이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 2009.3.31. OOO OOOO(이하 “분할법인”이라 한다)로부터 인적분할하여 설립된 법인으로, 동 일자로 OOOO OOO OOO OOO OOOOOOO외 1필지 임야 5,760㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 2009.4.27. 이 건 부동산을 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호의 법인분할 요건을 갖추고 취득하는 재산으로 보아 취득세 등 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 상기「조세특례제한법」규정상 면제대상 재산은 유형고정자산에 한정된다는 이유로, 재고자산에 해당하는 이 건 부동산은 면제대상이 아닌 것으로 보아 감면신청을 반려하였고, 이에 따라 청구법인은 2009.4.30. 취득세 3,079,230원, 농어촌특별세 307,920원, 등록세 2,309,420원, 지방교육세 461,880원, 합계 6,158,450원을 자진신고·납부(등록세, 지방교육세는 2009.7.3. 납부)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.12. 이의신청(취득세 및 농어촌특별세)을 거쳐 2009.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 부동산은 분할되기 전부터 제조업을 영위하기 위해 공장신설승인을 받았으며, 분할목적도 건설업과 제조업 관련 사업부문을 별도로 관리운영하기 위해 분할한 것인바, 거래의 실질내용은 유형자산인 이 건 부동산을 분할에 따라 단순히 소유권을 이전한 것이며, 납세의무성립일(2009.3.31.) 현재에 단지 재고자산으로 승계받았다고 하여 취득세 등을 부과하는 것은 부당하고, 또한, 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에 규정하는 법인분할 요건을 갖추고 취득하는 재산은 유형고정자산에 한정되지 아니함에도 이를 유형고정자산에 국한하여 해석하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOOOO OOOO(O OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO)에서도 일관되게「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호의 규정에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 사업용재산이라고 함은 유형고정자산에 한하여 면제대상이 된다고 하고 있는 바, 청구법인이 이 건 부동산을 2009.4.1. 유형고정자산인 토지계정으로 대체하였다 하더라도 납세의무 성립일(2009.3.31.) 현재에는 장부상 재고자산으로 부기되어 있어, 이는「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에 규정하는 감면대상인 사업용재산에 해당하지 아니하므로 청구법인이 신고·납부한 사항은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 부동산이「조세특례제한법」제119조 제1항 및 제120조 제1항 규정에 의한 법인분할 요건을 갖추어 취득하는 재산에 해당하여 취득세 및 등록세를 면제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 (1) 지방세법
제74조【심사청구 및 심판청구】①이의신청을 거친 후에 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 도지사의 결정에 대하여는 OOOOOO에게 심판청구를, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사에게 심사청구를 하거나 OOOOOO에게 심판청구를 하여야 한다.
③이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세〔도세 중 공동시설세 및 시ㆍ군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세ㆍ광역시세 중 특별시분 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다〕에 있어서는 OOOOOO에게 심판청구를, 시ㆍ군세〔도세 중 공동시설세 및 시ㆍ군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세ㆍ광역시세 중 특별시분 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다〕에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 OOOOOO에게 심판청구를하여야 한다.

제77조【결정 등】⑤ 제72조 제1항에 따른 심판청구에 관하여 이법에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법 제7장 제3절을 준용한다.

(2) 국세기본법

제65조【결정】①심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.
1.심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있은 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】제61조 제3항 및 제4항ㆍ제63조ㆍ제65조와 제65조의 2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제63조 제1항 중 “20일내의 기간”은 이를 “상당한 기간”으로 한다.

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제119조 【등록세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호ㆍ제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
10.법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기

제120조 【취득세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호ㆍ제24호 및 제25호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.
9.법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산

(4) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)

제46조 【분할평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각호의 요건을 갖춘 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것
2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율 이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것
3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

(5) 법인세법 시행령(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의것)

제82조 【분할평가차익상당액의 손금산입】① 법 제46조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 자산”이란 사업용 유형고정자산을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 본다.

(가) 등기부등본 등 관련자료에 의하면, 이 건 부동산은 OOOO OOO OOO OOO O OOOOOO 4,276㎡와 같은 곳 산 117-17 1,484㎡로, 청구법인은 2009.3.31. 분할법인인 OOO 주식회사로부터 인적분할하여 설립되면서 동일자로 이 건 부동산 취득하였고, 2009.4.27. 이 건 부동산이 법인분할 요건을 갖추고 취득한 사업용재산이라 하여「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에 의거 취득세 등을 감면신청하였으나, 처분청은 이 건 부동산이 감면대상이 되는 유형고정자산이 아닌 재고자산에 해당한다 하여 감면신청을 반려하였다.

(나) 2009.4.30. 청구법인은 취득세 및 등록세 등을 신고하면서 취득세 및 농어촌특별세는 동 일자로 납부하였고, 2009.6.12. 청구법인은 2009.4.30. 신고·납부한 취득세 및 농어촌특별세 합계 3,387,150원에 대해 OOOOOO에게 이의신청 청구서를 접수한 사실이 관련 공문 등에 나타난다.

(다) 2009.7.3. 청구법인은 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였고, 동 일자로 2009.4.30. 신고 후 무납부한 등록세 및 지방교육세 납부한 사실이 등기부등본 및 납부서에 의해 확인된다.

(라) 2009.7.31. OOOOOO는 상기 청구법인의 이의신청 사항에 대해 기각 결정(2009.8.6. 결정서 수령)을 하였고, 2009.10.27. 청구법인은 동 이의신청결정에 불복하여 이 건 심판청구를 제기하면서 등록세 및 지방교육세를 불복이유에 추가한 사실이 이의신청결정서 및 심판청구서에 의해 확인된다.

(마) 한편, 청구법인 현황을 보면, 사업목적은 신재생에너지사업, 난방시공업, 도매업, 무역업, 기타 부대 사업 등이고, 임원은 OOO(OOOO), OOO(OOOO), OOO(OOOO), OOO(OO)으로 구성되어 있으며, 분할대차대조표상 청구법인이 양수받을 자산금액은 일금 542,338,951원으로 나타나고, 청구법인 인수할 재고자산(건설용지)은 이 건 과세표준 해당액인 153,961,902원으로 관련증빙자료상 나타난다.

(2) 청구법인은 이 건 부동산은 분할되기 전부터 제조업을 영위하기 위해 공장신설승인을 받았으며, 분할목적도 건설업과 제조업 관련 사업부문을 별도로 관리운영하기 위해 분할한 것인바, 거래의 실질내용은 유형자산인 이 건 부동산을 분할에 따라 단순히 소유권을 이전한 것이며, 납세의무성립일(2009.3.31.) 현재에 단지 재고자산으로 승계받았다고 하여 취득세 등을 부과하는 것은 부당하고, 또한,「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에 규정하는 법인분할 요건을 갖추고 취득하는 재산은 유형고정자산에 한정되지 아니함에도 이를 유형고정자산에 국한하여 해석하는 것은 부당하다고 주장한다.

(3) 「법인세법」 제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제82조 제1항은 당해 분할이「법인세법」제46조 제1항 각호의 요건을 갖출 경우 유형고정자산에 대한 분할평가차익을 손금에 산입함으로써 법인세를 과세이연할 수 있다는 규정으로, 「법인세법」제46조 제1항 각호 외의 부분 및 같은 법 시행령 제82조 제1항은 손금산입을 통한 과세이연이라는 법적효과를 규정하면서 그 법적 효과가 미치는 범위를 유형고정자산으로 한정하고 있는데, 이는 「법인세법」제46조 제1항 각호라는 요건에 대한 효력부여라 할 수 있겠다.

반면,「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호는 그 요건으로 「법인세법」제46조 제1항 각호(분할요건)만을 준용하면서 그 효과로서 분할로 인하여 취득하는 재산에 대한 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 관련법령의 해석상「법인세법」제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제82조 제1항과 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호는 그 요건만 동일할 뿐, 법적효과의 내용과 적용범위를 달리하는 별개의 규정인 점, 법인세 과세이연의 대상 내지 범위와 취득세 및 등록세 면제 대상 내지 범위를 동일하다고 볼 수 없는 점, 처분청이 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에 규정하는 “재산”의 의미를 법인세 과세이연과 관련한 효과규정(법인세법 시행령 제82조 제1항)을 적용하여 판단한 점, 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호에서 취득세 및 등록세를 면제하는 취지가 경제적 실질상으로는 변동이 없는 법인분할에 대해서는 재산이전에 따른 취득세 등을 부과할 필요가 적고 기업구조조정 수단으로 기업분할을 장려하고자 하는데 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호 규정에 의거 취득세 및 등록세가 면제되는 재산의 범위는 유형고정자산에 한정되지 아니하고 취득세 및 등록세의 과세대상이 되는 모든 재산을 의미한다고 봄이 타당하다 할 것이므로,

이 건 부동산이 재고자산인지 사실상 유형고정자산인지 여부 등은 판단할 필요도 없이「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호 규정에 의거 취득세 및 등록세가 면제되는 재산으로 보아 청구주장을 인정하는 것이 타당하다 하겠다.

(4) 다만,「지방세법」제74조 제2항에서는 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 OOOOOO에게 심판청구를 제기하도록 규정하고 있는바, 등록세 및 지방교육세에 대한 심판청구의 경우 청구법인이 납부일(2009.7.3., 신고일은 2009.4.30.)부터 90일 이내에 이의신청을 제기한 사실도 없이, 기 이의신청을 거친 취득세 및 농어촌특별세 신고·납부분에 대한 이 건 심판청구에 부가하여 불복을 제기한 사실이 있으므로, 등록세 및 지방교육세에 대한 이 건 심판청구는 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당한다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.