청구인은 쟁점분담금 환급예정액을 종전 부동산 부분양도에 따른 대가로 매수인으로부터 지급받은 것이므로 이를 청산금으로 보아 별도의 양도시기를 적용할 수 없음

이유

1.처분개요 가.청구인은 2000.2.14. 임의경매를 원인으로 OOO 소재 토지 및 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 OOO원에 취득하였고, 2016.7.14. ‘OOO주택재건축정비조합’의 관리처분인가가 고시됨에 따라 청구인이 보유하던 종전주택이 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 변환되었으며, 2018.3.5. 쟁점입주권을 OOO원에 양도한 후 ‘1세대1주택인 고가주택’으로 보아 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나.OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO서에 대한 종합감사를 실시하여 청구인의 양도소득세 신고 내용에 대하여 검토한바, 청구인이 양도한 물건은 부동산이 아닌 조합원입주권이고 2개의 입주권을 동시에 양도한 것이므로 1개 입주권에 대하여는 비과세를 적용받을 수 없음에도 전체에 대하여 비과세를 적용하였으며, 관리처분인가 후 양도차익을 포함한 전체 양도차익에 대하여 장기보유 특별공제를 적용한 사실을 확인하여, 1개의 입주권에 대하여는 비과세 적용을 배제하고 조합원입주권의 관리처분인가 후 양도차익에 대한 장기보유 특별공제를 배제하여 양도소득세를 경정하도록 OOO서에 감사처분지시를 하였고, 청구인의 납세지 관할인 처분청은 2022.4.14. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2022.4.23. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1)조사청은 기획재정부 재산세제과-35(2020.1.14.)에서 ‘토지 등 소유자가 신탁업자로부터 지급받는 청산금’에 국한해서 해석하면서, 조합원입주권으로 양도한 경우에는 적용할 수 없다’라고 판단하였으나, 입주권 매도인(청구인)과 매수인간 거래금액에 지급받을 청산금까지 포함된 이상 이를, 신탁업자로부터 지급받는 청산금과 달리 볼 이유는 없다. ＜기획재정부 재산세제과-35, 2020.1.14.＞

＜질의내용＞ 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 신탁업자가 재개발·재건축사업의 사업시행자로 지정되어 토지등소유자와 신탁계약을 체결하고 정비사업을 시행하는 경우 양도소득세 과세방법 【쟁점1】토지등소유자가 신탁업자에게 부동산 신탁 시 양도소득세 과세여부 (제1안) 양도소득세 과세됨 (제2안) 양도소득세 과세되지 않음 【쟁점2】토지등소유자가 신탁업자로부터 지급받는 청산금의 양도소득세 과세 여부 (제1안) 양도소득세 과세됨 (제2안) 양도소득세 과세되지 않음 【쟁점3】청산금이 양도소득세 과세대상(쟁점2:제1안)인 경우 청산금의 양도시기 (제1안) 소유권이전 고시일의 다음날 (제2안) 대금청산일 【쟁점4】토지등소유자가 입주권 또는 신축주택을 양도하는 경우 정비사업에서 발생한 사업소득세를 필요경비로 인정받을 수 있는지 여부 (제1안) 필요경비로 인정됨 (제2안) 필요경비로 인정되지 않음 【쟁점5】토지등소유자가 정비사업으로 취득한 입주권이 소득법§89②에 따른 조합원입주권에 해당하는지 여부 (제1안) 조합원입주권에 해당함 (제2안) 조합원입주권에 해당하지 않음 【쟁점6】토지등소유자가 입주권 또는 신축주택을 양도하는 경우 조합원입주권 양도차익 계산규정(소득령§166) 적용 여부 (제1안) 「소득세법 시행령」제166조 를 적용함 (제2안) 「소득세법 시행령」제166조 를 적용하지 않음 ＜회신내용＞ 귀 질의 중 쟁점1·4의 경우 각각 제2안이 타당하고, 쟁점2·3·5·6의 경우 각각 제1안이 타당합니다. 끝.

ㅇㅇㅇ 매수인은 미리 양도인에게 청산금 상당액을 지급한 것이고 이는 향후에 신탁업자로부터 수령하면서 보전받게 될 것이기 때문이다. 만일, 이를 달리 보게 된다면 청구인은 입주권 양도시에 청산금 수령권에 대한 양도소득세를 신고·납부하고, 또 다시 소유권이전고시일 다음 날을 양도시기로 해서 양도소득세를 신고·납부하게 되어 이중과세를 피할 수 없게 된다. 입주권의 소유권이 계속해서 변경된다 하더라도 수령할 청산금의 납세 의무자는 종전부동산의 소유권자(청구인)이기 때문이다. (2)거래가액 OOO원을 분석하면 아래 ＜그림1＞과 같다. ＜그림1＞거래가액 분석 ㅇㅇㅇ (가)당초 양도의 내용은 입주권 양수인에게 처분한 ‘1. 입주권(부동산을 취득할 수 있는 권리) 양도분’과 사업시행자에게 처분한 ‘2. 종전부동산 일부 양도분’으로서 종전부동산의 분할 양도에 해당한다. 1)이에 반하여 조사청은 분담금 환급예정액도 입주권 양수인에게 처분한 것이고, 사업시행자로부터 승계조합원(입주권 양수인)이 ‘환급금’을 지급받게 되면 이에 대한 양도소득세 납세의무를 승계조합원이 지게 된다는 의견이다. 그러나 이러한 의견은 환급금이 종전부동산 처분의 대가적 성격을 가진다는 점을 간과한 것으로서 ‘입주권 양도’와 ‘종전부동산 양도’는 매수 주체와 양도시기가 엄연히 다름에도 불구하고 이를 동일하게 본 오류가 있다. 2)또한, 조사청은 청구인이 ‘환급금 상당액’을 포함하여 조합원입주권 양도 시 양도소득세를 납부하면 납세의무가 종결되는 것이므로 승계조합원의 환급금에 대한 양도소득세 납세의무는 청구인의 이중과세 문제와는 상관이 없다는 의견인데, 이는 동일 금액에 대하여 동일 세목인 양도소득세가 두 번 과세되는 것으로서, 이는 국고주의의 무리한 과세 행정이라 아니할 수 없다. 백 번 양보하여, ‘환급금은 승계조합원이 신규부동산을 양도하는 경우 취득가액에 포함되어 양도소득세를 줄여주는 효과로서 이중과세가 조정될 수 있다’는 논리 역시 양도소득세가 산출될지 여부도 모르는 예측 불가한 미래의 상황을 전제로 하고 있다는 점에서 받아들이기 어렵다. 그리고, ‘조합원입주권에 대한 권리는 승계조합원에게 이전된 것이므로 환급금에 대한 납세의무는 청구인과 무관하여 이중과세 문제는 발생하지 아니한다’는 의견도, 환급금이 발생하면 이에 대한 수령 권리가 승계조합원에게 이전되었다는 사실에는 틀림이 없으므로 승계조합원이 환급금을 수령하되, 환급금에 대한 성격은 종전부동산의 처분 대가이므로 이에 대한 양도소득세 납세의무까지 승계조합원에게 이전된다는 것을 의미하지는 않는다는 점에서 조사청의 주장은 무리가 있다. 3)따라서 당초 입주권 잔금청산일 양도소득세 계산 시 양도가액은 지급받을 청산금을 제외한 OOO원이 되어야 하며 이에 따른 양도소득세는 아래 ＜표1＞·＜표2＞와 같다. ＜표1＞청구인 산정 양도가액 안분 내역 ㅇㅇㅇ ＜표2＞청구인 산정 양도소득세 ㅇㅇㅇ (3)이 건 양도는 2018년 3월 양도한 건으로 신고기한 경과 후 4년이나 지나 조사청의 감사지적에 따라 과세가 이루어진 것으로, 납부지연 가산세가 전체 추징세액의 4분의 1인 OOO원에 달한다. 청구인은 당초 신고시 담당 공무원이 잘 처리했을 것으로 믿고 잊어버리고 있었던바, 최초 담당자가 신고시인한 이후까지 청구인에게 귀책사유가 존재한다고 하는 것은 과하므로 최초 신고시인 이후의 납부지연가산세는 경감하여야 한다. 나.처분청 의견 (1)청구인은 청구인과 입주권 매수인간 거래금액에 지급받을 청산금이 포함된 이상 이를 신탁업자로부터 지급받는 청산금과 달리 볼 이유는 없다는 주장이며, 청구인에게 입주권 양도시 청산금상당액에 대하여 과세할 경우 추후 소유권이전고시일의 익일을 양도시기로 하여 양도소득세를 재차 과세하는 이중과세 문제가 발생한다는 주장이다. (가)그러나 ‘분담금 환급예정액’은 청구인이 매수자에게 양도한 입주권의 기존부동산 부분에 대한 양도대가로 수령한 것이므로 신탁업자로부터 지급받는 ‘청산금’과 같지 아니하고, ‘청산금’이 아니므로 기획재정부 재산세제과-35(2020.1.14.) 해석에 따른 ‘청산금’의 양도시기를 적용할 수 없는 것이다. ‘분담금 환급예정액’으로 구분되는 부분은 양도소득세 과세대상 자산에 대한 양도가액의 일부로 양도소득세 산출을 위한 구분일 뿐으로, 즉 2개의 조합원입주권 양도에 대한 양도소득세 세액산출시 적용할 비과세 해당 양도차익, 「소득세법」제95조 에 따른 장기보유특별공제 적용대상인 기존부동산 부분에 대한 양도차익 등을 계산하기 위하여 권리1, 권리2, 분담금 환급예정액으로 구분한 것일 뿐이며 이를 ‘청산금’으로 볼 이유는 없다. (나)또한 청구인이 조합원입주권을 양도함으로써 조합원에 대한 모든 권리와 의무가 매수자에게 이전된 것으로 확인되고, 아울러 청산금의 수령권자도 입주권의 매수인임이 확실한 이상 청구인에게 이중과세 문제가 발생한다는 청구주장도 이유 없다. 즉 청구인은 조합원입주권 양도시 양도소득세를 납부하는 것으로 납세의무가 종결되는 것이며, 승계조합원이 청산금을 지급받고 청산금에 대한 양도차익이 발생하여 과세문제가 발생할 경우 납세의무자는 청구인이 아닌 승계조합원이 될 것이므로 청구인의 이중과세 문제는 발생할 수 없다. 이와 관련하여 조합원 지위 변경 후 분담금 환급금의 수령권자에 대한 감사관실의 질문에 대하여 조합에서는 “승계받은 조합원에게 모든 권리·의무가 있다”고 답변하였고, 그 근거는 조합 정관 제9조(조합원의 자격 등) 제4항에 “조합원의 권리가 이전된 때에는 조합원의 권리를 취득한 자로 조합원이 변경된 것으로 보며, 양수받은 자는 청산 시 권리·의무에 관한 범위 등을 포괄 승계한다”고 명시되어 있는 것으로 아래와 같이 회신하였다. ＜조합정관 및 관리처분계획내역서 제출요청에 대한 회신(2022.1.18.)＞ ㅇㅇㅇ 또한 청구인의 매매계약서 특약사항에 다음과 같이 “조합원지위승계에 하자없음”으로 기재되어 있어 조합원입주권에 대한 권리가 승계조합원에게 이전된 것이므로 청구인에게 그 어떤 권리의무도 없는 양도후의 청산금에 대한 납세의무는 청구인과 무관하여 이중과세 문제는 발생하지 아니한다. ＜단독주택 매매계약서(2017.12.29. 양도자 청구인, 양수자 AAA)＞ ㅇㅇㅇ (2)청구인은 처분청에서 환급금이 종전부동산 처분의 대가적 성격을 가진다는 점을 간과한 것으로 ‘입주권 양도’와 ‘종전부동산 양도’가 다름에도 동일시 한 오류가 있다고 주장하며, 재차 이중과세 문제를 주장하고 있다. (가)청구인의 조합원입주권 양도에 대한 조사청의 과세내역은 아래 ＜그림2＞와 같다. ＜그림2＞조사청 과세내역 ㅇㅇㅇ 청구인과 처분청은 권리가액의 구분 및 프리미엄 금액에 대하여는 이견이 없고, 분담금 환급예정액이 종전부동산 처분의 대가적 성격을 가진다는 데에도 이견이 없다. 다만 분담금환급예정액의 양도시기에 대하여만 이견이 있고, 청구인은 처분청과 상이한 양도시기를 주장함으로써 그에 따른 이중과세 가능성에 대하여 주장하고 있는 것이다. 이에 대하여 전술한 바와 같이 청구인의 권리와 의무가 쟁점입주권 양도로 매수자에게 모두 이전되었고, 매수자가 청산금을 지급받는 것으로 확인된 이상 청구인이 향후 매수인이 지급받을 청산금의 납세의무자로 해당부분에 대한 양도소득세를 납부할 납세의무자라는 주장은 이유가 없다. (나)승계조합원(양수인)은 다음 ＜그림3＞과 같이 공동주택 2채의 취득가액으로 OOO원을 지불하고, 분담금환급예정액에 대한 취득대가로 OOO원을 지불한 것이다. ＜그림3＞승계조합원의 취득가액 분석 ㅇㅇㅇ 승계조합원이 취득한 공동주택 양도시 그 취득가액은 권리가액과 프리미엄 합계인 OOO원이 될 것이고, 지급받는 청산금의 양도차익 계산시 그 취득가액은 OOO원이 될 것이다. 청구인은 아래 ＜표3＞과 같이 분담금환급예정액 OOO원과 분담금환급예정액에 대응되는 기존부동산 취득가액 및 필요경비 OOO원의 차익인 OOO원에 대한 양도소득세를 납부하는 것이고, 승계조합원의 소득금액은 지급받는 청산금과 청구인에게 지급한 OOO원의 차익에 한정하는 것이므로 분담금환급예정액으로 구분 계산되는 기존부동산에 대한 양도차익 OOO원이 승계조합원에게 과세될 여지가 전무하고, 따라서 이중과세 문제는 발생하지 아니한다. ＜표3＞청구인의 조합원입주권 양도소득금액 계산 내역 ㅇㅇㅇ (다)이에 대하여 청구인은 동일금액에 대하여 동일세목인 양도소득세가 두 번 과세되므로 국고주의의 무리한 과세행정이라는 주장이나, 위에서 서술한 바와 같이 이중과세와는 무관하다. 처분청은 「소득세법」에 따라 양도소득세를 결정한 것으로 잔금청산 및 권리의무의 포괄적 이전으로 과세요건이 성립하여 양도소득세를 과세함은 정당하므로 양도가액에서 분담금 환급예정액 OOO원을 차감하여 양도소득세를 경정하여야 한다는 청구주장은 이유 없다. (3)청구인은 2018년 양도소득세를 신고·납부한 후 수년이 지나서 이 건 처분이 있었던바 처분청이 청구인의 양도소득세 신고를 시인한 후의 납부지연가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상 제재인바, 청구인에게 정당한 이유가 있다거나 조사청의 처분지시에 따른 처분청의 부과과정에 명백한 하자가 있지 않은 이 건 가산세의 부과처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ①조합원입주권 양도가액에 포함된 분담금 환급예정액의 양도시기를 소유권이전고시일의 익일로 보아 입주권 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부 ②예정신고 결정 이후의 납부지연가산세는 부당하므로 취소하여야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법(2017.12.19. 법률 15225호로 개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조【양도소득금액】①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제166조【양도차익의 산정 등】①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다)+[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

1. 청산금을 납부한 경우 2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비] 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액] ④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. 1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다 다.사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가)청구인은 2000.2.14. 임의경매를 원인으로 종전주택을 OOO원에 취득하였고, 2016.7.14. ‘OOO주택재건축정비사업’의 관리처분인가가 고시됨에 따라 청구인이 보유하던 종전주택이 쟁점입주권으로 변환되었으며, 쟁점입주권의 관리처분계획내역서에 따르면 종전주택의 권리가액(기존 건물 및 그 부수토지 평가액)은 OOO원이고, 청구인은 84㎡ 공동주택분양, 59㎡ 추가분양, 분담금 환급금 OOO원으로 관리처분 받았음이 나타난다. ＜쟁점입주권의 관리처분계획내역서＞ ㅇㅇㅇ (나)청구인의 종전주택 양도계약서의 매매대금은 OOO원으로 표기되어 있고, 특약사항에 “본 부동산은 OOO 물건으로 조합원지위승계에 하자 없음을 확인함”으로 기재되어 있다. (다)청구인은 쟁점입주권을 ‘1세대1주택인 고가주택’으로 보아 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원(취득세 등 포함 OOO원)으로 하고, 9억원 초과분에 대한 양도차익을 과세대상으로 계산한 후 과세대상 양도차익 전체에 80%의 장기보유 특별공제율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다(아래 ＜표4＞ 참조). ＜표4＞양도소득세 신고내역 ㅇㅇㅇ (라)조사청은 청구인이 양도한 것은 부동산이 아닌 2개의 조합원입주권을 동시에 양도한 것이므로 1개 입주권은 비과세를 적용받을 수 없음에도 전체에 대하여 비과세를 적용하였고, 관리처분인가 후 양도차익에 대하여도 장기보유 특별공제를 적용한 사실을 확인하여, 1개의 입주권에 대하여는 비과세 적용을 배제하고 조합원입주권의 관리처분인가 후 양도차익에 대한 장기보유 특별공제를 배제하여 양도소득세를 경정하였다(아래 ＜표5＞·＜표6＞ 참조). ＜표5＞조사청 산정 양도가액 안분 내역 ㅇㅇㅇ ＜표6＞조사청 산정 양도소득세 ㅇㅇㅇ (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 본인이 지급받은 쟁점입주권 양도대금 OOO원에 포함된 쟁점분담금 환급예정액 OOO원을 ‘청산금’으로 보아 양도시기를 ‘소유권이전고시일의 익일’로 주장하고 있으나 조사청은 쟁점입주권 양도에 포함된 ‘기존부동산 부분’의 양도로 보아 그 양도시기를 ‘2018.3.5.’로 본 것인 점, 청구인은 쟁점분담금 환급예정액 OOO원을 종전부동산 부분 양도에 따른 대가로 매수자로부터 지급받은 것이므로 이를 청산금으로 보아 별도의 양도시기를 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점분담금 환급예정액 상당부분에 대한 양도시기는 매수인에게 그 대금을 지급받은 2018.3.5.로 하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한 청구인은 처분청 최초 담당자가 청구인의 이 건 양도소득세 신고를 시인한 이후의 기간은 청구인에게 귀책사유가 존재하지 아니하므로 최초 신고 시인 이후의 납부지연가산세는 경감되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결, 같은 뜻임)인 점, 신고시인은 단순히 사실관계 확인에 따른 신고내용 수리행위로서 신고시인을 했다고 하더라도 세무조사 등으로 오류를 바로잡는 것은 허용된다고 할 것(서울행정법원 2015.9.18. 선고 2015구단5552 판결, 같은 뜻임)인 점 등에 비추어 이 건 과세는 청구인의 법령의 부지 또는 오인 등에 의한 것으로 가산세 면제의 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.