이유
본안심리에 앞서 먼저 이 건 심판청구가 적법한 청구인지를 본다.

국세기본법 제55조

제1항을 보면, “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정되어 있고, 같은 조 제4항에는 “심사청구는 그 처분이 있은 것을 안 날 (처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일내에 하여야 한다”고 규정되어 있다.

청구인은 서울특별시 중구 OO로 OO OOOO OO상의 임대용건물의 신축과 관련하여 그 건설용역을 청구외 OO건설(주)로부터 제공받고, 관련 매입세금계산서를 93.9.30. (공급가액 110,000,000원, 이하 “쟁점①세금계산서”라 한다) 및 93.10.30. (공급가액 120,735,841원, 이하 “쟁점②세금계산서”라 한다)에 각각 교부받아 94.2.15. 93년 제2기 확정분 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고시 그 매입세액을 공제하여 23,073,584원을 환급신청한 사실이 있다.

이에 대하여 처분청은 위 세금계산서중 쟁점①세금계산서는 그 공급시기가 93년 제1기에 해당하는 용역제공분에 대한 것으로서 그 과세기간이 다르다 하여, 쟁점②세금계산서의 경우 그 공급가액중 77,809,425원 (공사대금중 잔금해당액)을 제외하고는 그 공급시기가 다르다 하여 관련 매입세액의 공제를 배제함과 동시에 신고누락한 임대수입금액 (공급가액 8,948,567원) 등을 감안하여 과세표준 및 세액을 경정한 후 94.3.10. 환급신청액중 일부인 6,907,253원만을 환급하였다.

한편, 청구인은 위 처분에 대한 법소정의 불복청구기간이 지난 95.9.23.에 이르러 쟁점①, ②세금계산서가 부가가치세법에서 정한 바에 따라 발행교부된 정당한 것으로서 그 매입세액을 공제하여 환급하여 줄 것을 요구하는 고충처리신청을 하였고, 처분청은 동 시청에 대하여 95.10.13. 청구인의 주장중 일부를 인정하여 매입세액 23,073,584원중 11,773,584원을 환급하는 것으로 결정하고 이를 청구인에게 통지하였으며, 이 통지를 받은 청구인은 처분청의 통지내용에 이의가 있다 하여 95.11.22. 심사청구를 거쳐 96.1.30. 이 건 심판청구를 하였다.

살피건대,

청구인은 처분청의 94.3.10.자 부가가치세 경정처분에 대하여

국세기본법 제55조

제4항 소정의 청구기간이 경과한 상태에서 95.9.23.에 이르러 고충처리신청을 하였으나, 이는 세법 또는 국세기본법에 보장된 납세자의 권리에 의한 신청·청구 등이 아니므로, 비록 처분청이 청구인의 위 신청을 전부 수용하지 아니하고 그 일부만 수용하였다 하더라도 이로 인하여 세법 또는 국세기본법이 보장하고 있는 청구인의 권리 또는 법적 이익이 침해당하였다고 볼 수는 없다 하겠다.

따라서, 처분청의 95.10.13.자 통지를 권리 또는 법적 이익을 침해받은 처분으로 보아 심사청구를 거쳐 이 건 심판청구한 것은 세법 또는 국세기본법에 의한 처분이 아닌 것에 대하여 제기한 부적법한 청구로 판단되는 바,

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.