이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 토지 437,941.6㎡(이하 이 사건 토지 라 한다) 중 132,579.1㎡(이하 이 사건 쟁점토지 라 한다)를 종합합산과세 대상으로 나머지 305,362.4㎡를 분리과세대상으로 보아 그 시가표준액(종합합산 2,350,676,395원, 분리과세 6,012,457,437원, 합계 8,362,133,833원)을 과세표준으로 지방세법 제234조의16 의 세율을 적용하여 산출한 종합토지세 82,144,850원, 도시계획세 16,724,060원, 지방교육세 16,428,970원, 농어촌특별세 12,164,300원, 합계 127,462,180원을 2002.10.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 이 사건 쟁점토지는 당초 ○○산업단지의 발전소 부지로 지정되었으나 1999.12.23. 발전소 부지의 축소로 ○○산업단지에서 제외되었지만 이 사건 토지 중 ○○산업단지로 지정 받은 토지와 함께 담장 및 울타리로 구획된 1구내의 토지로서 발전소 냉각수 배수로가 설치되어 있고, 발전소 건축물 및 시설물 등의 바닥면적에 공업지역 용도지역 적용배율 4배를 적용하더라도 이 사건 토지가 용도지역 적용배율을 초과하는 토지가 없다는 이유로 2002.1.28. 행정자치부에서 별도합산과세대상으로 심사결정(제2002-46호) 하였음에도 처분청에서 청구 외 ○○○ (주)가 이 사건 쟁점토지 중 일부면적(29,136 ㎡) 에 대하여 개발행위(토석채취)허가를 받아 2001.9.25.부터 2002.10.31.까지 토석을 채취하여 수익이 발생되었다는 이유로 이 사건 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 종합토지세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 쟁점토지에 대한 종합합산세액과 별도합산세액과의 차액에 대한 환급을 요구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 쟁점토지가 별도합산과세대상토지에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제234조의15 제2항 및 제3항에서 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 하고, 별도합산과세표준은 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 하지만, 지방세법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액과 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액은 합산하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제194조의14 제1항 및 제2항, 제194조의16제1항에서 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날로부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유 없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다) 중 지방세법시행령 제194조의14 제1항제1호 내지 제4호의 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물 외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니한 토지를 말한다고 규정하면서 전용공업지역의 용도지역별 적용배율은 4배를 적용하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제194조의17 제1항에서 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 2002년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 사건 토지에 대하여 종합토지세 등을 부과하면서 이 사건 쟁점토지를 청구 외 ○○○ (주)에서 처분청으로부터 개발행위(토석채취) 허가를 받아 2001.9.25.부터 2002.10.31.까지 토석을 채취하여 수익이 발생되었다는 이유로 이 사건 쟁점토지를 종합합산과세 하고 나머지 토지는 분리과세대상으로 보아 종합토지세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점토지는 발전소 건축물 및 시설물의 바닥면적에 공업지역 용도지역별 적용배율(4배)을 곱하여 산정한 면적의 1구내 토지로서 별도합산과세대상이라 할 것인데도 청구 외 ○○○ (주)가 토석을 채취하여 수익이 발생되었다는 이유로 이 사건 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 종합토지세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 이 사건 쟁점토지는 이 사건 토지 중 ○○국가산업단지로 지정 받은 토지와 함께 당초 ○○국가산업단지의 발전소 부지로 지정 되었으나, 1999.12.23. 발전소 부지의 축소로 ○○국가산업단지에서 제외되었지만 ○○국가산업단지로 지정 받은 발전소 부지와 함께 담장 및 울타리로 구획된 1구내의 토지로서 이 사건 쟁점토지에는 발전소 냉각수 배수로가 설치되어 있고, 이 사건 토지는 발전소 건축물 및 시설물 등의 바닥면적에 공업지역 용도지역 적용배율 4배를 적용하더라도 용도지역 적용배율 이내의 발전소 부속토지로서 지방세법 제234조의15 제3항 및 같은법시행령 제194조의16 제1항 규정에 의한 별도합산과세대상이라 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2002.1.28. 제2002-46호)이고, 또한 청구 외 ○○○ (주)가 이 사건 쟁점토지에서 약 13개월 동안 토석을 채취하여 수익이 발생되었다 하더라도 청구인의 경우 이 사건 쟁점토지를 발전소 부지내 제1회처리장의 매립이 완료될 경우 제2회처리장으로 사용할 예정으로 있어 이 사건 쟁점토지에서 토석을 채취하는 것은 제2회처리장으로 사용하기 위한 준설공사의 성격을 갖는다 할 것이므로 토석을 채취하는 기간동안 발전소 부속토지로서의 용도를 상실 하였다기 보다는 그 용도를 계속 유지하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청의 이 사건 쟁점토지에 대한 종합토지세 부과처분은 종합합산과세대상에서 별도합산과세대상으로 변경되어야 할 부과처분으로서 지방세법 제234조의19 규정에 의한 세액조정절차를 거쳐 경정되어야 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2003. 4. 28. 행 정 자 치 부 장 관