임대사업자등록이 자동말소되어, 쟁점주택은 종부세 과세기준일 현재 종부세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려움

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2009.12.11. OOO에 소재한 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다) 131채를 일괄 매입한 후, 2009.12.16. 처분청에 사업자등록을 하였고, 2010.1.14. 충청남도 금산군청에 임대사업자등록을 하였으며, 2010.1.18.부터 2021.1.19.까지 쟁점아파트 131채 중 86채를 양도하였다. 나. 충청남도 금산군청은 2021.1.19. 「민간임대주택에 관한 특별법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제6조 제5항에 따라 청구법인이 보유한 쟁점아파트 45채에 대한 임대사업자등록을 말소하였다. 다. 처분청은 충청남도 금산군청으로부터 청구법인의 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록 말소사실을 통보받아, 쟁점아파트를 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에 포함하여 2023.7.20. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2021·2022년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 경정·고지하였다. ＜표1＞ 종합부동산세 등 고지내역 (단위 : 채, 원)

과세기간	과세기준일	과세표준에 포함된 쟁점아파트 수	고지세액
2021년	2021.6.1.	44	OOO
2022년	2022.6.1.	41	OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.17. 이의신청을 거쳐 2024.2.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 설립 당시 적용되던 법률을 믿고 주택임대사업을 시작하였는바, 개정된 법령을 근거로 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 것은 신뢰보호 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다. (가) 청구법인은 매입임대사업자 적용 요건을 모두 갖추고 임대사업을 영위하였음에도 충청남도 금산군청은 개정된「민간임대주택에 관한 특별법」을 근거로 청구법인이 보유한 쟁점아파트에 대한 임대사업자등록을 말소시켰다. (나) 처분청은 쟁점아파트에 대한 임대사업자등록이 말소되었다는 이유로 청구법인이 보유한 쟁점아파트를 종합부동산세 합산배제 대상 주택에서 제외하였으나, 청구법인이 쟁점아파트를 매입한 시점은 「민간임대주택에 관한 특별법」이 개정되기 전이므로 청구법인의 신뢰를 보호해야 한다. 통상적으로 개정 법령은 시행일 이후부터 적용되는바, 시행일 이후 매입한 주택 중 임대사업자등록이 불가능한 주택만 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외함이 타당하다. (2) 청구법인이 쟁점아파트를 보유하고 있다는 사실만으로 고액의 종합부동산세를 부과하는 것은 비례의 원칙에 위배된다. 청구법인이 쟁점아파트를 통해 벌어들인 수입은 2021년 기준 OOO원(부동산 매매수입 OOO원, 임대료 수입 OOO원), 2022년 기준 OOO원(부동산 매매수입 OOO원, 임대료 수입 OOO원)에 불과하였고, 청구법인은 2021년과 2022년에 계속해서 당기순손실이 발생하였음에도, 처분청은 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원을 부과하였는바, 이는 수입에 비례하여 세금이 부과되어야 한다는 조세의 기본 원칙에 위배된다. (3) 청구법인은 임대사업용 부동산인 쟁점아파트를 이용하여 벌어 들인 수입에 대해 법인세 납세의무를 부담하고 있는바, 처분청에서 청구법인이 쟁점아파트를 보유하고 있다는 이유만으로 청구법인에게 종합부동산세를 추가 부과하는 것은 이중과세금지 원칙에 위배된다. 나. 처분청 의견 「민간임대주택에 관한 특별법」이 개정되어 2020.8.18.부터 시행됨에 따라 충청남도 금산군청은 2021.1.19. 청구법인의 쟁점아파트에 대한 임대주택 사업자등록을 말소하였다. 「종합부동산세법 시행령」제3조 에 따른 합산배제 임대주택이란 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자가 등록한 주택을 의미하는데, 청구법인이 보유한 쟁점아파트는 2021·2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 등록된 임대주택이 아니므로 이를 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택으로 보아 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 보유한 쟁점아파트가 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2009.12.11. 충청남도 금산군에 위치한 쟁점아파트 131채에 대한 매매계약을 체결하여 소유권을 취득한 후 아래 ＜표2＞와 같이 매각하였다. ＜표2＞ 청구법인의 쟁점아파트 취득 및 매각내역 (단위 : 채)

기간	취득 주택수	매각 주택수	매각 후 보유주택 수
2009.12.11.	131
2010.1.18.~2015.1.17.		3	128
2015.1.18.~2021.1.19.		83	45
2021.1.20.~2021.6.1.		1	44
2021.6.2.~2022.6.1.		3	41
2022.6.2.~2023.11.1.		2	39

(2) 쟁점아파트 제101동 제102호에 대한 등기사항전부증명서의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같은데, 청구법인이 보유한 나머지 쟁점아파트의 등기사항도 이와 동일한 것으로 확인된다. ＜표3＞ 쟁점아파트 제101동 제102호의 주요 등기사항

＜표제부＞
표시 번호	접수	건물번호	건물내역	등기원인 및 기타사항
1	1997.10.16.	제1층 제102호	철근콘크리트조 49.8㎡	도면펼철장 제29책73장
＜갑구＞(소유권에 관한 사항)
순위 번호	등기목적	접수	등기원인	권리자 및 기타사항
1	소유권보존	1997.10.16. 제15058호		소유자 ㈜상호
2	소유권이전	2007.1.17. 제873호	2006.12.13. 신탁	수탁자 대한주택보증㈜
5	소유권이전	2010.1.18. 제676호	2009.12.11. 매매	소유자 청구법인

(3) 처분청에서 2024.2.26. 발행한 사업자등록증명원에 의하면 청구법인은 2009.12.16. 업태를 ‘부동산업’, 종목을 ‘주택임대/부동산매매업’으로 하여 처분청에 사업자등록을 한 것으로 확인된다. (4) 충청남도 금산군청이 발행한 임대사업자등록증을 보면 청구법인은 2010.1.14. 쟁점아파트 131채를 매입임대주택으로 하여 임대사업자등록을 하였는데, 2021.1.19. 청구법인이 보유하고 있는 쟁점아파트 45채에 대한 임대사업자등록이 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 의거 자동말소된 것으로 확인된다. (5) 처분청의 2021·2022년 귀속 종합부동산세 등의 부과처분 내역은 아래 ＜표4＞·＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 2021년 귀속 종합부동산세 등 부과처분 내역 (단위 : 천원)

세목	구분	주택
종합 부동산세	과세물건수	46*
	공정시장가액비율(%)	95.00
	과세표준	OOO
	세율(%)	6.00
	종합부동산세액	OOO
	공제할 재산세액	OOO
	산출세액	OOO
	세부담상한 초과세액	OOO
	결정세액	OOO
	가산세	OOO
	기납부세액	OOO
	차감고지세액	OOO
농어촌 특별세	과세표준	OOO
	세율(%)	20.00
	결정세액	OOO
	기납부세액	OOO
	차가감고지세액	OOO
합계		OOO

* 청구법인은 2021.6.1. 기준 쟁점아파트 44채 외에도 경기도 평택시에 2채의 주택을 보유함 ＜표5＞ 2022년 귀속 종합부동산세 등 부과처분 내역 (단위 : 천원)

세목	구분	주택
종합 부동산세	과세물건수	42*
	공정시장가액비율(%)	60.00
	과세표준	OOO
	세율(%)	6.00
	종합부동산세액	OOO
	공제할 재산세액	OOO
	산출세액	OOO
	세부담상한 초과세액	OOO
	결정세액	OOO
	기납부세액	OOO
	차감고지세액	OOO
농어촌 특별세	과세표준	OOO
	세율(%)	20.00
	결정세액	OOO
	기납부세액	OOO
	차가감고지세액	OOO
합계		OOO

* 청구법인은 2022.6.1. 기준 쟁점아파트 41채 외에도 경기도 평택시에 1채의 주택을 보유함 (6) 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」의 주요 개정 내용은 아래 ＜표6＞과 같은데, 해당 법률에 따르면 아파트를 민간임대주택 등록대상에서 제외하면서, 법률의 시행 전에 임대주택으로 등록된 아파트의 경우 임대의무기간 종료일에 임대사업자등록을 말소하는 것으로 되어 있다.

2020.8.18. 법률 제17482호로 개정 전의 법률

2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 5.“장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다. 6. 삭제 ＜2020. 8. 18.＞ 제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한날 등록이 말소된다. ＜신설＞ 부칙 ＜법률 제17482호, 2020.8.18.＞ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

＜표6＞ 2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」의 주요 개 정 내용 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 종합부동산세 합산배제 대상인 임대주택에 해당하기 위해서는 세법에 따른 사업자등록 뿐만 아니라 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자로 등록하여야 할 것이나, 청구법인은 2010.1.14. 관할구청에 임대사업자로 등록하였다가, 2020.8.18. 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제5항에 따라 2021.1.19. 등록이 말소되어 이 건 종합부동산세 과세기준일 현재 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하는 점(조심 2020서2204, 2022.5.10., 같은 뜻임), 청구법인은 종합부동산세법령에 따른 이 건 처분이 이중과세금지의 원칙·비례의 원칙에 위배된다고 주장하나, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당하지 아니한다(조심 2010중1973, 2010.7.29. 외, 다수 같은 뜻임)고 할 것이고, 헌법재판소는 처분의 근거가 된 법률에 대하여 위헌결정을 하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 2021·2022년 귀속 종합부동산세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2020.12.29. 법률 제17760호로 일부개정된 것) 제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 ③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31447호로 일부개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 다. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[ 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다. (3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다. 6. 삭제 ＜2020.8.18.＞ 7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택 3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. ＜개정 2020. 8. 18.＞ 부칙 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.