이유
1. 사실

청구법인은 인천직할시 남구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 OO건설 공사업을 영위하는 법인으로 보유하고 있던 충청남도 천원군 성지면 OO리 OOOOO외 11필지의 토지 35,251평방미터(그 지목은 임야 및 잡종지로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 87.9.19 양도하고, 88.3. 법인세 신고시 쟁점토지의 양도가액을 746,439,400원으로 하여 그 양도차익에 대한 법인세(특별부가세 포함) 및 동방위세도 신고납부하였으나, 처분청이 쟁점토지의 거래에 대한 세무조사를 실시하여 그 양도가액을 1,019,700,000원으로 확정한(양도가액에 273,260,600원을 추가함)후 89.12.16 87사업년도분 법인세(특별부가세 포함) 253,696,280원 및 동방위세 47,258,330원을 경정고지하자, 이에 불복 90.2.2 심사청구를 거쳐 90.4.27 이 건 심판청구를 제기한 것이다.

2. 청구주장

청구법인은 87.9.18 청구외 OOO에게 쟁점토지를 746,439,400원에 양도하고 쟁점토지의 양도에 따른 87사업년도분 법인세(특별부가세 포함) 및 동방위세를 88.3.31 자진신고납부하였는데 처분청이 쟁점토지의 양도와 관련 위 매매대금외에 세금조로 273,260,600원을 추가로 받았다고 보아 그 양도대금을 1,019,700,000원으로 확정하고 이 건 법인세(특별부가세 포함) 및 동방위세를 추가경정고지하였으나

가. 청구법인이 전시 273,260,600원중 33,260,600원을 세금보전금조로 받은 것은 사실이나 150,000,000원은 청구법인의 주주인 OO(이하 “청구외 OO”라 한다)가 청구외 OOO와 자연산 뱀장어의 수입업을 공동경영하고자 개인적으로 받은 금액으로 이는 청구법인과는 하등 관계가 없는 금액이고 나머지 90,000,000원은 청구법인이 알지도 못하는 금액으로 273,260,600원중 240,000,000원은 양도가액에서 차감하여야 하고,

나. 청구법인이 추가로 273,260,600원을 영수한 것으로 보아 제세를 과세한다 하더라도

첫째, 처분청은 273,260,600원중 240,000,000원을 청구법인이 88사업년도(88.1.1-88.12.31)중에 세금보전금조로 수령한 것이라고 인정하면서도 동 금액을 토지의 양도가 이루어 진 날(87.9.18)이 속하는 87사업년도의 소득으로 귀속시켰으나 이 금액은 고정자산처분익이 아닌 기타소득에 해당되어 특별부가세과세대상이 될 수 없고, 설사 특별부가세 과세대상이라 하더라도 그 소득의 귀속시기는 88사업년도이므로 이 건 처분에는 손익귀속년도 판정에 부당함이 있었고,

둘째, 처분청은 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액(취득가액은 장부가액으로 양도가액은 실지거래가액)으로 계산하였으나 취득가액은 법인세법시행령(74.12.31 개정된 대통령령 제7464호)부칙 제7조의 규정에 의거 기준시가로 하여야 하고 또한 양도가액도 역시 기준시가로 하여 그 양도차익을 계산하고 특별부가세를 경정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

가. 청구법인이 작성한 경위서와 쟁점토지의 OO권이전등기일인 87.9.18 청구외 OOO 및 OOO가 연명으로 작성하여 청구법인에게 제출한 각서의 각 기재내용에 의하면 당초 위 토지의 매매계약당시 매매가액은 평당 70,000원씩 총 746,439,400원으로 하되 이 토지의 양도로 인하여 생기는 세금은 매수인이 부담하기로 한 사실이 있고 89.6. 쟁점토지의 등기부등본상 OO자이었던 청구외 OOO가 쟁점토지의 최종OO자인 주식회사 OOO에 보낸 “부탁의 글”의 기재내용에 의하면 쟁점토지를 청구법인으로부터 취득하여 주식회사 OOO에 양도한 관계로 88.1월경 국세청 투기조사에 의하여 청구법인이 법인세, 특별부가세등 약 5억원을 추징당하게 되어 청구법인에게 불가피하게 그 세금상당금액을 지급하기로 합의한 사실이 있음이 인정되는 바, 처분청이 당초 약정한 매매대금이외에 세금보전금조로 87.10.6부터 87.10.23까지 사이에 33,260,600원,(청구법인은 이 금액의 수령사실에 대하여는 다투지 아니한다) 88.4.13자 청구외 OOO로부터 130,000,000원, 같은달 15일자 동인으로부터 20,000,000원 그리고 이에 앞선 88.2월경 청구외 OOO로부터 90,000,000원, 합계금 273,260,600원을 받았다고 본 처분은 달리 잘못이 없고,

나.

법인세법 제17조

제3항에서 토지등 고정자산을 양도함으로서 생긴 익금과 손금의 귀속년도는 그 대금을 청산한 날과 OO권이전등기일중 빠른날이 속하는 사업년도로 하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 88사업년도중에 세금보전금조로 받은 금액 240,000,000원은 그 성격상 쟁점토지 양도대금의 일부라 볼 수 있고 이 금액을 받기이전인 87.9.19 OO권이전등기가 경료되었으며 이 등기원인일이 같은달 18일이므로 청구법인이 240,000,000원을 88사업년도중에 수령한 것이라 하더라도 그 귀속년도는 쟁점토지의 OO권이전등기일이 속하는 87사업년도로 보아야 한다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은

가. 청구법인이 당초 매매계약시 약정한 매매대금이외에 세금보전금조로 추가금액(273,260,600원)을 영수한 사실이 있었는지의 여부와

나. 토지의 양도일이 속하는 사업년도 이후에 영수한 금액의 귀속시기를 어느 사업년도로 할 것인지 및

다. 양도시의 실지거래가액은 확인되나 취득가액이 불분명한 경우 토지의 양도차익을 산정함에 있어 기준시가로 계산할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

처분청의 과세근거서류상 나타나 있는 처분경위를 보면,

청구법인은 쟁점토지의 매매가액을 746,439,400원으로 하여 청구외 OOO에게 양도한 것(쟁점토지의 등기부등본상으로는 87.9.19 및 87.9.24 청구외 OOO 및 OOO명의로 OO권이전등기되었다가 87.10.2 주식회사 OOO명의로 그 OO권이전등기가 경료되었음)으로 하여 88.3 법인세(특별부가세 포함)등을 신고납부하였으나 처분청이 89하반기 쟁점토지의 거래에 대한 세무조사를 실시(토지거래관련자들을 상대로 한 참고인 조사 내지 금융거래추적조사를 실시함)하여 “그 양도가액을 1,019,700,000원으로”, “중간실지거래자를 청구외 OOO로 “인정하고 89.12.26 양도가액에 추가된 273,260,000원에 대한 법인세등을 경정고지한 것임을 알 수 있는 바, 쟁점별로 살펴본다.

가. “쟁점 가”에 대하여 본다.

처분청은 쟁점토지 거래 관련자들을 상대로 한 확인서 내지 금융자료추적조사결과 청구법인은 매매계약서상 양도가액인 746,439,400원외에 추가로 273,260,600원을 더 영수한 것(처분청은 청구법인이 세금보전금조로 영수한 것으로 인정하였음)으로 보아 추가된 273,260,600원을 양도가액에 합산한 것이고 청구법인은 위 금액중 33,260,600원은 세금보전금조로 영수한 것으로 시인하고 있으나 그중 150,000,000원은 청구법인의 사원인 청구외 OO가 청구외 OOO와 자연산 뱀장어수입업등을 공동경영하기 위한 사업자금으로 영수한 것이며 나머지 90,000,000원은 청구법인이 알지도 못하였고 영수한 사실이 없다는 주장이다.

먼저 청구외 OO가 청구외 OOO와의 공동사업자금조로 150,000,000원을 영수한 것인지의 여부에 대하여 본다.

처분청의 금융자료추적조사표에 의하면 청구외 OOO가 발행한 88.4.9 수표 130,000,000원(수표번호 OOOOOOOO) 및 88.4.15 수표 20,000,000원(수표번호 OOOOOOOO)이 88.4.11 및 88.4.15 청구외 OO의 은행예금구좌에 각각 입금된 것으로 나타나고 있는 반면 청구법인은 청구외 OO가 공동사업자금조로 영수한 것이라고 주장만할 뿐 뱀장어수입업등을 공동으로 영위하기 위하여 영수한 것임을 입증할만한 객관적이고도 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구법인은 쟁점토지의 양도대금중 중도금 및 잔금도 청구법인이 직접 영수한 것이 아니고 청구외 OO의 은행예금구좌를 통하여 영수한 사실이 있음을 감안하면 처분청이 전시 150,000,000원을 쟁점토지에 대한 세금보전금조로 영수한 것으로 본 당초처분은 정당하다고 할 것이다.

다음으로 청구법인이 영수한 사실이 없다는 90,000,000원에 대하여 본다.

처분청이 쟁점토지의 거래에 관련 참고인인 청구외 OOO로부터 89.8.17 징취한 확인서에 의하면 “청구외 OOO는 87.9.경 쟁점토지의 거래에 관련하여 청구외 OOO에게 190,000,000원을 대여한 사실이 있고 87.10.2 부터 87.10.15기간중 전시차용금 190,000,000원 및 제비용과 이자조로 134,200,000원을 영수한 사실이 있으며 그중 88.2.경 제세비용관계로 90,000,000원을 청구외 OOO에 지급한 사실이 있다”고 되어있고, 89.8.18 청구외 OOO로부터 징취한 확인서에 의하면 “청구외 OOO는 87.9.18 청구외 OOO로부터 190,000,000원을 차입한 사실이 있고 쟁점토지매매가 끝난 87.10. 원금 190,000,000원과 이자조로 40,000,000원을 지급하였으며 제세공과금조로 90,000,000을 지급하였다가 88.3.경 되돌려 받았다”고 되어있는 바, 처분청은 전시 확인서를 근거로 하여 청구외 OOO가 제세공과금조로 되돌려받은 90,000,000원을 청구법인에게 지급한 것으로 인정한 것으로 되어있다.

또한 처분청의 관련기록등에 의하면 88.1.경 천안세무서장은 쟁점토지의 거래에 대한 세무조사를 실시하였는 바 그때 실지양도가액이 노출됨에 따라 청구법인은 88.3. 법인세신고를 함에 있어 쟁점토지의 양도에 관련 제비용 부담세액이 약 5억원이상이나 되는 것을 인지하고 실지중간 전매자인 청구외 OOO에게 그 세금보전금조로 상당금액을 요구하였을 것으로 추정된다. (청구법인은 쟁점토지 양도시 제세공과금을 납부하고 평당 약 70,000원인 746,000,000원은 보장이 되어야 한다는 의사표시도 있었음)

위와같은 사실관계를 종합하여 보면 청구법인이 쟁점토지의 양도에 관련 세부담액이 5억원이상이나 되는 것을 인지한 시점이 88.1. 이후이고 앞에서 본 바와같이 청구외 OOO가 발행한 수표 150,000,000원이 88.4. 청구외 OO의 은행구좌로 입금된 사실이 있으며, 또한 청구외 OOO가 청구외 OOO로부터 제세공과금조로 90,000,000원을 되돌려받은 때가 88.2월 내지 3월이었음과 그시기는 청구법인이 87사업년도분 법인세 신고납부를 하기직전이었다는 점을 감안하면 청구법인이 그 90,000,000원도 세금보전금조로 영수한 것으로 보았음에는 일응 타당성이 있다 할 것이다.

따라서 청구법인이 매매계약서상 양도대금이외에 세금보전금조로 273,260,600원을 추가영수한 것으로 본 당초처분은 정당하다고 판단된다.

나. “쟁점 나”에 대하여 본다.

청구법인은 처분청이 세금보전금조로 영수한 것으로 보아 양도가액에 합산한 273,260,600원중 240,000,000원은 88사업년도에 영수한 것으로 인정하면서도 88사업년도 귀속으로 처리하였고, 그 소득은 손해배상금 성격으로 기타소득으로 보아야 함에도 토지의 양도대금으로 본 부당함이 있었다는 주장이다.

먼저 추가로 영수한 금액이 손해배상금 성격의 금액이고 그 소득종류는 기타소득으로 보아야 한다는 청구주장에 대하여 보면 손해배상금이란 부동산을 매매하기로 계약하였다가 매매당사자중 일방이 그 계약을 준수하지 아니하여 위약 또는 해약시 그 위약자가 상대방에게 피해보상조로 지급하는 금전을 의미한다 할 것인데 쟁점토지의 양도에 관련 청구법인이 추가로 영수한 금액은 당초계약이 위약되었다거나 해약되어 지급받은 피해보상성격의 금전이 아니고 세금보전금조로 영수한 금액이라 할 것으로 이부분 청구주장은 이유가 될 수 없다 할 것이다.

다음으로 손익의 귀속시기를 규정하고 있는

법인세법 제17조

제3항을 보면 “내국법인이 각 사업년도에 있어서 제2항의 규정에 해당하지 아니하는 자산(상품, 제품 또는 기타의 생산품이외의 자산)을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 한다. 다만, 대금을 청산하기전에 OO권등 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해자산을 인도한 경우에는 OO권등 이전등기일(등록일을 포함한다) 또는 인도일이 속하는 사업년도로 한다“라고 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OOO에게 양도한 것이나 등기부등본상으로는 87.9.19 청구외 OOO명의로, 87.9.24 청구외 OOO명의로 각각 이전되었다가 87.10.2 최종실수요자인 주식회사 OOO명의로 그 등기가 경료된 것으로 쟁점토지의 양도에 관련 그 대금의 귀속시기는 잔금청산일에 불구하고 그 OO권이전등기가 경료된 87사업년도가 된다 할 것이고 쟁점토지의 양도에 관련 88사업년도에 세금보전금조로 240,000,000원을 받았다 하더라도 그 귀속년도는 역시 87사업년도가 된다할 것으로 이부분 청구주장은 관계법령을 오해하고 있는 것으로 판단된다.

다. “쟁점 다”에 대하여 본다.

청구법인은 88.3.31 법인세 신고시 쟁점토지의 취득가액은 장부가액인 1,679,247원으로 양도가액은 매매계약서상의 금액인 746,439,400원으로 하여 특별부가세 과세표준을 계산하고 특별부가세 185,769,373원 및 동방위세 46,442,343원을 법인세에 가산하여 그 신고납부를 이행한 바 있고 처분청은 청구법인이 세금보전금조로 영수한 273,260,600원을 양도가액에 추가하여 89.12.16 특별부가세 과세표준을 경정하고 특별부가세 114,603,890원 및 동방위세 상당금액을 법인세에 합산하여 경정고지한 것임을 알 수 있는 바,

먼저 이 건 특별부가세 과세표준금액을 계산함에 있어 쟁점토지의 양도가액과 취득가액의 산정이 적법한지의 여부에 대하여 살펴본다.

관계법령규정을 보면

법인세법 제59조의2

(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서

동법시행령 제124조의2

제6항에서는 “법제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는

소득세법시행령 제115조

에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가. 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있어 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있고,

이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 73.8.1부터 74.6.29까지의 기간중 청구외 OOO등으로부터 쟁점토지를 취득하였던 것으로 그 장부가액은 1,679,247원이며 취득일로부터 74.12.31 까지의 기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액은 346,469원으로 그 합계금액은 2,025,743원이나 75.1.1 현재 기준시가는 2,907,070원으로 오히려 75.1.1 현재 기준시가가 많은 금액이고 쟁점토지를 양도한 87.9.9 쟁점토지소재지는 국세청장이 고시한 특정지역에 해당되지 않고 있다.

살피건대, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 적법하게 산정하였는지에 대하여 보면 취득시기가 74.12.31이전인 쟁점토지의 취득가액은 전시한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조 및 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되므로 75.1.1 현재의 기준시가로 산정하여야 할 것이며(74.12.31이전의 장부가액에 그 취득일로부터 74.12.31까지의 도매물가상승부분을 합산한 가액이 큰 경우에는 그 가액이 되나 쟁점토지의 경우 취득일로부터 74.12.31까지의 물가상승감안가액은 2,025,743원으로서 75.1.1 현재의 기준시가 2,907,070원 보다 적으므로 결국 75.1.1 현재의 기준시가가 취득가액이 되는 것으로 보아야 함)

법인세법 제59조의 2

제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서

동법시행령 제124조의2

제6항에서 위의 기준시가는

소득세법 시행령 제115조

에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을뿐 법인세법과 동법시행령 어디에도

소득세법시행령 제170조

제4항 제1, 2호(국가, 지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익계산 방법을 규정한

소득세법시행령 제170조

제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산 방법을 규정한 위 법인세법 및 동법시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이

소득세법시행령 제170조

제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다. [동지 대법원판결 : 88누6269(88.12.13)]

또한 대법원판례와 최근의 심판결정례에서도

법인세법 제59조의2

제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 74.12.31이전에 취득한 자산의 경우 75.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가 보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액을 경정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.

[동지 대법원판례 86누 935 (86.10.28), 86누671 (87.10.26), 심판결정 88서 1427 (89.2.5), 88전1653(89.3.22) ]

그렇다면 74.12.31이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점토지의 경우에는 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다 할 것이다.

그러나 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 경우에는 이 건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구법인이 자진납부한 세액까지를 취소(환급)하게 되는 바, 자진신고납부한 세액이 착오등으로 과다납부되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로 [대법원의 전원합의부판결 88누6463 (89.6.15)과 당심판결정(88서1302, 89.3.2)] 이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 취소하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.