면 폐기물 5톤에 대한 수집.운반.처리의 용역대가는 대략 OOO원인바, 쟁점매출에 해당하는 거래 OOO 건 중 청구법인이 용역대가로 OOO원 이상 수령한 거래를 5톤 이상으로 볼 경우, 쟁점거래 건수의 61%, 쟁점매출액의 94%OOO에 이르는바, 대부분의 쟁점폐기물이 건설폐기물에 해당함을 알 수 있다. (7) 다른 건설폐기물처리업자에 문의한바, 소규모 주택.상가를 리모델링할 때 배출량은 대부분 5톤 이상이고, 5톤 미만은 3평 미만의 점포에서나 배출 가능한 수준으로 현실적으로 공사장생활폐기물에 해당되는 폐기물은 거의 존재하지 않아 공사장에서 배출되는 폐기물을 모두 건설폐기물로 보아 부가가치세를 신고.납부하였다고 답변하였다. 따라서 쟁점폐기물은 공사장생활폐기물이 아닌 전체를 건설폐기물로 보는 것이 합리적이다. (가) 청구법인은 건설폐기물의 경우 대형 덤프트럭이 필수적이라고 주장하나, OOO은 「폐기물관리법」상 건설폐기물 수집.운반업 허가 기준에는 트럭 톤수 제한이 없어 5톤 미만 트럭도 사용 가능하다고 회신하였고 2010～2017년 중 청구법인의 건설폐기물 취급 용역에 대한 세금계산서 중 OOO원 미만의 비율이 전체 매출액의 5%OOO, 전체건수의 63%OOO에 해당하는바, 건설폐기물(누적배출량 5톤 이상)을 5톤 미만 트럭으로 수차례 나누어 운반하고 그때마다 세금계산서를 교부하는 경우도 상당함을 알 수 있다. (나) 청구법인은 쟁점폐기물이 곧바로 매립지로 반출되어 그 배출량을 감출 수 없다고 주장하나, 쟁점폐기물 상태에 따라 일부만 매립지로 반출되므로 지자체에 보고되지 않으면 전혀 파악할 수 없다. (다) 청구법인의 시설 장비, 관리 행태, 「폐기물관리법」상 의무 미준수 등을 보건대 쟁점폐기물은 공사장생활폐기물이 아닌 건설폐기물로 판단되는데도 이를 면세대상으로 볼 경우, 이와 성상이 동일한 건설폐기물도 부가가치세 탈루를 위해 지자체의 관리시스템에 제대로 보고하지 않을 것이며, 추후 전국의 건설폐기물처리업체들로부터 무분별한 대규모 환급청구가 발생하는 등 악용될 우려가 있다. (8) 청구법인은 이전부터 쟁점용역을 면세로 보아 쟁점매출을 신고매출과 구분하였다고 주장하나, 청구법인은 공사장생활폐기물(면세분)과 건설폐기물(과세분)을 구분하여 기장하거나 신고한 사실이 없으며 관련 매입세액도 과.면세 안분 없이 전체를 공제받았는바, 쟁점용역이 과세임을 알면서도 매출누락 및 부가가치세 탈루를 위해 배출자가 쟁점용역 대가를 쟁점계좌(차명계좌)로 입금하면 세금계산서를 교부하지 않고, 법인계좌로 입금하면 세금계산서를 교부한 것이다. (9) 청구법인은 쟁점폐기물 배출자가 대부분 일반주민이므로 쟁점용역을 면세로 보아 세금계산서를 교부하지 않았다고 주장하나, 사업자와의 거래가 상당OOO하며 배출자가 비사업자라도 누적배출량 5톤 이상이면 세금계산서를 교부받아야 하는데 누적배출량이 5톤 이상임이 파악되면 지자체장에 대한 사전 신고의무 등 폐기물 관리시스템에 의해 관리되므로 배출 사실을 은닉하고 쟁점용역비를 부가가치세액만큼 할인받기 위해 세금계산서를 교부하지 않은 것이다. (10) 처분청이 부가가치세 과세표준으로 판단한 쟁점매출OOO은 쟁점계좌에 입금된 매출누락에서 거래징수액(부가가치세 상당액)을 차감하여 산출(쟁점매출누락액의 100/110)된 것이다. (11) 청구법인은 쟁점매출 대부분이 소규모운반업자의 운임 등 직접비용에 사용되었고, 잔액은 청구법인 명의의 계좌로 이체하여 횡령한 사실이 없다고 주장하나, 이를 인정할 수 없다. (가) 쟁점매출은 현금OOO으로 쟁점계좌에 입금받고 세금계산서는 발행하지 않았으며, 이에 대응하여 소규모운반업자들에게 지급한 운임 등OOO은 쟁점계좌에서 바로 지급하고 세금계산서를 미수취하는 방법으로 10년 이상 장기간 계속.반복적OOO로 매출.매입을 동시에 누락한 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점계좌에서 직접비용으로 지출된 금액을 제외한 잔액은 모두 법인계좌로 이체하였다고 주장하나, 매출누락액 중 법인계좌로 이체된 순액은 OOO원(44.8%)에 불과한바, 청구법인의 주장은 사실이 아니다. (다) 소규모운반업자들에게 지출하였음이 확인된 금액 외에 손금으로 추가 인정한 폐기물처리비OOO는 청구법인의 폐기물처리비 계정상 거래계약서.매입세금계산서 등을 통해 적정 거래로 확인되어 손금으로 추가 인정한 것일 뿐, 법인계좌로 이체된 쟁점매출액이 직접 지출된 금액으로 볼 수는 없다. (12) 쟁점매출OOO 중 쟁점계좌에서 직접 지출되어 손금으로 인정한 금액OOO을 제외한 나머지는 사업경비로 사용되었다는 사실이 확인되지 않았다. (가) 청구법인은 폐기물처리비가 쟁점매출에서 지출되었다고 주장하나, 쟁점매출을 법인계좌로 이체하면서 대표자 가수금으로 처리하였는바, 쟁점매출을 사외유출한 후 대표자가 다시 그 금액을 청구법인에게 대여한 것과 경제적 실질이 같으므로 쟁점매출은 일단 대표자 가수금에 계상되는 시점에 대표자에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다. (나) 폐기물처리비OOO가 법인계좌에 입금된 가수금OOO보다 큰 것을 보더라도 폐기물처리비는 각 사업연도 쟁점매출에서 직접 지출된 것이 아니라는 점을 알 수 있다. (13) 청구법인은 신고 누락에 그치지 않고, 거래명의 위장, 장부 허위기장 등 적극적인 소득 은닉 행위를 수반하였는바, 사기 기타 부정한 행위에 해당한다. (가) 쟁점계좌의 이용기간(2008년∼2017년) 및 규모OOO, 횟수OOO가 상당한바, 상습.의도적 행위로서 신고내역 및 회계장부의 적정성을 위주로 살피는 통상의 세무조사로는 탈세사실을 밝혀내기 어려운 경우에 해당한다. (나) 쟁점계좌를 다수 명의(대표자 OOO, 처, 처남)로 사용하면서 개설.해지를 반복하였고, 쟁점매출 중 청구법인 명의의 계좌로 이체된 가액은 44.8%OOO에 불과하다. (다) 쟁점매출을 법인계좌로 이체할 때 당연히 매출로 인식하여야 함에도 대표자 가수금(대표자에게 장차 반제하여야 할 채무)으로 계상하였는바, 이는 소득을 은폐하려는 의도로 판단된다. (라) 쟁점매출을 은닉하기 위하여 관련비용 역시 감소시킬 필요가 있어 폐기물처리비를 매년 쟁점매출 누락 수준에 맞추어 임의 감액하였는바, 조사기간 동안 그 합계가 OOO원에 이른다. (마) 매출누락을 적극적으로 은닉하기 위하여 주기적으로 원시장부(반입작업일보, 외상장부 등)를 파기하는 등 증거를 인멸하였고, 처음부터 회계장부에 허위 기장하는 등 법인세.부가가치세 신고 시 고의로 누락하였다. (바) 자료상으로 기 고발된 쟁점매입처의 가공매입 요청에 대해 부정한 요청인 줄 알면서도 실제 용역을 제공받지 않고 가짜세금계산서 3매OOO를 수취하여 손금을 가공 계상하고 부당하게 부가가치세를 공제받는 등 법인세 및 부가가치세를 탈루하였다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 생활폐기물 처리업 허가를 받고 쟁점폐기물의 수집.운반 및 처리용역을 제공하였는지 여부 ② 쟁점폐기물이 공사장생활폐기물에 해당하는지 여부 ③ 쟁점매출액을 부가가치세 과세표준으로 계산한 처분의 당부 ④ 국세부과제척기간 10년을 적용한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 다. 사실관계 및 판단 (1) 「폐기물관리법」 제25조 에 따라 생활폐기물 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집.운반 및 처리용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (2) 생활폐기물(면세)은 사업장폐기물(과세) 외의 모든 폐기물을 말하며, 사업장폐기물을 특정 사업장에서 발생하는 폐기물로 열거하고, 그 중 공사장에서 공사기간 중 발생하는 누적폐기물을 그 무게에 따라 5톤 이상은 건설폐기물(사업장폐기물에 포함되어 과세)로, 5톤 미만은 공사장생활폐기물(생활폐기물에 포함되어 면세)로 구분한다. (3) 사업장폐기물은 과거에는 원칙적으로 음식물 쓰레기 등과 함께 일반폐기물로 분류되던 것이, 1996.1.19. 구 「폐기물관리법 시행령」 제2조 가 개정되어 “1주에 1톤” 이상 배출 시 사업장폐기물로 분류되었고, 1999.8.6. 개정에서 “전체 누적 5톤” 이상으로 변경되었는바, 이를 정리하면 다음 ＜표2＞과 같다. ＜표2＞ 사업장폐기물 분류 연혁

1996.1.19. 이전	1996.1.19. 개정	1999.8.6. 개정 이후
사업장에서 배출되는 폐기물은 그 무게와 관계없이 음식물쓰레기 등과 함께 일반폐기물로 분류 *당시는 일반폐기물(면세)과 특정폐기물(과세)로 분류	사업장에서 일련의 공사.작업 등으로 인하여 1주에 1톤 이상 배출하는 폐기물	사업장에서 일련의 공사·작업 등으로 인하여 5톤(공사의 경우에는 착공하는 때부터 완료하는 때까지 발생하는 폐기물의 양을 말한다) 이상 배출되는 폐기물

(4) 폐기물 처리용역에 대한 부가가치세 면제는 「부가가치세법 시행규칙」 제11조의2 제4호에 있었으나, 2000.12.29. 「부가가치세법 시행령」 제29조 제11호로 이전된 후, 2013.6.28. 전부개정으로 제35조 제12호로 이전하였으며, 이를 정리하면 다음 ＜표3＞와 같다. ＜표3＞ 폐기물 처리 용역에 대한 부가가치세 면제 근거

1997.5.31. 이전	1997.5.31. 개정	2000.12.29. 개정된 시행령
제11조의2(의료보건용역의 범위) 4. 폐기물관리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역	제11조의2(의료보건용역의 범위) 4. 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물의 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역	제29조(의료보건용역의 범위) 11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역

(5) 사업장폐기물에 대한 부가가치세 과세 연혁을 살펴보면, 무게에 관계없이 원칙적으로 일반폐기물로 보아 면세되던 것이 1996.2.5.부터 1톤 이상 배출될 경우 사업장폐기물로 보아 과세로 전환되었고, 1999.8.9.부터 배출량 기준이 ‘1톤’에서 ‘5톤’으로 변경된 것으로 확인되며 이를 정리하면 다음 ＜표4＞과 같다. (6) 청구법인이 쟁점허가를 취득한 1996년 당시 구 「폐기물관리법」 제26조 제1항 및 제2항에 따르면 폐기물의 수집.운반업을 하려는 자는 시설 등 요건을 갖춰 지방자치단체의 장에게 허가를 받아야 하고, 당시 구 「폐기물관리법 시행규칙」 제17조 는 [별표6]에 따라 폐기물 종류별로 시설.장비.기술능력.자본금을 갖추어야 한다고 규정하고 있는바, 당시 [별표6]에 규정된 생활폐기물(가목)과 건설폐기물(다목)의 기준은 다음 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 구 「폐기물관리법 시행규칙」 [별표6]

폐기물처리업의 시설·장비·기술능력·자본금의 기준(제17조 제1항 관련) 1. 폐기물수집·운반업의 기준 가. 생활폐기물 및 사업장생활계폐기물을 수집.운반하는 경우 (1) 자본금 또는 재산평가액 : 법인의 경우 자본금 5천만원 이상, 개인의 경우 재산평가액 1억원 이상 (2) 장비 ○밀폐식 운반용차량(총적재능력이 15세제곱미터이상) 1대이상(특별시·광역시지역의 경우 2대이상) ○운반용 압착차량 또는 압축차량 1대이상(특별시·광역시지역의 경우 2대이상) ○기계식 상차장치가 부착된 차량 2대이상(특별시·광역시지역에 한한다) (3) 기술능력 : 차량 1대당 수집·운반종사인력 각 2인 이상(기계식상차장치가 부착된 차량의 경우 각 1인 이상) 다. 건설폐기물을 수집.운반하는 경우 (1) 자본금 또는 재산평가액 : 법인의 경우 자본금 5천만원 이상, 개인의 경우 재산평가액 1억원 이상 (2) 장비 : 덤프트럭, 콘테이너트럭 또는 기계식 상차장치가 부착된 차량 3대 이상(적재능력이 8.5톤 이상인 덤프트럭 1대를 포함한다) (3) 기술능력 : 차량 1대당 수집·운반 종사인력 각 2인 이상(기계식 상차장치가 부착된 차량의 경우 각 1인 이상)

(7) 「조례」 제8조 제1항은 생활폐기물을 처리함에 있어 구청장은 폐기물처리업자로 하여금 대행하게 할 수 있다고 규정하고, 제11조의2 제1항은 공사장생활폐기물의 배출자는 그 폐기물을 스스로 운반하거나 건설폐기물 수집ㆍ운반업자 등 다른 사람에게 위탁하여 보관장소로 운반하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 대해 처분청은 수집.운반 처리방법 중 하나로 인정하겠다는 것일 뿐, 생활폐기물 처리업을 허가한 것으로는 볼 수 없다는 입장이며, 이에 대한 근거로 하급심 확정 판례 및 OOO의 회신을 제시하였다. (8) 처분청의 판례 제시에 대해 청구법인은 하급(1심) 판례일 뿐 사법부의 최종 입장으로 볼 수 없고, 설령 그 판례를 존중한다 하더라도 본 사건과는 쟁점이 전혀 다르다고 주장하였으며, 이를 정리하면 다음 ＜표6＞과 같다. (9) 그 밖에 「폐기물관리법」상 생활폐기물 처리업 허가에 대한 청구법인과 처분청 간의 이견을 정리하면 다음과 같다. (10) 청구법인이 폐기물 수집.운반과 관련하여 취득한 허가 연혁은 다음과 같다. (가) 1996년에 구 「폐기물관리법」 제26조 (현 제25조)에 따라 쟁점허가OOO를 취득하였고, 이에 따라 당시 기준으로 건설폐기물을 처리해 왔다. (나) 2008년에 일반 생활폐기물인 음식물류 취급을 위해 지점OOO을 신설한 후 「폐기물관리법」 제25조 에 따라 “폐기물 처리업 중 수집.운반업” 허가OOO를 취득하였다. (다) 2014.1.7. 「건설폐기물법」 제22조 에 따라 영업대상폐기물의 범위에 공사장생활폐기물을 추가하는 쟁점변경허가를 받았다. (11) 쟁점변경허가의 성격에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견이 있는바, 이를 정리하면 다음과 같다. (12) 쟁점①과 관련하여 청구법인과 처분청이 별도로 질의하여 OOO으로부터 회신 받은 내용을 정리하면 다음 ＜표7＞과 같다. (13) 「폐기물관리법」 제64조 제5호 및 「건설폐기물법」 제62조 제1호에 따르면 적법한 허가를 받지 아니하고, 폐기물처리업 또는 건설폐기물 처리업을 한 자는 5년 이하의 징역이나 5,000만원 이하의 벌금에 처하도록 규정하고 있다. (14) 폐기물은 「폐기물관리법」, 「건설폐기물법」, 「조례」에서 각각 구분하여 규정하고 있는바, 이를 정리하면 다음 ＜표8＞과 같다. (15) 폐기물의 유형에 따른 수집.운반업에 대한 비교는 다음 ＜표9＞와 같다. (16) 쟁점폐기물에 대하여 청구법인은 5톤 미만, 처분청은 5톤 이상이라고 주장하고 있으며, 상대방 주장에 대한 입증책임은 서로 상대방에게 있다는 의견인바, 이를 정리하면 다음과 같다. (17) 쟁점매출 외에 청구법인이 공급한 용역 중 공사장생활폐기물(5톤 미만)을 처리한 것으로 인정받아 부가가치세가 면제된 금액이 있는지 여부와 있다면 그 비중은 쟁점매출 대비 어느 정도인지를 묻는 심리조사자의 질문에 양측은 다음 ＜표10＞과 같이 답변하였다. (18) 청구법인은 처분청이 자신을 조세범칙자로 선정하여 가혹한 세무조사를 실시하였음에도 쟁점폐기물에 대한 실체는 제대로 밝히지도 못한 채, 과세요건의 입증책임을 청구법인에게 전가하여 근거 없이 추정만으로 위법하게 과세권을 행사하였다며, 아래와 같은 증빙을 제출하였다. 이에 처분청은 쟁점폐기물이 5톤 미만이라는 것은 청구법인의 일방적인 주장일 뿐, 처분청은 조사 당시 이를 인정한 사실이 전혀 없다고 답변하였다. (가) 청구법인은 조사 당시 대표이사 OOO이 쟁점폐기물은 모두 5톤 미만이라고 이미 수차례 조사자에게 소명하였고, 당시 조사자는 쟁점폐기물의 무게에 대한 추가적인 질문이나 조사는 없었다며 당시 범칙혐의자 심문조서(2018.7.23.)를 제출하였는바, 관련 문답내용은 다음과 같다. (나) 처분청이 조사 당시 영치한 청구법인의 반입작업일보 : 동 자료에는 일자별로 쟁점폐기물을 운반한 차량의 번호와 차의 용량(대부분 1톤) 및 반입료OOO가 기재되어 있다. (다) 쟁점계좌에 입금된 22,722회에 대한 확인자료 : 처분청은 쟁점계좌에 OOO회에 걸쳐 입금된 쟁점매출 누락액의 입금자를 전부 확인하여, 이 중 일반주민(비사업자)이 아닌 사업자 입금분이 OOO회(약 17.5%)로서 상당하다고 주장하면서, 5톤 이상의 폐기물을 취급한 사업자가 존재한다는 사실은 확인하지 못하였다. (19) 폐기물 처리용역의 무게당 용역단가는 얼마인가에 대한 심리조사자의 질문에 양측은 다음과 같이 소명하였다. (20) 쟁점매출 OOO원은 OOO회에 걸쳐 차명계좌에 입금되었는바, 이에 대해 양측은 다음과 같은 입장이다. (21) 그 밖에 쟁점폐기물에 대한 청구법인과 처분청 간 이견을 정리하면 다음과 같다. (22) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 다음의 사실과 근거에 비추어 쟁점허가는 생활폐기물의 일종인 공사장생활폐기물을 취급할 수 있는 허가에 해당하므로, 공사장생활폐기물을 취급함에 있어서는 생활폐기물 처리업 허가로 봄이 타당하다. (가) 청구법인은 1996년에 건설폐기물 처리업 허가를 취득한 것이므로 당시 기준으로 쟁점허가는 생활폐기물 처리업 허가는 아니지만, 당시는 공사장생활폐기물이 건설폐기물로 분류되었기 때문에 쟁점허가는 공사장생활폐기물을 취급하는 적법한 허가에는 해당한다. (나) 1999.8.6. 「폐기물관리법 시행령」이 개정되어 공사장생활폐기물의 분류기준이 건설폐기물에서 생활폐기물로 변경되었으나, 허가의 범위나 효력에 대하여는 별도의 개정 내용이 확인되지 아니하는바, 굳이 신뢰보호의 원칙 등을 언급하지 않더라도 종전 허가의 범위는 특별한 제한이 없는 한, 허가 당시 기준에 따라 그대로 인정되는 것으로 봄이 타당하다. (다) 청구법인은 쟁점허가에 대한 효력을 확인받고자 폐기물 처리업에 관한 허가권자인 OOO에게 질의하였고, 이에 OOO은 쟁점허가로 공사장생활폐기물을 취급하는 것이 가능하다고 회신한 사실이 확인된다. (라) 처분청은 청구법인이 쟁점허가를 건설폐기물 처리업 허가로 취득한 것이지 생활폐기물 처리업 허가로 취득한 것은 아니라는 의견이나, 취득 당시에는 생활폐기물이 아닌 건설폐기물 처리업 허가로 취득한 것이었다 하더라도 공사장생활폐기물의 분류기준이 건설폐기물에서 생활폐기물로 변경된 이상, 쟁점허가도 공사장생활폐기물을 처리함에 있어서는 종전의 건설폐기물 처리 허가에서 (공사장)생활폐기물 처리업 허가로 변경된 것으로 봄이 타당하다. (마) 처분청은 쟁점허가로 공사장생활폐기물을 취급하는 데 문제가 없다는 점은 인정하면서도 「부가가치세법」상 면세요건인 허가로는 인정할 수 없다는 의견인바, 이는 공사장생활폐기물을 취급할 수 있는 허가와 부가가치세가 면제되는 허가가 각각 별도로 존재한다는 불합리한 결과가 된다. 「부가가치세법」상 면세요건으로서 허가는 「폐기물관리법」 등 폐기물 관련법에 따라 적법하게 폐기물을 취급할 수 있는 자가 취급하는 폐기물 처리용역에 대하여 부가가치세를 면제하겠다는 취지임을 고려하면 이러한 처분청의 주장은 받아들이기 어렵다. (바) 폐기물의 처리능력 면에서 살피건대, 건설폐기물과 공사장생활폐기물의 성상이 동일하다는 점은 처분청도 인정하고 있는바, 보다 전문적이고 처리능력이 확보된 건설폐기물 처리업자가 공사장생활폐기물을 처리할 수 없다고 보기 어렵다. 특히, 양자는 단지 규모(5톤 미만 여부)로만 구분되므로 당초 5톤 이상의 폐기물이 배출될 것을 예측하여 건설폐기물 처리업자가 취급하였다가 5톤 미만의 폐기물이 배출될 경우, 해당 업체는 불법 처리업체가 되는 불합리한 문제가 발생할 수 있다는 점도 고려할 필요가 있다. (사) 「폐기물관리법」은 허가받지 않은 상태로 폐기물을 취급할 경우 벌칙에 처하도록 규정하고 있으나, 처분청은 세무조사 후 청구법인을 벌칙 및 과태료 대상으로 OOO에게 통보한 사실이 없다. 또한, OOO은 쟁점허가로 공사장생활폐기물을 취급하는 것이 적법하다는 입장인바, 「폐기물관리법」상 벌칙규정을 문리 해석하더라도 청구법인을 허가받지 못하였다고 보기 어렵다. (아) 처분청은 청구법인의 폐기물 취급이 「폐기물관리법」상으로 적법한지 여부와 관계없이 부가가치세를 과세할 목적으로 세법상 허가의 개념을 별도로 판단하려는 의도이나, 이는 관계 법령 간의 조화롭고 통일적인 해석에 반한다. 세법에서 사용하는 개념은 차용개념과 고유개념으로 나눌 수 있는데, 필요에 의해 세법에 별도의 고유개념을 규정하고 이에 따라 다른 실체법과 달리 해석할 수는 있겠으나, 다른 실체법상의 개념을 차용한 경우에는 해당 실체법과 통일적으로 해석하여야 한다는 것이 법리인바, 「부가가치세법」에서 허가의 개념을 「폐기물관리법」에 근거하여 규정하고 있는 이상, 「폐기물관리법」상의 폐기물 취급에 대한 허가와 「부가가치세법」상 면세대상 요건으로서의 허가를 각각 달리 해석하는 것은 타당하지 않다. (23) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 양측은 쟁점폐기물에 대하여 5톤 초과(처분청) 또는 5톤 미만(청구법인)이라고 주장하고 있는바, 이에 대한 입증책임을 누가 부담하여야 하는지에 대하여 우선적으로 살펴본다. (가) 통상 과세요건 사실에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 과세대상임을 전제로 비과세.감면의 충족 여부를 다투는 경우에는 이를 주장하는 납세의무자에게 그 책임이 있다 할 것이다. (나) 폐기물 처리용역은 원칙적으로 무게와 관계없이 모두 과세되어야 하나, 특별히 5톤 미만을 과세대상에서 제외한 것이라면 5톤 미만을 조세감면으로 볼 수 있는바, 이 경우는 납세의무자의 입증책임이 보다 무겁다 할 것이다. 그러나, 5톤 미만은 과세범위에서 원천적으로 제외되어 부가가치세의 과세범위 자체를 5톤 이상으로 제한한 것이라면 배출량이 5톤 이상임을 확인하는 것이 과세요건 사실에 해당할 것인바, 이에 대하여는 과세관청에게 입증책임을 부여하는 것이 타당하다 할 것이다. (다) 그간의 폐기물에 대한 과세범위, 근거법령 등을 살펴보건대, 일반폐기물에 대하여 과세하지 않고 특정폐기물 등에 한하여 제한적으로 과세하였던 점, 쟁점 면세규정이 「조세특례제한법」이 아닌 「부가가치세법」에 규정되어 있는 점, 면세범위를 특정하지 않고, 단순 무게만으로 5톤 미만을 광범위하게 제외하고 있는 점, 조세감면을 위한 신고의무 등 제도적 장치가 없는 점 등에 비추어 공사장생활폐기물에 대한 부가가치세 면제는 당연히 과세하여야 할 것을 정책적.예외적.일시적으로 과세권을 포기한 것으로 보기 어려운 측면이 있는바, 납세자에게 일방적인 입증책임을 부여하기는 곤란해 보인다. (라) 따라서 우선적으로 처분청은 쟁점폐기물이 과세요건(5톤 이상) 사실에 충족된다는 것을 추정하기 위해, 경험칙에 따른 최소한의 기본적 사실을 제시하여야 할 것이고, 납세자가 처분청의 이러한 추정을 배척(5톤 미만)하려면 그 추정근거가 경험칙 적용의 대상에 해당되지 아니한다는 사정을 입증하여야 할 것이다. (마) 처분청은 청구법인을 조세범칙혐의자로 선정하여 세무조사를 실시하면서 청구법인의 작업 반입일보 등을 영치하였고, 차명계좌인 쟁점계좌에 쟁점매출액이 입금된 횟수, 입금한 거래당사자 등을 확인하여 그 입금자가 일반 개인인지 사업자인지 등을 확인하였음에도 쟁점폐기물의 배출량이나 무게에 관하여는 어떠한 질문이나 의혹을 제기한 사실이 없었던 점으로 보아, 처분청은 세무조사 과정에서 쟁점폐기물이 5톤 이상에 해당하는 지에 대하여 충분히 확인하지 못하였거나, 5톤 이상이라고 확인할 만한 객관적 증거가 없었던 것으로 보인다. (바) 처분청은 경험칙에 따른 최소한의 사실을 제시하여야 함에도, 쟁점폐기물 전체를 5톤 이상으로 추정하여 과세하면서 그 주된 근거로 쟁점폐기물에 대한 매출누락 사실과 관리의무 부실을 제시하였으나, 부가가치세의 과세 여부는 쟁점폐기물의 무게에 따라 결정되는 것이므로 매출이 누락되었다고 하여 쟁점폐기물이 5톤 이상으로 확인되는 것은 아니며, 폐기물의 관리가 부실하다는 이유로 쟁점폐기물이 5톤 이상으로 자동 추정된다고 보기도 어렵다. 또한, 현행 세법상으로도 이에 대해 의제하거나 추정하는 근거 규정은 없다. (사) 반면, 다음과 같은 사실과 정황 등에 비추어 경험칙에 따라 판단해 볼 때 쟁점폐기물은 5톤 미만인 것으로 보인다. 1) 쟁점①에서 쟁점허가의 효력이 인정된 이상, 청구법인은 공사장생활폐기물을 적법하게 취급할 수 있는바, 공사장생활폐기물이 전혀 존재하지 아니한다는 객관적인 확인이 없는 한, 청구법인이 공사장생활폐기물을 전혀 취급하지 않았을 것으로 보기 어렵다. 또한, 청구법인의 전체 매출액 구성 비율은 건설폐기물 70%, 음식물 생활폐기물 20%, 쟁점폐기물 10% 수준인바, 공사장생활폐기물을 전혀 취급하지 않았다고 주장하려면, 이를 주장하는 처분청에게 입증책임을 부여함이 타당하다 할 것이다. 2) 쟁점폐기물은 재건축 등 대규모 건설공사장이 아닌 소규모 점포 등의 철거 또는 리모델링 등의 과정에서 발생한 것이 대부분으로, 그 배출량이 5톤 이상이 대부분일 것이라고 보기 어렵다. 쟁점폐기물에 대하여 대부분 5톤을 초과한다고 주장하려면 이를 주장하는 자가 입증하여야 할 것으로 판단된다. 3) 쟁점매출과 관련하여 쟁점계좌에 입금한 거래당사자의 80%OOO 이상이 사업자가 아닌 일반주민(개인)임이 확인된다. 나머지 20%도 간이사업자 등 영세사업자와의 거래라는 청구법인의 주장은 청구법인의 개인과의 거래비중, 경험칙 등에 비추어 통상 범위를 크게 벗어난 주장은 아니라고 판단된다. 4) 5톤 이상의 폐기물을 배출할 것으로 기대되는 일반사업자는 경비(손금) 인정과 매입세액공제 혜택을 받기 위해 청구법인에게 세금계산서 교부를 적극적으로 요구하였을 것으로 기대되는바, 매출누락이 쉽지 않았을 것으로 보인다. (아) 처분청은 공사장생활폐기물은 건설폐기물과 본질적으로 유사하므로 폐기물 관리가 부실한 경우 면세는 바람직하지 않다는 입장이나, 관리부실 등은 과태료 등 별도의 행정처분으로 제재할 성격이며, 과세 여부는 법령상 과세요건 충족 여부에 따라 결정할 것으로서, 징벌적으로 부과되는 과태료와는 본질적인 성격이 다른 조세에 대하여, 관리부실을 근거로 면세.과세 여부를 결정할 수는 없다 할 것이다. (자) 부가가치세는 직접세가 아닌 간접세에 해당하므로 실질 담세자는 쟁점용역의 소비(배출)자들이고 청구법인은 단지 거래징수자에 불과하다는 점을 고려하면, 거래징수자의 관리 부실을 이유로 면세가 과세로 변경된다면, 그 용역의 소비자들은 자신과 무관하게 과세 여부가 결정되는 결과가 된다. 설령, 관리부실을 이유로 세제상 불이익을 준다고 하더라도 거래징수자에게 매입세액불공제 등의 불이익을 줄 것이지, 과세.면세 여부를 결정하는 기준으로 볼 것은 아니라고 판단된다. (차) 처분청은 다른 건설폐기물 처리업자들은 쟁점폐기물에 대해 부가가치세를 신고.납부해왔다는 입장이나, 구체적.객관적 증빙은 제시하지 못하고 있다. 또한, 건설폐기물처리업자가 공사장생활폐기물을 취급하지 않는다면 공사장생활폐기물은 누가 취급하는가에 대하여 처분청은 현실적으로 공사장생활폐기물은 존재하지 않는다고 답변하였는바, 객관적 증빙 없이 공사장생활폐기물이 전혀 존재하지 않을 것이라고 생각하기는 어렵다. (카) 처분청의 부과처분에 따르면 쟁점폐기물은 사실상 배출량에 관계없이 모두 건설폐기물로 취급하여 과세하는 결과가 되고, 이는 폐기물의 배출량을 5톤을 기준으로 구분하여 달리 취급하려는 폐기물에 대한 환경 정책의 취지 및 의도를 퇴색시키는 결과가 된다. (타) 처분청은 청구법인이 쟁점폐기물의 중간처리 비용을 전액 매입세액으로 공제하였기 때문에 쟁점폐기물을 과세로 보아야 한다고 주장하나, 대응관계에 있는 매출.매입의 과세여부는 함께 판정함이 당연하므로, 쟁점폐기물이 면세라면 관련 매입세액을 불공제하면 될 것이지, 관련 매입세액이 공제되었다고 하여 쟁점폐기물을 과세대상으로 판단할 것은 아니라고 판단된다. (24) 쟁점③.④는 쟁점①.②가 인용되어 심리의 실익이 없으므로, 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.