이유
1. 사실

청구인은 경기도 광주군 오포면 OO리 OOOOO에 주소를 두고 있는 사람으로 청구인이 77.1.1(의제취득일) 취득한 경기도 성남시 OOO동 OOOOO 공장용지 1,930평방미터 및 지상2층 사택 275.85평방미터(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)와 같은곳 OOO 공장용지 4,860평방미터 및 지상건물 2,831.56평방미터(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)를 양도함에 있어서 쟁점1부동산은 89.2.16자 매매를 원인으로 89.3.31 OOO전자주식회사에 332,000,000원에, 쟁점2부동산은 89.2.14자 매매를 원인으로 89.3.27 주식회사 OOO에 800,000,000원에 양도한데 대하여, 처분청은 쟁점1, 2부동산의 양도차익을 산출함에 있어서 양도가액은 실지거래가액인 1,132,000,000원으로 하고, 토지의 취득가액은 77.1.1 현재의 기준시가인 24,646,900원, 건물의 취득가액은 건물분 실지양도가액을 77.1.1 현재로 환산한 가액인 124,535,655원으로 하여 89.9.4 양도소득세 347,674,610원 및 동방위세 69,534,920원을 부과처분하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 89.10.31 이의신청, 90.1.22 심사청구를 거쳐 90.5.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구1) 쟁점1부동산은 청구인이 72.2.28 신축하여 그 때부터 양도일까지 청구인과 가족들이 함께 살아온 1세대1주택(사택)이므로 쟁점1부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세소득에 해당하는 바, 쟁점1부동산인 위 사택을 양도할 당시 청구인의 처 OOO이 등기부상 소유한 것으로 되어 있었던 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 주택1동(74.7평방미터)은 건축업자인 청구외 OOO에 대한 대여금의 대물변제조로 87.9.4 취득하였다가 위 사택의 양도일 이전인 88.5.15 청구외 OOO에게 양도하여 잔금청산이 이루어졌으나 매수인측 사정으로 위 사택의 양도일까지 매수인 앞으로 소유권이전등기가 경료되지 아니한 것일 뿐 위 사택의 양도일에는 청구인의 세대가 오직 위 사택만을 1주택으로 소유하고 있었으므로 1세대1주택의 양도에 해당하며,

청구2) 처분청은 76.12.31 이전에 취득한 쟁점1, 2부동산의 취득가액을 소득세법 시행령부칙 제9조에 의하여 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 결정하였으면서도 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정하였으나 쟁점1, 2부동산의 취득가액은 실지거래가액이 아닌 기준시가이므로 양도당시 실지거래가액이 확인되었다 하더라도 양도차익은 양도가액 및 취득가액 모두를 기준시가에 의하여 결정하든지 아니면 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 결정하여 과세하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구1)에 대하여 ;

소득세법 제5조

제6호(자)에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 규정하고 있고, 위 “1세대1주택”의 범위에 관하여

같은법시행령 제15조

제1항 본문에서 “1세대1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다”라고 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점사택을 양도할 당시 청구인과 같은 세대원인 청구인의 처 OOO이 서울시 강남구 OO동 OOOOO 소재 주택 1동(74.7평방미터)을 소유하고 있었음이 국세청 전산자료 및 등기부등본에 의하여 확인되므로 쟁점사택이 실제로 주택으로 사용되었는지 여부에 불구하고 이 사택의 양도로 인하여 발생하는 소득은 “1세대1주택”의 비과세소득에 해당된다고 할 수 없다는 의견이고,

청구2)에 대하여 ; 양도소득금액의 조사결정에 관한 규정인

소득세법시행령 제170조

제1항(89.8.1 개정이전의 것)에서 “법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”라고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 부칙 제9조에서는 “76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때는 기준시가)에 의하여 평가한 가액(다만 실지거래된 취득가액에 보유기간에 의한 도매물가 상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가보다 많은 경우에는 그 금액)으로 한다”고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 77.1.1 현재의 시가는 알 수 없고 76.12.31 이전의 실제 취득가액에 실제 취득일로부터 76.12.31까지 기간의 도매물가상승율을 실제 취득가액에 곱하여 계산한 금액을 합산한 금액이 77.1.1 현재의 기준시가보다 작으므로 위 77.1.1 현재의 기준시가를 쟁점1, 2부동산의 취득가액으로 하고 양도가액은 법인과의 거래결과 확인되는 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정한 당초처분에는 달리 잘못이 있다할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건의 다툼은

1) 쟁점1부동산의 양도가 1세대1주택의 양도인지 여부 및

2) 쟁점1, 2부동산 거래에 대하여 양도가액은 실지거래가액, 토지에 대한 취득가액은 77.1.1 현재의 기준시가, 건물에 대한 취득가액은 환산하여 양도차익을 계산하고 과세한 당초처분의 당부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점1)에 대하여 본다.

청구인은 쟁점1부동산인 사택을 72.2.28 신축하여 거주하여 오다가 89.3.31 양도한 것은 1세대1주택의 양도에 해당되므로 양도소득세 비과세대상이라고 주장하면서, 청구인과 같은 세대원인 청구인의 처 명의로 87.9.4 취득하여 등기부상 89.4.20자 매매를 원인으로 89.5.9 청구외 OOO에게 양도한 것으로 되어있는 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO 소재 대지 78.88평방미터, 건물 74.7평방미터(3층연립주택중 2층 201호)는 88.5.15자로 청구외 OOO에게 양도하여 쟁점1부동산의 양도당시에는 쟁점1부동산인 사택1동만을 소유하고 있었으므로 1세대1주택의 양도라고 주장하나, 청구인이 제시하는 계약서등의 신빙성에 의문이 가고 달리 청구주장을 입증할 수 있는 금융자료등의 증빙도 없으므로 이러한 경우에는 등기부등본에 의하여 그 사실관계를 인정함이 타당하다고 할 것인 바, 등기부등본에 의하면 쟁점1부동산인 사택의 양도시점에서 청구인과 같은 세대원인 청구인의 처가 주택1동을 소유하고 있었으므로 1세대2주택에 해당되어 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

나. 쟁점 2)에 대하여 본다.

먼저 이 건 부과처분경위 및 청구인의 주장을 보면,

청구인이 쟁점1, 2부동산중 토지(공장용지) 6,790평방미터를 경기도로부터 연불조건부로 73.9.7 취득한 후 취득전부터 임차하고 있던 위 토지위에 72.2.28 사택건물 275.85평방미터와 공장건물 2,831.56평방미터를 신축하고 72.4.4과 72.8.12 각각 보존등기를 필하고 소유하여 오다가 쟁점1부동산은 89.2.16자 매매를 원인으로 89.3.31 OOO전자주식회사에 332,000,000원에, 쟁점2부동산은 89.2.14자 매매를 원인으로 89.3.27 주식회사 OOO에 800,000,000원에 양도한데 대하여, 처분청은 쟁점1, 2부동산의 양도가액은 실지거래가액인 1,132,000,000원으로 하고, 토지분 취득가액은 77.1.1 현재의 기준시가인 24,646,900원, 건물분 취득가액은 쟁점1, 2부동산의 실지양도가액 1,132,000,000원을 토지가액과 건물가액으로 안분하여 건물의 실지양도가액을 산출한 후 77.1.1 현재로 환산한 124,535,655원으로 하여 쟁점1, 2부동산의 취득가액을 149,182,555원으로 하고 이 건 부과처분하였음을 알 수 있는바, 이에 대하여 청구인은 실지양도가액이 확인된다고 하더라도 쟁점부동산에 대한 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없으므로 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하든지, 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 77.1.1 현재로 환산하여 과세하여야 한다고 주장하고 있다.

다음으로 쟁점1, 2부동산 양도당시 시행되던 관계규정을 보면,

소득세법 제23조

제4항 및

같은법 제45조

제1항은 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있으며,

같은법시행령 제170조

제4항 제1호에서 국가·지방자치단체, 기타법인과의 거래에 있어서는 실지거래가액에 의하도록 하고 있고,

같은법시행령 제170조

제1항에서는 “법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는, 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 위 같은령 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 기준시가는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액으로 하도록 되어있고,

같은법 시행규칙 제56조의 5

제5항에서는 그 환산하는 산식을 규정하고 있는 한편, 소득세법시행령 부칙 제9조(88.12.31 대통령령 제12564호로 개정된 후의 부칙)에는 “76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 76.12.31 이전에 취득한 자산의 실지거래된 취득가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 의한 도매물가상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”라고 규정하고 있는 바,

살피건대, 쟁점1, 2부동산(토지, 건물포함)의 실지양도가액이 1,132,000,000원임에는 다툼이 없고, 다만 토지의 취득가액만이 문제되므로 이를 보면,

쟁점1, 2부동산중 토지의 취득시기는 실제로 73.9.7이나 소득세법 부칙 제16조(88.12.26 법률 제4019호로 개정된 후의 부칙)의 규정에 의하여 77.1.1로 보도록 되어있고, 그 취득가액에 대해서는 전시한 소득세법 시행령 부칙 제9조의 규정에 의하여 77.1.1 현재의 시가를 실지취득가액으로 보아야 할 것이나, 그 시가가 확인되지 아니하므로 결국 토지의 취득가액은 전시한

소득세법시행령 제170조

제1항의 규정에 의하여 같은령 제115조 제1항 제1호 (다)목 및

같은법 시행규칙 제56조의 5

제5항 제1호에서 정한 바에 따라 실지양도가액(쟁점1, 2부동산의 실지양도가액을 토지가액과 건물가액으로 안분한 후의 토지가액)에 의하여 환산한 가액으로 결정하는 것이 타당하다고 할 것이다(동지, 국심 89중2184, 90.2.6등).

따라서 처분청이 이 건 부과처분함에 있어서 양도가액은 실지거래된 가액으로 결정하면서 쟁점1, 2부동산중 토지의 취득가액을 77.1.1 현재의 기준시가(지방세법상의 과세시가표준액)에 의한 가액으로 결정하였음은 관계법령을 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.