이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.6.3.과 1998.1.22. 증축하여 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지(이하 “이건 토지”라 한다)상의 건축물 2,646.16㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)에 대하여 지방세법 제282조 의 규정에 의한 기업부설연구소용에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 1999.9.30. 이건 건물을 매각하였으므로 과세 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(2,184,799,138원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 52,435,160원, 농어촌특별세 4,806,540원, 등록세 20,974,050원, 교육세 3,845,230원, 합계 82,060,980원(가산세 포함)을 2000.2.28. 부과 고지하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 이건 건물중 1996.6.3. 증축한 건축물 11.25㎡는 증축한 날로부터 2년이 경과되었는데도 면제된 취득세 등을 추징한 잘못이 있으므로 당초 부과처분을 취득세 52,188,360원, 농어촌특별세 4,783,930원, 등록세 20,875,340원, 교육세 3,827,140원, 합계 81,674,770원(가산세 포함)으로 2000.6.26. 경정 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 1994.12.28. 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받아 연구소로 사용해 왔고, 이건 건물중 1996.6.3. 증축한 부분을 제외한 나머지 건축물(2,634.91㎡, 이하 “이건 쟁점건물”이라 한다)을 1998.1.22. 증축한 후에도 연구소로 사용해 오다가 연구소를 설치한 날(1994.12.28.)로부터 2년이 경과한 1999.9.30. 연구소를 매각하였는데도, 처분청은 이건 쟁점건물을 증축한 날부터 2년이 경과되지 아니한 시점에 매각하였다는 이유로, 면제된 취득세 등을 추징하였으나, 지방세법 제282조 에 의하면 토지와 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령의 관련 규정에 의한 기준을 갖춘 기업부설연구소를 설치하여 2년까지 사용하면 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 또한 지방세법 기본통칙(281-1)에서 「연구소를 설치한 날」이라 함은 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖추고 과학기술부장관으로부터 인정을 받은 날을 말한다고 규정하고 있으므로, 건물을 증축하여 사용해 오다가 증축한 날부터 2년이 경과되기 전에 매각하였다고 하더라도 과학기술부장관의 인정을 받아 연구소를 설치한 날(1994.12.28.)로부터 2년이 경과되었으므로 과세 면제대상에 해당된다고 보아야 함에도 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소를 설치하여 1994.12.28. 과학기술부장관으로부터 인정을 받고 연구소로 사용해오다가 건물을 증축한 후 그 날부터 2년 이내에 매각한 경우 과세 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제282조 에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 연구소 설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고, 같은법시행령 제228조 에서 「대통령령이 정하는 기업부설연구소」라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1998.1.22. 기업부설연구소로 사용하기 위하여 이건 쟁점건물을 증축한 후 2년 이내인 1999.9.30. 매각하였으므로 과세 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 취득세 등을 추징한데 대하여, 청구인은 연구소를 설치한 날(1994.12.28.)로부터 2년이 훨씬 경과하였으므로 취득세 등의 면제대상에 해당됨에도 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제282조 및 같은법시행령 제228조 에 의하면, 토지와 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖춘 기업부설연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받아 설치하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하지만, 연구소 설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 「연구소를 설치한 날」이라 함은 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖추고 과학기술부장관으로부터 인정을 받은 날을 말한다 할 것이나, 증축한 건물의 경우는 증축한 날에 연구소를 새로이 설치한 것으로 보아야 하므로, 청구인의 경우와 같이 연구소를 설치하여 1994.12.28. 과학기술부장관으로부터 기술개발촉진법시행령 제14조 의 규정에 의한 기준을 갖춘 기업부설연구소로 인정을 받았다고 하더라도 연구소 확장을 위해 이건 쟁점건물을 증축(1998.1.22.)한 날부터 2년 이내인 1999.9.30. 매각한 경우는 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 볼 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2000. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관