이유
1. 처분개요 처분청이 청구법인에 대한 법인세 등을 조사함에 있어서 청구법인이 안산시장으로부터 186,840,000원에 도급받은 수인산업도로 포장보수공사 (이하 “쟁점공사”이라 한다)에 대한 용역의 공급시기를 그 준공검사일인 93.12.30로 보고, 청구법인이 92.1.1-92.12.31 사업년도 중 김포놀이터설치공사에 대한 수입금액 47,000,000원(이하 “쟁점수입누락금액”이라 한다)을 신고누락한 것으로 보아 익금산입하고 청구법인이 91.12.10 취득한 경기도 광주군 광주읍 OO리 OOOOO소재 대지 429㎡ 및 위 지상건물 732.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 비업무용부동산에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 것 등으로 하여 95.4.17 법인세 91사업년도 40,000,000원, 92사업년도 8,075,400원 93사업년도 15,947,520원 및 부가가치세 92년 2기 6,110,000원 93년 2기 22,081,090원, 94년 2기 10,434,450원 합계 102,648,460원을 경정고지하고 쟁점수입누락금액과 이에 대한 부가가치세 4,700,000원을 합한 금액에 대하여는 대표자의 상여로 처분하여 95.4.17 소득금액 변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.6.14 심사청구를 거쳐 95.9.15 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 안산시의 내부문서인 준공검사조서를 보면 안산시의 건설과에 근무하는 청구외 OOO이 93.12.30 준공검사를 실시하여 93.12.31 담당국장이 최종 결재한 사실이 확인되는 바, 안산시의 공사계약 일반조건 및 특수조건 제16조 제6항을 보면 “계약담당공무원은 검사를 완료한 때에 그 결과를 서면으로 계약자에게 통지하여야 한다” 고 규정하고 있음을 볼 때, 계약자가 검사완료 결과를 통지받은 때에 비로소 건설용역의 제공이 완료된다고 할 것이므로 쟁점건설공사에 대한 용역의 공급시기는 전화로 검사결과를 통지받은 94.1.3로 보아야 한다. (2) 쟁점수입누락금액에 대한 공사원가의 손금산입여부 및 인정상여처분에 대하여 처분청이 쟁점수입누락금액의 근거자료로 삼은 청구법인의 내부문서인 “외주정산내역”에 의하면 청구법인이 쟁점수입누락금액에 관련된 김포놀이터설치공사를 (주)OO조경이라는 건설회사로부터 47,000,000원에 도급받아 이를 OO시 OO구 OO동 OOOO 소재 (주)OO기업(대표이사:OOO)에 33,232,841원에 외주를 준 사실이 확인되고 있으며, 청구법인이 92.12.30 당시 청구법인의 대표이사인 OOO의 개인통장에서 33,000,000원을 인출하여 (주)OO기업의 대표이사인 OOO에게 OOOO협동조합의 OOO의 계좌(번호:OOOOOOOOOOOOO)에 입금한 사실이 그 무통장입금확인서에 의하여 확인되고 있는 바, 쟁점수입누락금액에 대응되는 공사원가상당액 33,232,841원을 손금 산입하여야 하고 대표자 상여로 처분한 51,700,000원(부가가치세포함)에서 대표자가 부담한 공사원가 33,232,841원을 차감한 금액에 대하여만 대표자의 상여로 처분하여야 한다. (3) 쟁점부동산의 비업무용부동산 해당여부에 대하여 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 건물을 철거한 후 광주군, 구리시, 이천군 등에서 발주하는 공사에 대비하여 종업원의 기숙사를 신축할 목적으로 청구외 OOO로부터 91.12.10 취득하였으나 그 취득이전부터 OO횟집이라는 상호로 식당을 운영하고 있던 청구외 OOO이 쟁점부동산의 명도를 거부함에 따라 기숙사의 신축이 불가하였는 바, 이러한 사실은 청구법인이 쟁점부동산의 매도자인 청구외 OOO와 건물 명도를 거부한 청구외 OOO을 상대로 93.10.13 수원지방법원에 제기한 건물명도 및 손해배상 청구에 대한 소장과 95.2.24 작성된 수원지방법원의 화해조서에 의하여 확인되고 있으므로 처분청이 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 인정하여 지급이자를 손금불산입하고 증자소득공제를 배제한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구법인은 수인산업도로 포장공사에 대한 공급시기가 안산시로부터 대금수령한 94.1.3을 공급시기로 보아 이 날짜로 세금계산서 발행 교부하였으나 하자보수보증서에 의하면 상기공사에 대한 준공일이 93.11.29로 되어 있고, 또한 청구법인의 내부서류에 의하여도 이러한 사실이 나타나고 있으며 처분청에서 청구법인이 조사시에도 대표이사가 93.12.29 준공검사를 득한 사실을 인정하여 확인서를 제출한 것으로 볼 때 준공일인 93.12.29을 공급시기로 보아 경정고지한 당초처분은 달리 잘못이 없으며, (2) 청구법인이 92년도 시행한 청구외 김포놀이터 설치공사에 대한 매출액 47,000천원을 신고누락된 사실이 확인되어 처분청이 이를 익금에 산입할 경우 이에 대응되는 공사원가 상당액 33,232,841원도 손금에 산입함이 타당하다고 하나, 이를 입증할 수 있는 거래당사자인 청구외 OO기업(주)의 장부상에 기재된 사실 없고, 청구법인도 이를 입증할 수 있는 근거서류도 제시되지 아니하여 대응원가 손금불산입한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단되며, (3) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 목적은 종업원이 사용할 기숙사를 신축하기 위한 것이라고 하나, 취득당시 청구법인의 상시종업원은 16명에 불과하고 또한 종업원기숙사를 본사 소재지인 OO이 아닌 경기도 광주군에 신축한다는 것을 사실로 보기 어렵고, 취득후 6개월내에 법인의 업무에 사용되지 아니하여 전시 법규정에 의한 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 쟁점건설공사에 대한 용역의 공급시기가 언제인지 (2) 쟁점수입누락금액에 대한 공사원가의 손금산입여부 및 그 상여처분의 당부 (3) 쟁점부동산이 비업무용부동산인지의 여부를 가리는데 있다. 나. 쟁점(1)에 대하여 본다. (1) 관련법령 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법 시행령 제22조 의 규정에 의하면 “용역의 공급시기를 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때”로 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 청구법인이 안산시로부터 쟁점공사를 도급받기로 93.11.10 계약체결하여 공사를 시공하고, 안산시로부터 94.1.3 전화로 쟁점공사의 준공검사 결과를 통지받았음을 이유로 동일자의 세금계산서를 발행교부하여 부가가치세를 신고한데 대하여 처분청은 안산시의 내부문서인 쟁점공사의 준공검사조서에 준공일이 93.12.30로 되어 있음을 이유로 그 공급시기를 93.12.30로 보아 부가가치세를 경정하였음이 관련서류에 의하여 확인된다. 이에 대하여 살펴보면, 건설용역의 공급시기는 전시 법규정에서 보는 바와 같이 역무의 제공이 완료되는 때로 보아야 할 것이며, 역무의 제공이 완료되는 때라 함은 당해 건설공사의 완성후 준공검사가 완료된 때라 할 것인데 청구법인이 국세심판소에 제출한 안산시의 공사계약 일반조건(회계예규 220004-104-13, 93.5.20) 제16조(검사) 제6항을 보면 “계약담당공무원은 검사를 완료한 때에는 그 결과를 서면으로 게약자에게 통지하여야 한다”고 되어 있어 안산시의 계약담당 공무원은 청구법인에게 준공검사 완료여부를 서면으로 통지할 의무가 있음이 확인되며, 93.12.31 준공검사 조서를 결재받았으나 93.12.31은 종무식으로 일반적으로 오전에 업무가 종결되어 94.1.3 전화로 준공검사 통지를 받아 동일자로 세금계산서를 발행교부한 사실을 확인하고 있어, 이 건 준공검사 완료통지가 서면으로 된 사실이 없어 그 통지일을 정확하게 알 수는 없지만 적어도 안산시의 준공검사 조서 결재가 종결(93.12.31)된 후 준공검사 완료 사실이 청구법인에게 통지되었다고 할 수 있는 바, 처분청이 공급시기로 본 93.12.30은 준공검사의 완료에 대한 의사 결정권은 공사발주처로서 행정관청인 안산시에 있는 것이므로 그 완료사실이 청구법인에게 통지되기 전까지는 공사발주처의 내부적인 행위(검사실시 및 결재과정)일 뿐 청구법인은 준공검사 완료여부를 알 수 없는 것이므로 93.12.30을 준공검사 완료시점으로서의 공급시기로 볼 수는 없다고 판단된다(같은 뜻 국심 86구694, 86.7.25). 그렇다면 청구법인이 94.1.3 준공검사 완료사실을 전화로 통지받고 동일자로 기재된 세금계산서를 발행교부한 이 건의 세금계산서는 적법한 것으로 인정되고 공급시기가 사실과 다른 것으로 볼 수 없다고 판단된다. 다. 쟁점(2)에 대하여 본다. (1) 관련법령 구법인세법 (1980.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에는 내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 되어 있고, 같은법 제32조 제5항에서 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정되어 있고, 같은법시행령 제94조의2 제1항에서 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다고 하면서, 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다고 하면서 그 단서에서 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정되어 있다. 한편 헌법재판소법 제45조 에 의하면 헌법재판소는 제청된 법률 또는 법률조항의 위헌여부만을 결정한다고 규정하면서 단서에서 법률조항의 위헌결정으로 인하여 당해 법률 전부를 시행할 수 없다고 인정될 때에는 그 전부에 대하여 위헌결정을 할 수 있다고 규정되어 있으며, 같은법 제47조 제1항에서 법률의 위헌결정으로 결정된 법률 또는 법률의 조항은 그 결정이 있는 날로부터 효력을 상실한다고 규정하면서 단서에서 형벌에 관한 법률 또는 법률조항은 소급하여 그 효력을 상실한다고 규정되어 있다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청이 청구법인에 대한 법인세조사시 92사업년도중 김포놀이터설치공사에 대한 공사금액 47,000,000원의 수입누락사실을 확인하고 익금산입하고 그에 대한 부가가치세 4,700,000원을 합한 금액을 대표자에게 상여처분한데 대하여 청구법인은 처분청이 위 공사금액의 수입누락사실을 확인한 내부기안문서 (외주정산건)에 의하면 위 공사에 대한 외주금액이 33,232,841원으로 확인되므로 이를 공사원가로서 손금산입할 것을 주장하면서 내부기안문서와 그 외주를 받은 청구외 (주)OO기업 OOO에게 33,000천원을 송금하였다는 무통장 입금확인서를 제시하고 있으나 이에 대하여 국세심판소에서 (주)OO기업 OOO에게 조회한 바, “전혀 무관하며 시공한 바 없다.”는 회신이 있는 것으로 볼 때 청구법인의 주장을 사실로 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다만, 처분청이 위 수입누락금액에 대하여 익금산입하여 대표자의 상여로 처분하고 95.4.17 청구법인에게 소득금액변동통지서에 의하여 이를 통지하였는 바, 이에 대하여 살펴보면 이 건 청구법인 대표자에게 대한 상여처분과 관련된 규정인 구법인세법(1980.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항의 규정에 대하여 헌법재판소가 위헌결정(94헌바14, 1995.11.30)한 내용을 살펴보면 「 법인세법 제32조 제5항은 수권사항의 주제에 관하여 그것이 익금에 산입한 금액의 처분이라는 점을 제시하고 있을 뿐이고 그 위임에 의한 대통령령이 제정자가 따라야 할 기준인 소득의 성격과 내용 및 그 귀속자에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하며(중략), 익금에 산입한 금액이라는 것이 기업회계와 세무회계의 차이로 인한 세무조정액을 의미하는 것으로 구체적으로 여러가지 원인에 의하여 발생할 수 있는 금액일 뿐만 아니라 그 금액의 실제적 귀속자도 다양할 것인 점에 비추어 보면, 위 법인세법의 규정에 위와 같이 그 주제가 한정된 것만으로는 하위법규에 규정될 내용이 어떠한 것이 될 것인지를 예측하기 곤란하다고 생각되므로 “위 법인세법의 규정은 국민의 납세의무의 성부 및 범위와 직접적인 관계를 가지고 있는 중요한 사항을 하위법규에 백지위임한 경우라고 보아야 할 것이다.” (중략) 그렇다면 “이 사건 규정은 결국 국민의 권리의무에 관한 기본적 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하였으므로 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였다」고 되어 있다. 그리고 헌법재판소법 제47조 제2항에서 위헌결정된 법률의 조항은 결정이 있는 날로부터 효력을 상실하는 것으로 규정하고 있어 위 법인세법 제32조 제5항은 헌법재판소가 위헌결정한 1995.11.30부터 효력을 상실하는 것이고, 헌법재판소의 위헌결정의 효력은 위헌제청을 한 당해 사건만 아니라 위헌결정이 있기전에 이와 동종의 위헌여부에 관하여 헌법재판소의 위헌여부심판제청 신청이 되어 있는 경우의 당해사건과 별도로 위헌제청 등은 하지 아니하였으나 당해 법률 또는 법조항이 재판의 전제가 되어 법원에 계속된 모든 일반사건에까지 미친다고 할 것이다 (대법 91누 1462, 1992.2.24 같은 뜻임). 그러므로 청구인은 법인세법 제32조 제5항에 대하여 따로 위헌신청을 한 바 없으나 위 법률조항은 이 건에 있어 행정심판의 전제로 되어 우리심판소에 계속되어 있음이 기록상 명백하므로 헌법재판소의 위 법률규정에 대한 위헌결정의 효력은 이 건에도 미친다고 볼 수 있다(국심 95서 2730, 1996.12.23 합동회의 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점법인의 94사업년도의 법인세를 결정하면서 쟁점금액을 법인세법 제32조 제5항을 근거로 하여 대표자 상여로 처분한 것은 근거법률의 효력이 상실된 위법한 처분으로 취소함이 타당한 것으로 판단된다. 라. 쟁점(3)에 대하여 본다. (1) 관련법령 법인세법 제18조의 3 제1항 및 같은법시행령 제43조의 2 의 규정을 모두어 보면 비업무용부동산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 각사업년도 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 같은법 시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 의하면 부동산을 취득한 후 6월이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용부동산에 해당하는 것으로 규정하고 있으며, 같은조 제4항 제1호 및 제4호에서는 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 것과 당해 부동산의 취득 후 소유권에 관한 소송이 계속중인 부동산으로서 법원에 의하여 사용이 금지된 것과 그 부동산에 대한 소유권확정판결일로부터 2년이 경과되지 아니한 것은 비업무용부동산에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 91.12.10 쟁점부동산을 취득하여 취득후 6개월내에 업무에 직접 사용하지 않았다 하여 이에 관련된 지급이자 손금불산입 및 증자소득공제를 배제하고, 청구법인은 쟁점부동산의 임차인이 퇴거하지 아니하여 사용하지 못하고 93.10.13 매도인등을 상대로 건물명도소송을 제기하였으므로 쟁점부동산을 비업무용으로 보는 것은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴보면 처분청의 조사내용에 의하면 청구법인이 쟁점부동산의 전체건물면적 732.51㎡중 임차인이 명도거부한 면적 66.02㎡를 제외한 면적도 취득후 6개월 내에 업무에 사용한 사실이 없음이 확인되고 있고, 청구인이 주장하는 건물 임차인의 명도거부가 취득후 사용이 제한되거나 소유권에 관한 소송이 계속중인 부동산에 해당된다고 볼 수는 없다. 그러므로 처분청이 취득후 6개월 이내에 업무에 사용하지 않은 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 본 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 마. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.