이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2007.7.10. ‘OOO 개발방안’이 확정됨에 따라 정부와 공동으로 개발하는 사업시행자로서 OOO 1단계 3·4공구 부지(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 2009.11.26. 「항만공사법」에 의한 실시계획승인을 받아 단지 조성공사에 착공하여 2014년 5월에 공사를 완료하였다.
나. 청구법인은 이 건 토지의 소유권이 2008.4.10. 해양수산부로 등기부등본에 등재되자 2017.10.18. 해양수산부와 쟁점토지에 대한 소유권 귀속 문제에 대한 협약에 따라 2017.11.17. 해양수산부의 소유권 보존등기를 말소하였다.
다. 처분청은 청구법인이
「지방세법 시행령」 제20조
제8항의 규정에 따라 이 건 토지 중 2015.3.19. 준공 전 3차 사용승인된 토지 258,028㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 사실상 취득하였음에도 취득세 등을 신고·납부하지 않은 것으로 보아 2018.12.20. 청구법인에게 쟁점토지에 대한 총사업비 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 항만시설의 개발 및 운영에 관한 업무의 전문성과 효율성을 높임으로써 OOO을 경쟁력 있는 물류기지로 육성하고 국민경제에 이바지함을 목적으로 2004.1.16. 설립되었으며,
이 건 토지는 2007.12.10. 공유수면매립 준공을 원인으로 토지대장이 신규등록 되었고, 2008.1.31. 소유권보존등기 시 해양수산부의 신청 착오로 해양수산부로 등기되어 있었으며, 2017.11.14. 말소등기를 신청하기전까지는 공부상 소유권이 해양수산부로 되어 있는 상태에서 청구법인과 해양수산부의 협의로 해양수산부가 적극적으로 공부를 수정하는 것 외에는 쟁점토지의 소유권을 청구법인으로 할 수 있는 방법이 없었고, 실질적인 소유자로서의 자격여부도 확정되지 않은 상황에서 청구법인이 쟁점토지의 임시사용승인일 당시에 취득세 등을 자진 신고·납부하는 것은 사실상 불가능하였다.
이 건 토지에 대한 해양수산부의 소유권보존등기의 효력으로 인하여 청구법인은 공공기관의 실적평가를 받을 때 이 건 토지를 재무제표에 기록할 수 없어 낮은 평가를 받을 수밖에 없었던 사실에서도 잘 나타나고 있고, 이를 해결하기 위하여 해양수산부와 많은 협의를 한 후 소유권이전등기와 함께 재무제표에 기록하여 정당한 평가를 받을 수 있었던 사실에서도 잘 나타난다.
청구법인이 이 건 취득세를 신고납부의무를 이행하지 아니한 것은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있어 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었기에 신고·납부를 할 수 없는 정당한 사유가 있거나, 당사자에게 의무이행을 기대하는 것이 무리라고 판단할 사정이 있는 경우 제재를 가할 수 없다고 한 대법원 판례(2017.7.11. 선고 2017두36885 판결, 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결)와 같이 쟁점토지에 대하여도 신고 해태에 의한 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이다.
청구법인이 해양수산부와 협의를 통해서 이 건 토지에 대한 지적공부상 소유권정리가 되지 않았다면 소송을 통하여 이를 정리할 수밖에 없는 상황에서 지적공부의 소유자가 해양수산부로 되어 있는 쟁점토지가 향후 청구법인의 소유로 될 것을 예상하여 청구법인이 스스로 취득세 등을 신고·납부하는 것은 무리가 있다 할 것이므로 처분청이 이를 간과하고 가산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.
청구법인은 과세전적부심사에서와 같이 본세인 취득세에 대해서도 다툼의 여지가 여전히 남아 있음에도 청구법인이 여타 모범이 되어야 하고 국가정책을 적극 지지하며 할 수 있는 조력을 다해 왔던 공공법인의 입장에서 국가를 상대로 더 이상의 이의를 제기하는 것은 조세회피 목적이 있는 것으로 오해할 소지가 있어 취득세를 납부하기로 하였으나 이에 가산세까지 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
「지방세법」 제7조
제2항에서 부동산 등의 취득은 관계 법령에 따른 등기.등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있고, 청구법인은
「항만공사법」 제25조
에 의거 공사의 재원으로 조성한 토지 및 설치한 항만시설은 공사에 귀속한다는 규정에 따라 청구법인이 조성한 쟁점토지는 청구법인으로 소유권이 귀속된다는 사실을 알고 있었으므로, 비록 2015.3.19. 3차 사용승인이 난 시점에 쟁점토지를 포함한 OOO 1단계 전체 부지가 해양수산부 명의로 등기되어 있었다 하더라도 등기 여부에 관계없이 사실상 쟁점토지의 소유자는 청구법인이 될 것이고, 이에 따라 2015.3.19. 3차 사용승인이 난 쟁점토지에 대한 취득세 납세의무자는 청구법인이라 할 것이다.
취득세는 신고·납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의해 조세채무가 확정되며, 세법상 가산세는 과세권 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지.착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결) 할 것이고,
청구법인이 처분청의 가산세 부과처분이 부당하다고 주장하며 근거로 제시한 대법원 판례(2016.10.27. 선고 2016두44771 판결)는 청구법인의 경우와 그 사실관계를 달리하여 이 건과는 무관하여 잘못 원용한 것으로 보이고, 쟁점토지의 취득세 납세의무자인 청구법인은 사용승인 시점에 취득세 신고·납부의무를 이행하였어야 하고, 청구법인이 주장하는 등기부상 소유권 등재와 관련한 문제는 3차 사용승인이 있기 전 2013년부터 계속해서 해양수산부와 협의를 진행하여 온 사항으로 향후 등기부상 소유권이 해양수산부에서 청구법인으로 변경될 것이라는 것을 사전에 충분히 인지할 수 있었고, 쟁점토지의 취득세 신고·납부의무와는 별개의 사안으로 취득 당시 해양수산부 명의로 등기되어 있었다는 사유만으로 청구법인의 취득세 신고납부 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기는 어려우므로 처분청의 이 건 가산세 부과는 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 쟁점토지의 취득세 등을 기한 내에 신고·납부하지 못한 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은 2007.7.10. 정부와 사업비를 50 : 50 분담하여 개발하기로 OOO 1단계 개발방안을 확정하고, 2008.2.4. 준설토 투기완료조서에 따라 토지대장을 작성하였으며, 해양수산부는 2008.4.10. 이 건 토지를 포함한 준설토 투기장 전체를 해양수산부 소유로 등기하였다.
(나) 해양수산부(OOO건설사무소)는 2009.11.26. 청구법인에게 「항만공사법」에 따라 항만시설공사 실시계획승인을 하였으며, 2009.12.1. 아래 내용과 같이 관보에 고시하였다.
(다) 청구법인은 해양수산부의 실시계획 승인에 따라 공사를 착공하여 2012.9.14. 이 건 토지 중 준공 전 1차 사용승인(308,984㎡)을 받았고, 2013.5.8. 이 건 토지 중 준공 전 2차 사용승인(135,153㎡)을 받았다.
(라) 청구법인은 2013.6.19. 해양수산부와 1차 업무협의회를 개최하여 이 건 토지에 대한 소유권취득 문제를 안건으로 상정하였으며, 이후 7차례에 거쳐 해양수산부와 이 건 토지 소유권 이전방안에 대한 실무협의를 개최하였다.
(마) 청구법인은 2014.5.4. OOO 1단계 공사를 완료[총공사비 : OOO원(정부 OOO원, 청구법인 OOO원)]하고, 2015.3.19. 이 건 토지 중 준공 전 3차 사용승인(258,028㎡)을 받았으며, 2017.10.18. 해양수산부와 OOO 1단계 항만배후단지 토지 귀속 방안에 합의하고, 2017.11.17. 해양수산부로 등기된 소유권 보존등기를 말소하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
「항만법」 제15조
제2항에서 「항만공사법」에 따라 설립된 항만공사가 그 재원으로 같은 법 제22조 제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사를 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 항만공사에 귀속된다고 규정하고 있고,
「지방세법 시행령」 제20조
제8항에서 관계 법령에 따라 매립·간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다고 규정하면서 단서에서 공사준공인가일 전에 사용승낙·허가를 받거나 사실상 사용하는 경우에는 사용승낙일·허가일 또는 사실상 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있다.
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다( 대법원 2007.04.26. 선고 2005두10545 판결)할 것인바,
청구법인은 쟁점토지에 대한 취득세를 신고·납부하지 못한 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 2007.7.10. 정부와 함께 OOO 1단계 항만배후단지를 50 대 50으로 분담하여 개발하기로 확정하고 2015.5.4. 이 건 토지 등에 대한 단지 조성공사를 완료한 점, 청구법인은 이 건 토지가 2008.4.10. 해양수산부로 소유권보존등기 된 이후 해양수산부로부터 이 건 토지에서 실시계획인가를 받고 공사를 착공하여 2012년 및 2013년 2차례에 걸쳐 준공인가 전 사용승락을 받은 점, 청구법인은 2013.6.9.부터 해양수산부와 이 건 토지에 대한 소유권이전을 위한 협의를 시작하여 쟁점토지가 청구법인에게 소유권이 있다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점,
「지방세법 시행령」 제20조
제8항에 따라 청구법인이 준공인가 전 사용승락일인 2015.3.19. 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전에 관련 법령에 따라 청구법인의 소유라는 사실을 인지하고 있는 상태임에도 불구하고 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 것에 대하여 해양수산부로 소유권보존등기가 되어 있다는 사실만으로 납세의무자가 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 하겠다.
따라서, 청구법인이 쟁점토지의 취득세 등을 정당한 사유 없이 기한 내에 신고·납부하지 아니한 것으로 보아 처분청이 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과·고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로
「지방세기본법」 제96조
제6항과
「국세기본법」 제81조
및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법(2015.7.24. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것)
제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
2. "부동산"이란 토지 및 건축물을 말한다.
3. "토지"란 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.
제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
②부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」 또는 「수산업법」 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
(2) 지방세법 시행령(2015.6.1. 대통령령 제26290호로 개정되기 전의 것)
제20조(취득의 시기 등) ⑧ 관계 법령에 따라 매립·간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다. 다만, 공사준공인가일 전에 사용승낙·허가를 받거나 사실상 사용하는 경우에는 사용승낙일·허가일 또는 사실상 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.
(3) 지방세기본법(2015.5.18. 법률 제13293호로 개정되기 전의 것)
제53조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.
③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니한다.
제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 「지방세법」에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
제53조의4(납부불성실가산세) 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과한다.
납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다)세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
제54조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
(4) 항만법
제15조(항만시설의 귀속 등) ① 제9조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 비관리청의 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.
③ 제1항 본문에도 불구하고 「항만공사법」에 따라 설립된 항만공사가 그 재원으로 같은 법 제22조 제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사를 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 항만공사에 귀속된다.
(5) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률
제77조(신규등록 신청) 토지소유자는 신규등록할 토지가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사유가 발생한 날부터 60일 이내에 지적소관청에 신규등록을 신청하여야 한다.
(6) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령
제63조(신규등록 신청) 토지소유자는 법 제77조에 따라 신규등록을 신청할 때에는 신규등록 사유를 적은 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 지적소관청에 제출하여야 한다.
(7) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행 규칙
제81조(신규등록 신청) ① 영 제63조에서 "국토교통부령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 말한다.
1. 법원의 확정판결서 정본 또는 사본
2. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 준공검사확인증 사본
3. 법률 제6389호 지적법개정법률 부칙 제5조에 따라 도시계획구역의 토지를 그 지방자치단체의 명의로 등록하는 때에는 기획재정부장관과 협의한 문서의 사본
4. 그 밖에 소유권을 증명할 수 있는 서류의 사본