이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.2. OOO외 1필지 토지 OOO㎡ 및 그 지상건축물 OOO㎡(주택, 근린생활시설, 이하 “이 건 제1부동산”이라 한다)와 같은 동 OOO토지 OOO㎡와 그 지상건축물 OOO㎡(근린생활시설, 이하 “이 건 제2부동산”이라 하고, 이 건 제1부동산을 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고, 주택용 건축물 OOO㎡와 그 부속토지 OOO㎡(이하 “이 건 부속토지”라 한다)에 대하여는 법인이 취득하는 주택으로 보아

「지방세법」(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다)제13조의2

제1항 제1호의 중과세율(1천분의 120)을 적용하고, 근린생활시설에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등 신고 납부 현황

(단위 : ㎡, 원)

나. 청구법인은 2021.12.20. 이 건 부동산에 소재하는 종전 건축물을 철거하고 그 지상 토지 OOO㎡(이 건 부속토지를 포함하며, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 근린생활시설용 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하였다.

다. 청구법인은 2021.12.23. 이 건 건축물의 취득가격 OOO원을 본점용과 임대용으로 안분하여 본점용으로 사용하는 OOO㎡(28.07% 이하 “본점용 건축물”이라 한다)에 대하여는

「지방세법」제13조

제1항의 중과세율(1천분의 68)을, 임대용 건축물 OOO㎡에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제3호의 표준세율(1천분의 28)을 각각 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고하였다.

또한, 같은 날 이 건 토지 OOO㎡ 중 본점용 건축물의 부속토지인 OOO㎡(28.07%, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 그 취득가격을 OOO원으로 하고, 여기에

「지방세법」제13조

제1항의 중과세율(1천분의 80)을 적용하여 산출한 세액에서 1천분의 40에 상당하는 세액을 차감한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고하였다.

라. 청구법인은 2022.3.15. 이 건 제1부동산을 취득할 당시 그 주택에 대하여 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였고, 여기에는 이 건 부속토지(OOO㎡)에 대한 중과 부분도 당연히 포함되어 있으므로 이 건 취득세 등은 이미 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세를 납부한 이 건 부속토지에 대하여 다시 중과세율(1천분의 80)을 적용한 것으로 사실상 이중과세에 해당한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.4.1. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 근린생활시설(본점용 건축물 등)을 신축하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 것으로, 이 건 제1부동산에 소재하는 주택을 주거용으로 사용하기 위한 것이 아님에도 이를 법인이 취득하는 주택으로 하여 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(2) 대도시 내 본점용 건축물의 부속토지인 쟁점토지(OOO㎡)에 대해서는

「지방세법」제13조

제1항에 따라 1천분의 80을 세율로 하여 산출한 취득세를 납부하면 되는 것인데, 청구법인은 쟁점토지 OOO㎡ 중 이 건 부속토지에 해당하는 OOO㎡에 대하여는 이미 1천분의 120을 세율로 하여 산출한 취득세 등을 납부하였는바, 이에 대하여 다시 취득세를 납부하도록 하는 것은 사실상 이중과세에 해당하고, 나머지 OOO㎡OOO의 취득가격은 OOO원으로

「지방세법」제17조

제1항에 따른 면세점(OOO원) 이하이므로 쟁점토지는 취득세 부과 대상이 아니라 할 것임에도 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)

「지방세법 시행령」제28조의2

제8호 나목에서「도시 및

주거환경정비법」제2조

제8호에 따른 사업시행자 등과 같은 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택에 한하여 법인이 취득하는 주택에 대한 취득세 중과 예외 대상으로 규정하고 있고, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 엄격하게 해석하여야 하므로 청구법인이 이 건 부동산에 소재하는 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하기 위하여 이 건 제1부동산을 취득한 것이라 하더라도 그 주택용 부동산에 대하여 취득세 중과세를 제외할 수는 없다.

(2) 따라서, 청구법인이 이 건 부속토지(OOO㎡)에 대하여

「지방세법」제13조의2

제1항 제1호에서 규정한 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다 하더라도 청구법인이 이 건 토지에 본점용 건축물 등을 신축하여 쟁점토지(OOO㎡)가 대도시 내 본점용 건축물의 부속토지가 된 이상 이에 대하여는 별도의 취득세 납세의무가 성립한다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대도시 내 주택을 취득하여 중과세율(1천분의 120)로 산출한 취득세를 납부한 후, 그 주택의 부속토지(OOO㎡)에 본점용 건축물을 신축한 경우 이를 대도시 내 본점용 건축물의 부속토지로 보아 취득세 중과세율(1천분의 80)을 적용한 것이 적법한지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.8.23. OOO을 본점소재지로 하고, 환경, 위생, 식품 분석사업, 의약품 판매업 등을 목적사업으로 설립하였다.

(나) 청구법인은 2021.3.2. 이 건 부동산을 취득한 후 주택(부속토지를 포함한다. 이하 같다)에 대하여는

「지방세법」제13조의2

제1항 제1호의 중과세율(1천분의 120)을, 근린생활시설에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 각각 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2021.12.20. 이 건 부동산의 소재지인 OOO외 2필지 OOO㎡에 이 건 건축물 OOO㎡를 신축한 후, 그 중 OOO㎡(28.07%, 4·5층)는 본점으로, 나머지 OOO㎡(71.93%, 지하 1층~지상 3층)는 임대용으로 사용하는 것으로 하여 2022.2.18. 이 건 건축물 중 본점용 건축물은

「지방세법」제13조

제1항의 중과세율(1천분의 68)을, 나머지 임대용 건축물은 같은 법 제11조 제1항 제3호의 표준세율(1천분의 28)을 각각 적용하여 아래 ＜표2＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표2＞ 이 건 건축물에 대한 취득세 신고· 납부 현황

(단위 : ㎡, 원)

또한, 같은 날 쟁점토지 OOO㎡를 본점용 건축물의 부속토지로 보아 이 건 부동산의 취득가격(OOO원)을 쟁점토지의 시가표준액 비율(27.51%)로 안분한 OOO원을 과세표준으로 하고,

「지방세법」제13조

제1항의 중과세율(1천분의 80)을 적용하여 산출한 세액에서 1천분의 40을 세율로 하여 산출한 세액(청구법인이 납부한 것으로 간주)을 차감한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인이 주택의 부속토지로 보아 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부한 면적은 OOO㎡이고, 본점용 건축물의 부속토지(쟁점토지)로 산출한 면적은 OOO㎡로서 그 차이는 OOO㎡이고, 이를 이 건 토지의 OOO㎡ 당 취득가격 OOO원으로 안분하면 그 취득가격은 OOO원인 것으로 나타난다.

(2)

「지방세법」제13조

제1항에서

「수도권정비계획법」제6조

에 따른 과밀억제권역에서 본점사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우 취득세율은 제11조의 표준세율에 중과기준세율(1천분의 20)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제13조의2 제1항 제1호에서 법인이 주택을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율(1천분의 20)의 100분의 400을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

또한,

「지방세법」제16조

제1항 제1호에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제1항에서 취득가액이 OOO원 이하 일 때에는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 부속토지(OOO㎡)에 대하여

「지방세법」제13조의2

제1항 제1호에 따라 1천분의 120을 세율로 하여 산출한 취득세 등을 납부한 점,

「지방세법」제16조

제5항에서 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지(OOO㎡)에 대하여 법인이 취득하는 주택의 취득세율(1천분의 120)과 대도시 내 본점용 건축물의 신축에 따른 취득세율(1천분의 80)이 경합하는 경우 그중 높은 세율(1천분의 120)을 하나만을 적용하는 것이 타당한 점 등에 비추어 쟁점토지(OOO㎡) 중 이 건 부속토지에 해당하는 OOO㎡는 그 취득일부터 5년 이내에 대도시 내 본점용 건축물을 신축하여 그 부속토지가 되었다고 하더라도

「지방세법」제16조

제1항에 따른 취득세 추징대상에 해당되지 않는다고 보는 것이 타당하다.

한편, 쟁점토지(OOO㎡)에서 이 건 부속토지(OOO㎡)를 차감한 OOO㎡에 대하여는 청구법인이

「지방세법」제11조

제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등을 납부하였고,

「지방세법」제16조

제1항 제1호에서 토지를 취득한 후 5년 이내에 해당 토지가 대도시 내 본점용 건축물의 부속토지가 되는 경우 중과세율(1천분의 80)을 적용한다고 규정하고 있으므로 이에 대하여는 그 차이 세액을 추가로 납부하여야 할 것이다.

다만,

「지방세법」제17조

제1항에서 취득가액이 OOO원(면세점) 이하일 때에는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 위의 OOO㎡에 대한 취득가액은 OOO원으로 취득세 면세점 이하이므로 이에 대하여는 취득세를 부과할 수 없다고 하겠다.

(4) 따라서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

제6조[정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[

「주택법」 제2조

제1호의 주택으로서「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서나「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. (이하 생략)

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ①

「수도권정비계획법」제6조

에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

제13조의2[법인의 주택 취득 등 중과] ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(

「국세기본법」제13조

에 따른 법인으로 보는 단체,

「부동산등기법」제49조

제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

제16조[세율 적용] ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

⑤ 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다.

제17조[면세점] ① 취득가액이 50만원 이하일 때에는 취득세를 부과하지 아니한다.