이유
1. 원처분 개요

청구인은 청구외 OOO과 공동으로 89.3.3 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 대지 822.7㎡를 취득하여 89.4.25 건축허가를 받아 동 지상에 근린생활 시설 4,568.8㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 분양하면서 분양계약서상 “분양가액 중 토지와 건물가액의 안분은 국세청특정지역 기준시가에 의한다”라고 약정하고 이에 따라 총 분양가액 4,030,415,000원을 안분계산한 후 건물공급가액을 2,161,674,583원으로 하여 이에 대한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점부동산 분양계약서상 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 지방세법상 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 건물공급가액 3,003,950,820원을 과세표준으로 보아 93.3.15 청구인에게 89년도 제2기분 부가가치세 104,846,230원을 추가로 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.4.1 심사청구를 거쳐 93.5.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 청구인과 같은 중소규모 부동산 분양업자의 경우 부동산(쟁점부동산: 점포 44개)을 분양하면서 토지가액과 건물가액을 먼저 결정하여 분양가액을 결정하는 것이 아니라 그때 그때 형편에 따라 피분양자와 분양가액 만을 결정하여 분양계약을 체결하게 되므로 분양가액 중 토지가액과 건물가액을 구분할 기준이 필요하여 분양계약서상 “분양가액 중 토지와 건물가액의 안분은 국세청 특정지역 기준시가에 의한다”라고 약정하고 이에 따라 안분계산된 건물 가액에 대한 부가가치세를 분양계약서의 분양가액 바로 밑에 별도로 명기하여 계약금·중도금·잔금 수령시 이를 각각 징수하고 세금계산서를 발행·교부한 후 장부에 기장하여 부가가치세를 신고·납부하였으므로 청구인이 신고한 건물공급가액 2,161,674,583원이 실지거래가액임이 분명함에도 불구하고 처분청이 분양계약서상 토지가액과 건물가액이 구분기재되어 있지 아니하다는 이유 하나만으로 그 가액의 구분이 불분명하다고 단정하여 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산한 가액을 이 건 건물공급가액으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

국세청장은 청구인이 신고한 건물가액(2,161,674,583원)이 실지거래가액이라고 볼만한 제장부 및 분양대금 수수내용을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하고 있지 않은 점 등으로 미루어 볼 때 청구인이 분양계약서에 명시한 토지가액과 건물가액의 안분계산방법은 토지가액을 과다계상하여 상대적으로 건물가액을 과소계상하려는 의도가 있다고 보여지므로 이에 따라 안분계산된 건물가액을 실지거래가액이라고 보기는 어렵다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 처분청이 쟁점부동산 분양가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 건물가액을 안분계산하여 과세한 당초처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

①

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

② 위 규정은 건물공급에 대한 부가가치세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하고, 다만 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 한하여 예외적으로 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산할 수 있는 것임을 규정한 것이고 이 때 실지거래가액이라 함은 납세자가 비치하고 있는 장부나 증빙서류에 의하여 확인될 수 있는 합리적인 가격을 의미하는 것으로 해석되며 이를 분명하게 하기 위하여 90.12.31 같은 법 같은 조 제4항을 신설하여 입법화한 것으로 보아야 할 것이다.(국심 91서2294, 92.2.27 같은 뜻임)

다. 위 다툼에 대하여 본다.

첫째, 청구인이 제시한 쟁점부동산의 원 분양계약서를 보면 그 제1조 제2항에서 “분양대금 중 토지와 건물가액의 안분은 국세청 특정지역 기준시가에 의한다”라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 부가가치세는 별도라고 규정하고 있으며, 그 제2조 제1항에는 분양금액이 기재되어 있고 그와 별도로 부가가치세가 기재되어 있음을 알 수 있는 바, 이는 토지는 부가가치세 면세재화이고 건물은 과세재화이므로 분양대금 중 건물공급가액을 구분하기 위한 것으로 보아야 할 것이다.

둘째, 청구인은 피분양자들과 위와 같이 쟁점부동산(점포 및 사무실 : 44개)에 대한 분양계약을 체결하고 이에 따라 총분양가액 4,030,415,000원을 토지가액 1,868,740,417원, 건물가액 2,161,674,583원으로 안분계산한 후 건물 공급가액에 대한 부가가치세를 피분양자들로부터 계약금·중도금·잔금 수령시 각각 징수하고 세금계산서를 발행·교부하였을 뿐만 아니라 이를 장부에 기장하고 부가가치세를 신고 납부하였음이 청구인이 제시한 장부 및 세금계산서와 처분청의 부가가치세 세적관리카드에 의하여 확인된다.

셋째, 청구인의 주소지 관할세무서인 남대구세무서가 청구인의 89년 귀속 소득세를 실지조사결정하면서 청구인이 신고한 장부기장내용을 그대로 인정하였음이 남대구세무서의 소득세 결정결의서에 의하여 확인된다.

넷째, 장부상 토지취득가액은 2,158,833,570원(취득비용 포함)[당심판소 심판결정(국심 91구171, 91.3.8)에서는 2,028,261,308원으로 봄. 89.1.20을 기준으로 한 한국감정원 감정가액은 1,859,097,424원임. 위 두 가액은 취득비용이 포함되지 아니한 가액임]인데 토지분양가액은 1,868,740,417원으로서 취득가액의 86.6% 밖에 되지 아니한 반면 장부상 건물취득원가는 1,659,258,619원(1평당: 1,200,621원)인데 건물분양가액은 2,161,674,583원(1평당: 1,564,163원)으로서 취득원가의 130.2%인 점으로 보아 청구인이 총분양가액 4,030,415,000원(이에 대하여 서로 다툼이 없음)중 토지가액을 과다계상하여 상대적으로 건물가액을 과소계상하므로서 건물공급에 대한 부가가치세를 부당하게 과소신고한 것이라고 볼 수도 없다 할 것이다.

위의 사실들을 모두어 보면 청구인이 신고한 건물공급가액 2,161,674,583원은 분양계약서 및 세금계산서와 비치기장한 장부 등에 의하여 실지거래가액임이 확인됨에도 불구하고 처분청이 이를 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아 건물가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 과세한 당초처분은 사실관계조사를 소홀히 한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.